1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
G2M G2M '"2'-deoxy-5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hyd' non-polymer 54 33 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_G2M
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
G2M O3G O O 0.000 0.000 0.000 0.000
G2M PG P P 0.000 -0.264 -0.512 1.363
G2M O1G O OH1 0.000 0.368 0.495 2.448
G2M H20 H H 0.000 1.319 0.674 2.445
G2M O2G O OH1 0.000 0.406 -1.967 1.529
G2M H22 H H 0.000 0.325 -2.444 2.366
G2M C3B C CT 0.000 -2.064 -0.638 1.628
G2M C3B2 C CH3 0.000 -2.683 0.760 1.593
G2M HC3C H H 0.000 -2.255 1.356 2.357
G2M HC3A H H 0.000 -2.496 1.208 0.651
G2M HC3B H H 0.000 -3.729 0.688 1.747
G2M C3B3 C CH3 0.000 -2.336 -1.283 2.987
G2M HC3F H H 0.000 -1.908 -0.689 3.753
G2M HC3E H H 0.000 -3.382 -1.356 3.141
G2M HC3D H H 0.000 -1.908 -2.252 3.012
G2M PB P P 0.000 -2.800 -1.661 0.310
G2M O2B O O 0.000 -2.118 -2.973 0.264
G2M O1B O OH1 0.000 -2.629 -0.917 -1.107
G2M H19 H H 0.000 -3.019 -0.043 -1.245
G2M O3A O O2 0.000 -4.366 -1.881 0.615
G2M PA P P 0.000 -5.552 -2.667 -0.137
G2M O1A O OP -0.500 -5.427 -2.468 -1.602
G2M O2A O OP -0.500 -5.462 -4.114 0.173
G2M "O5'" O O2 0.000 -6.974 -2.099 0.361
G2M "C5'" C CH2 0.000 -8.220 -2.521 -0.199
G2M "H5'" H H 0.000 -8.336 -3.597 -0.058
G2M "H5'A" H H 0.000 -8.236 -2.290 -1.266
G2M "C4'" C CH1 0.000 -9.367 -1.787 0.500
G2M "H4'" H H 0.000 -9.285 -1.891 1.591
G2M "C3'" C CH1 0.000 -10.736 -2.315 0.003
G2M "H3'" H H 0.000 -10.702 -2.542 -1.072
G2M "O3'" O OH1 0.000 -11.144 -3.462 0.753
G2M "HO3'" H H 0.000 -12.038 -3.717 0.489
G2M "C2'" C CH2 0.000 -11.669 -1.112 0.283
G2M "H2'A" H H 0.000 -12.211 -1.223 1.224
G2M "H2'" H H 0.000 -12.382 -0.949 -0.528
G2M "O4'" O O2 0.000 -9.385 -0.394 0.122
G2M "C1'" C CH1 0.000 -10.712 0.093 0.378
G2M "H1'" H H 0.000 -10.763 0.532 1.384
G2M N9 N NR5 0.000 -11.077 1.098 -0.624
G2M C4 C CR56 0.000 -12.025 2.076 -0.483
G2M N3 N NRD6 0.000 -12.862 2.428 0.499
G2M C2 C CR6 0.000 -13.690 3.439 0.357
G2M N2 N NH2 0.000 -14.530 3.764 1.392
G2M HN2A H H 0.000 -14.510 3.231 2.253
G2M HN2 H H 0.000 -15.175 4.540 1.302
G2M C8 C CR15 0.000 -10.532 1.231 -1.868
G2M H8 H H 0.000 -9.751 0.602 -2.277
G2M N7 N NRD5 0.000 -11.092 2.227 -2.490
G2M C5 C CR56 0.000 -12.025 2.792 -1.685
G2M C6 C CR6 0.000 -12.920 3.878 -1.826
G2M O6 O O 0.000 -12.954 4.530 -2.855
G2M N1 N NR16 0.000 -13.736 4.175 -0.790
G2M HN1 H H 0.000 -14.403 4.969 -0.869
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
G2M O3G n/a PG START
G2M PG O3G C3B .
G2M O1G PG H20 .
G2M H20 O1G . .
G2M O2G PG H22 .
G2M H22 O2G . .
G2M C3B PG PB .
G2M C3B2 C3B HC3B .
G2M HC3C C3B2 . .
G2M HC3A C3B2 . .
G2M HC3B C3B2 . .
G2M C3B3 C3B HC3D .
G2M HC3F C3B3 . .
G2M HC3E C3B3 . .
G2M HC3D C3B3 . .
G2M PB C3B O3A .
G2M O2B PB . .
G2M O1B PB H19 .
G2M H19 O1B . .
