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global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
GEM GEM '(2-GUANIDINOETHYLMERCAPTO)SUCCINIC A' non-polymer 26 15 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_GEM
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
GEM O13 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
GEM C11 C C 0.000 -1.211 0.292 0.116
GEM O12 O OC -0.500 -1.618 0.874 1.145
GEM C10 C CH2 0.000 -2.179 -0.058 -0.984
GEM H101 H H 0.000 -2.180 -1.139 -1.137
GEM H102 H H 0.000 -1.874 0.439 -1.907
GEM C8 C CH1 0.000 -3.584 0.405 -0.593
GEM HC8 H H 0.000 -3.581 1.493 -0.440
GEM C9 C C 0.000 -4.552 0.055 -1.694
GEM O15 O OC -0.500 -5.196 0.958 -2.271
GEM O14 O OC -0.500 -4.710 -1.140 -2.032
GEM S7 S S2 0.000 -4.089 -0.419 0.940
GEM C6 C CH2 0.000 -5.739 0.299 1.156
GEM HC61 H H 0.000 -6.359 0.049 0.292
GEM HC62 H H 0.000 -5.654 1.384 1.240
GEM C5 C CH2 0.000 -6.380 -0.265 2.424
GEM HC51 H H 0.000 -5.758 -0.015 3.287
GEM HC52 H H 0.000 -6.462 -1.350 2.338
GEM N3 N NH1 0.000 -7.714 0.314 2.599
GEM HN3 H H 0.000 -8.067 0.980 1.926
GEM C1 C C 0.000 -8.485 -0.047 3.678
GEM N2 N N 0.000 -8.030 -0.904 4.546
GEM HN21 H H 0.000 -7.156 -1.291 4.445
GEM N4 N NH2 0.000 -9.737 0.498 3.842
GEM HN42 H H 0.000 -10.104 1.170 3.171
GEM HN41 H H 0.000 -10.318 0.239 4.636
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
GEM O13 n/a C11 START
GEM C11 O13 C10 .
GEM O12 C11 . .
GEM C10 C11 C8 .
GEM H101 C10 . .
GEM H102 C10 . .
GEM C8 C10 S7 .
GEM HC8 C8 . .
GEM C9 C8 O14 .
GEM O15 C9 . .
GEM O14 C9 . .
GEM S7 C8 C6 .
GEM C6 S7 C5 .
GEM HC61 C6 . .
GEM HC62 C6 . .
GEM C5 C6 N3 .
GEM HC51 C5 . .
GEM HC52 C5 . .
GEM N3 C5 C1 .
GEM HN3 N3 . .
GEM C1 N3 N4 .
GEM N2 C1 HN21 .
GEM HN21 N2 . .
GEM N4 C1 HN41 .
GEM HN42 N4 . .
GEM HN41 N4 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
GEM S7 C8 single 1.765 0.020
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GEM C1 N3 single 1.330 0.020
GEM HN3 N3 single 1.010 0.020
GEM N4 C1 single 1.332 0.020
GEM N2 C1 double 1.260 0.020
GEM HN41 N4 single 1.010 0.020
GEM HN42 N4 single 1.010 0.020
GEM HN21 N2 single 0.954 0.020
GEM O14 C9 deloc 1.250 0.020
GEM O15 C9 deloc 1.250 0.020
GEM C10 C11 single 1.510 0.020
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GEM H102 C10 single 1.092 0.020
GEM O12 C11 deloc 1.250 0.020
GEM C11 O13 deloc 1.250 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
GEM O13 C11 O12 123.000 3.000
GEM O13 C11 C10 118.500 3.000
GEM O12 C11 C10 118.500 3.000
GEM C11 C10 H101 109.470 3.000
GEM C11 C10 H102 109.470 3.000
GEM C11 C10 C8 109.470 3.000
GEM H101 C10 H102 107.900 3.000
GEM H101 C10 C8 109.470 3.000
GEM H102 C10 C8 109.470 3.000
GEM C10 C8 HC8 108.340 3.000
GEM C10 C8 C9 109.470 3.000
GEM C10 C8 S7 109.500 3.000
GEM HC8 C8 C9 108.810 3.000
GEM HC8 C8 S7 109.500 3.000
GEM C9 C8 S7 109.500 3.000
GEM C8 C9 O15 118.500 3.000
GEM C8 C9 O14 118.500 3.000
GEM O15 C9 O14 123.000 3.000
GEM C8 S7 C6 100.044 3.000
GEM S7 C6 HC61 109.500 3.000
GEM S7 C6 HC62 109.500 3.000
GEM S7 C6 C5 109.500 3.000
GEM HC61 C6 HC62 107.900 3.000
GEM HC61 C6 C5 109.470 3.000
GEM HC62 C6 C5 109.470 3.000
GEM C6 C5 HC51 109.470 3.000
GEM C6 C5 HC52 109.470 3.000
GEM C6 C5 N3 112.000 3.000
GEM HC51 C5 HC52 107.900 3.000
GEM HC51 C5 N3 109.470 3.000
GEM HC52 C5 N3 109.470 3.000
GEM C5 N3 HN3 118.500 3.000
GEM C5 N3 C1 121.500 3.000
GEM HN3 N3 C1 120.000 3.000
GEM N3 C1 N2 120.000 3.000
GEM N3 C1 N4 120.000 3.000
GEM N2 C1 N4 120.000 3.000
GEM C1 N2 HN21 120.000 3.000
GEM C1 N4 HN42 120.000 3.000
GEM C1 N4 HN41 120.000 3.000
GEM HN42 N4 HN41 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
GEM var_1 O13 C11 C10 C8 179.973 20.000 3
GEM var_2 C11 C10 C8 S7 -59.954 20.000 3
GEM var_3 C10 C8 C9 O14 60.021 20.000 3
GEM var_4 C10 C8 S7 C6 179.972 20.000 1
GEM var_5 C8 S7 C6 C5 -179.987 20.000 1
GEM var_6 S7 C6 C5 N3 -179.986 20.000 3
GEM var_7 C6 C5 N3 C1 179.950 20.000 3
GEM CONST_1 C5 N3 C1 N4 180.000 0.000 0
GEM CONST_2 N3 C1 N2 HN21 0.000 0.000 0
GEM CONST_3 N3 C1 N4 HN41 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
GEM chir_01 C8 S7 C9 C10 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
GEM plan-1 N3 0.020
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GEM plan-1 HN3 0.020
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GEM plan-2 N3 0.020
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GEM plan-2 N2 0.020
GEM plan-2 HN21 0.020
GEM plan-2 HN3 0.020
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GEM plan-2 HN41 0.020
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GEM plan-3 HN42 0.020
GEM plan-4 C9 0.020
GEM plan-4 C8 0.020
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GEM plan-5 C10 0.020
GEM plan-5 O12 0.020
GEM plan-5 O13 0.020
# ------------------------------------------------------
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