1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DO3 DO3 '10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-T' non-polymer 57 28 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DO3
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DO3 O6 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
DO3 C13 C C 0.000 0.279 0.313 1.179
DO3 O5 O OC -0.500 1.441 0.673 1.472
DO3 C14 C CH2 0.000 -0.785 0.258 2.243
DO3 H141 H H 0.000 -0.916 1.252 2.677
DO3 H142 H H 0.000 -0.480 -0.441 3.025
DO3 N3 N NT 0.000 -2.080 -0.200 1.636
DO3 C4 C CH2 0.000 -2.493 1.042 0.900
DO3 HC41 H H 0.000 -1.613 1.557 0.510
DO3 HC42 H H 0.000 -3.038 1.711 1.569
DO3 C3 C CH2 0.000 -3.394 0.633 -0.252
DO3 HC31 H H 0.000 -3.795 -0.359 -0.034
DO3 HC32 H H 0.000 -2.787 0.588 -1.159
DO3 N2 N NT 0.000 -4.525 1.600 -0.453
DO3 C2 C CH2 0.000 -5.387 0.816 -1.383
DO3 HC21 H H 0.000 -4.763 -0.008 -1.735
DO3 HC22 H H 0.000 -5.603 1.488 -2.216
DO3 C1 C CH2 0.000 -6.676 0.270 -0.828
DO3 HC12 H H 0.000 -7.449 0.334 -1.597
DO3 HC11 H H 0.000 -6.973 0.869 0.035
DO3 C12 C CH2 0.000 -5.228 1.523 0.861
DO3 H121 H H 0.000 -4.514 1.710 1.666
DO3 H122 H H 0.000 -5.661 0.528 0.984
DO3 C11 C C 0.000 -6.321 2.558 0.906
DO3 O4 O OC -0.500 -6.512 3.311 -0.074
DO3 O3 O OC -0.500 -7.039 2.665 1.925
DO3 C5 C CH2 0.000 -2.974 -0.184 2.838
DO3 HC51 H H 0.000 -3.561 0.737 2.865
DO3 HC52 H H 0.000 -2.384 -0.264 3.754
DO3 C6 C CH2 0.000 -3.912 -1.385 2.727
DO3 HC61 H H 0.000 -3.749 -2.060 3.570
DO3 HC62 H H 0.000 -3.720 -1.919 1.794
DO3 N4 N NT 0.000 -5.326 -0.897 2.743
DO3 C16 C CH2 0.000 -5.774 -1.377 4.098
DO3 H161 H H 0.000 -5.145 -0.926 4.869
DO3 H162 H H 0.000 -5.683 -2.464 4.147
DO3 C15 C CH1 0.000 -7.232 -0.973 4.326
DO3 HA H H 0.000 -7.863 -1.427 3.549
DO3 C17 C CH3 0.000 -7.688 -1.461 5.703
DO3 H173 H H 0.000 -7.603 -2.515 5.751
DO3 H172 H H 0.000 -7.080 -1.024 6.452
DO3 H171 H H 0.000 -8.697 -1.181 5.861
DO3 O7 O OH1 0.000 -7.347 0.449 4.262
DO3 HO7 H H 0.000 -6.792 0.847 4.946
DO3 C7 C CH2 0.000 -6.001 -1.898 1.857
DO3 HC71 H H 0.000 -6.497 -2.653 2.471
DO3 HC72 H H 0.000 -5.257 -2.381 1.219
DO3 C8 C CH2 0.000 -7.037 -1.185 0.986
DO3 HC81 H H 0.000 -7.194 -0.164 1.338
DO3 HC82 H H 0.000 -7.986 -1.725 1.003
DO3 N1 N NT 0.000 -6.501 -1.157 -0.411
DO3 C10 C CH2 0.000 -7.653 -1.793 -1.146
DO3 H101 H H 0.000 -8.578 -1.273 -0.890
DO3 H102 H H 0.000 -7.735 -2.842 -0.854
DO3 C9 C C 0.000 -7.415 -1.699 -2.630
DO3 O1 O OC -0.500 -8.255 -2.170 -3.430
DO3 O2 O OC -0.500 -6.377 -1.152 -3.065
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DO3 O6 n/a C13 START
DO3 C13 O6 C14 .
DO3 O5 C13 . .
DO3 C14 C13 N3 .
DO3 H141 C14 . .
