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320
321
322
|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
GHR GHR '"[[(3S,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-' non-polymer 39 23 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_GHR
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
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_chem_comp_atom.y
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loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
GHR O8 n/a C8 START
GHR C8 O8 O7 .
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GHR HN9 N9 . .
GHR C9 N9 C14 .
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GHR H11 C11 . .
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GHR H14 C14 . .
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GHR H13 C13 . .
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GHR CL12 C12 . .
GHR O7 C8 N1 .
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GHR C1 N1 C2 .
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GHR H2 C2 . .
GHR O2 C2 HO2 .
GHR HO2 O2 . .
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GHR O3 C3 HO3 .
GHR HO3 O3 . .
GHR C4 C3 C5 .
GHR H4 C4 . .
GHR O4 C4 HO4 .
GHR HO4 O4 . .
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GHR H5 C5 . .
GHR N5 C5 H16 .
GHR H16 N5 . .
GHR C6 C5 O6 .
GHR H6 C6 . .
GHR H6A C6 . .
GHR O6 C6 HO6 .
GHR HO6 O6 . END
GHR C1 N5 . ADD
GHR C12 C11 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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GHR H3 C3 C4 108.340 3.000
GHR O3 C3 C4 109.470 3.000
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GHR C3 C4 O4 109.470 3.000
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GHR H4 C4 C5 108.340 3.000
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GHR C4 O4 HO4 109.470 3.000
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GHR H5 C5 C6 108.340 3.000
GHR N5 C5 C6 110.000 3.000
GHR C5 N5 H16 118.500 3.000
GHR C5 N5 C1 121.500 3.000
GHR H16 N5 C1 120.000 3.000
GHR C5 C6 H6 109.470 3.000
GHR C5 C6 H6A 109.470 3.000
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GHR C6 O6 HO6 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
GHR CONST_1 O8 C8 N9 C9 0.000 0.000 0
GHR var_1 C8 N9 C9 C14 -146.470 20.000 1
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GHR CONST_3 C9 C10 C11 C12 0.000 0.000 0
GHR CONST_4 N9 C9 C14 C13 180.000 0.000 0
GHR CONST_5 C9 C14 C13 C12 0.000 0.000 0
GHR CONST_6 C14 C13 C12 CL12 180.000 0.000 0
GHR CONST_7 C13 C12 C11 C10 0.000 0.000 0
GHR var_2 O8 C8 O7 N1 -0.063 20.000 1
GHR var_3 C8 O7 N1 C1 -179.936 20.000 1
GHR CONST_8 O7 N1 C1 C2 180.000 0.000 0
GHR CONST_9 N1 C1 N5 C5 120.000 0.000 0
GHR var_4 N1 C1 C2 C3 -120.000 20.000 3
GHR var_5 C1 C2 O2 HO2 60.763 20.000 1
GHR var_6 C1 C2 C3 C4 -60.000 20.000 3
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GHR var_8 C2 C3 C4 C5 60.000 20.000 3
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GHR var_10 C3 C4 C5 C6 180.000 20.000 3
GHR var_11 C4 C5 N5 C1 60.000 20.000 3
GHR var_12 C4 C5 C6 O6 -175.656 20.000 3
GHR var_13 C5 C6 O6 HO6 -179.988 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
GHR chir_01 C5 N5 C6 C4 positiv
GHR chir_02 C4 C5 O4 C3 negativ
GHR chir_03 C3 C4 O3 C2 positiv
GHR chir_04 C2 C1 C3 O2 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
GHR plan-1 C1 0.020
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# ------------------------------------------------------
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