1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
HO2 HO2 '(9E,11E,13S)-13-hydroxyoctadeca-9,11' non-polymer 52 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_HO2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
HO2 O19 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
HO2 C01 C C 0.000 -1.191 0.132 0.358
HO2 O20 O OC -0.500 -1.496 0.991 1.215
HO2 C02 C CH2 0.000 -2.260 -0.743 -0.244
HO2 H02 H H 0.000 -2.035 -1.790 -0.033
HO2 H02A H H 0.000 -2.289 -0.589 -1.325
HO2 C03 C CH2 0.000 -3.618 -0.379 0.361
HO2 H03 H H 0.000 -3.841 0.669 0.149
HO2 H03A H H 0.000 -3.586 -0.532 1.442
HO2 C04 C CH2 0.000 -4.703 -1.268 -0.251
HO2 H04 H H 0.000 -4.478 -2.315 -0.038
HO2 H04A H H 0.000 -4.731 -1.115 -1.332
HO2 C05 C CH2 0.000 -6.060 -0.903 0.353
HO2 H05 H H 0.000 -6.283 0.144 0.140
HO2 H05A H H 0.000 -6.029 -1.055 1.434
HO2 C06 C CH2 0.000 -7.145 -1.792 -0.257
HO2 H06 H H 0.000 -6.920 -2.839 -0.044
HO2 H06A H H 0.000 -7.174 -1.639 -1.338
HO2 C07 C CH2 0.000 -8.503 -1.428 0.347
HO2 H07 H H 0.000 -8.726 -0.380 0.134
HO2 H07A H H 0.000 -8.471 -1.580 1.428
HO2 C08 C CH2 0.000 -9.589 -2.317 -0.264
HO2 H08 H H 0.000 -9.364 -3.364 -0.050
HO2 H08A H H 0.000 -9.618 -2.164 -1.345
HO2 C09 C C1 0.000 -10.926 -1.957 0.331
HO2 H09 H H 0.000 -11.060 -1.969 1.400
HO2 C10 C C1 0.000 -11.939 -1.627 -0.462
HO2 H10 H H 0.000 -11.805 -1.615 -1.530
HO2 C11 C C1 0.000 -13.244 -1.277 0.120
HO2 H11 H H 0.000 -13.378 -1.287 1.188
HO2 C12 C C1 0.000 -14.258 -0.947 -0.674
HO2 H12 H H 0.000 -14.123 -0.936 -1.742
HO2 C13 C CH1 0.000 -15.595 -0.588 -0.078
HO2 H13 H H 0.000 -16.342 -1.336 -0.378
HO2 O21 O OH1 0.000 -15.490 -0.563 1.347
HO2 HO21 H H 0.000 -14.833 0.095 1.610
HO2 C14 C CH2 0.000 -16.024 0.792 -0.582
HO2 H14 H H 0.000 -16.016 0.798 -1.674
HO2 H14A H H 0.000 -15.328 1.547 -0.210
HO2 C15 C CH2 0.000 -17.435 1.103 -0.078
HO2 H15 H H 0.000 -17.441 1.095 1.014
HO2 H15A H H 0.000 -18.129 0.346 -0.451
HO2 C16 C CH2 0.000 -17.865 2.482 -0.582
HO2 H16 H H 0.000 -17.857 2.489 -1.674
HO2 H16A H H 0.000 -17.170 3.238 -0.210
HO2 C17 C CH2 0.000 -19.275 2.792 -0.079
HO2 H17 H H 0.000 -19.281 2.784 1.013
HO2 H17A H H 0.000 -19.969 2.035 -0.451
HO2 C18 C CH3 0.000 -19.705 4.171 -0.582
HO2 H18B H H 0.000 -19.033 4.908 -0.222
HO2 H18A H H 0.000 -19.700 4.182 -1.643
HO2 H18 H H 0.000 -20.682 4.390 -0.235
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
HO2 O19 n/a C01 START
HO2 C01 O19 C02 .
HO2 O20 C01 . .
HO2 C02 C01 C03 .
HO2 H02 C02 . .
HO2 H02A C02 . .
HO2 C03 C02 C04 .
HO2 H03 C03 . .
HO2 H03A C03 . .
HO2 C04 C03 C05 .
HO2 H04 C04 . .
HO2 H04A C04 . .
HO2 C05 C04 C06 .
HO2 H05 C05 . .
HO2 H05A C05 . .
HO2 C06 C05 C07 .
HO2 H06 C06 . .
HO2 H06A C06 . .
HO2 C07 C06 C08 .
HO2 H07 C07 . .
HO2 H07A C07 . .
HO2 C08 C07 C09 .
HO2 H08 C08 . .
HO2 H08A C08 . .
HO2 C09 C08 C10 .
HO2 H09 C09 . .
HO2 C10 C09 C11 .
HO2 H10 C10 . .
HO2 C11 C10 C12 .
HO2 H11 C11 . .
HO2 C12 C11 C13 .
HO2 H12 C12 . .
HO2 C13 C12 C14 .
