1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
G16 G16 'ALPHA-D-GLUCOSE 1,6-BISPHOSPHATE ' pyranose 30 20 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_G16
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
G16 C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
G16 H1 H H 0.000 0.617 -0.655 -0.631
G16 O1 O O2 0.000 -0.174 -0.604 1.282
G16 "P'" P P 0.000 -0.127 -2.197 1.056
G16 O1X O OP -0.666 -0.183 -2.899 2.395
G16 O2X O OP -0.666 -1.309 -2.624 0.214
G16 O3X O OP -0.666 1.158 -2.568 0.347
G16 O5 O O2 0.000 -1.274 0.187 -0.614
G16 C5 C CH1 0.000 -2.101 0.887 0.314
G16 H5 H H 0.000 -2.094 0.361 1.279
G16 C6 C CH2 0.000 -3.532 0.942 -0.224
G16 H61 H H 0.000 -3.528 1.388 -1.221
G16 H62 H H 0.000 -4.148 1.549 0.443
G16 O6 O O2 0.000 -4.066 -0.382 -0.294
G16 P P P 0.000 -5.566 -0.248 -0.866
G16 O3P O OP -0.666 -6.418 0.509 0.129
G16 O2P O OP -0.666 -6.147 -1.628 -1.082
G16 O1P O OP -0.666 -5.540 0.500 -2.181
G16 C4 C CH1 0.000 -1.574 2.311 0.507
G16 H4 H H 0.000 -1.559 2.831 -0.461
G16 O4 O OH1 0.000 -2.421 3.017 1.416
G16 HO4 H H 0.000 -2.083 3.913 1.541
G16 C3 C CH1 0.000 -0.152 2.245 1.076
G16 H3 H H 0.000 -0.180 1.823 2.090
G16 O3 O OH1 0.000 0.408 3.558 1.118
G16 HO3 H H 0.000 1.306 3.513 1.474
G16 C2 C CH1 0.000 0.701 1.351 0.170
G16 H2 H H 0.000 0.819 1.829 -0.812
G16 O2 O OH1 0.000 1.987 1.150 0.759
G16 HO2 H H 0.000 2.519 0.582 0.186
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
G16 C1 n/a O5 START
G16 H1 C1 . .
G16 O1 C1 "P'" .
G16 "P'" O1 O3X .
G16 O1X "P'" . .
G16 O2X "P'" . .
G16 O3X "P'" . .
G16 O5 C1 . END
G16 C5 O5 C4 .
G16 H5 C5 . .
G16 C6 C5 O6 .
G16 H61 C6 . .
G16 H62 C6 . .
G16 O6 C6 P .
G16 P O6 O1P .
G16 O3P P . .
G16 O2P P . .
G16 O1P P . .
G16 C4 C5 C3 .
G16 H4 C4 . .
G16 O4 C4 HO4 .
G16 HO4 O4 . .
G16 C3 C4 C2 .
G16 H3 C3 . .
G16 O3 C3 HO3 .
G16 HO3 O3 . .
G16 C2 C3 O2 .
G16 H2 C2 . .
G16 O2 C2 HO2 .
G16 HO2 O2 . .
