File: DO3.cif

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global_
_lib_name         ?
_lib_version      ?
_lib_update       ?
# ------------------------------------------------
#
# ---   LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DO3      DO3 '10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-T' non-polymer        57  28 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DO3
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DO3           O6     O    OC       -0.500      0.000    0.000    0.000
 DO3           C13    C    C         0.000      0.279    0.313    1.179
 DO3           O5     O    OC       -0.500      1.441    0.673    1.472
 DO3           C14    C    CH2       0.000     -0.785    0.258    2.243
 DO3           H141   H    H         0.000     -0.916    1.252    2.677
 DO3           H142   H    H         0.000     -0.480   -0.441    3.025
 DO3           N3     N    NT        0.000     -2.080   -0.200    1.636
 DO3           C4     C    CH2       0.000     -2.493    1.042    0.900
 DO3           HC41   H    H         0.000     -1.613    1.557    0.510
 DO3           HC42   H    H         0.000     -3.038    1.711    1.569
 DO3           C3     C    CH2       0.000     -3.394    0.633   -0.252
 DO3           HC31   H    H         0.000     -3.795   -0.359   -0.034
 DO3           HC32   H    H         0.000     -2.787    0.588   -1.159
 DO3           N2     N    NT        0.000     -4.525    1.600   -0.453
 DO3           C2     C    CH2       0.000     -5.387    0.816   -1.383
 DO3           HC21   H    H         0.000     -4.763   -0.008   -1.735
 DO3           HC22   H    H         0.000     -5.603    1.488   -2.216
 DO3           C1     C    CH2       0.000     -6.676    0.270   -0.828
 DO3           HC12   H    H         0.000     -7.449    0.334   -1.597
 DO3           HC11   H    H         0.000     -6.973    0.869    0.035
 DO3           C12    C    CH2       0.000     -5.228    1.523    0.861
 DO3           H121   H    H         0.000     -4.514    1.710    1.666
 DO3           H122   H    H         0.000     -5.661    0.528    0.984
 DO3           C11    C    C         0.000     -6.321    2.558    0.906
 DO3           O4     O    OC       -0.500     -6.512    3.311   -0.074
 DO3           O3     O    OC       -0.500     -7.039    2.665    1.925
 DO3           C5     C    CH2       0.000     -2.974   -0.184    2.838
 DO3           HC51   H    H         0.000     -3.561    0.737    2.865
 DO3           HC52   H    H         0.000     -2.384   -0.264    3.754
 DO3           C6     C    CH2       0.000     -3.912   -1.385    2.727
 DO3           HC61   H    H         0.000     -3.749   -2.060    3.570
 DO3           HC62   H    H         0.000     -3.720   -1.919    1.794
 DO3           N4     N    NT        0.000     -5.326   -0.897    2.743
 DO3           C16    C    CH2       0.000     -5.774   -1.377    4.098
 DO3           H161   H    H         0.000     -5.145   -0.926    4.869
 DO3           H162   H    H         0.000     -5.683   -2.464    4.147
 DO3           C15    C    CH1       0.000     -7.232   -0.973    4.326
 DO3           HA     H    H         0.000     -7.863   -1.427    3.549
 DO3           C17    C    CH3       0.000     -7.688   -1.461    5.703
 DO3           H173   H    H         0.000     -7.603   -2.515    5.751
 DO3           H172   H    H         0.000     -7.080   -1.024    6.452
 DO3           H171   H    H         0.000     -8.697   -1.181    5.861
 DO3           O7     O    OH1       0.000     -7.347    0.449    4.262
 DO3           HO7    H    H         0.000     -6.792    0.847    4.946
 DO3           C7     C    CH2       0.000     -6.001   -1.898    1.857
 DO3           HC71   H    H         0.000     -6.497   -2.653    2.471
 DO3           HC72   H    H         0.000     -5.257   -2.381    1.219
 DO3           C8     C    CH2       0.000     -7.037   -1.185    0.986
 DO3           HC81   H    H         0.000     -7.194   -0.164    1.338
 DO3           HC82   H    H         0.000     -7.986   -1.725    1.003
 DO3           N1     N    NT        0.000     -6.501   -1.157   -0.411
 DO3           C10    C    CH2       0.000     -7.653   -1.793   -1.146
 DO3           H101   H    H         0.000     -8.578   -1.273   -0.890
 DO3           H102   H    H         0.000     -7.735   -2.842   -0.854
 DO3           C9     C    C         0.000     -7.415   -1.699   -2.630
 DO3           O1     O    OC       -0.500     -8.255   -2.170   -3.430
 DO3           O2     O    OC       -0.500     -6.377   -1.152   -3.065
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
 DO3      O6     n/a    C13    START
 DO3      C13    O6     C14    .