HO2 H13 C13 . .
HO2 O21 C13 HO21 .
HO2 HO21 O21 . .
HO2 C14 C13 C15 .
HO2 H14 C14 . .
HO2 H14A C14 . .
HO2 C15 C14 C16 .
HO2 H15 C15 . .
HO2 H15A C15 . .
HO2 C16 C15 C17 .
HO2 H16 C16 . .
HO2 H16A C16 . .
HO2 C17 C16 C18 .
HO2 H17 C17 . .
HO2 H17A C17 . .
HO2 C18 C17 H18 .
HO2 H18B C18 . .
HO2 H18A C18 . .
HO2 H18 C18 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
HO2 C18 C17 single 1.513 0.020
HO2 H18 C18 single 1.059 0.020
HO2 H18A C18 single 1.059 0.020
HO2 H18B C18 single 1.059 0.020
HO2 C17 C16 single 1.524 0.020
HO2 H17 C17 single 1.092 0.020
HO2 H17A C17 single 1.092 0.020
HO2 C16 C15 single 1.524 0.020
HO2 H16 C16 single 1.092 0.020
HO2 H16A C16 single 1.092 0.020
HO2 C15 C14 single 1.524 0.020
HO2 H15 C15 single 1.092 0.020
HO2 H15A C15 single 1.092 0.020
HO2 C14 C13 single 1.524 0.020
HO2 H14 C14 single 1.092 0.020
HO2 H14A C14 single 1.092 0.020
HO2 C13 C12 single 1.510 0.020
HO2 O21 C13 single 1.432 0.020
HO2 H13 C13 single 1.099 0.020
HO2 HO21 O21 single 0.967 0.020
HO2 C12 C11 double 1.330 0.020
HO2 H12 C12 single 1.077 0.020
HO2 C11 C10 single 1.460 0.020
HO2 H11 C11 single 1.077 0.020
HO2 C10 C09 double 1.330 0.020
HO2 H10 C10 single 1.077 0.020
HO2 C09 C08 single 1.510 0.020
HO2 H09 C09 single 1.077 0.020
HO2 C08 C07 single 1.524 0.020
HO2 H08 C08 single 1.092 0.020
HO2 H08A C08 single 1.092 0.020
HO2 C07 C06 single 1.524 0.020
HO2 H07 C07 single 1.092 0.020
HO2 H07A C07 single 1.092 0.020
HO2 C06 C05 single 1.524 0.020
HO2 H06 C06 single 1.092 0.020
HO2 H06A C06 single 1.092 0.020
HO2 C05 C04 single 1.524 0.020
HO2 H05 C05 single 1.092 0.020
HO2 H05A C05 single 1.092 0.020
HO2 C04 C03 single 1.524 0.020
HO2 H04 C04 single 1.092 0.020
HO2 H04A C04 single 1.092 0.020
HO2 C03 C02 single 1.524 0.020
HO2 H03 C03 single 1.092 0.020
HO2 H03A C03 single 1.092 0.020
HO2 C02 C01 single 1.510 0.020
HO2 H02 C02 single 1.092 0.020
HO2 H02A C02 single 1.092 0.020
HO2 O20 C01 deloc 1.250 0.020
HO2 C01 O19 deloc 1.250 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
HO2 O19 C01 O20 123.000 3.000
HO2 O19 C01 C02 118.500 3.000
HO2 O20 C01 C02 118.500 3.000
HO2 C01 C02 H02 109.470 3.000
HO2 C01 C02 H02A 109.470 3.000
HO2 C01 C02 C03 109.470 3.000
HO2 H02 C02 H02A 107.900 3.000
HO2 H02 C02 C03 109.470 3.000
HO2 H02A C02 C03 109.470 3.000
HO2 C02 C03 H03 109.470 3.000
HO2 C02 C03 H03A 109.470 3.000
HO2 C02 C03 C04 111.000 3.000
HO2 H03 C03 H03A 107.900 3.000
HO2 H03 C03 C04 109.470 3.000
HO2 H03A C03 C04 109.470 3.000
HO2 C03 C04 H04 109.470 3.000
HO2 C03 C04 H04A 109.470 3.000
HO2 C03 C04 C05 111.000 3.000
HO2 H04 C04 H04A 107.900 3.000
HO2 H04 C04 C05 109.470 3.000
HO2 H04A C04 C05 109.470 3.000
HO2 C04 C05 H05 109.470 3.000
HO2 C04 C05 H05A 109.470 3.000
HO2 C04 C05 C06 111.000 3.000
HO2 H05 C05 H05A 107.900 3.000
HO2 H05 C05 C06 109.470 3.000
HO2 H05A C05 C06 109.470 3.000
HO2 C05 C06 H06 109.470 3.000
HO2 C05 C06 H06A 109.470 3.000
HO2 C05 C06 C07 111.000 3.000
HO2 H06 C06 H06A 107.900 3.000
HO2 H06 C06 C07 109.470 3.000
HO2 H06A C06 C07 109.470 3.000
HO2 C06 C07 H07 109.470 3.000
HO2 C06 C07 H07A 109.470 3.000
HO2 C06 C07 C08 111.000 3.000
HO2 H07 C07 H07A 107.900 3.000
HO2 H07 C07 C08 109.470 3.000
