1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
GI1 GI1 'METHOXYCARBONYL-SUBSTITUTED GLUCOIMI' non-polymer 35 18 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_GI1
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
GI1 O8 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
GI1 HD H H 0.000 -0.696 -0.665 -0.084
GI1 C8 C CH1 0.000 -0.579 1.305 -0.060
GI1 H8 H H 0.000 0.018 1.982 0.568
GI1 O9 O O2 0.000 -0.589 1.814 -1.398
GI1 C9 C CH3 0.000 0.707 1.863 -1.980
GI1 H9C3 H H 0.000 1.254 1.003 -1.695
GI1 H9C2 H H 0.000 0.618 1.893 -3.035
GI1 H9C1 H H 0.000 1.211 2.731 -1.643
GI1 C7 C CR5 0.000 -1.968 1.295 0.449
GI1 N1 N NR15 0.000 -2.987 0.571 -0.153
GI1 H1 H H 0.000 -2.877 -0.043 -0.986
GI1 C1 C CR5 0.000 -4.170 0.791 0.525
GI1 C80 C CR15 0.000 -2.504 1.947 1.502
GI1 H80 H H 0.000 -1.968 2.609 2.170
GI1 N10 N NR5 1.000 -3.859 1.630 1.591
GI1 C5 C CH1 0.000 -4.858 2.188 2.489
GI1 H5 H H 0.000 -5.077 3.216 2.166
GI1 C6 C CH2 0.000 -4.349 2.234 3.933
GI1 H6C1 H H 0.000 -5.096 2.705 4.576
GI1 H6C2 H H 0.000 -3.418 2.803 3.982
GI1 O6 O OH1 0.000 -4.118 0.908 4.368
GI1 H6 H H 0.000 -4.446 0.292 3.700
GI1 C4 C CH1 0.000 -6.167 1.366 2.416
GI1 H4 H H 0.000 -6.034 0.425 2.967
GI1 O4 O OH1 0.000 -7.198 2.135 3.038
GI1 HC H H 0.000 -6.843 2.574 3.823
GI1 C3 C CH1 0.000 -6.583 1.052 0.969
GI1 H3 H H 0.000 -6.772 1.990 0.428
GI1 O3 O OH1 0.000 -7.772 0.259 0.984
GI1 HB H H 0.000 -8.528 0.816 1.216
GI1 C2 C CH1 0.000 -5.515 0.243 0.234
GI1 H2 H H 0.000 -5.563 -0.808 0.553
GI1 O2 O OH1 0.000 -5.716 0.325 -1.167
GI1 HA H H 0.000 -6.642 0.138 -1.368
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
GI1 O8 n/a C8 START
GI1 HD O8 . .
GI1 C8 O8 C7 .
GI1 H8 C8 . .
GI1 O9 C8 C9 .
GI1 C9 O9 H9C1 .
GI1 H9C3 C9 . .
GI1 H9C2 C9 . .
GI1 H9C1 C9 . .
GI1 C7 C8 C80 .
GI1 N1 C7 C1 .
GI1 H1 N1 . .
GI1 C1 N1 . .
GI1 C80 C7 N10 .
GI1 H80 C80 . .
GI1 N10 C80 C5 .
GI1 C5 N10 C4 .
GI1 H5 C5 . .
GI1 C6 C5 O6 .
GI1 H6C1 C6 . .
GI1 H6C2 C6 . .
GI1 O6 C6 H6 .
GI1 H6 O6 . .
GI1 C4 C5 C3 .
GI1 H4 C4 . .
GI1 O4 C4 HC .
GI1 HC O4 . .
GI1 C3 C4 C2 .
GI1 H3 C3 . .
GI1 O3 C3 HB .
GI1 HB O3 . .
GI1 C2 C3 O2 .
GI1 H2 C2 . .
GI1 O2 C2 HA .
GI1 HA O2 . END
GI1 C1 C2 . ADD
GI1 C1 N10 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
GI1 C1 C2 single 1.480 0.020
GI1 C1 N10 double 1.337 0.020
GI1 C1 N1 single 1.340 0.020
GI1 O2 C2 single 1.432 0.020
GI1 C2 C3 single 1.524 0.020
GI1 H2 C2 single 1.099 0.020
GI1 HA O2 single 0.967 0.020
GI1 O3 C3 single 1.432 0.020
GI1 C3 C4 single 1.524 0.020
GI1 H3 C3 single 1.099 0.020
GI1 HB O3 single 0.967 0.020
GI1 O4 C4 single 1.432 0.020
GI1 C4 C5 single 1.524 0.020
GI1 H4 C4 single 1.099 0.020
GI1 N10 C80 single 1.337 0.020
GI1 C80 C7 double 1.387 0.020
GI1 H80 C80 single 1.083 0.020
GI1 C5 N10 single 1.485 0.020
GI1 HC O4 single 0.967 0.020
GI1 C6 C5 single 1.524 0.020
GI1 H5 C5 single 1.099 0.020
GI1 O6 C6 single 1.432 0.020
GI1 H6C1 C6 single 1.092 0.020
GI1 H6C2 C6 single 1.092 0.020
GI1 H6 O6 single 0.967 0.020
GI1 N1 C7 single 1.340 0.020
GI1 H1 N1 single 1.040 0.020
GI1 C7 C8 single 1.480 0.020
GI1 C8 O8 single 1.432 0.020
GI1 O9 C8 single 1.426 0.020
GI1 H8 C8 single 1.099 0.020
GI1 HD O8 single 0.967 0.020
GI1 C9 O9 single 1.426 0.020
GI1 H9C1 C9 single 1.059 0.020
