1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
GA4 GA4 'GIBBERELLIN A4 ' non-polymer 47 24 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_GA4
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
GA4 O91 O O -0.500 0.000 0.000 0.000
GA4 C19 C C 0.000 -1.155 0.223 -0.425
GA4 C4 C CT 0.000 -1.542 0.535 -1.866
GA4 C18 C CH3 0.000 -0.807 -0.303 -2.914
GA4 H183 H H 0.000 -1.000 -1.331 -2.744
GA4 H182 H H 0.000 -1.145 -0.037 -3.882
GA4 H181 H H 0.000 0.235 -0.124 -2.843
GA4 C3 C CH1 0.000 -1.323 2.069 -2.002
GA4 H3 H H 0.000 -0.250 2.277 -2.123
GA4 O31 O OH1 0.000 -2.036 2.557 -3.139
GA4 HO3 H H 0.000 -1.897 3.511 -3.220
GA4 C2 C CH2 0.000 -1.838 2.759 -0.738
GA4 H22 H H 0.000 -1.790 3.839 -0.896
GA4 H21 H H 0.000 -1.181 2.485 0.091
GA4 O92 O O2 -0.500 -2.196 0.229 0.268
GA4 C10 C CT 0.000 -3.371 0.845 -0.421
GA4 C1 C CH2 0.000 -3.282 2.351 -0.406
GA4 H12 H H 0.000 -3.551 2.729 0.582
GA4 H11 H H 0.000 -3.961 2.771 -1.152
GA4 C5 C CH1 0.000 -3.074 0.394 -1.901
GA4 H5 H H 0.000 -3.540 1.057 -2.643
GA4 C9 C CH1 0.000 -4.683 0.162 -0.160
GA4 H9 H H 0.000 -5.425 0.605 -0.840
GA4 C11 C CH2 0.000 -5.279 0.157 1.208
GA4 H111 H H 0.000 -6.352 0.003 1.078
GA4 H112 H H 0.000 -5.103 1.151 1.626
GA4 C12 C CH2 0.000 -4.724 -0.897 2.154
GA4 H121 H H 0.000 -5.413 -1.009 2.994
GA4 H122 H H 0.000 -3.754 -0.557 2.524
GA4 C13 C CH1 0.000 -4.558 -2.245 1.443
GA4 H13 H H 0.000 -4.250 -3.040 2.137
GA4 C14 C CH2 0.000 -3.493 -1.992 0.338
GA4 H142 H H 0.000 -3.087 -2.900 -0.112
GA4 H141 H H 0.000 -2.672 -1.341 0.645
GA4 C16 C C 0.000 -5.825 -2.609 0.688
GA4 C17 C C2 0.000 -6.862 -3.263 1.149
GA4 H172 H H 0.000 -6.871 -3.601 2.170
GA4 H171 H H 0.000 -7.701 -3.457 0.506
GA4 C15 C CH2 0.000 -5.656 -2.065 -0.725
GA4 H151 H H 0.000 -6.484 -1.412 -1.008
GA4 H152 H H 0.000 -5.561 -2.869 -1.458
GA4 C8 C CT 0.000 -4.370 -1.264 -0.682
GA4 C6 C CH1 0.000 -3.607 -1.033 -1.979
GA4 H6 H H 0.000 -2.773 -1.744 -2.058
GA4 C7 C C 0.000 -4.530 -1.182 -3.160
GA4 O71 O OC -0.500 -5.736 -1.459 -2.981
GA4 O72 O OC -0.500 -4.090 -1.029 -4.322
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
GA4 O91 n/a C19 START
GA4 C19 O91 O92 .
GA4 C4 C19 C3 .
GA4 C18 C4 H181 .
GA4 H183 C18 . .
GA4 H182 C18 . .
GA4 H181 C18 . .
GA4 C3 C4 C2 .
GA4 H3 C3 . .
GA4 O31 C3 HO3 .
GA4 HO3 O31 . .
GA4 C2 C3 H21 .
GA4 H22 C2 . .
GA4 H21 C2 . .
GA4 O92 C19 C10 .
GA4 C10 O92 C9 .
