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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
HDB HDB '(R)-1-(4-(4-(HYDROXYMETHYL)-1,3,2-DI' non-polymer 34 18 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_HDB
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
HDB O18 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
HDB H18 H H 0.000 0.883 0.112 -0.378
HDB C17 C CH2 0.000 -0.442 -1.342 -0.214
HDB H171 H H 0.000 0.252 -2.034 0.267
HDB H172 H H 0.000 -0.475 -1.547 -1.286
HDB C15 C CH1 0.000 -1.839 -1.520 0.384
HDB H15 H H 0.000 -1.871 -1.167 1.424
HDB O13 O O2 0.000 -2.838 -0.849 -0.424
HDB C16 C CH2 0.000 -2.302 -2.995 0.284
HDB H161 H H 0.000 -2.002 -3.590 1.149
HDB H162 H H 0.000 -1.955 -3.483 -0.630
HDB O14 O O2 0.000 -3.739 -2.881 0.253
HDB B B B 0.000 -4.051 -1.555 -0.162
HDB C04 C CR6 0.000 -5.499 -0.965 -0.314
HDB C03 C CR16 0.000 -5.677 0.353 -0.729
HDB H03 H H 0.000 -4.817 0.974 -0.946
HDB C02 C CR16 0.000 -6.952 0.865 -0.864
HDB H02 H H 0.000 -7.092 1.887 -1.194
HDB C05 C CR16 0.000 -6.610 -1.759 -0.032
HDB H05 H H 0.000 -6.477 -2.784 0.291
HDB C06 C CR16 0.000 -7.880 -1.235 -0.166
HDB H06 H H 0.000 -8.744 -1.850 0.053
HDB C01 C CR6 0.000 -8.051 0.074 -0.579
HDB C07 C CH2 0.000 -9.440 0.641 -0.724
HDB H071 H H 0.000 -10.132 -0.160 -0.993
HDB H072 H H 0.000 -9.442 1.401 -1.507
HDB N09 N NH1 0.000 -9.856 1.243 0.546
HDB H09 H H 0.000 -9.233 1.229 1.340
HDB C10 C C 0.000 -11.096 1.827 0.655
HDB N12 N N 0.000 -11.467 2.363 1.784
HDB H12 H H 0.000 -12.331 2.774 1.875
HDB N11 N NH2 0.000 -11.945 1.846 -0.426
HDB H112 H H 0.000 -12.866 2.275 -0.358
HDB H111 H H 0.000 -11.668 1.431 -1.313
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
HDB O18 n/a C17 START
HDB H18 O18 . .
HDB C17 O18 C15 .
HDB H171 C17 . .
HDB H172 C17 . .
HDB C15 C17 C16 .
HDB H15 C15 . .
HDB O13 C15 . .
HDB C16 C15 O14 .
HDB H161 C16 . .
HDB H162 C16 . .
HDB O14 C16 B .
HDB B O14 C04 .
HDB C04 B C05 .
HDB C03 C04 C02 .
HDB H03 C03 . .
HDB C02 C03 H02 .
HDB H02 C02 . .
HDB C05 C04 C06 .
HDB H05 C05 . .
HDB C06 C05 C01 .
HDB H06 C06 . .
HDB C01 C06 C07 .
HDB C07 C01 N09 .
HDB H071 C07 . .
HDB H072 C07 . .
HDB N09 C07 C10 .
HDB H09 N09 . .
HDB C10 N09 N11 .
HDB N12 C10 H12 .
HDB H12 N12 . .
HDB N11 C10 H111 .
HDB H112 N11 . .
HDB H111 N11 . END
HDB C01 C02 . ADD
HDB B O13 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
HDB C01 C02 single 1.390 0.020
HDB C01 C06 double 1.390 0.020
HDB C07 C01 single 1.511 0.020
HDB C02 C03 double 1.390 0.020
HDB H02 C02 single 1.083 0.020
HDB C03 C04 single 1.390 0.020
HDB H03 C03 single 1.083 0.020
HDB C05 C04 double 1.390 0.020
HDB C04 B single 1.560 0.020
HDB C06 C05 single 1.390 0.020
HDB H05 C05 single 1.083 0.020
HDB H06 C06 single 1.083 0.020
HDB N09 C07 single 1.450 0.020
HDB H071 C07 single 1.092 0.020
HDB H072 C07 single 1.092 0.020
HDB B O13 single 1.434 0.020
HDB B O14 single 1.434 0.020
HDB C10 N09 single 1.330 0.020
HDB H09 N09 single 1.010 0.020
HDB N11 C10 single 1.332 0.020
HDB N12 C10 double 1.260 0.020
HDB H111 N11 single 1.010 0.020
HDB H112 N11 single 1.010 0.020
HDB H12 N12 single 0.954 0.020
HDB O13 C15 single 1.426 0.020
HDB O14 C16 single 1.426 0.020
HDB C16 C15 single 1.524 0.020
HDB C15 C17 single 1.524 0.020
HDB H15 C15 single 1.099 0.020
HDB H161 C16 single 1.092 0.020
HDB H162 C16 single 1.092 0.020
HDB C17 O18 single 1.432 0.020
HDB H171 C17 single 1.092 0.020
HDB H172 C17 single 1.092 0.020
HDB H18 O18 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
