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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DOP DOP 'DIOCTYLPHOSPHATE ' non-polymer 55 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DOP
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DOP O3 O OP -0.500 0.000 0.000 0.000
DOP P P P 0.000 -1.334 0.647 0.000
DOP O2 O OP -0.500 -1.168 2.121 0.000
DOP "O1'" O O2 0.000 -2.148 0.199 -1.314
DOP "C1'" C CH2 0.000 -1.379 0.623 -2.441
DOP "H1'1" H H 0.000 -0.397 0.147 -2.410
DOP "H1'2" H H 0.000 -1.258 1.708 -2.410
DOP "C2'" C CH2 0.000 -2.100 0.225 -3.730
DOP "H2'1" H H 0.000 -3.083 0.701 -3.758
DOP "H2'2" H H 0.000 -2.221 -0.860 -3.758
DOP "C3'" C CH2 0.000 -1.277 0.679 -4.937
DOP "H3'1" H H 0.000 -0.295 0.203 -4.906
DOP "H3'2" H H 0.000 -1.156 1.764 -4.906
DOP "C4'" C CH2 0.000 -1.998 0.281 -6.226
DOP "H4'1" H H 0.000 -2.981 0.756 -6.254
DOP "H4'2" H H 0.000 -2.118 -0.804 -6.254
DOP "C5'" C CH2 0.000 -1.175 0.736 -7.433
DOP "H5'1" H H 0.000 -0.193 0.260 -7.402
DOP "H5'2" H H 0.000 -1.055 1.820 -7.402
DOP "C6'" C CH2 0.000 -1.896 0.337 -8.722
DOP "H6'1" H H 0.000 -2.879 0.813 -8.750
DOP "H6'2" H H 0.000 -2.017 -0.747 -8.750
DOP "C7'" C CH2 0.000 -1.073 0.791 -9.928
DOP "H7'1" H H 0.000 -0.091 0.316 -9.897
DOP "H7'2" H H 0.000 -0.952 1.876 -9.897
DOP "C8'" C CH3 0.000 -1.794 0.393 -11.217
DOP "H8'3" H H 0.000 -1.912 -0.660 -11.249
DOP "H8'2" H H 0.000 -2.748 0.854 -11.249
DOP "H8'1" H H 0.000 -1.225 0.707 -12.055
DOP O1 O O2 0.000 -2.148 0.199 1.314
DOP C1 C CH2 0.000 -1.379 0.623 2.441
DOP H11 H H 0.000 -1.258 1.708 2.410
DOP H12 H H 0.000 -0.397 0.147 2.410
DOP C2 C CH2 0.000 -2.099 0.225 3.730
DOP H21 H H 0.000 -2.221 -0.859 3.758
DOP H22 H H 0.000 -3.082 0.701 3.758
DOP C3 C CH2 0.000 -1.276 0.679 4.937
DOP H31 H H 0.000 -1.155 1.764 4.906
DOP H32 H H 0.000 -0.294 0.204 4.906
DOP C4 C CH2 0.000 -1.997 0.281 6.226
DOP H41 H H 0.000 -2.118 -0.804 6.254
DOP H42 H H 0.000 -2.980 0.756 6.254
DOP C5 C CH2 0.000 -1.175 0.736 7.433
DOP H51 H H 0.000 -1.054 1.821 7.402
DOP H52 H H 0.000 -0.192 0.261 7.402
DOP C6 C CH2 0.000 -1.895 0.338 8.722
DOP H61 H H 0.000 -2.016 -0.747 8.750
DOP H62 H H 0.000 -2.878 0.814 8.750
DOP C7 C CH2 0.000 -1.072 0.792 9.928
DOP H71 H H 0.000 -0.951 1.877 9.897
DOP H72 H H 0.000 -0.090 0.316 9.897
DOP C8 C CH3 0.000 -1.793 0.394 11.218
DOP H83 H H 0.000 -2.748 0.854 11.250
DOP H82 H H 0.000 -1.911 -0.659 11.250
DOP H81 H H 0.000 -1.224 0.708 12.056
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DOP O3 n/a P START
DOP P O3 O1 .
DOP O2 P . .
DOP "O1'" P "C1'" .
