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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DO2 DO2 '5,5-dihydroxy-6-oxo-L-norleucine ' peptide 22 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DO2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DO2 N N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
DO2 HN1 H H 0.000 0.634 -0.270 -0.743
DO2 HN2 H H 0.000 0.275 0.730 0.647
DO2 CA C CH1 0.000 -1.304 -0.661 0.139
DO2 HA H H 0.000 -1.332 -1.220 1.084
DO2 CB C CH2 0.000 -2.413 0.392 0.136
DO2 HB H H 0.000 -3.385 -0.104 0.148
DO2 HBA H H 0.000 -2.329 1.005 -0.764
DO2 CG C CH2 0.000 -2.276 1.281 1.374
DO2 HG H H 0.000 -1.302 1.775 1.360
DO2 HGA H H 0.000 -2.357 0.666 2.273
DO2 CD C CT 0.000 -3.384 2.334 1.372
DO2 O5 O OH1 0.000 -3.275 3.138 0.195
DO2 H11 H H 0.000 -2.414 3.576 0.183
DO2 O4 O OH1 0.000 -4.658 1.686 1.389
DO2 H10 H H 0.000 -4.731 1.143 2.186
DO2 CE C C1 0.000 -3.250 3.209 2.592
DO2 HE H H 0.000 -2.350 3.779 2.749
DO2 OE1 O O 0.000 -4.150 3.270 3.394
DO2 C C C 0.000 -1.511 -1.612 -1.013
DO2 O O OC -0.500 -2.347 -2.537 -0.918
DO2 OXT O OC -0.500 -0.842 -1.478 -2.062
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DO2 N n/a CA START
DO2 HN1 N . .
DO2 HN2 N . .
DO2 CA N C .
DO2 HA CA . .
DO2 CB CA CG .
DO2 HB CB . .
DO2 HBA CB . .
DO2 CG CB CD .
DO2 HG CG . .
DO2 HGA CG . .
DO2 CD CG CE .
DO2 O5 CD H11 .
DO2 H11 O5 . .
DO2 O4 CD H10 .
DO2 H10 O4 . .
DO2 CE CD OE1 .
DO2 HE CE . .
DO2 OE1 CE . .
DO2 C CA . END
DO2 O C . .
DO2 OXT C . .
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DO2 O C deloc 1.250 0.020
DO2 C CA single 1.500 0.020
DO2 CA N single 1.450 0.020
DO2 CB CA single 1.524 0.020
DO2 HA CA single 1.099 0.020
DO2 CG CB single 1.524 0.020
DO2 HB CB single 1.092 0.020
DO2 HBA CB single 1.092 0.020
DO2 CE CD single 1.510 0.020
DO2 O4 CD single 1.432 0.020
DO2 O5 CD single 1.432 0.020
DO2 OE1 CE double 1.220 0.020
DO2 HE CE single 1.077 0.020
DO2 CD CG single 1.524 0.020
DO2 HG CG single 1.092 0.020
DO2 HGA CG single 1.092 0.020
DO2 OXT C deloc 1.250 0.020
DO2 H10 O4 single 0.967 0.020
DO2 H11 O5 single 0.967 0.020
DO2 HN1 N single 1.010 0.020
DO2 HN2 N single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DO2 HN1 N HN2 120.000 3.000
DO2 HN1 N CA 120.000 3.000
DO2 HN2 N CA 120.000 3.000
DO2 N CA HA 109.470 3.000
DO2 N CA CB 109.470 3.000
DO2 N CA C 109.470 3.000
DO2 HA CA CB 108.340 3.000
DO2 HA CA C 108.810 3.000
DO2 CB CA C 109.470 3.000
DO2 CA CB HB 109.470 3.000
DO2 CA CB HBA 109.470 3.000
DO2 CA CB CG 111.000 3.000
DO2 HB CB HBA 107.900 3.000
DO2 HB CB CG 109.470 3.000
DO2 HBA CB CG 109.470 3.000
DO2 CB CG HG 109.470 3.000
DO2 CB CG HGA 109.470 3.000
DO2 CB CG CD 111.000 3.000
DO2 HG CG HGA 107.900 3.000
DO2 HG CG CD 109.470 3.000
DO2 HGA CG CD 109.470 3.000
DO2 CG CD O5 109.470 3.000
DO2 CG CD O4 109.470 3.000
DO2 CG CD CE 109.470 3.000
DO2 O5 CD O4 109.470 3.000
DO2 O5 CD CE 109.470 3.000
DO2 O4 CD CE 109.470 3.000
DO2 CD O5 H11 109.470 3.000
DO2 CD O4 H10 109.470 3.000
DO2 CD CE HE 120.000 3.000
DO2 CD CE OE1 120.500 3.000
DO2 HE CE OE1 123.000 3.000
DO2 CA C O 118.500 3.000
DO2 CA C OXT 118.500 3.000
DO2 O C OXT 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DO2 var_1 HN2 N CA C 175.000 20.000 1
DO2 var_2 N CA CB CG -64.994 20.000 3
DO2 var_3 CA CB CG CD -179.977 20.000 3
DO2 var_4 CB CG CD CE 179.976 20.000 1
DO2 var_5 CG CD O5 H11 -60.027 20.000 1
DO2 var_6 CG CD O4 H10 60.079 20.000 1
DO2 var_7 CG CD CE OE1 -119.991 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DO2 chir_01 CA C N CB negativ
DO2 chir_02 CD CE CG O4 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DO2 plan-1 C 0.020
DO2 plan-1 O 0.020
DO2 plan-1 CA 0.020
DO2 plan-1 OXT 0.020
DO2 plan-2 N 0.020
DO2 plan-2 CA 0.020
DO2 plan-2 HN1 0.020
DO2 plan-2 HN2 0.020
DO2 plan-3 CE 0.020
DO2 plan-3 CD 0.020
DO2 plan-3 OE1 0.020
DO2 plan-3 HE 0.020
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