File: DOP.cif

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global_
_lib_name         ?
_lib_version      ?
_lib_update       ?
# ------------------------------------------------
#
# ---   LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DOP      DOP 'DIOCTYLPHOSPHATE                    ' non-polymer        55  21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DOP
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DOP           O3     O    OP       -0.500      0.000    0.000    0.000
 DOP           P      P    P         0.000     -1.334    0.647    0.000
 DOP           O2     O    OP       -0.500     -1.168    2.121    0.000
 DOP           "O1'"  O    O2        0.000     -2.148    0.199   -1.314
 DOP           "C1'"  C    CH2       0.000     -1.379    0.623   -2.441
 DOP           "H1'1" H    H         0.000     -0.397    0.147   -2.410
 DOP           "H1'2" H    H         0.000     -1.258    1.708   -2.410
 DOP           "C2'"  C    CH2       0.000     -2.100    0.225   -3.730
 DOP           "H2'1" H    H         0.000     -3.083    0.701   -3.758
 DOP           "H2'2" H    H         0.000     -2.221   -0.860   -3.758
 DOP           "C3'"  C    CH2       0.000     -1.277    0.679   -4.937
 DOP           "H3'1" H    H         0.000     -0.295    0.203   -4.906
 DOP           "H3'2" H    H         0.000     -1.156    1.764   -4.906
 DOP           "C4'"  C    CH2       0.000     -1.998    0.281   -6.226
 DOP           "H4'1" H    H         0.000     -2.981    0.756   -6.254
 DOP           "H4'2" H    H         0.000     -2.118   -0.804   -6.254
 DOP           "C5'"  C    CH2       0.000     -1.175    0.736   -7.433
 DOP           "H5'1" H    H         0.000     -0.193    0.260   -7.402
 DOP           "H5'2" H    H         0.000     -1.055    1.820   -7.402
 DOP           "C6'"  C    CH2       0.000     -1.896    0.337   -8.722
 DOP           "H6'1" H    H         0.000     -2.879    0.813   -8.750
 DOP           "H6'2" H    H         0.000     -2.017   -0.747   -8.750
 DOP           "C7'"  C    CH2       0.000     -1.073    0.791   -9.928
 DOP           "H7'1" H    H         0.000     -0.091    0.316   -9.897
 DOP           "H7'2" H    H         0.000     -0.952    1.876   -9.897
 DOP           "C8'"  C    CH3       0.000     -1.794    0.393  -11.217
 DOP           "H8'3" H    H         0.000     -1.912   -0.660  -11.249
 DOP           "H8'2" H    H         0.000     -2.748    0.854  -11.249
 DOP           "H8'1" H    H         0.000     -1.225    0.707  -12.055
 DOP           O1     O    O2        0.000     -2.148    0.199    1.314
 DOP           C1     C    CH2       0.000     -1.379    0.623    2.441
 DOP           H11    H    H         0.000     -1.258    1.708    2.410
 DOP           H12    H    H         0.000     -0.397    0.147    2.410
 DOP           C2     C    CH2       0.000     -2.099    0.225    3.730
 DOP           H21    H    H         0.000     -2.221   -0.859    3.758
 DOP           H22    H    H         0.000     -3.082    0.701    3.758
 DOP           C3     C    CH2       0.000     -1.276    0.679    4.937
 DOP           H31    H    H         0.000     -1.155    1.764    4.906
 DOP           H32    H    H         0.000     -0.294    0.204    4.906
 DOP           C4     C    CH2       0.000     -1.997    0.281    6.226
 DOP           H41    H    H         0.000     -2.118   -0.804    6.254
 DOP           H42    H    H         0.000     -2.980    0.756    6.254
 DOP           C5     C    CH2       0.000     -1.175    0.736    7.433
 DOP           H51    H    H         0.000     -1.054    1.821    7.402
 DOP           H52    H    H         0.000     -0.192    0.261    7.402
 DOP           C6     C    CH2       0.000     -1.895    0.338    8.722
 DOP           H61    H    H         0.000     -2.016   -0.747    8.750
 DOP           H62    H    H         0.000     -2.878    0.814    8.750
 DOP           C7     C    CH2       0.000     -1.072    0.792    9.928
 DOP           H71    H    H         0.000     -0.951    1.877    9.897
 DOP           H72    H    H         0.000     -0.090    0.316    9.897
 DOP           C8     C    CH3       0.000     -1.793    0.394   11.218
 DOP           H83    H    H         0.000     -2.748    0.854   11.250
 DOP           H82    H    H         0.000     -1.911   -0.659   11.250
 DOP           H81    H    H         0.000     -1.224    0.708   12.056
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
 DOP      O3     n/a    P      START
 DOP      P      O3     O1     .