G2M O3A PB PA .
G2M PA O3A "O5'" .
G2M O1A PA . .
G2M O2A PA . .
G2M "O5'" PA "C5'" .
G2M "C5'" "O5'" "C4'" .
G2M "H5'" "C5'" . .
G2M "H5'A" "C5'" . .
G2M "C4'" "C5'" "O4'" .
G2M "H4'" "C4'" . .
G2M "C3'" "C4'" "C2'" .
G2M "H3'" "C3'" . .
G2M "O3'" "C3'" "HO3'" .
G2M "HO3'" "O3'" . .
G2M "C2'" "C3'" "H2'" .
G2M "H2'A" "C2'" . .
G2M "H2'" "C2'" . .
G2M "O4'" "C4'" "C1'" .
G2M "C1'" "O4'" N9 .
G2M "H1'" "C1'" . .
G2M N9 "C1'" C8 .
G2M C4 N9 N3 .
G2M N3 C4 C2 .
G2M C2 N3 N2 .
G2M N2 C2 HN2 .
G2M HN2A N2 . .
G2M HN2 N2 . .
G2M C8 N9 N7 .
G2M H8 C8 . .
G2M N7 C8 C5 .
G2M C5 N7 C6 .
G2M C6 C5 N1 .
G2M O6 C6 . .
G2M N1 C6 HN1 .
G2M HN1 N1 . END
G2M N1 C2 . ADD
G2M C4 C5 . ADD
G2M "C1'" "C2'" . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
G2M N1 C2 single 1.337 0.020
G2M N1 C6 single 1.337 0.020
G2M HN1 N1 single 1.040 0.020
G2M N2 C2 single 1.355 0.020
G2M C2 N3 double 1.350 0.020
G2M HN2 N2 single 1.010 0.020
G2M HN2A N2 single 1.010 0.020
G2M N3 C4 single 1.355 0.020
G2M C4 C5 double 1.490 0.020
G2M C4 N9 single 1.337 0.020
G2M C6 C5 single 1.490 0.020
G2M C5 N7 single 1.350 0.020
G2M O6 C6 double 1.250 0.020
G2M N7 C8 double 1.350 0.020
G2M C8 N9 single 1.337 0.020
G2M H8 C8 single 1.083 0.020
G2M N9 "C1'" single 1.485 0.020
G2M O1A PA deloc 1.510 0.020
G2M O2A PA deloc 1.510 0.020
G2M PA O3A single 1.610 0.020
G2M "O5'" PA single 1.610 0.020
G2M O1B PB single 1.610 0.020
G2M O2B PB double 1.480 0.020
G2M O3A PB single 1.610 0.020
G2M PB C3B single 1.812 0.020
G2M O1G PG single 1.610 0.020
G2M O2G PG single 1.610 0.020
G2M C3B PG single 1.812 0.020
G2M PG O3G double 1.480 0.020
G2M "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
G2M "C1'" "O4'" single 1.426 0.020
G2M "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
G2M "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
G2M "H2'" "C2'" single 1.092 0.020
G2M "H2'A" "C2'" single 1.092 0.020
G2M "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
G2M "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
G2M "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
G2M "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
G2M C3B2 C3B single 1.524 0.020
G2M C3B3 C3B single 1.524 0.020
G2M HC3B C3B2 single 1.059 0.020
G2M HC3A C3B2 single 1.059 0.020
G2M HC3C C3B2 single 1.059 0.020
G2M HC3D C3B3 single 1.059 0.020
G2M HC3E C3B3 single 1.059 0.020
G2M HC3F C3B3 single 1.059 0.020
G2M "O4'" "C4'" single 1.426 0.020
G2M "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
G2M "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
G2M "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
G2M "H5'" "C5'" single 1.092 0.020
G2M "H5'A" "C5'" single 1.092 0.020
G2M H19 O1B single 0.967 0.020
G2M H20 O1G single 0.967 0.020
G2M H22 O2G single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
G2M O3G PG O1G 109.500 3.000
G2M O3G PG O2G 109.500 3.000
G2M O3G PG C3B 109.500 3.000
G2M O1G PG O2G 109.500 3.000
G2M O1G PG C3B 109.500 3.000
G2M O2G PG C3B 109.500 3.000
G2M PG O1G H20 120.000 3.000
G2M PG O2G H22 120.000 3.000
G2M PG C3B C3B2 109.500 3.000
G2M PG C3B C3B3 109.500 3.000
G2M PG C3B PB 109.500 3.000
G2M C3B2 C3B C3B3 111.000 3.000
G2M C3B2 C3B PB 109.500 3.000
G2M C3B3 C3B PB 109.500 3.000
G2M C3B C3B2 HC3C 109.470 3.000
G2M C3B C3B2 HC3A 109.470 3.000
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G2M HC3C C3B2 HC3A 109.470 3.000
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G2M C3B C3B3 HC3F 109.470 3.000
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G2M C3B C3B3 HC3D 109.470 3.000
G2M HC3F C3B3 HC3E 109.470 3.000