DOP "C1'" "O1'" "C2'" .
DOP "H1'1" "C1'" . .
DOP "H1'2" "C1'" . .
DOP "C2'" "C1'" "C3'" .
DOP "H2'1" "C2'" . .
DOP "H2'2" "C2'" . .
DOP "C3'" "C2'" "C4'" .
DOP "H3'1" "C3'" . .
DOP "H3'2" "C3'" . .
DOP "C4'" "C3'" "C5'" .
DOP "H4'1" "C4'" . .
DOP "H4'2" "C4'" . .
DOP "C5'" "C4'" "C6'" .
DOP "H5'1" "C5'" . .
DOP "H5'2" "C5'" . .
DOP "C6'" "C5'" "C7'" .
DOP "H6'1" "C6'" . .
DOP "H6'2" "C6'" . .
DOP "C7'" "C6'" "C8'" .
DOP "H7'1" "C7'" . .
DOP "H7'2" "C7'" . .
DOP "C8'" "C7'" "H8'1" .
DOP "H8'3" "C8'" . .
DOP "H8'2" "C8'" . .
DOP "H8'1" "C8'" . .
DOP O1 P C1 .
DOP C1 O1 C2 .
DOP H11 C1 . .
DOP H12 C1 . .
DOP C2 C1 C3 .
DOP H21 C2 . .
DOP H22 C2 . .
DOP C3 C2 C4 .
DOP H31 C3 . .
DOP H32 C3 . .
DOP C4 C3 C5 .
DOP H41 C4 . .
DOP H42 C4 . .
DOP C5 C4 C6 .
DOP H51 C5 . .
DOP H52 C5 . .
DOP C6 C5 C7 .
DOP H61 C6 . .
DOP H62 C6 . .
DOP C7 C6 C8 .
DOP H71 C7 . .
DOP H72 C7 . .
DOP C8 C7 H81 .
DOP H83 C8 . .
DOP H82 C8 . .
DOP H81 C8 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DOP O1 P single 1.610 0.020
DOP "O1'" P single 1.610 0.020
DOP O2 P deloc 1.510 0.020
DOP P O3 deloc 1.510 0.020
DOP C1 O1 single 1.426 0.020
DOP "C1'" "O1'" single 1.426 0.020
DOP C2 C1 single 1.524 0.020
DOP H11 C1 single 1.092 0.020
DOP H12 C1 single 1.092 0.020
DOP C3 C2 single 1.524 0.020
DOP H21 C2 single 1.092 0.020
DOP H22 C2 single 1.092 0.020
DOP C4 C3 single 1.524 0.020
DOP H31 C3 single 1.092 0.020
DOP H32 C3 single 1.092 0.020
DOP C5 C4 single 1.524 0.020
DOP H41 C4 single 1.092 0.020
DOP H42 C4 single 1.092 0.020
DOP C6 C5 single 1.524 0.020
DOP H51 C5 single 1.092 0.020
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DOP C7 C6 single 1.524 0.020
DOP H61 C6 single 1.092 0.020
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DOP H81 C8 single 1.059 0.020
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DOP H83 C8 single 1.059 0.020
DOP "C2'" "C1'" single 1.524 0.020
DOP "H1'1" "C1'" single 1.092 0.020
DOP "H1'2" "C1'" single 1.092 0.020
DOP "C3'" "C2'" single 1.524 0.020
DOP "H2'1" "C2'" single 1.092 0.020
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DOP "C4'" "C3'" single 1.524 0.020
DOP "H3'1" "C3'" single 1.092 0.020
DOP "H3'2" "C3'" single 1.092 0.020
DOP "C5'" "C4'" single 1.524 0.020
DOP "H4'1" "C4'" single 1.092 0.020
DOP "H4'2" "C4'" single 1.092 0.020
DOP "C6'" "C5'" single 1.524 0.020
DOP "H5'1" "C5'" single 1.092 0.020
DOP "H5'2" "C5'" single 1.092 0.020
DOP "C7'" "C6'" single 1.524 0.020
DOP "H6'1" "C6'" single 1.092 0.020
DOP "H6'2" "C6'" single 1.092 0.020
DOP "C8'" "C7'" single 1.513 0.020
DOP "H7'1" "C7'" single 1.092 0.020
DOP "H7'2" "C7'" single 1.092 0.020
DOP "H8'1" "C8'" single 1.059 0.020
