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254
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
I3P I3P 'D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE ' non-polymer 33 24 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_I3P
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
I3P O53 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
I3P P5 P P 0.000 -0.947 0.920 -0.739
I3P O51 O OP -0.666 -1.491 0.208 -1.959
I3P O52 O OP -0.666 -0.204 2.165 -1.171
I3P O5 O O2 0.000 -2.164 1.327 0.232
I3P C5 C CH1 0.000 -2.821 0.115 0.604
I3P H5 H H 0.000 -2.316 -0.737 0.128
I3P C4 C CH1 0.000 -2.772 -0.046 2.124
I3P H4 H H 0.000 -3.278 0.806 2.599
I3P O4 O O2 0.000 -1.409 -0.092 2.553
I3P P4 P P 0.000 -1.198 1.141 3.564
I3P O43 O OP -0.666 -1.490 2.440 2.844
I3P O42 O OP -0.666 0.232 1.151 4.059
I3P O41 O OP -0.666 -2.137 0.995 4.741
I3P C3 C CH1 0.000 -3.476 -1.345 2.521
I3P H3 H H 0.000 -2.970 -2.196 2.044
I3P O3 O OH1 0.000 -3.428 -1.496 3.942
I3P HO3 H H 0.000 -3.873 -2.317 4.193
I3P C2 C CH1 0.000 -4.933 -1.295 2.062
I3P H2 H H 0.000 -5.439 -2.228 2.348
I3P O2 O OH1 0.000 -5.590 -0.189 2.680
I3P HO2 H H 0.000 -5.558 -0.292 3.641
I3P C6 C CH1 0.000 -4.279 0.164 0.145
I3P H6 H H 0.000 -4.785 1.016 0.621
I3P O6 O OH1 0.000 -4.326 0.316 -1.276
I3P HO6 H H 0.000 -5.248 0.347 -1.566
I3P C1 C CH1 0.000 -4.983 -1.134 0.542
I3P H1 H H 0.000 -4.477 -1.986 0.066
I3P O1 O O2 0.000 -6.345 -1.088 0.112
I3P P1 P P 0.000 -6.556 -2.322 -0.900
I3P O11 O OP -0.666 -6.263 -3.620 -0.180
I3P O12 O OP -0.666 -7.986 -2.331 -1.394
I3P O13 O OP -0.666 -5.616 -2.175 -2.076
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
I3P O53 n/a P5 START
I3P P5 O53 O5 .
I3P O51 P5 . .
I3P O52 P5 . .
I3P O5 P5 C5 .
I3P C5 O5 C6 .
I3P H5 C5 . .
I3P C4 C5 C3 .
I3P H4 C4 . .
I3P O4 C4 P4 .
I3P P4 O4 O41 .
I3P O43 P4 . .
I3P O42 P4 . .
I3P O41 P4 . .
I3P C3 C4 C2 .
I3P H3 C3 . .
I3P O3 C3 HO3 .
I3P HO3 O3 . .
I3P C2 C3 O2 .
I3P H2 C2 . .
I3P O2 C2 HO2 .
I3P HO2 O2 . .
I3P C6 C5 C1 .
I3P H6 C6 . .
I3P O6 C6 HO6 .
I3P HO6 O6 . .
I3P C1 C6 O1 .
I3P H1 C1 . .
I3P O1 C1 P1 .
I3P P1 O1 O13 .
I3P O11 P1 . .
I3P O12 P1 . .
