1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DXC DXC '(3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROX' non-polymer 67 28 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DXC
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DXC O4 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
DXC C23 C C 0.000 -1.128 -0.540 0.014
DXC O3 O OC -0.500 -1.244 -1.738 0.356
DXC C22 C CH2 0.000 -2.347 0.252 -0.381
DXC H222 H H 0.000 -2.235 0.604 -1.409
DXC H221 H H 0.000 -2.456 1.110 0.286
DXC C21 C CH2 0.000 -3.588 -0.636 -0.278
DXC H212 H H 0.000 -3.699 -0.988 0.750
DXC H211 H H 0.000 -3.477 -1.494 -0.945
DXC C19 C CH1 0.000 -4.827 0.168 -0.679
DXC H19 H H 0.000 -4.937 1.030 -0.008
DXC C24 C CH3 0.000 -4.671 0.659 -2.119
DXC H241 H H 0.000 -5.528 1.216 -2.398
DXC H242 H H 0.000 -3.812 1.275 -2.191
DXC H243 H H 0.000 -4.564 -0.172 -2.767
DXC C17 C CH1 0.000 -6.068 -0.721 -0.576
DXC H17 H H 0.000 -5.966 -1.595 -1.234
DXC C16 C CH2 0.000 -6.282 -1.174 0.889
DXC H162 H H 0.000 -5.542 -0.720 1.551
DXC H161 H H 0.000 -6.226 -2.261 0.974
DXC C15 C CH2 0.000 -7.703 -0.694 1.293
DXC H152 H H 0.000 -7.693 0.278 1.790
DXC H151 H H 0.000 -8.228 -1.417 1.921
DXC C11 C CH1 0.000 -8.420 -0.572 -0.056
DXC H11 H H 0.000 -8.686 -1.567 -0.439
DXC C9 C CH1 0.000 -9.628 0.344 -0.082
DXC H9 H H 0.000 -9.333 1.355 0.233
DXC C8 C CH2 0.000 -10.721 -0.187 0.845
DXC H82 H H 0.000 -10.348 -0.209 1.871
DXC H81 H H 0.000 -10.998 -1.198 0.538
DXC C7 C CH2 0.000 -11.946 0.725 0.766
DXC H72 H H 0.000 -11.667 1.735 1.076
DXC H71 H H 0.000 -12.725 0.345 1.430
DXC C3 C CH1 0.000 -12.469 0.757 -0.671
DXC H3 H H 0.000 -13.347 1.416 -0.727
DXC C2 C CH2 0.000 -12.863 -0.656 -1.100
DXC H21 H H 0.000 -13.643 -1.033 -0.435
DXC H22 H H 0.000 -11.990 -1.310 -1.044
DXC C12 C CT 0.000 -7.318 0.072 -0.941
DXC C20 C CH3 0.000 -7.170 1.519 -0.467
DXC H201 H H 0.000 -6.951 1.532 0.569
DXC H202 H H 0.000 -6.383 1.988 -1.000
DXC H203 H H 0.000 -8.074 2.043 -0.643
DXC C13 C CH1 0.000 -7.784 0.050 -2.382
DXC H13 H H 0.000 -7.006 0.465 -3.038
DXC O1 O OH1 0.000 -8.046 -1.310 -2.726
DXC H1O1 H H 0.000 -8.372 -1.354 -3.635
DXC C14 C CH2 0.000 -9.074 0.879 -2.498
DXC H142 H H 0.000 -9.445 0.800 -3.522
DXC H141 H H 0.000 -8.837 1.921 -2.277
DXC C10 C CH1 0.000 -10.142 0.382 -1.529
DXC H10 H H 0.000 -10.435 -0.636 -1.822
DXC C4 C CT 0.000 -11.374 1.285 -1.601
DXC C18 C CH3 0.000 -10.975 2.698 -1.172
DXC H181 H H 0.000 -10.611 2.677 -0.177
DXC H182 H H 0.000 -10.217 3.063 -1.816
DXC H183 H H 0.000 -11.819 3.336 -1.224
DXC C5 C CH2 0.000 -11.900 1.317 -3.037
DXC H52 H H 0.000 -11.120 1.695 -3.701
DXC H51 H H 0.000 -12.771 1.972 -3.091
DXC C6 C CH2 0.000 -12.295 -0.097 -3.467
DXC H62 H H 0.000 -11.422 -0.750 -3.414
DXC H61 H H 0.000 -12.668 -0.073 -4.493
DXC C1 C CH1 0.000 -13.388 -0.626 -2.537
DXC H1 H H 0.000 -14.266 0.032 -2.592
DXC O2 O OH1 0.000 -13.756 -1.947 -2.938
DXC H2 H H 0.000 -14.087 -1.926 -3.847
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DXC O4 n/a C23 START
DXC C23 O4 C22 .