DO3 H142 C14 . .
DO3 N3 C14 C5 .
DO3 C4 N3 C3 .
DO3 HC41 C4 . .
DO3 HC42 C4 . .
DO3 C3 C4 N2 .
DO3 HC31 C3 . .
DO3 HC32 C3 . .
DO3 N2 C3 C12 .
DO3 C2 N2 C1 .
DO3 HC21 C2 . .
DO3 HC22 C2 . .
DO3 C1 C2 HC11 .
DO3 HC12 C1 . .
DO3 HC11 C1 . .
DO3 C12 N2 C11 .
DO3 H121 C12 . .
DO3 H122 C12 . .
DO3 C11 C12 O3 .
DO3 O4 C11 . .
DO3 O3 C11 . .
DO3 C5 N3 C6 .
DO3 HC51 C5 . .
DO3 HC52 C5 . .
DO3 C6 C5 N4 .
DO3 HC61 C6 . .
DO3 HC62 C6 . .
DO3 N4 C6 C7 .
DO3 C16 N4 C15 .
DO3 H161 C16 . .
DO3 H162 C16 . .
DO3 C15 C16 O7 .
DO3 HA C15 . .
DO3 C17 C15 H171 .
DO3 H173 C17 . .
DO3 H172 C17 . .
DO3 H171 C17 . .
DO3 O7 C15 HO7 .
DO3 HO7 O7 . .
DO3 C7 N4 C8 .
DO3 HC71 C7 . .
DO3 HC72 C7 . .
DO3 C8 C7 N1 .
DO3 HC81 C8 . .
DO3 HC82 C8 . .
DO3 N1 C8 C10 .
DO3 C10 N1 C9 .
DO3 H101 C10 . .
DO3 H102 C10 . .
DO3 C9 C10 O2 .
DO3 O1 C9 . .
DO3 O2 C9 . END
DO3 N1 C1 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DO3 N1 C1 single 1.469 0.020
DO3 N1 C8 single 1.469 0.020
DO3 C10 N1 single 1.469 0.020
DO3 C2 N2 single 1.469 0.020
DO3 N2 C3 single 1.469 0.020
DO3 C12 N2 single 1.469 0.020
DO3 C4 N3 single 1.469 0.020
DO3 C5 N3 single 1.469 0.020
DO3 N3 C14 single 1.469 0.020
DO3 N4 C6 single 1.469 0.020
DO3 C7 N4 single 1.469 0.020
DO3 C16 N4 single 1.469 0.020
DO3 O1 C9 deloc 1.250 0.020
DO3 O3 C11 deloc 1.250 0.020
DO3 O5 C13 deloc 1.250 0.020
DO3 O7 C15 single 1.432 0.020
DO3 HO7 O7 single 0.967 0.020
DO3 C1 C2 single 1.524 0.020
DO3 HC11 C1 single 1.092 0.020
DO3 HC12 C1 single 1.092 0.020
DO3 HC21 C2 single 1.092 0.020
DO3 HC22 C2 single 1.092 0.020
DO3 C3 C4 single 1.524 0.020
DO3 HC31 C3 single 1.092 0.020
DO3 HC32 C3 single 1.092 0.020
DO3 HC41 C4 single 1.092 0.020
DO3 HC42 C4 single 1.092 0.020
DO3 C6 C5 single 1.524 0.020
DO3 HC51 C5 single 1.092 0.020
DO3 HC52 C5 single 1.092 0.020
DO3 HC61 C6 single 1.092 0.020
DO3 HC62 C6 single 1.092 0.020
DO3 C8 C7 single 1.524 0.020
DO3 HC71 C7 single 1.092 0.020
DO3 HC72 C7 single 1.092 0.020
DO3 HC81 C8 single 1.092 0.020
DO3 HC82 C8 single 1.092 0.020
DO3 C9 C10 single 1.510 0.020
DO3 O2 C9 deloc 1.250 0.020
DO3 H101 C10 single 1.092 0.020
DO3 H102 C10 single 1.092 0.020
DO3 C11 C12 single 1.510 0.020
DO3 O4 C11 deloc 1.250 0.020
DO3 H121 C12 single 1.092 0.020
DO3 H122 C12 single 1.092 0.020
DO3 C14 C13 single 1.510 0.020
DO3 C13 O6 deloc 1.250 0.020
DO3 H141 C14 single 1.092 0.020
DO3 H142 C14 single 1.092 0.020
DO3 C15 C16 single 1.524 0.020
