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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DUC DUC 'DIHYDROPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE ' non-polymer 14 8 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DUC
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DUC O4 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
DUC C4 C C 0.000 -1.043 -0.103 0.609
DUC N3 N NH1 0.000 -2.215 0.086 -0.025
DUC HN3 H H 0.000 -2.220 0.249 -1.022
DUC C5 C CH2 0.000 -1.028 -0.437 2.079
DUC H51 H H 0.000 -0.083 -0.109 2.519
DUC H52 H H 0.000 -1.133 -1.516 2.210
DUC C6 C CH2 0.000 -2.189 0.278 2.770
DUC H61 H H 0.000 -1.965 1.344 2.848
DUC H62 H H 0.000 -2.328 -0.137 3.770
DUC N1 N NH1 0.000 -3.413 0.092 1.988
DUC HN1 H H 0.000 -4.298 -0.013 2.464
DUC C2 C C 0.000 -3.376 0.059 0.647
DUC O2 O O 0.000 -4.419 0.007 0.026
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DUC O4 n/a C4 START
DUC C4 O4 C5 .
DUC N3 C4 HN3 .
DUC HN3 N3 . .
DUC C5 C4 C6 .
DUC H51 C5 . .
DUC H52 C5 . .
DUC C6 C5 N1 .
DUC H61 C6 . .
DUC H62 C6 . .
DUC N1 C6 C2 .
DUC HN1 N1 . .
DUC C2 N1 O2 .
DUC O2 C2 . END
DUC N3 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DUC N3 C2 single 1.330 0.020
DUC N3 C4 single 1.330 0.020
DUC HN3 N3 single 1.010 0.020
DUC O2 C2 double 1.220 0.020
DUC C2 N1 single 1.330 0.020
DUC N1 C6 single 1.450 0.020
DUC HN1 N1 single 1.010 0.020
DUC C6 C5 single 1.524 0.020
DUC H61 C6 single 1.092 0.020
DUC H62 C6 single 1.092 0.020
DUC C5 C4 single 1.510 0.020
DUC H51 C5 single 1.092 0.020
DUC H52 C5 single 1.092 0.020
DUC C4 O4 double 1.220 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DUC O4 C4 N3 123.000 3.000
DUC O4 C4 C5 120.500 3.000
DUC N3 C4 C5 116.500 3.000
DUC C4 N3 HN3 120.000 3.000
DUC C4 N3 C2 120.000 3.000
DUC HN3 N3 C2 120.000 3.000
DUC C4 C5 H51 109.470 3.000
DUC C4 C5 H52 109.470 3.000
DUC C4 C5 C6 109.470 3.000
DUC H51 C5 H52 107.900 3.000
DUC H51 C5 C6 109.470 3.000
DUC H52 C5 C6 109.470 3.000
DUC C5 C6 H61 109.470 3.000
DUC C5 C6 H62 109.470 3.000
DUC C5 C6 N1 112.000 3.000
DUC H61 C6 H62 107.900 3.000
DUC H61 C6 N1 109.470 3.000
DUC H62 C6 N1 109.470 3.000
DUC C6 N1 HN1 118.500 3.000
DUC C6 N1 C2 121.500 3.000
DUC HN1 N1 C2 120.000 3.000
DUC N1 C2 O2 123.000 3.000
DUC N1 C2 N3 120.000 3.000
DUC O2 C2 N3 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DUC CONST_1 O4 C4 N3 C2 180.000 0.000 0
DUC CONST_2 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0
DUC var_1 O4 C4 C5 C6 150.000 20.000 3
DUC var_2 C4 C5 C6 N1 60.000 20.000 3
DUC var_3 C5 C6 N1 C2 -30.000 20.000 3
DUC CONST_3 C6 N1 C2 O2 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DUC plan-1 N3 0.020
DUC plan-1 C2 0.020
DUC plan-1 C4 0.020
DUC plan-1 HN3 0.020
DUC plan-2 C2 0.020
DUC plan-2 N3 0.020
DUC plan-2 O2 0.020
DUC plan-2 N1 0.020
DUC plan-2 HN3 0.020
DUC plan-2 HN1 0.020
DUC plan-3 N1 0.020
DUC plan-3 C2 0.020
DUC plan-3 C6 0.020
DUC plan-3 HN1 0.020
DUC plan-4 C4 0.020
DUC plan-4 N3 0.020
DUC plan-4 C5 0.020
DUC plan-4 O4 0.020
DUC plan-4 HN3 0.020
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