G16 C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
G16 C1 C2 single 1.524 0.020
G16 O1 C1 single 1.426 0.020
G16 O5 C1 single 1.426 0.020
G16 H1 C1 single 1.099 0.020
G16 C2 C3 single 1.524 0.020
G16 O2 C2 single 1.432 0.020
G16 H2 C2 single 1.099 0.020
G16 C3 C4 single 1.524 0.020
G16 O3 C3 single 1.432 0.020
G16 H3 C3 single 1.099 0.020
G16 C4 C5 single 1.524 0.020
G16 O4 C4 single 1.432 0.020
G16 H4 C4 single 1.099 0.020
G16 C6 C5 single 1.524 0.020
G16 C5 O5 single 1.426 0.020
G16 H5 C5 single 1.099 0.020
G16 O6 C6 single 1.426 0.020
G16 H61 C6 single 1.092 0.020
G16 H62 C6 single 1.092 0.020
G16 "P'" O1 single 1.610 0.020
G16 HO2 O2 single 0.967 0.020
G16 HO3 O3 single 0.967 0.020
G16 HO4 O4 single 0.967 0.020
G16 P O6 single 1.610 0.020
G16 O1P P deloc 1.510 0.020
G16 O2P P deloc 1.510 0.020
G16 O3P P deloc 1.510 0.020
G16 O1X "P'" deloc 1.510 0.020
G16 O2X "P'" deloc 1.510 0.020
G16 O3X "P'" deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
G16 H1 C1 O1 109.470 3.000
G16 H1 C1 O5 109.470 3.000
G16 O1 C1 O5 109.470 3.000
G16 H1 C1 C2 108.340 3.000
G16 O1 C1 C2 109.470 3.000
G16 O5 C1 C2 109.470 3.000
G16 C1 O1 "P'" 120.500 3.000
G16 O1 "P'" O1X 108.200 3.000
G16 O1 "P'" O2X 108.200 3.000
G16 O1 "P'" O3X 108.200 3.000
G16 O1X "P'" O2X 119.900 3.000
G16 O1X "P'" O3X 119.900 3.000
G16 O2X "P'" O3X 119.900 3.000
G16 C1 O5 C5 111.800 3.000
G16 O5 C5 H5 109.470 3.000
G16 O5 C5 C6 109.470 3.000
G16 O5 C5 C4 109.470 3.000
G16 H5 C5 C6 108.340 3.000
G16 H5 C5 C4 108.340 3.000
G16 C6 C5 C4 111.000 3.000
G16 C5 C6 H61 109.470 3.000
G16 C5 C6 H62 109.470 3.000
G16 C5 C6 O6 109.470 3.000
G16 H61 C6 H62 107.900 3.000
G16 H61 C6 O6 109.470 3.000
G16 H62 C6 O6 109.470 3.000
G16 C6 O6 P 120.500 3.000
G16 O6 P O3P 108.200 3.000
G16 O6 P O2P 108.200 3.000
G16 O6 P O1P 108.200 3.000
G16 O3P P O2P 119.900 3.000
G16 O3P P O1P 119.900 3.000
G16 O2P P O1P 119.900 3.000
G16 C5 C4 H4 108.340 3.000
G16 C5 C4 O4 109.470 3.000
G16 C5 C4 C3 111.000 3.000
G16 H4 C4 O4 109.470 3.000
G16 H4 C4 C3 108.340 3.000
G16 O4 C4 C3 109.470 3.000
G16 C4 O4 HO4 109.470 3.000
G16 C4 C3 H3 108.340 3.000
G16 C4 C3 O3 109.470 3.000
G16 C4 C3 C2 111.000 3.000
G16 H3 C3 O3 109.470 3.000
G16 H3 C3 C2 108.340 3.000
G16 O3 C3 C2 109.470 3.000
G16 C3 O3 HO3 109.470 3.000
G16 C3 C2 H2 108.340 3.000
G16 C3 C2 O2 109.470 3.000
G16 C3 C2 C1 111.000 3.000
G16 H2 C2 O2 109.470 3.000
G16 H2 C2 C1 108.340 3.000
G16 O2 C2 C1 109.470 3.000
G16 C2 O2 HO2 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
G16 var_1 O5 C1 O1 "P'" 89.978 20.000 1
G16 var_2 C1 O1 "P'" O3X 55.059 20.000 1
G16 var_3 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
G16 var_4 O5 C5 C6 O6 64.692 20.000 3
G16 var_5 C5 C6 O6 P 179.988 20.000 1
G16 var_6 C6 O6 P O1P 54.988 20.000 1
G16 var_7 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
G16 var_8 C5 C4 O4 HO4 179.598 20.000 1
G16 var_9 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
G16 var_10 C4 C3 O3 HO3 -179.731 20.000 1
G16 var_11 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
G16 var_12 C3 C2 C1 O5 60.000 20.000 3
G16 var_13 C3 C2 O2 HO2 179.718 20.000 1
G16 var_1 C5 O5 C1 C2 -60.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
G16 chir_01 C1 C2 O1 O5 negativ
G16 chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
G16 chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
G16 chir_04 C4 C3 C5 O4 negativ
G16 chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
# ------------------------------------------------------
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