DO3 C17 C15 single 1.524 0.020
DO3 HA C15 single 1.099 0.020
DO3 H161 C16 single 1.092 0.020
DO3 H162 C16 single 1.092 0.020
DO3 H171 C17 single 1.059 0.020
DO3 H172 C17 single 1.059 0.020
DO3 H173 C17 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DO3 O6 C13 O5 123.000 3.000
DO3 O6 C13 C14 118.500 3.000
DO3 O5 C13 C14 118.500 3.000
DO3 C13 C14 H141 109.470 3.000
DO3 C13 C14 H142 109.470 3.000
DO3 C13 C14 N3 109.500 3.000
DO3 H141 C14 H142 107.900 3.000
DO3 H141 C14 N3 109.470 3.000
DO3 H142 C14 N3 109.470 3.000
DO3 C14 N3 C4 109.470 3.000
DO3 C14 N3 C5 109.470 3.000
DO3 C4 N3 C5 109.470 3.000
DO3 N3 C4 HC41 109.470 3.000
DO3 N3 C4 HC42 109.470 3.000
DO3 N3 C4 C3 109.470 3.000
DO3 HC41 C4 HC42 107.900 3.000
DO3 HC41 C4 C3 109.470 3.000
DO3 HC42 C4 C3 109.470 3.000
DO3 C4 C3 HC31 109.470 3.000
DO3 C4 C3 HC32 109.470 3.000
DO3 C4 C3 N2 109.470 3.000
DO3 HC31 C3 HC32 107.900 3.000
DO3 HC31 C3 N2 109.470 3.000
DO3 HC32 C3 N2 109.470 3.000
DO3 C3 N2 C2 109.470 3.000
DO3 C3 N2 C12 109.470 3.000
DO3 C2 N2 C12 109.470 3.000
DO3 N2 C2 HC21 109.470 3.000
DO3 N2 C2 HC22 109.470 3.000
DO3 N2 C2 C1 109.470 3.000
DO3 HC21 C2 HC22 107.900 3.000
DO3 HC21 C2 C1 109.470 3.000
DO3 HC22 C2 C1 109.470 3.000
DO3 C2 C1 HC12 109.470 3.000
DO3 C2 C1 HC11 109.470 3.000
DO3 C2 C1 N1 109.470 3.000
DO3 HC12 C1 HC11 107.900 3.000
DO3 HC12 C1 N1 109.470 3.000
DO3 HC11 C1 N1 109.470 3.000
DO3 N2 C12 H121 109.470 3.000
DO3 N2 C12 H122 109.470 3.000
DO3 N2 C12 C11 109.500 3.000
DO3 H121 C12 H122 107.900 3.000
DO3 H121 C12 C11 109.470 3.000
DO3 H122 C12 C11 109.470 3.000
DO3 C12 C11 O4 118.500 3.000
DO3 C12 C11 O3 118.500 3.000
DO3 O4 C11 O3 123.000 3.000
DO3 N3 C5 HC51 109.470 3.000
DO3 N3 C5 HC52 109.470 3.000
DO3 N3 C5 C6 109.470 3.000
DO3 HC51 C5 HC52 107.900 3.000
DO3 HC51 C5 C6 109.470 3.000
DO3 HC52 C5 C6 109.470 3.000
DO3 C5 C6 HC61 109.470 3.000
DO3 C5 C6 HC62 109.470 3.000
DO3 C5 C6 N4 109.470 3.000
DO3 HC61 C6 HC62 107.900 3.000
DO3 HC61 C6 N4 109.470 3.000
DO3 HC62 C6 N4 109.470 3.000
DO3 C6 N4 C16 109.470 3.000
DO3 C6 N4 C7 109.470 3.000
DO3 C16 N4 C7 109.470 3.000
DO3 N4 C16 H161 109.470 3.000
DO3 N4 C16 H162 109.470 3.000
DO3 N4 C16 C15 109.500 3.000
DO3 H161 C16 H162 107.900 3.000
DO3 H161 C16 C15 109.470 3.000
DO3 H162 C16 C15 109.470 3.000
DO3 C16 C15 HA 108.340 3.000
DO3 C16 C15 C17 111.000 3.000
DO3 C16 C15 O7 109.470 3.000
DO3 HA C15 C17 108.340 3.000
DO3 HA C15 O7 109.470 3.000
DO3 C17 C15 O7 109.470 3.000