DXC O3 C23 . .
DXC C22 C23 C21 .
DXC H222 C22 . .
DXC H221 C22 . .
DXC C21 C22 C19 .
DXC H212 C21 . .
DXC H211 C21 . .
DXC C19 C21 C17 .
DXC H19 C19 . .
DXC C24 C19 H243 .
DXC H241 C24 . .
DXC H242 C24 . .
DXC H243 C24 . .
DXC C17 C19 C12 .
DXC H17 C17 . .
DXC C16 C17 C15 .
DXC H162 C16 . .
DXC H161 C16 . .
DXC C15 C16 C11 .
DXC H152 C15 . .
DXC H151 C15 . .
DXC C11 C15 C9 .
DXC H11 C11 . .
DXC C9 C11 C8 .
DXC H9 C9 . .
DXC C8 C9 C7 .
DXC H82 C8 . .
DXC H81 C8 . .
DXC C7 C8 C3 .
DXC H72 C7 . .
DXC H71 C7 . .
DXC C3 C7 C2 .
DXC H3 C3 . .
DXC C2 C3 H22 .
DXC H21 C2 . .
DXC H22 C2 . .
DXC C12 C17 C13 .
DXC C20 C12 H203 .
DXC H201 C20 . .
DXC H202 C20 . .
DXC H203 C20 . .
DXC C13 C12 C14 .
DXC H13 C13 . .
DXC O1 C13 H1O1 .
DXC H1O1 O1 . .
DXC C14 C13 C10 .
DXC H142 C14 . .
DXC H141 C14 . .
DXC C10 C14 C4 .
DXC H10 C10 . .
DXC C4 C10 C5 .
DXC C18 C4 H183 .
DXC H181 C18 . .
DXC H182 C18 . .
DXC H183 C18 . .
DXC C5 C4 C6 .
DXC H52 C5 . .
DXC H51 C5 . .
DXC C6 C5 C1 .
DXC H62 C6 . .
DXC H61 C6 . .
DXC C1 C6 O2 .
DXC H1 C1 . .
DXC O2 C1 H2 .
DXC H2 O2 . END
DXC C1 C2 . ADD
DXC C3 C4 . ADD
DXC C9 C10 . ADD
DXC C11 C12 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DXC C1 C2 single 1.524 0.020
DXC C1 C6 single 1.524 0.020
DXC O2 C1 single 1.432 0.020
DXC H1 C1 single 1.099 0.020
DXC C2 C3 single 1.524 0.020
DXC H22 C2 single 1.092 0.020
DXC H21 C2 single 1.092 0.020
DXC C3 C4 single 1.524 0.020
DXC C3 C7 single 1.524 0.020
DXC H3 C3 single 1.099 0.020
DXC C5 C4 single 1.524 0.020
DXC C4 C10 single 1.524 0.020
DXC C18 C4 single 1.524 0.020
DXC C6 C5 single 1.524 0.020
DXC H52 C5 single 1.092 0.020
DXC H51 C5 single 1.092 0.020
DXC H62 C6 single 1.092 0.020
DXC H61 C6 single 1.092 0.020
DXC C7 C8 single 1.524 0.020
DXC H72 C7 single 1.092 0.020
DXC H71 C7 single 1.092 0.020
DXC C8 C9 single 1.524 0.020
DXC H82 C8 single 1.092 0.020
DXC H81 C8 single 1.092 0.020
DXC C9 C10 single 1.524 0.020
DXC C9 C11 single 1.524 0.020
DXC H9 C9 single 1.099 0.020
DXC C10 C14 single 1.524 0.020
DXC H10 C10 single 1.099 0.020
DXC C11 C12 single 1.524 0.020
DXC C11 C15 single 1.524 0.020
DXC H11 C11 single 1.099 0.020
DXC C13 C12 single 1.524 0.020
DXC C12 C17 single 1.524 0.020
DXC C20 C12 single 1.524 0.020
DXC C14 C13 single 1.524 0.020
DXC O1 C13 single 1.432 0.020
DXC H13 C13 single 1.099 0.020
DXC H142 C14 single 1.092 0.020
DXC H141 C14 single 1.092 0.020
DXC C15 C16 single 1.524 0.020
DXC H152 C15 single 1.092 0.020
DXC H151 C15 single 1.092 0.020
DXC C16 C17 single 1.524 0.020
DXC H162 C16 single 1.092 0.020
DXC H161 C16 single 1.092 0.020
DXC C17 C19 single 1.524 0.020
DXC H17 C17 single 1.099 0.020
DXC H183 C18 single 1.059 0.020
DXC H182 C18 single 1.059 0.020
DXC H181 C18 single 1.059 0.020
DXC C19 C21 single 1.524 0.020
DXC C24 C19 single 1.524 0.020
DXC H19 C19 single 1.099 0.020
DXC H1O1 O1 single 0.967 0.020
DXC H2 O2 single 0.967 0.020
DXC H203 C20 single 1.059 0.020
DXC H202 C20 single 1.059 0.020
DXC H201 C20 single 1.059 0.020
DXC C21 C22 single 1.524 0.020
DXC H212 C21 single 1.092 0.020