GI1 H9C2 C9 single 1.059 0.020
GI1 H9C3 C9 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
GI1 HD O8 C8 109.470 3.000
GI1 O8 C8 H8 109.470 3.000
GI1 O8 C8 O9 109.470 3.000
GI1 O8 C8 C7 109.500 3.000
GI1 H8 C8 O9 109.470 3.000
GI1 H8 C8 C7 109.470 3.000
GI1 O9 C8 C7 109.500 3.000
GI1 C8 O9 C9 111.800 3.000
GI1 O9 C9 H9C3 109.470 3.000
GI1 O9 C9 H9C2 109.470 3.000
GI1 O9 C9 H9C1 109.470 3.000
GI1 H9C3 C9 H9C2 109.470 3.000
GI1 H9C3 C9 H9C1 109.470 3.000
GI1 H9C2 C9 H9C1 109.470 3.000
GI1 C8 C7 N1 126.000 3.000
GI1 C8 C7 C80 108.000 3.000
GI1 N1 C7 C80 108.000 3.000
GI1 C7 N1 H1 126.000 3.000
GI1 C7 N1 C1 108.000 3.000
GI1 H1 N1 C1 126.000 3.000
GI1 N1 C1 C2 126.000 3.000
GI1 N1 C1 N10 108.000 3.000
GI1 C2 C1 N10 126.000 3.000
GI1 C7 C80 H80 126.000 3.000
GI1 C7 C80 N10 108.000 3.000
GI1 H80 C80 N10 126.000 3.000
GI1 C80 N10 C5 126.000 3.000
GI1 C80 N10 C1 108.000 3.000
GI1 C5 N10 C1 126.000 3.000
GI1 N10 C5 H5 109.470 3.000
GI1 N10 C5 C6 109.470 3.000
GI1 N10 C5 C4 109.470 3.000
GI1 H5 C5 C6 108.340 3.000
GI1 H5 C5 C4 108.340 3.000
GI1 C6 C5 C4 111.000 3.000
GI1 C5 C6 H6C1 109.470 3.000
GI1 C5 C6 H6C2 109.470 3.000
GI1 C5 C6 O6 109.470 3.000
GI1 H6C1 C6 H6C2 107.900 3.000
GI1 H6C1 C6 O6 109.470 3.000
GI1 H6C2 C6 O6 109.470 3.000
GI1 C6 O6 H6 109.470 3.000
GI1 C5 C4 H4 108.340 3.000
GI1 C5 C4 O4 109.470 3.000
GI1 C5 C4 C3 111.000 3.000
GI1 H4 C4 O4 109.470 3.000
GI1 H4 C4 C3 108.340 3.000
GI1 O4 C4 C3 109.470 3.000
GI1 C4 O4 HC 109.470 3.000
GI1 C4 C3 H3 108.340 3.000
GI1 C4 C3 O3 109.470 3.000
GI1 C4 C3 C2 111.000 3.000
GI1 H3 C3 O3 109.470 3.000
GI1 H3 C3 C2 108.340 3.000
GI1 O3 C3 C2 109.470 3.000
GI1 C3 O3 HB 109.470 3.000
GI1 C3 C2 H2 108.340 3.000
GI1 C3 C2 O2 109.470 3.000
GI1 C3 C2 C1 109.470 3.000
GI1 H2 C2 O2 109.470 3.000
GI1 H2 C2 C1 109.470 3.000
GI1 O2 C2 C1 109.500 3.000
GI1 C2 O2 HA 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
GI1 var_1 HD O8 C8 C7 28.796 20.000 1
GI1 var_2 O8 C8 O9 C9 -57.304 20.000 1
GI1 var_3 C8 O9 C9 H9C1 -80.778 20.000 1
GI1 var_4 O8 C8 C7 C80 118.228 20.000 1
GI1 CONST_1 C8 C7 N1 C1 180.000 0.000 0
GI1 CONST_2 C7 N1 C1 C2 180.000 0.000 0
GI1 var_5 N1 C1 C2 C3 -150.000 20.000 1
GI1 CONST_3 N1 C1 N10 C80 0.000 0.000 0
GI1 CONST_4 C8 C7 C80 N10 180.000 0.000 0
GI1 CONST_5 C7 C80 N10 C5 180.000 0.000 0
GI1 var_6 C80 N10 C5 C4 180.000 20.000 1
GI1 var_7 N10 C5 C6 O6 -63.235 20.000 3
GI1 var_8 C5 C6 O6 H6 -7.544 20.000 1
GI1 var_9 N10 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
GI1 var_10 C5 C4 O4 HC -39.654 20.000 1
GI1 var_11 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
GI1 var_12 C4 C3 O3 HB 74.296 20.000 1
GI1 var_13 C4 C3 C2 O2 -150.000 20.000 3
GI1 var_14 C3 C2 O2 HA -48.953 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
GI1 chir_01 C2 C1 O2 C3 positiv
GI1 chir_02 C3 C2 O3 C4 negativ
GI1 chir_03 C4 C3 O4 C5 positiv
GI1 chir_04 C5 C4 N10 C6 positiv
GI1 chir_05 C8 C7 O8 O9 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
GI1 plan-1 C1 0.020
GI1 plan-1 C2 0.020
GI1 plan-1 N10 0.020
GI1 plan-1 N1 0.020
GI1 plan-1 C80 0.020
GI1 plan-1 C7 0.020
GI1 plan-1 H80 0.020
GI1 plan-1 C5 0.020
GI1 plan-1 H1 0.020
GI1 plan-1 C8 0.020
# ------------------------------------------------------
|