DO3 C15 C17 H173 109.470 3.000
DO3 C15 C17 H172 109.470 3.000
DO3 C15 C17 H171 109.470 3.000
DO3 H173 C17 H172 109.470 3.000
DO3 H173 C17 H171 109.470 3.000
DO3 H172 C17 H171 109.470 3.000
DO3 C15 O7 HO7 109.470 3.000
DO3 N4 C7 HC71 109.470 3.000
DO3 N4 C7 HC72 109.470 3.000
DO3 N4 C7 C8 109.470 3.000
DO3 HC71 C7 HC72 107.900 3.000
DO3 HC71 C7 C8 109.470 3.000
DO3 HC72 C7 C8 109.470 3.000
DO3 C7 C8 HC81 109.470 3.000
DO3 C7 C8 HC82 109.470 3.000
DO3 C7 C8 N1 109.470 3.000
DO3 HC81 C8 HC82 107.900 3.000
DO3 HC81 C8 N1 109.470 3.000
DO3 HC82 C8 N1 109.470 3.000
DO3 C8 N1 C10 109.470 3.000
DO3 C8 N1 C1 109.470 3.000
DO3 C10 N1 C1 109.470 3.000
DO3 N1 C10 H101 109.470 3.000
DO3 N1 C10 H102 109.470 3.000
DO3 N1 C10 C9 109.500 3.000
DO3 H101 C10 H102 107.900 3.000
DO3 H101 C10 C9 109.470 3.000
DO3 H102 C10 C9 109.470 3.000
DO3 C10 C9 O1 118.500 3.000
DO3 C10 C9 O2 118.500 3.000
DO3 O1 C9 O2 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DO3 var_1 O6 C13 C14 N3 0.056 20.000 3
DO3 var_2 C13 C14 N3 C5 179.978 20.000 1
DO3 var_3 C14 N3 C4 C3 154.528 20.000 1
DO3 var_4 N3 C4 C3 N2 141.376 20.000 3
DO3 var_5 C4 C3 N2 C12 -60.164 20.000 1
DO3 var_6 C3 N2 C2 C1 108.662 20.000 1
DO3 var_7 N2 C2 C1 N1 -96.951 20.000 3
DO3 var_8 C3 N2 C12 C11 173.594 20.000 1
DO3 var_9 N2 C12 C11 O3 179.955 20.000 3
DO3 var_10 C14 N3 C5 C6 -142.392 20.000 1
DO3 var_11 N3 C5 C6 N4 -122.055 20.000 3
DO3 var_12 C5 C6 N4 C7 147.308 20.000 1
DO3 var_13 C6 N4 C16 C15 -179.973 20.000 1
DO3 var_14 N4 C16 C15 O7 -60.014 20.000 3
DO3 var_15 C16 C15 C17 H171 179.967 20.000 3
DO3 var_16 C16 C15 O7 HO7 -60.035 20.000 1
DO3 var_17 C6 N4 C7 C8 -141.121 20.000 1
DO3 var_18 N4 C7 C8 N1 108.110 20.000 3
DO3 var_19 C7 C8 N1 C10 125.572 20.000 1
DO3 var_20 C8 N1 C1 C2 129.131 20.000 1
DO3 var_21 C8 N1 C10 C9 172.181 20.000 1
DO3 var_22 N1 C10 C9 O2 0.037 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DO3 chir_01 N1 C1 C8 C10 negativ
DO3 chir_02 N2 C2 C3 C12 positiv
DO3 chir_03 N3 C4 C5 C14 positiv
DO3 chir_04 N4 C6 C7 C16 negativ
DO3 chir_05 C15 O7 C16 C17 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DO3 plan-1 C9 0.020
DO3 plan-1 O1 0.020
DO3 plan-1 C10 0.020
DO3 plan-1 O2 0.020
DO3 plan-2 C11 0.020
DO3 plan-2 O3 0.020
DO3 plan-2 C12 0.020
DO3 plan-2 O4 0.020
DO3 plan-3 C13 0.020
DO3 plan-3 O5 0.020
DO3 plan-3 C14 0.020
DO3 plan-3 O6 0.020
# ------------------------------------------------------
|