DXC H211 C21 single 1.092 0.020
DXC C22 C23 single 1.510 0.020
DXC H222 C22 single 1.092 0.020
DXC H221 C22 single 1.092 0.020
DXC O3 C23 deloc 1.250 0.020
DXC C23 O4 deloc 1.250 0.020
DXC H243 C24 single 1.059 0.020
DXC H242 C24 single 1.059 0.020
DXC H241 C24 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DXC O4 C23 O3 123.000 3.000
DXC O4 C23 C22 118.500 3.000
DXC O3 C23 C22 118.500 3.000
DXC C23 C22 H222 109.470 3.000
DXC C23 C22 H221 109.470 3.000
DXC C23 C22 C21 109.470 3.000
DXC H222 C22 H221 107.900 3.000
DXC H222 C22 C21 109.470 3.000
DXC H221 C22 C21 109.470 3.000
DXC C22 C21 H212 109.470 3.000
DXC C22 C21 H211 109.470 3.000
DXC C22 C21 C19 111.000 3.000
DXC H212 C21 H211 107.900 3.000
DXC H212 C21 C19 109.470 3.000
DXC H211 C21 C19 109.470 3.000
DXC C21 C19 H19 108.340 3.000
DXC C21 C19 C24 111.000 3.000
DXC C21 C19 C17 111.000 3.000
DXC H19 C19 C24 108.340 3.000
DXC H19 C19 C17 108.340 3.000
DXC C24 C19 C17 111.000 3.000
DXC C19 C24 H241 109.470 3.000
DXC C19 C24 H242 109.470 3.000
DXC C19 C24 H243 109.470 3.000
DXC H241 C24 H242 109.470 3.000
DXC H241 C24 H243 109.470 3.000
DXC H242 C24 H243 109.470 3.000
DXC C19 C17 H17 108.340 3.000
DXC C19 C17 C16 111.000 3.000
DXC C19 C17 C12 111.000 3.000
DXC H17 C17 C16 108.340 3.000
DXC H17 C17 C12 108.340 3.000
DXC C16 C17 C12 111.000 3.000
DXC C17 C16 H162 109.470 3.000
DXC C17 C16 H161 109.470 3.000
DXC C17 C16 C15 111.000 3.000
DXC H162 C16 H161 107.900 3.000
DXC H162 C16 C15 109.470 3.000
DXC H161 C16 C15 109.470 3.000
DXC C16 C15 H152 109.470 3.000
DXC C16 C15 H151 109.470 3.000
DXC C16 C15 C11 111.000 3.000
DXC H152 C15 H151 107.900 3.000
DXC H152 C15 C11 109.470 3.000
DXC H151 C15 C11 109.470 3.000
DXC C15 C11 H11 108.340 3.000
DXC C15 C11 C9 111.000 3.000
DXC C15 C11 C12 111.000 3.000
DXC H11 C11 C9 108.340 3.000
DXC H11 C11 C12 108.340 3.000
DXC C9 C11 C12 111.000 3.000
DXC C11 C9 H9 108.340 3.000
DXC C11 C9 C8 111.000 3.000
DXC C11 C9 C10 111.000 3.000
DXC H9 C9 C8 108.340 3.000
DXC H9 C9 C10 108.340 3.000
DXC C8 C9 C10 111.000 3.000
DXC C9 C8 H82 109.470 3.000
DXC C9 C8 H81 109.470 3.000
DXC C9 C8 C7 111.000 3.000
DXC H82 C8 H81 107.900 3.000
DXC H82 C8 C7 109.470 3.000
DXC H81 C8 C7 109.470 3.000
DXC C8 C7 H72 109.470 3.000
DXC C8 C7 H71 109.470 3.000
DXC C8 C7 C3 111.000 3.000
DXC H72 C7 H71 107.900 3.000
DXC H72 C7 C3 109.470 3.000
DXC H71 C7 C3 109.470 3.000
DXC C7 C3 H3 108.340 3.000
DXC C7 C3 C2 109.470 3.000
DXC C7 C3 C4 111.000 3.000
DXC H3 C3 C2 108.340 3.000
DXC H3 C3 C4 108.340 3.000
DXC C2 C3 C4 111.000 3.000
DXC C3 C2 H21 109.470 3.000
DXC C3 C2 H22 109.470 3.000
DXC C3 C2 C1 111.000 3.000
DXC H21 C2 H22 107.900 3.000
DXC H21 C2 C1 109.470 3.000
DXC H22 C2 C1 109.470 3.000
DXC C17 C12 C20 111.000 3.000
DXC C17 C12 C13 111.000 3.000
DXC C17 C12 C11 111.000 3.000
DXC C20 C12 C13 111.000 3.000
DXC C20 C12 C11 111.000 3.000
DXC C13 C12 C11 111.000 3.000
DXC C12 C20 H201 109.470 3.000
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DXC H201 C20 H202 109.470 3.000
DXC H201 C20 H203 109.470 3.000
DXC H202 C20 H203 109.470 3.000
