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global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DU DU '2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE ' DNA 31 20 .
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DU
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DU P P P 0.000 -0.013 0.008 -0.112
DU OP3 O OP -0.660 -0.593 -1.082 0.768
DU OP1 O OP -0.660 1.185 -0.482 -0.894
DU "O5'" O O2 0.000 -1.156 0.320 -1.216
DU "C5'" C CH2 0.000 -2.364 0.936 -0.768
DU "H5'" H H 0.000 -2.105 1.906 -0.337
DU "H5''" H H 0.000 -2.797 0.299 0.007
DU "C4'" C CH1 0.000 -3.367 1.130 -1.879
DU "H4'" H H 0.000 -2.964 1.878 -2.577
DU "C3'" C CH1 0.000 -4.820 1.548 -1.504
DU "H3'" H H 0.000 -4.884 2.049 -0.528
DU "O3'" O OH1 0.000 -5.258 2.383 -2.596
DU "HO3'" H H 0.000 -6.189 2.619 -2.471
DU "C2'" C CH2 0.000 -5.619 0.216 -1.555
DU "H2' " H H 0.000 -6.616 0.359 -1.975
DU "H2''" H H 0.000 -5.703 -0.243 -0.567
DU "C1'" C CH1 0.000 -4.782 -0.716 -2.496
DU "H1'" H H 0.000 -5.232 -0.684 -3.498
DU "O4'" O O2 0.000 -3.460 -0.134 -2.577
DU N1 N NR6 0.000 -4.713 -2.128 -2.067
DU C6 C CR16 0.000 -3.671 -2.617 -1.407
DU H6 H H 0.000 -2.777 -2.015 -1.298
DU C5 C CR16 0.000 -3.712 -3.881 -0.857
DU H5 H H 0.000 -3.036 -4.149 -0.054
DU C4 C CR6 0.000 -4.612 -4.794 -1.331
DU N3 N NR16 0.000 -5.503 -4.366 -2.206
DU H3 H H 0.000 -6.193 -5.045 -2.587
DU C2 C CR6 0.000 -5.557 -3.101 -2.622
DU O2 O O 0.000 -6.491 -2.784 -3.389
DU O4 O O 0.000 -4.611 -5.980 -0.935
DU OP2 O OP -0.660 0.278 1.319 0.593
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DU "O5'" n/a "C5'" START
DU P "O5'" OP2 .
DU OP3 P . .
DU OP1 P . .
DU "C5'" "O5'" "C4'" .
DU "H5'" "C5'" . .
DU "H5''" "C5'" . .
DU "C4'" "C5'" "C3'" .
DU "H4'" "C4'" . .
DU "C3'" "C4'" "C2'" .
DU "H3'" "C3'" . .
DU "O3'" "C3'" "HO3'" .
DU "HO3'" "O3'" . .
DU "C2'" "C3'" "C1'" .
DU "H2' " "C2'" . .
DU "H2''" "C2'" . .
DU "C1'" "C2'" N1 .
DU "H1'" "C1'" . .
DU "O4'" "C1'" . .
DU N1 "C1'" C6 .
DU C6 N1 C5 .
DU H6 C6 . .
DU C5 C6 C4 .
DU H5 C5 . .
DU C4 C5 O4 .
DU N3 C4 C2 .
DU H3 N3 . .
DU C2 N3 O2 .
DU O2 C2 . .
DU OP2 P . .