DOP "H8'2" "C8'" single 1.059 0.020
DOP "H8'3" "C8'" single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DOP O3 P O2 119.900 3.000
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DOP O3 P O1 108.200 3.000
DOP O2 P "O1'" 108.200 3.000
DOP O2 P O1 108.200 3.000
DOP "O1'" P O1 102.600 3.000
DOP P "O1'" "C1'" 120.500 3.000
DOP "O1'" "C1'" "H1'1" 109.470 3.000
DOP "O1'" "C1'" "H1'2" 109.470 3.000
DOP "O1'" "C1'" "C2'" 109.470 3.000
DOP "H1'1" "C1'" "H1'2" 107.900 3.000
DOP "H1'1" "C1'" "C2'" 109.470 3.000
DOP "H1'2" "C1'" "C2'" 109.470 3.000
DOP "C1'" "C2'" "H2'1" 109.470 3.000
DOP "C1'" "C2'" "H2'2" 109.470 3.000
DOP "C1'" "C2'" "C3'" 111.000 3.000
DOP "H2'1" "C2'" "H2'2" 107.900 3.000
DOP "H2'1" "C2'" "C3'" 109.470 3.000
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DOP "C2'" "C3'" "H3'1" 109.470 3.000
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DOP "C2'" "C3'" "C4'" 111.000 3.000
DOP "H3'1" "C3'" "H3'2" 107.900 3.000
DOP "H3'1" "C3'" "C4'" 109.470 3.000
DOP "H3'2" "C3'" "C4'" 109.470 3.000
DOP "C3'" "C4'" "H4'1" 109.470 3.000
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DOP "C3'" "C4'" "C5'" 111.000 3.000
DOP "H4'1" "C4'" "H4'2" 107.900 3.000
DOP "H4'1" "C4'" "C5'" 109.470 3.000
DOP "H4'2" "C4'" "C5'" 109.470 3.000
DOP "C4'" "C5'" "H5'1" 109.470 3.000
DOP "C4'" "C5'" "H5'2" 109.470 3.000
DOP "C4'" "C5'" "C6'" 111.000 3.000
DOP "H5'1" "C5'" "H5'2" 107.900 3.000
DOP "H5'1" "C5'" "C6'" 109.470 3.000
DOP "H5'2" "C5'" "C6'" 109.470 3.000
DOP "C5'" "C6'" "H6'1" 109.470 3.000
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DOP "C5'" "C6'" "C7'" 111.000 3.000
DOP "H6'1" "C6'" "H6'2" 107.900 3.000
DOP "H6'1" "C6'" "C7'" 109.470 3.000
DOP "H6'2" "C6'" "C7'" 109.470 3.000
DOP "C6'" "C7'" "H7'1" 109.470 3.000
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DOP "C6'" "C7'" "C8'" 111.000 3.000
DOP "H7'1" "C7'" "H7'2" 107.900 3.000
DOP "H7'1" "C7'" "C8'" 109.470 3.000
DOP "H7'2" "C7'" "C8'" 109.470 3.000
DOP "C7'" "C8'" "H8'3" 109.470 3.000
DOP "C7'" "C8'" "H8'2" 109.470 3.000
DOP "C7'" "C8'" "H8'1" 109.470 3.000
DOP "H8'3" "C8'" "H8'2" 109.470 3.000
DOP "H8'3" "C8'" "H8'1" 109.470 3.000
DOP "H8'2" "C8'" "H8'1" 109.470 3.000
DOP P O1 C1 120.500 3.000
DOP O1 C1 H11 109.470 3.000
DOP O1 C1 H12 109.470 3.000
DOP O1 C1 C2 109.470 3.000
DOP H11 C1 H12 107.900 3.000
DOP H11 C1 C2 109.470 3.000
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DOP C1 C2 H21 109.470 3.000
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DOP H21 C2 C3 109.470 3.000
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DOP C2 C3 H31 109.470 3.000
DOP C2 C3 H32 109.470 3.000
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