 DOP      O2     P      .      .
 DOP      "O1'"  P      "C1'"  .
 DOP      "C1'"  "O1'"  "C2'"  .
 DOP      "H1'1" "C1'"  .      .
 DOP      "H1'2" "C1'"  .      .
 DOP      "C2'"  "C1'"  "C3'"  .
 DOP      "H2'1" "C2'"  .      .
 DOP      "H2'2" "C2'"  .      .
 DOP      "C3'"  "C2'"  "C4'"  .
 DOP      "H3'1" "C3'"  .      .
 DOP      "H3'2" "C3'"  .      .
 DOP      "C4'"  "C3'"  "C5'"  .
 DOP      "H4'1" "C4'"  .      .
 DOP      "H4'2" "C4'"  .      .
 DOP      "C5'"  "C4'"  "C6'"  .
 DOP      "H5'1" "C5'"  .      .
 DOP      "H5'2" "C5'"  .      .
 DOP      "C6'"  "C5'"  "C7'"  .
 DOP      "H6'1" "C6'"  .      .
 DOP      "H6'2" "C6'"  .      .
 DOP      "C7'"  "C6'"  "C8'"  .
 DOP      "H7'1" "C7'"  .      .
 DOP      "H7'2" "C7'"  .      .
 DOP      "C8'"  "C7'"  "H8'1" .
 DOP      "H8'3" "C8'"  .      .
 DOP      "H8'2" "C8'"  .      .
 DOP      "H8'1" "C8'"  .      .
 DOP      O1     P      C1     .
 DOP      C1     O1     C2     .
 DOP      H11    C1     .      .
 DOP      H12    C1     .      .
 DOP      C2     C1     C3     .
 DOP      H21    C2     .      .
 DOP      H22    C2     .      .
 DOP      C3     C2     C4     .
 DOP      H31    C3     .      .
 DOP      H32    C3     .      .
 DOP      C4     C3     C5     .
 DOP      H41    C4     .      .
 DOP      H42    C4     .      .
 DOP      C5     C4     C6     .
 DOP      H51    C5     .      .
 DOP      H52    C5     .      .
 DOP      C6     C5     C7     .
 DOP      H61    C6     .      .
 DOP      H62    C6     .      .
 DOP      C7     C6     C8     .
 DOP      H71    C7     .      .
 DOP      H72    C7     .      .
 DOP      C8     C7     H81    .
 DOP      H83    C8     .      .
 DOP      H82    C8     .      .
 DOP      H81    C8     .      END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
 DOP      O1     P         single      1.610    0.020
 DOP      "O1'"  P         single      1.610    0.020
 DOP      O2     P         deloc       1.510    0.020
 DOP      P      O3        deloc       1.510    0.020
 DOP      C1     O1        single      1.426    0.020
 DOP      "C1'"  "O1'"     single      1.426    0.020
 DOP      C2     C1        single      1.524    0.020
 DOP      H11    C1        single      1.092    0.020
 DOP      H12    C1        single      1.092    0.020
 DOP      C3     C2        single      1.524    0.020
 DOP      H21    C2        single      1.092    0.020
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