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254
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
I2P I2P 'D-MYO-INOSITOL-2,4,5-TRIPHOSPHATE ' non-polymer 33 24 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_I2P
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
I2P O53 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
I2P P5 P P 0.000 -0.253 1.171 -0.924
I2P O51 O OP -0.666 0.214 0.823 -2.320
I2P O52 O OP -0.666 0.508 2.380 -0.425
I2P O5 O O2 0.000 -1.829 1.502 -0.952
I2P C5 C CH1 0.000 -2.489 0.329 -1.429
I2P H5 H H 0.000 -1.743 -0.452 -1.637
I2P C6 C CH1 0.000 -3.251 0.659 -2.713
I2P H6 H H 0.000 -3.996 1.440 -2.505
I2P O6 O OH1 0.000 -2.337 1.127 -3.705
I2P HO6 H H 0.000 -2.821 1.336 -4.516
I2P C1 C CH1 0.000 -3.958 -0.597 -3.224
I2P H1 H H 0.000 -3.213 -1.378 -3.432
I2P O1 O OH1 0.000 -4.672 -0.288 -4.423
I2P HO1 H H 0.000 -4.052 0.028 -5.094
I2P C4 C CH1 0.000 -3.469 -0.172 -0.367
I2P H4 H H 0.000 -4.214 0.608 -0.159
I2P O4 O O2 0.000 -2.755 -0.482 0.831
I2P P4 P P 0.000 -3.359 0.460 1.988
I2P O43 O OP -0.666 -3.167 1.912 1.608
I2P O42 O OP -0.666 -2.643 0.182 3.292
I2P O41 O OP -0.666 -4.835 0.174 2.153
I2P C3 C CH1 0.000 -4.174 -1.429 -0.879
I2P H3 H H 0.000 -3.429 -2.209 -1.087
I2P O3 O OH1 0.000 -5.090 -1.898 0.113
I2P HO3 H H 0.000 -5.537 -2.692 -0.211
I2P C2 C CH1 0.000 -4.939 -1.099 -2.162
I2P H2 H H 0.000 -5.447 -2.002 -2.529
I2P O2 O O2 0.000 -5.908 -0.084 -1.891
I2P P2 P P 0.000 -7.348 -0.710 -2.247
I2P O21 O OP -0.666 -7.594 -1.930 -1.386
I2P O22 O OP -0.666 -8.425 0.320 -1.981
I2P O23 O OP -0.666 -7.380 -1.107 -3.706
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
I2P O53 n/a P5 START
I2P P5 O53 O5 .
I2P O51 P5 . .
I2P O52 P5 . .
I2P O5 P5 C5 .
I2P C5 O5 C4 .
I2P H5 C5 . .
I2P C6 C5 C1 .
I2P H6 C6 . .
I2P O6 C6 HO6 .
I2P HO6 O6 . .
I2P C1 C6 O1 .
I2P H1 C1 . .
I2P O1 C1 HO1 .
I2P HO1 O1 . .
I2P C4 C5 C3 .
I2P H4 C4 . .
I2P O4 C4 P4 .
I2P P4 O4 O41 .
I2P O43 P4 . .
I2P O42 P4 . .
I2P O41 P4 . .
I2P C3 C4 C2 .
I2P H3 C3 . .
I2P O3 C3 HO3 .
I2P HO3 O3 . .
I2P C2 C3 O2 .
I2P H2 C2 . .
I2P O2 C2 P2 .
I2P P2 O2 O23 .
I2P O21 P2 . .
I2P O22 P2 . .