GA4 C1 C10 H11 .
GA4 H12 C1 . .
GA4 H11 C1 . .
GA4 C5 C10 H5 .
GA4 H5 C5 . .
GA4 C9 C10 C11 .
GA4 H9 C9 . .
GA4 C11 C9 C12 .
GA4 H111 C11 . .
GA4 H112 C11 . .
GA4 C12 C11 C13 .
GA4 H121 C12 . .
GA4 H122 C12 . .
GA4 C13 C12 C16 .
GA4 H13 C13 . .
GA4 C14 C13 H141 .
GA4 H142 C14 . .
GA4 H141 C14 . .
GA4 C16 C13 C15 .
GA4 C17 C16 H171 .
GA4 H172 C17 . .
GA4 H171 C17 . .
GA4 C15 C16 C8 .
GA4 H151 C15 . .
GA4 H152 C15 . .
GA4 C8 C15 C6 .
GA4 C6 C8 C7 .
GA4 H6 C6 . .
GA4 C7 C6 O72 .
GA4 O71 C7 . .
GA4 O72 C7 . END
GA4 C1 C2 . ADD
GA4 C4 C5 . ADD
GA4 C5 C6 . ADD
GA4 C8 C9 . ADD
GA4 C8 C14 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
GA4 C1 C2 single 1.524 0.020
GA4 C1 C10 single 1.524 0.020
GA4 H11 C1 single 1.092 0.020
GA4 H12 C1 single 1.092 0.020
GA4 C2 C3 single 1.524 0.020
GA4 H21 C2 single 1.092 0.020
GA4 H22 C2 single 1.092 0.020
GA4 O31 C3 single 1.432 0.020
GA4 C3 C4 single 1.524 0.020
GA4 H3 C3 single 1.099 0.020
GA4 HO3 O31 single 0.967 0.020
GA4 C4 C5 single 1.524 0.020
GA4 C18 C4 single 1.524 0.020
GA4 C4 C19 single 1.507 0.020
GA4 C5 C6 single 1.524 0.020
GA4 C5 C10 single 1.524 0.020
GA4 H5 C5 single 1.099 0.020
GA4 C7 C6 single 1.500 0.020
GA4 C6 C8 single 1.524 0.020
GA4 H6 C6 single 1.099 0.020
GA4 O71 C7 deloc 1.250 0.020
GA4 O72 C7 deloc 1.250 0.020
GA4 C8 C9 single 1.524 0.020
GA4 C8 C14 single 1.524 0.020
GA4 C8 C15 single 1.524 0.020
GA4 C9 C10 single 1.524 0.020
GA4 C11 C9 single 1.524 0.020
GA4 H9 C9 single 1.099 0.020
GA4 C10 O92 single 1.426 0.020
GA4 C12 C11 single 1.524 0.020
GA4 H111 C11 single 1.092 0.020
GA4 H112 C11 single 1.092 0.020
GA4 C13 C12 single 1.524 0.020
GA4 H121 C12 single 1.092 0.020
GA4 H122 C12 single 1.092 0.020
GA4 C14 C13 single 1.524 0.020
GA4 C16 C13 single 1.500 0.020
GA4 H13 C13 single 1.099 0.020
GA4 H141 C14 single 1.092 0.020
GA4 H142 C14 single 1.092 0.020
GA4 C15 C16 single 1.510 0.020
GA4 H151 C15 single 1.092 0.020
GA4 H152 C15 single 1.092 0.020
GA4 C17 C16 double 1.320 0.020
GA4 H171 C17 single 1.077 0.020
GA4 H172 C17 single 1.077 0.020
GA4 H181 C18 single 1.059 0.020
GA4 H182 C18 single 1.059 0.020
GA4 H183 C18 single 1.059 0.020
GA4 C19 O91 deloc 1.220 0.020
GA4 O92 C19 deloc 1.454 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
GA4 O91 C19 C4 120.500 3.000
GA4 O91 C19 O92 119.000 3.000
GA4 C4 C19 O92 120.000 3.000
GA4 C19 C4 C18 109.470 3.000