HO2 H07A C07 C08 109.470 3.000
HO2 C07 C08 H08 109.470 3.000
HO2 C07 C08 H08A 109.470 3.000
HO2 C07 C08 C09 109.470 3.000
HO2 H08 C08 H08A 107.900 3.000
HO2 H08 C08 C09 109.470 3.000
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HO2 C08 C09 H09 120.000 3.000
HO2 C08 C09 C10 120.000 3.000
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HO2 C09 C10 C11 120.000 3.000
HO2 H10 C10 C11 120.000 3.000
HO2 C10 C11 H11 120.000 3.000
HO2 C10 C11 C12 120.000 3.000
HO2 H11 C11 C12 120.000 3.000
HO2 C11 C12 H12 120.000 3.000
HO2 C11 C12 C13 120.000 3.000
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HO2 C12 C13 H13 108.810 3.000
HO2 C12 C13 O21 109.470 3.000
HO2 C12 C13 C14 109.470 3.000
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HO2 H13 C13 C14 108.340 3.000
HO2 O21 C13 C14 109.470 3.000
HO2 C13 O21 HO21 109.470 3.000
HO2 C13 C14 H14 109.470 3.000
HO2 C13 C14 H14A 109.470 3.000
HO2 C13 C14 C15 111.000 3.000
HO2 H14 C14 H14A 107.900 3.000
HO2 H14 C14 C15 109.470 3.000
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HO2 C14 C15 H15A 109.470 3.000
HO2 C14 C15 C16 111.000 3.000
HO2 H15 C15 H15A 107.900 3.000
HO2 H15 C15 C16 109.470 3.000
HO2 H15A C15 C16 109.470 3.000
HO2 C15 C16 H16 109.470 3.000
HO2 C15 C16 H16A 109.470 3.000
HO2 C15 C16 C17 111.000 3.000
HO2 H16 C16 H16A 107.900 3.000
HO2 H16 C16 C17 109.470 3.000
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HO2 C16 C17 H17 109.470 3.000
HO2 C16 C17 H17A 109.470 3.000
HO2 C16 C17 C18 111.000 3.000
HO2 H17 C17 H17A 107.900 3.000
HO2 H17 C17 C18 109.470 3.000
HO2 H17A C17 C18 109.470 3.000
HO2 C17 C18 H18B 109.470 3.000
HO2 C17 C18 H18A 109.470 3.000
HO2 C17 C18 H18 109.470 3.000
HO2 H18B C18 H18A 109.470 3.000
HO2 H18B C18 H18 109.470 3.000
HO2 H18A C18 H18 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
HO2 var_1 O19 C01 C02 C03 -179.968 20.000 3
HO2 var_2 C01 C02 C03 C04 -179.988 20.000 3
HO2 var_3 C02 C03 C04 C05 -179.946 20.000 3
HO2 var_4 C03 C04 C05 C06 -179.971 20.000 3
HO2 var_5 C04 C05 C06 C07 179.974 20.000 3
HO2 var_6 C05 C06 C07 C08 179.990 20.000 3
HO2 var_7 C06 C07 C08 C09 -179.969 20.000 3
HO2 var_8 C07 C08 C09 C10 124.986 20.000 1
HO2 CONST_1 C08 C09 C10 C11 179.984 0.000 0
HO2 var_9 C09 C10 C11 C12 -179.949 20.000 1
HO2 CONST_2 C10 C11 C12 C13 -179.989 0.000 0
HO2 var_10 C11 C12 C13 C14 124.925 20.000 1
HO2 var_11 C12 C13 O21 HO21 60.015 20.000 1
HO2 var_12 C12 C13 C14 C15 174.982 20.000 3
HO2 var_13 C13 C14 C15 C16 -179.986 20.000 3
HO2 var_14 C14 C15 C16 C17 179.996 20.000 3
HO2 var_15 C15 C16 C17 C18 180.000 20.000 3
HO2 var_16 C16 C17 C18 H18 179.999 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
HO2 chir_01 C13 C14 O21 C12 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
HO2 plan-1 C12 0.020
HO2 plan-1 C13 0.020
HO2 plan-1 C11 0.020
HO2 plan-1 H12 0.020
HO2 plan-1 C10 0.020
HO2 plan-1 H11 0.020
HO2 plan-1 H10 0.020
HO2 plan-2 C10 0.020
HO2 plan-2 C11 0.020
HO2 plan-2 C09 0.020
HO2 plan-2 H10 0.020
HO2 plan-2 C08 0.020
HO2 plan-2 H09 0.020
HO2 plan-2 H11 0.020
HO2 plan-3 C01 0.020
HO2 plan-3 C02 0.020
HO2 plan-3 O20 0.020
HO2 plan-3 O19 0.020
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