I2P O23 P2 . END
I2P C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
I2P C1 C2 single 1.524 0.020
I2P C1 C6 single 1.524 0.020
I2P O1 C1 single 1.432 0.020
I2P H1 C1 single 1.099 0.020
I2P C2 C3 single 1.524 0.020
I2P O2 C2 single 1.426 0.020
I2P H2 C2 single 1.099 0.020
I2P C3 C4 single 1.524 0.020
I2P O3 C3 single 1.432 0.020
I2P H3 C3 single 1.099 0.020
I2P C4 C5 single 1.524 0.020
I2P O4 C4 single 1.426 0.020
I2P H4 C4 single 1.099 0.020
I2P C6 C5 single 1.524 0.020
I2P C5 O5 single 1.426 0.020
I2P H5 C5 single 1.099 0.020
I2P O6 C6 single 1.432 0.020
I2P H6 C6 single 1.099 0.020
I2P HO1 O1 single 0.967 0.020
I2P P2 O2 single 1.610 0.020
I2P HO3 O3 single 0.967 0.020
I2P P4 O4 single 1.610 0.020
I2P O5 P5 single 1.610 0.020
I2P HO6 O6 single 0.967 0.020
I2P O21 P2 deloc 1.510 0.020
I2P O22 P2 deloc 1.510 0.020
I2P O23 P2 deloc 1.510 0.020
I2P O41 P4 deloc 1.510 0.020
I2P O42 P4 deloc 1.510 0.020
I2P O43 P4 deloc 1.510 0.020
I2P O51 P5 deloc 1.510 0.020
I2P O52 P5 deloc 1.510 0.020
I2P P5 O53 deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
I2P O53 P5 O51 119.900 3.000
I2P O53 P5 O52 119.900 3.000
I2P O53 P5 O5 108.200 3.000
I2P O51 P5 O52 119.900 3.000
I2P O51 P5 O5 108.200 3.000
I2P O52 P5 O5 108.200 3.000
I2P P5 O5 C5 120.500 3.000
I2P O5 C5 H5 109.470 3.000
I2P O5 C5 C6 109.470 3.000
I2P O5 C5 C4 109.470 3.000
I2P H5 C5 C6 108.340 3.000
I2P H5 C5 C4 108.340 3.000
I2P C6 C5 C4 111.000 3.000
I2P C5 C6 H6 108.340 3.000
I2P C5 C6 O6 109.470 3.000
I2P C5 C6 C1 111.000 3.000
I2P H6 C6 O6 109.470 3.000
I2P H6 C6 C1 108.340 3.000
I2P O6 C6 C1 109.470 3.000
I2P C6 O6 HO6 109.470 3.000
I2P C6 C1 H1 108.340 3.000
I2P C6 C1 O1 109.470 3.000
I2P C6 C1 C2 111.000 3.000
I2P H1 C1 O1 109.470 3.000
I2P H1 C1 C2 108.340 3.000
I2P O1 C1 C2 109.470 3.000
I2P C1 O1 HO1 109.470 3.000
I2P C5 C4 H4 108.340 3.000
I2P C5 C4 O4 109.470 3.000
I2P C5 C4 C3 111.000 3.000
I2P H4 C4 O4 109.470 3.000
I2P H4 C4 C3 108.340 3.000
I2P O4 C4 C3 109.470 3.000
I2P C4 O4 P4 120.500 3.000
I2P O4 P4 O43 108.200 3.000
I2P O4 P4 O42 108.200 3.000
I2P O4 P4 O41 108.200 3.000
I2P O43 P4 O42 119.900 3.000
I2P O43 P4 O41 119.900 3.000
I2P O42 P4 O41 119.900 3.000
I2P C4 C3 H3 108.340 3.000
I2P C4 C3 O3 109.470 3.000
I2P C4 C3 C2 111.000 3.000
I2P H3 C3 O3 109.470 3.000
I2P H3 C3 C2 108.340 3.000
I2P O3 C3 C2 109.470 3.000
I2P C3 O3 HO3 109.470 3.000
I2P C3 C2 H2 108.340 3.000
I2P C3 C2 O2 109.470 3.000
I2P C3 C2 C1 111.000 3.000
I2P H2 C2 O2 109.470 3.000
I2P H2 C2 C1 108.340 3.000
I2P O2 C2 C1 109.470 3.000
I2P C2 O2 P2 120.500 3.000
I2P O2 P2 O21 108.200 3.000
I2P O2 P2 O22 108.200 3.000
I2P O2 P2 O23 108.200 3.000
I2P O21 P2 O22 119.900 3.000
I2P O21 P2 O23 119.900 3.000
I2P O22 P2 O23 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
I2P var_1 O53 P5 O5 C5 -59.981 20.000 1
I2P var_2 P5 O5 C5 C4 119.980 20.000 1
I2P var_3 O5 C5 C6 C1 180.000 20.000 3
I2P var_4 C5 C6 O6 HO6 -179.959 20.000 1
I2P var_5 C5 C6 C1 O1 180.000 20.000 3
I2P var_6 C6 C1 C2 C3 -60.000 20.000 3
I2P var_7 C6 C1 O1 HO1 59.958 20.000 1
I2P var_8 O5 C5 C4 C3 180.000 20.000 3
I2P var_9 C5 C4 O4 P4 120.033 20.000 1
I2P var_10 C4 O4 P4 O41 60.004 20.000 1
I2P var_11 C5 C4 C3 C2 -60.000 20.000 3
I2P var_12 C4 C3 O3 HO3 179.932 20.000 1
I2P var_13 C4 C3 C2 O2 -60.000 20.000 3
I2P var_14 C3 C2 O2 P2 -120.067 20.000 1
I2P var_15 C2 O2 P2 O23 -59.969 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
I2P chir_01 C1 C2 C6 O1 positiv
I2P chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
I2P chir_03 C3 C2 C4 O3 negativ
I2P chir_04 C4 C3 C5 O4 positiv
I2P chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
I2P chir_06 C6 C1 C5 O6 negativ
# ------------------------------------------------------
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