DU O4 C4 . END
DU "C4'" "O4'" . ADD
DU N1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DU OP3 P deloc 1.485 0.017
DU OP1 P deloc 1.485 0.017
DU OP2 P deloc 1.485 0.017
DU "O5'" P single 1.593 0.010
DU "C5'" "O5'" single 1.440 0.016
DU "C4'" "C5'" single 1.511 0.008
DU "C4'" "O4'" single 1.446 0.011
DU "C3'" "C4'" single 1.528 0.010
DU "O4'" "C1'" single 1.420 0.013
DU "O3'" "C3'" single 1.431 0.013
DU "C2'" "C3'" single 1.518 0.010
DU "C1'" "C2'" single 1.521 0.014
DU N1 "C1'" single 1.469 0.009
DU N1 C2 single 1.381 0.009
DU C6 N1 single 1.375 0.009
DU O2 C2 double 1.219 0.009
DU C2 N3 single 1.373 0.007
DU N3 C4 single 1.380 0.009
DU O4 C4 double 1.232 0.008
DU C4 C5 single 1.431 0.009
DU C5 C6 double 1.337 0.009
DU "H5'" "C5'" single 1.092 0.020
DU "H5''" "C5'" single 1.092 0.020
DU "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
DU "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
DU "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
DU "H2' " "C2'" single 1.092 0.020
DU "H2''" "C2'" single 1.092 0.020
DU "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
DU H3 N3 single 1.040 0.020
DU H5 C5 single 1.083 0.020
DU H6 C6 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DU OP3 P OP1 107.400 3.200
DU OP3 P "O5'" 104.000 1.900
DU OP1 P "O5'" 108.100 2.900
DU OP3 P OP2 108.300 3.200
DU OP1 P OP2 119.600 1.500
DU "O5'" P OP2 108.300 2.700
DU P "O5'" "C5'" 120.900 1.600
DU "O5'" "C5'" "H5'" 109.470 3.000
DU "O5'" "C5'" "H5''" 109.470 3.000
DU "O5'" "C5'" "C4'" 110.200 1.400
DU "H5'" "C5'" "H5''" 107.900 3.000
DU "H5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DU "H5''" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DU "C5'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
DU "C5'" "C4'" "C3'" 114.700 1.500
DU "C5'" "C4'" "O4'" 109.400 1.600
DU "H4'" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
DU "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DU "C3'" "C4'" "O4'" 105.600 1.000
DU "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
DU "C4'" "C3'" "O3'" 110.300 2.200
DU "C4'" "C3'" "C2'" 103.200 1.000
DU "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
DU "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
DU "O3'" "C3'" "C2'" 110.600 2.700
DU "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
DU "C3'" "C2'" "H2' " 109.470 3.000
DU "C3'" "C2'" "H2''" 109.470 3.000
DU "C3'" "C2'" "C1'" 102.700 1.400
DU "H2' " "C2'" "H2''" 107.900 3.000
DU "H2' " "C2'" "C1'" 109.470 3.000
DU "H2''" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
DU "C2'" "C1'" "H1'" 108.340 3.000
DU "C2'" "C1'" "O4'" 106.100 1.100
DU "C2'" "C1'" N1 114.200 1.600
DU "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
DU "H1'" "C1'" N1 109.470 3.000
DU "O4'" "C1'" N1 107.800 0.800
DU "C1'" "O4'" "C4'" 109.700 1.400
DU "C1'" N1 C6 121.200 1.400
DU "C1'" N1 C2 117.700 1.200
DU C6 N1 C2 121.000 0.600
DU N1 C6 H6 120.000 3.000
DU N1 C6 C5 122.700 0.500
DU H6 C6 C5 120.000 3.000
DU C6 C5 H5 120.000 3.000
DU C6 C5 C4 119.700 0.600
DU H5 C5 C4 120.000 3.000
DU C5 C4 N3 114.600 0.600
DU C5 C4 O4 125.900 0.600
DU N3 C4 O4 119.400 0.700
DU C4 N3 H3 120.000 3.000
DU C4 N3 C2 127.000 0.600
DU H3 N3 C2 120.000 3.000
DU N3 C2 O2 122.200 0.700
DU N3 C2 N1 114.900 0.600
DU O2 C2 N1 122.800 0.700
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DU var_1 OP2 P "O5'" "C5'" -54.229 20.000 1
DU var_2 P "O5'" "C5'" "C4'" 179.971 20.000 1
DU var_3 "O5'" "C5'" "C4'" "C3'" 179.531 20.000 3
DU var_4 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 120.000 20.000 1
DU var_5 "C5'" "C4'" "C3'" "C2'" -90.000 20.000 3
DU var_6 "C4'" "C3'" "O3'" "HO3'" 175.000 20.000 1
DU var_7 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" -30.000 20.000 3
DU var_8 "C3'" "C2'" "C1'" N1 150.000 20.000 3
DU var_9 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" 0.000 20.000 1
DU var_10 "C2'" "C1'" N1 C6 -86.506 20.000 1
DU CONST_1 "C1'" N1 C2 N3 180.000 0.000 0
DU CONST_2 "C1'" N1 C6 C5 180.000 0.000 0
DU CONST_3 N1 C6 C5 C4 0.000 0.000 0
DU CONST_4 C6 C5 C4 O4 180.000 0.000 0
DU CONST_5 C5 C4 N3 C2 0.000 0.000 0
DU CONST_6 C4 N3 C2 O2 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DU chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
DU chir_02 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
DU chir_03 "C1'" "O4'" "C2'" N1 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DU plan-1 N1 0.020
DU plan-1 "C1'" 0.020
DU plan-1 C2 0.020
DU plan-1 C6 0.020
DU plan-1 N3 0.020
DU plan-1 C4 0.020
DU plan-1 C5 0.020
DU plan-1 O2 0.020
DU plan-1 H3 0.020
DU plan-1 O4 0.020
DU plan-1 H5 0.020
DU plan-1 H6 0.020
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
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