DXC C12 C13 H13 108.340 3.000
DXC C12 C13 O1 109.470 3.000
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DXC H13 C13 C14 108.340 3.000
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DXC C13 O1 H1O1 109.470 3.000
DXC C13 C14 H142 109.470 3.000
DXC C13 C14 H141 109.470 3.000
DXC C13 C14 C10 111.000 3.000
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DXC H142 C14 C10 109.470 3.000
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DXC C14 C10 C9 111.000 3.000
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DXC H10 C10 C9 108.340 3.000
DXC C4 C10 C9 111.000 3.000
DXC C10 C4 C18 111.000 3.000
DXC C10 C4 C5 111.000 3.000
DXC C10 C4 C3 111.000 3.000
DXC C18 C4 C5 111.000 3.000
DXC C18 C4 C3 111.000 3.000
DXC C5 C4 C3 111.000 3.000
DXC C4 C18 H181 109.470 3.000
DXC C4 C18 H182 109.470 3.000
DXC C4 C18 H183 109.470 3.000
DXC H181 C18 H182 109.470 3.000
DXC H181 C18 H183 109.470 3.000
DXC H182 C18 H183 109.470 3.000
DXC C4 C5 H52 109.470 3.000
DXC C4 C5 H51 109.470 3.000
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DXC H52 C5 H51 107.900 3.000
DXC H52 C5 C6 109.470 3.000
DXC H51 C5 C6 109.470 3.000
DXC C5 C6 H62 109.470 3.000
DXC C5 C6 H61 109.470 3.000
DXC C5 C6 C1 111.000 3.000
DXC H62 C6 H61 107.900 3.000
DXC H62 C6 C1 109.470 3.000
DXC H61 C6 C1 109.470 3.000
DXC C6 C1 H1 108.340 3.000
DXC C6 C1 O2 109.470 3.000
DXC C6 C1 C2 109.470 3.000
DXC H1 C1 O2 109.470 3.000
DXC H1 C1 C2 108.340 3.000
DXC O2 C1 C2 109.470 3.000
DXC C1 O2 H2 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DXC var_1 O4 C23 C22 C21 179.980 20.000 3
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DXC var_4 C21 C19 C24 H243 60.001 20.000 3
DXC var_5 C21 C19 C17 C12 178.673 20.000 3
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DXC var_8 C16 C15 C11 C9 -150.000 20.000 3
DXC var_9 C15 C11 C12 C17 30.000 20.000 1
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DXC var_17 C19 C17 C12 C13 90.000 20.000 1
DXC var_18 C17 C12 C20 H203 -174.848 20.000 1
DXC var_19 C17 C12 C13 C14 180.000 20.000 1
DXC var_20 C12 C13 O1 H1O1 178.235 20.000 1
DXC var_21 C12 C13 C14 C10 -60.000 20.000 3
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DXC var_23 C14 C10 C4 C5 60.000 20.000 1
DXC var_24 C10 C4 C18 H183 179.573 20.000 1
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DXC var_26 C4 C5 C6 C1 60.000 20.000 3
DXC var_27 C5 C6 C1 O2 180.000 20.000 3
DXC var_28 C6 C1 C2 C3 60.000 20.000 3
DXC var_29 C6 C1 O2 H2 -59.943 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DXC chir_01 C1 C2 C6 O2 negativ
DXC chir_02 C3 C2 C4 C7 positiv
DXC chir_03 C4 C3 C5 C10 positiv
DXC chir_04 C9 C8 C10 C11 positiv
DXC chir_05 C10 C4 C9 C14 positiv
DXC chir_06 C11 C9 C12 C15 negativ
DXC chir_07 C12 C11 C13 C17 positiv
DXC chir_08 C13 C12 C14 O1 positiv
DXC chir_09 C17 C12 C16 C19 positiv
DXC chir_10 C19 C17 C21 C24 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DXC plan-1 C23 0.020
DXC plan-1 C22 0.000
DXC plan-1 O3 0.000
DXC plan-1 O4 0.000
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