HDB H18 O18 C17 109.470 3.000
HDB O18 C17 H171 109.470 3.000
HDB O18 C17 H172 109.470 3.000
HDB O18 C17 C15 109.470 3.000
HDB H171 C17 H172 107.900 3.000
HDB H171 C17 C15 109.470 3.000
HDB H172 C17 C15 109.470 3.000
HDB C17 C15 H15 108.340 3.000
HDB C17 C15 O13 109.470 3.000
HDB C17 C15 C16 109.470 3.000
HDB H15 C15 O13 109.470 3.000
HDB H15 C15 C16 108.340 3.000
HDB O13 C15 C16 109.470 3.000
HDB C15 O13 B 120.000 3.000
HDB C15 C16 H161 109.470 3.000
HDB C15 C16 H162 109.470 3.000
HDB C15 C16 O14 109.470 3.000
HDB H161 C16 H162 107.900 3.000
HDB H161 C16 O14 109.470 3.000
HDB H162 C16 O14 109.470 3.000
HDB C16 O14 B 120.000 3.000
HDB O14 B C04 120.000 3.000
HDB O14 B O13 120.000 3.000
HDB C04 B O13 120.000 3.000
HDB B C04 C03 120.000 3.000
HDB B C04 C05 120.000 3.000
HDB C03 C04 C05 120.000 3.000
HDB C04 C03 H03 120.000 3.000
HDB C04 C03 C02 120.000 3.000
HDB H03 C03 C02 120.000 3.000
HDB C03 C02 H02 120.000 3.000
HDB C03 C02 C01 120.000 3.000
HDB H02 C02 C01 120.000 3.000
HDB C04 C05 H05 120.000 3.000
HDB C04 C05 C06 120.000 3.000
HDB H05 C05 C06 120.000 3.000
HDB C05 C06 H06 120.000 3.000
HDB C05 C06 C01 120.000 3.000
HDB H06 C06 C01 120.000 3.000
HDB C06 C01 C07 120.000 3.000
HDB C06 C01 C02 120.000 3.000
HDB C07 C01 C02 120.000 3.000
HDB C01 C07 H071 109.470 3.000
HDB C01 C07 H072 109.470 3.000
HDB C01 C07 N09 109.500 3.000
HDB H071 C07 H072 107.900 3.000
HDB H071 C07 N09 109.470 3.000
HDB H072 C07 N09 109.470 3.000
HDB C07 N09 H09 118.500 3.000
HDB C07 N09 C10 121.500 3.000
HDB H09 N09 C10 120.000 3.000
HDB N09 C10 N12 120.000 3.000
HDB N09 C10 N11 120.000 3.000
HDB N12 C10 N11 120.000 3.000
HDB C10 N12 H12 120.000 3.000
HDB C10 N11 H112 120.000 3.000
HDB C10 N11 H111 120.000 3.000
HDB H112 N11 H111 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
HDB var_1 H18 O18 C17 C15 -179.997 20.000 1
HDB var_2 O18 C17 C15 C16 -174.979 20.000 3
HDB var_3 C17 C15 O13 B 150.000 20.000 1
HDB var_4 C17 C15 C16 O14 -150.000 20.000 3
HDB var_5 C15 C16 O14 B 30.000 20.000 1
HDB var_6 C16 O14 B C04 180.000 20.000 1
HDB var_7 O14 B O13 C15 -30.000 20.000 1
HDB var_8 O14 B C04 C05 0.091 20.000 1
HDB CONST_1 B C04 C03 C02 180.000 0.000 0
HDB CONST_2 C04 C03 C02 C01 0.000 0.000 0
HDB CONST_3 B C04 C05 C06 180.000 0.000 0
HDB CONST_4 C04 C05 C06 C01 0.000 0.000 0
HDB CONST_5 C05 C06 C01 C07 180.000 0.000 0
HDB CONST_6 C06 C01 C02 C03 0.000 0.000 0
HDB var_9 C06 C01 C07 N09 89.989 20.000 2
HDB var_10 C01 C07 N09 C10 -179.986 20.000 3
HDB CONST_7 C07 N09 C10 N11 0.000 0.000 0
HDB CONST_8 N09 C10 N12 H12 180.000 0.000 0
HDB CONST_9 N09 C10 N11 H111 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
HDB chir_01 C15 O13 C16 C17 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
HDB plan-1 C01 0.020
HDB plan-1 C02 0.020
HDB plan-1 C06 0.020
HDB plan-1 C07 0.020
HDB plan-1 C03 0.020
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HDB plan-1 C05 0.020
HDB plan-1 H02 0.020
HDB plan-1 H03 0.020
HDB plan-1 B 0.020
HDB plan-1 H05 0.020
HDB plan-1 H06 0.020
HDB plan-2 N09 0.020
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HDB plan-2 H09 0.020
HDB plan-3 C10 0.020
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HDB plan-3 H09 0.020
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HDB plan-4 C10 0.020
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HDB plan-4 H112 0.020
# ------------------------------------------------------
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