GA4 C19 C4 C3 109.470 3.000
GA4 C19 C4 C5 109.470 3.000
GA4 C18 C4 C3 111.000 3.000
GA4 C18 C4 C5 111.000 3.000
GA4 C3 C4 C5 111.000 3.000
GA4 C4 C18 H183 109.470 3.000
GA4 C4 C18 H182 109.470 3.000
GA4 C4 C18 H181 109.470 3.000
GA4 H183 C18 H182 109.470 3.000
GA4 H183 C18 H181 109.470 3.000
GA4 H182 C18 H181 109.470 3.000
GA4 C4 C3 H3 108.340 3.000
GA4 C4 C3 O31 109.470 3.000
GA4 C4 C3 C2 111.000 3.000
GA4 H3 C3 O31 109.470 3.000
GA4 H3 C3 C2 108.340 3.000
GA4 O31 C3 C2 109.470 3.000
GA4 C3 O31 HO3 109.470 3.000
GA4 C3 C2 H22 109.470 3.000
GA4 C3 C2 H21 109.470 3.000
GA4 C3 C2 C1 111.000 3.000
GA4 H22 C2 H21 107.900 3.000
GA4 H22 C2 C1 109.470 3.000
GA4 H21 C2 C1 109.470 3.000
GA4 C19 O92 C10 120.000 3.000
GA4 O92 C10 C1 109.470 3.000
GA4 O92 C10 C5 109.470 3.000
GA4 O92 C10 C9 109.470 3.000
GA4 C1 C10 C5 111.000 3.000
GA4 C1 C10 C9 111.000 3.000
GA4 C5 C10 C9 111.000 3.000
GA4 C10 C1 H12 109.470 3.000
GA4 C10 C1 H11 109.470 3.000
GA4 C10 C1 C2 111.000 3.000
GA4 H12 C1 H11 107.900 3.000
GA4 H12 C1 C2 109.470 3.000
GA4 H11 C1 C2 109.470 3.000
GA4 C10 C5 H5 108.340 3.000
GA4 C10 C5 C4 109.500 3.000
GA4 C10 C5 C6 111.000 3.000
GA4 C4 C5 C6 111.000 3.000
GA4 H5 C5 C4 108.340 3.000
GA4 H5 C5 C6 108.340 3.000
GA4 C10 C9 H9 108.340 3.000
GA4 C10 C9 C11 111.000 3.000
GA4 C10 C9 C8 109.500 3.000
GA4 H9 C9 C11 108.340 3.000
GA4 H9 C9 C8 108.340 3.000
GA4 C11 C9 C8 111.000 3.000
GA4 C9 C11 H111 109.470 3.000
GA4 C9 C11 H112 109.470 3.000
GA4 C9 C11 C12 111.000 3.000
GA4 H111 C11 H112 107.900 3.000
GA4 H111 C11 C12 109.470 3.000
GA4 H112 C11 C12 109.470 3.000
GA4 C11 C12 H121 109.470 3.000
GA4 C11 C12 H122 109.470 3.000
GA4 C11 C12 C13 111.000 3.000
GA4 H121 C12 H122 107.900 3.000
GA4 H121 C12 C13 109.470 3.000
GA4 H122 C12 C13 109.470 3.000
GA4 C12 C13 H13 108.340 3.000
GA4 C12 C13 C14 109.470 3.000
GA4 C12 C13 C16 109.470 3.000
GA4 H13 C13 C14 108.340 3.000
GA4 H13 C13 C16 108.810 3.000
GA4 C14 C13 C16 109.470 3.000
GA4 C13 C14 H142 109.470 3.000
GA4 C13 C14 H141 109.470 3.000
GA4 C13 C14 C8 111.000 3.000
GA4 H142 C14 H141 107.900 3.000
GA4 H142 C14 C8 109.470 3.000
GA4 H141 C14 C8 109.470 3.000
GA4 C13 C16 C17 120.000 3.000
GA4 C13 C16 C15 120.000 3.000
GA4 C17 C16 C15 120.000 3.000
GA4 C16 C17 H172 120.000 3.000
GA4 C16 C17 H171 120.000 3.000
GA4 H172 C17 H171 120.000 3.000
GA4 C16 C15 H151 109.470 3.000
