1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DPO DPO 'DIPHOSPHATE ' non-polymer 9 9 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DPO
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DPO O7 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
DPO P2 P P 0.000 -0.651 0.728 1.156
DPO O5 O OP -0.666 -0.737 2.205 0.836
DPO O6 O OP -0.666 0.176 0.530 2.407
DPO O4 O O2 0.000 -2.132 0.143 1.391
DPO P1 P P 0.000 -2.772 -0.109 -0.064
DPO O1 O OP -0.666 -1.917 -1.100 -0.825
DPO O2 O OP -0.666 -2.825 1.197 -0.825
DPO O3 O OP -0.666 -4.172 -0.663 0.089
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DPO O7 n/a P2 START
DPO P2 O7 O4 .
DPO O5 P2 . .
DPO O6 P2 . .
DPO O4 P2 P1 .
DPO P1 O4 O3 .
DPO O1 P1 . .
DPO O2 P1 . .
DPO O3 P1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DPO O1 P1 deloc 1.510 0.020
DPO O2 P1 deloc 1.510 0.020
DPO O3 P1 deloc 1.510 0.020
DPO P1 O4 single 1.610 0.020
DPO O4 P2 single 1.610 0.020
DPO O5 P2 deloc 1.510 0.020
DPO O6 P2 deloc 1.510 0.020
DPO P2 O7 deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DPO O7 P2 O5 119.900 3.000
DPO O7 P2 O6 119.900 3.000
DPO O7 P2 O4 108.200 3.000
DPO O5 P2 O6 119.900 3.000
DPO O5 P2 O4 108.200 3.000
DPO O6 P2 O4 108.200 3.000
DPO P2 O4 P1 120.500 3.000
DPO O4 P1 O1 108.200 3.000
DPO O4 P1 O2 108.200 3.000
DPO O4 P1 O3 108.200 3.000
DPO O1 P1 O2 119.900 3.000
DPO O1 P1 O3 119.900 3.000
DPO O2 P1 O3 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DPO var_1 O7 P2 O4 P1 -39.965 20.000 1
DPO var_2 P2 O4 P1 O3 180.000 20.000 1
# ------------------------------------------------------
|