 DO3      O5     C13    .      .
 DO3      C14    C13    N3     .
 DO3      H141   C14    .      .
 DO3      H142   C14    .      .
 DO3      N3     C14    C5     .
 DO3      C4     N3     C3     .
 DO3      HC41   C4     .      .
 DO3      HC42   C4     .      .
 DO3      C3     C4     N2     .
 DO3      HC31   C3     .      .
 DO3      HC32   C3     .      .
 DO3      N2     C3     C12    .
 DO3      C2     N2     C1     .
 DO3      HC21   C2     .      .
 DO3      HC22   C2     .      .
 DO3      C1     C2     HC11   .
 DO3      HC12   C1     .      .
 DO3      HC11   C1     .      .
 DO3      C12    N2     C11    .
 DO3      H121   C12    .      .
 DO3      H122   C12    .      .
 DO3      C11    C12    O3     .
 DO3      O4     C11    .      .
 DO3      O3     C11    .      .
 DO3      C5     N3     C6     .
 DO3      HC51   C5     .      .
 DO3      HC52   C5     .      .
 DO3      C6     C5     N4     .
 DO3      HC61   C6     .      .
 DO3      HC62   C6     .      .
 DO3      N4     C6     C7     .
 DO3      C16    N4     C15    .
 DO3      H161   C16    .      .
 DO3      H162   C16    .      .
 DO3      C15    C16    O7     .
 DO3      HA     C15    .      .
 DO3      C17    C15    H171   .
 DO3      H173   C17    .      .
 DO3      H172   C17    .      .
 DO3      H171   C17    .      .
 DO3      O7     C15    HO7    .
 DO3      HO7    O7     .      .
 DO3      C7     N4     C8     .
 DO3      HC71   C7     .      .
 DO3      HC72   C7     .      .
 DO3      C8     C7     N1     .
 DO3      HC81   C8     .      .
 DO3      HC82   C8     .      .
 DO3      N1     C8     C10    .
 DO3      C10    N1     C9     .
 DO3      H101   C10    .      .
 DO3      H102   C10    .      .
 DO3      C9     C10    O2     .
 DO3      O1     C9     .      .
 DO3      O2     C9     .      END
 DO3      N1     C1     .    ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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 DO3      var_11   N3     C5     C6     N4      -122.055   20.000   3
 DO3      var_12   C5     C6     N4     C7       147.308   20.000   1
 DO3      var_13   C6     N4     C16    C15     -179.973   20.000   1
 DO3      var_14   N4     C16    C15    O7       -60.014   20.000   3
 DO3      var_15   C16    C15    C17    H171     179.967   20.000   3
 DO3      var_16   C16    C15    O7     HO7      -60.035   20.000   1
 DO3      var_17   C6     N4     C7     C8      -141.121   20.000   1
 DO3      var_18   N4     C7     C8     N1       108.110   20.000   3
 DO3      var_19   C7     C8     N1     C10      125.572   20.000   1
 DO3      var_20   C8     N1     C1     C2       129.131   20.000   1
 DO3      var_21   C8     N1     C10    C9       172.181   20.000   1
 DO3      var_22   N1     C10    C9     O2         0.037   20.000   3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 DO3      chir_01  N1     C1     C8     C10       negativ
 DO3      chir_02  N2     C2     C3     C12       positiv
 DO3      chir_03  N3     C4     C5     C14       positiv
 DO3      chir_04  N4     C6     C7     C16       negativ
 DO3      chir_05  C15    O7     C16    C17       negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DO3      plan-1    C9        0.020
 DO3      plan-1    O1        0.020
 DO3      plan-1    C10       0.020
 DO3      plan-1    O2        0.020
 DO3      plan-2    C11       0.020
 DO3      plan-2    O3        0.020
 DO3      plan-2    C12       0.020
 DO3      plan-2    O4        0.020
 DO3      plan-3    C13       0.020
 DO3      plan-3    O5        0.020
 DO3      plan-3    C14       0.020
 DO3      plan-3    O6        0.020
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