GA4 C16 C15 H152 109.470 3.000
GA4 C16 C15 C8 109.470 3.000
GA4 H151 C15 H152 107.900 3.000
GA4 H151 C15 C8 109.470 3.000
GA4 H152 C15 C8 109.470 3.000
GA4 C15 C8 C6 111.000 3.000
GA4 C15 C8 C9 111.000 3.000
GA4 C15 C8 C14 111.000 3.000
GA4 C9 C8 C14 111.000 3.000
GA4 C6 C8 C9 111.000 3.000
GA4 C6 C8 C14 111.000 3.000
GA4 C8 C6 H6 108.340 3.000
GA4 C8 C6 C7 109.470 3.000
GA4 C8 C6 C5 111.000 3.000
GA4 H6 C6 C7 108.810 3.000
GA4 H6 C6 C5 108.340 3.000
GA4 C7 C6 C5 109.470 3.000
GA4 C6 C7 O71 118.500 3.000
GA4 C6 C7 O72 118.500 3.000
GA4 O71 C7 O72 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
GA4 var_1 O91 C19 C4 C3 -84.712 20.000 1
GA4 var_2 C19 C4 C5 C10 30.000 20.000 1
GA4 var_3 C19 C4 C18 H181 -60.960 20.000 1
GA4 var_4 C19 C4 C3 C2 -30.000 20.000 1
GA4 var_5 C4 C3 O31 HO3 179.976 20.000 1
GA4 var_6 C4 C3 C2 C1 -60.000 20.000 3
GA4 var_7 O91 C19 O92 C10 165.869 20.000 1
GA4 var_8 C19 O92 C10 C9 141.773 20.000 1
GA4 var_9 O92 C10 C1 C2 30.000 20.000 1
GA4 var_10 C10 C1 C2 C3 60.000 20.000 3
GA4 var_11 O92 C10 C5 C4 -30.000 20.000 1
GA4 var_12 C10 C5 C6 C8 0.000 20.000 3
GA4 var_13 O92 C10 C9 C11 60.000 20.000 1
GA4 var_14 C10 C9 C11 C12 -90.000 20.000 3
GA4 var_15 C9 C11 C12 C13 -30.000 20.000 3
GA4 var_16 C11 C12 C13 C16 -60.000 20.000 3
GA4 var_17 C12 C13 C14 C8 -90.000 20.000 3
GA4 var_18 C12 C13 C16 C15 91.813 20.000 3
GA4 CONST_1 C13 C16 C17 H171 -179.998 0.000 0
GA4 var_19 C13 C16 C15 C8 -6.594 20.000 3
GA4 var_20 C16 C15 C8 C6 156.385 20.000 1
GA4 var_21 C15 C8 C9 C10 180.000 20.000 1
GA4 var_22 C15 C8 C14 C13 -30.000 20.000 1
GA4 var_23 C15 C8 C6 C7 30.000 20.000 1
GA4 var_24 C8 C6 C7 O72 179.994 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
GA4 chir_01 C3 C2 O31 C4 positiv
GA4 chir_02 C4 C3 C5 C18 negativ
GA4 chir_03 C5 C4 C6 C10 negativ
GA4 chir_04 C6 C5 C7 C8 positiv
GA4 chir_05 C8 C6 C9 C14 positiv
GA4 chir_06 C9 C8 C10 C11 positiv
GA4 chir_07 C10 C1 C5 C9 positiv
GA4 chir_08 C13 C12 C14 C16 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
GA4 plan-1 C7 0.020
GA4 plan-1 C6 0.020
GA4 plan-1 O71 0.020
GA4 plan-1 O72 0.020
GA4 plan-2 C16 0.020
GA4 plan-2 C13 0.020
GA4 plan-2 C15 0.020
GA4 plan-2 C17 0.020
GA4 plan-2 H171 0.020
GA4 plan-2 H172 0.020
GA4 plan-3 C19 0.020
GA4 plan-3 C4 0.020
GA4 plan-3 O91 0.020
GA4 plan-3 O92 0.020
# ------------------------------------------------------
|