G2M HC3F C3B3 HC3D 109.470 3.000
G2M HC3E C3B3 HC3D 109.470 3.000
G2M C3B PB O2B 109.500 3.000
G2M C3B PB O1B 109.500 3.000
G2M C3B PB O3A 109.500 3.000
G2M O2B PB O1B 109.500 3.000
G2M O2B PB O3A 109.500 3.000
G2M O1B PB O3A 109.500 3.000
G2M PB O1B H19 120.000 3.000
G2M PB O3A PA 120.500 3.000
G2M O3A PA O1A 108.200 3.000
G2M O3A PA O2A 108.200 3.000
G2M O3A PA "O5'" 102.600 3.000
G2M O1A PA O2A 119.900 3.000
G2M O1A PA "O5'" 108.200 3.000
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G2M PA "O5'" "C5'" 120.500 3.000
G2M "O5'" "C5'" "H5'" 109.470 3.000
G2M "O5'" "C5'" "H5'A" 109.470 3.000
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G2M "H5'" "C5'" "H5'A" 107.900 3.000
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G2M "C5'" "C4'" "C3'" 111.000 3.000
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G2M "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
G2M "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
G2M "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
G2M "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
G2M "O3'" "C3'" "C2'" 109.470 3.000
G2M "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
G2M "C3'" "C2'" "H2'A" 109.470 3.000
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G2M "O4'" "C1'" "H1'" 109.470 3.000
G2M "O4'" "C1'" N9 109.470 3.000
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G2M "H1'" "C1'" "C2'" 108.340 3.000
G2M N9 "C1'" "C2'" 109.470 3.000
G2M "C1'" N9 C4 126.000 3.000
G2M "C1'" N9 C8 126.000 3.000
G2M C4 N9 C8 108.000 3.000
G2M N9 C4 N3 132.000 3.000
G2M N9 C4 C5 108.000 3.000
G2M N3 C4 C5 120.000 3.000
G2M C4 N3 C2 120.000 3.000
G2M N3 C2 N2 120.000 3.000
G2M N3 C2 N1 120.000 3.000
G2M N2 C2 N1 120.000 3.000
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G2M C2 N2 HN2 120.000 3.000
G2M HN2A N2 HN2 120.000 3.000
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G2M HN1 N1 C2 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
G2M var_1 O3G PG O1G H20 -60.012 20.000 1
G2M var_2 O3G PG O2G H22 179.996 20.000 1
G2M var_3 O3G PG C3B PB 54.984 20.000 1
G2M var_4 PG C3B C3B2 HC3B -179.962 20.000 1
G2M var_5 PG C3B C3B3 HC3D -60.016 20.000 1
G2M var_6 PG C3B PB O3A 175.030 20.000 1
G2M var_7 C3B PB O1B H19 -59.959 20.000 1
G2M var_8 C3B PB O3A PA -179.959 20.000 1
G2M var_9 PB O3A PA "O5'" -160.052 20.000 1
G2M var_10 O3A PA "O5'" "C5'" 174.945 20.000 1
G2M var_11 PA "O5'" "C5'" "C4'" -179.952 20.000 1
G2M var_12 "O5'" "C5'" "C4'" "O4'" 70.929 20.000 3
G2M var_13 "C5'" "C4'" "C3'" "C2'" -150.000 20.000 3
G2M var_14 "C4'" "C3'" "O3'" "HO3'" 174.156 20.000 1
G2M var_15 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" 30.000 20.000 3
G2M var_16 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 150.000 20.000 1
G2M var_17 "C4'" "O4'" "C1'" N9 -150.000 20.000 1
G2M var_18 "O4'" "C1'" "C2'" "C3'" 0.000 20.000 3
G2M var_19 "O4'" "C1'" N9 C8 22.839 20.000 1
G2M CONST_1 "C1'" N9 C4 N3 0.000 0.000 0
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G2M CONST_5 N3 C2 N2 HN2 -179.972 0.000 0
G2M CONST_6 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
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G2M CONST_10 C5 C6 N1 C2 0.000 0.000 0
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
G2M chir_01 "C1'" N9 "C2'" "O4'" negativ
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G2M chir_03 C3B PB PG C3B2 negativ
G2M chir_04 "C4'" "C3'" "O4'" "C5'" positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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G2M plan-2 HN2A 0.020
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