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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DO4 DO4 '2,5-DIOXOPENTANOIC ACID ' non-polymer 14 9 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DO4
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DO4 O2 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
DO4 C1 C C 0.000 -1.104 -0.585 -0.055
DO4 O1 O OC -0.500 -1.150 -1.835 -0.075
DO4 C2 C C 0.000 -2.367 0.207 -0.095
DO4 O5 O O 0.000 -2.324 1.414 -0.075
DO4 C3 C CH2 0.000 -3.698 -0.498 -0.161
DO4 H31 H H 0.000 -3.814 -1.137 0.717
DO4 H32 H H 0.000 -3.740 -1.111 -1.064
DO4 C4 C CH2 0.000 -4.822 0.538 -0.192
DO4 H41 H H 0.000 -4.704 1.177 -1.070
DO4 H42 H H 0.000 -4.777 1.151 0.711
DO4 C5 C C1 0.000 -6.153 -0.166 -0.256
DO4 H5 H H 0.000 -6.347 -0.879 -1.040
DO4 O3 O O 0.000 -7.002 0.069 0.569
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DO4 O2 n/a C1 START
DO4 C1 O2 C2 .
DO4 O1 C1 . .
DO4 C2 C1 C3 .
DO4 O5 C2 . .
DO4 C3 C2 C4 .
DO4 H31 C3 . .
DO4 H32 C3 . .
DO4 C4 C3 C5 .
DO4 H41 C4 . .
DO4 H42 C4 . .
DO4 C5 C4 O3 .
DO4 H5 C5 . .
DO4 O3 C5 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DO4 O3 C5 double 1.220 0.020
DO4 C5 C4 single 1.510 0.020
DO4 H5 C5 single 1.077 0.020
DO4 C4 C3 single 1.524 0.020
DO4 H41 C4 single 1.092 0.020
DO4 H42 C4 single 1.092 0.020
DO4 C3 C2 single 1.510 0.020
DO4 H31 C3 single 1.092 0.020
DO4 H32 C3 single 1.092 0.020
DO4 O5 C2 double 1.220 0.020
DO4 C2 C1 single 1.460 0.020
DO4 O1 C1 deloc 1.250 0.020
DO4 C1 O2 deloc 1.250 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DO4 O2 C1 O1 123.000 3.000
DO4 O2 C1 C2 120.000 3.000
DO4 O1 C1 C2 120.000 3.000
DO4 C1 C2 O5 120.500 3.000
DO4 C1 C2 C3 120.000 3.000
DO4 O5 C2 C3 120.500 3.000
DO4 C2 C3 H31 109.470 3.000
DO4 C2 C3 H32 109.470 3.000
DO4 C2 C3 C4 109.470 3.000
DO4 H31 C3 H32 107.900 3.000
DO4 H31 C3 C4 109.470 3.000
DO4 H32 C3 C4 109.470 3.000
DO4 C3 C4 H41 109.470 3.000
DO4 C3 C4 H42 109.470 3.000
DO4 C3 C4 C5 109.470 3.000
DO4 H41 C4 H42 107.900 3.000
DO4 H41 C4 C5 109.470 3.000
DO4 H42 C4 C5 109.470 3.000
DO4 C4 C5 H5 120.000 3.000
DO4 C4 C5 O3 120.500 3.000
DO4 H5 C5 O3 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DO4 var_1 O2 C1 C2 C3 -179.987 20.000 1
DO4 var_2 C1 C2 C3 C4 179.998 20.000 3
DO4 var_3 C2 C3 C4 C5 -179.961 20.000 3
DO4 var_4 C3 C4 C5 O3 124.973 20.000 1
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DO4 plan-1 C5 0.020
DO4 plan-1 O3 0.020
DO4 plan-1 C4 0.020
DO4 plan-1 H5 0.020
DO4 plan-2 C2 0.020
DO4 plan-2 C3 0.020
DO4 plan-2 O5 0.020
DO4 plan-2 C1 0.020
DO4 plan-3 C1 0.020
DO4 plan-3 C2 0.020
DO4 plan-3 O1 0.020
DO4 plan-3 O2 0.020
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