I3P O13 P1 . END
I3P C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
I3P C1 C2 single 1.524 0.020
I3P C1 C6 single 1.524 0.020
I3P O1 C1 single 1.426 0.020
I3P H1 C1 single 1.099 0.020
I3P C2 C3 single 1.524 0.020
I3P O2 C2 single 1.432 0.020
I3P H2 C2 single 1.099 0.020
I3P C3 C4 single 1.524 0.020
I3P O3 C3 single 1.432 0.020
I3P H3 C3 single 1.099 0.020
I3P C4 C5 single 1.524 0.020
I3P O4 C4 single 1.426 0.020
I3P H4 C4 single 1.099 0.020
I3P C6 C5 single 1.524 0.020
I3P C5 O5 single 1.426 0.020
I3P H5 C5 single 1.099 0.020
I3P O6 C6 single 1.432 0.020
I3P H6 C6 single 1.099 0.020
I3P P1 O1 single 1.610 0.020
I3P HO2 O2 single 0.967 0.020
I3P HO3 O3 single 0.967 0.020
I3P P4 O4 single 1.610 0.020
I3P O5 P5 single 1.610 0.020
I3P HO6 O6 single 0.967 0.020
I3P O11 P1 deloc 1.510 0.020
I3P O12 P1 deloc 1.510 0.020
I3P O13 P1 deloc 1.510 0.020
I3P O41 P4 deloc 1.510 0.020
I3P O42 P4 deloc 1.510 0.020
I3P O43 P4 deloc 1.510 0.020
I3P O51 P5 deloc 1.510 0.020
I3P O52 P5 deloc 1.510 0.020
I3P P5 O53 deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
I3P O53 P5 O51 119.900 3.000
I3P O53 P5 O52 119.900 3.000
I3P O53 P5 O5 108.200 3.000
I3P O51 P5 O52 119.900 3.000
I3P O51 P5 O5 108.200 3.000
I3P O52 P5 O5 108.200 3.000
I3P P5 O5 C5 120.500 3.000
I3P O5 C5 H5 109.470 3.000
I3P O5 C5 C4 109.470 3.000
I3P O5 C5 C6 109.470 3.000
I3P H5 C5 C4 108.340 3.000
I3P H5 C5 C6 108.340 3.000
I3P C4 C5 C6 111.000 3.000
I3P C5 C4 H4 108.340 3.000
I3P C5 C4 O4 109.470 3.000
I3P C5 C4 C3 111.000 3.000
I3P H4 C4 O4 109.470 3.000
I3P H4 C4 C3 108.340 3.000
I3P O4 C4 C3 109.470 3.000
I3P C4 O4 P4 120.500 3.000
I3P O4 P4 O43 108.200 3.000
I3P O4 P4 O42 108.200 3.000
I3P O4 P4 O41 108.200 3.000
I3P O43 P4 O42 119.900 3.000
I3P O43 P4 O41 119.900 3.000
I3P O42 P4 O41 119.900 3.000
I3P C4 C3 H3 108.340 3.000
I3P C4 C3 O3 109.470 3.000
I3P C4 C3 C2 111.000 3.000
I3P H3 C3 O3 109.470 3.000
I3P H3 C3 C2 108.340 3.000
I3P O3 C3 C2 109.470 3.000
I3P C3 O3 HO3 109.470 3.000
I3P C3 C2 H2 108.340 3.000
I3P C3 C2 O2 109.470 3.000
I3P C3 C2 C1 111.000 3.000
I3P H2 C2 O2 109.470 3.000
I3P H2 C2 C1 108.340 3.000
I3P O2 C2 C1 109.470 3.000
I3P C2 O2 HO2 109.470 3.000
I3P C5 C6 H6 108.340 3.000
I3P C5 C6 O6 109.470 3.000
I3P C5 C6 C1 111.000 3.000
I3P H6 C6 O6 109.470 3.000
I3P H6 C6 C1 108.340 3.000
I3P O6 C6 C1 109.470 3.000
I3P C6 O6 HO6 109.470 3.000
I3P C6 C1 H1 108.340 3.000
I3P C6 C1 O1 109.470 3.000
I3P C6 C1 C2 111.000 3.000
I3P H1 C1 O1 109.470 3.000
I3P H1 C1 C2 108.340 3.000
I3P O1 C1 C2 109.470 3.000
I3P C1 O1 P1 120.500 3.000
I3P O1 P1 O11 108.200 3.000
I3P O1 P1 O12 108.200 3.000
I3P O1 P1 O13 108.200 3.000
I3P O11 P1 O12 119.900 3.000
I3P O11 P1 O13 119.900 3.000
I3P O12 P1 O13 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
I3P var_1 O53 P5 O5 C5 -60.011 20.000 1
I3P var_2 P5 O5 C5 C6 -119.981 20.000 1
I3P var_3 O5 C5 C4 C3 180.000 20.000 3
I3P var_4 C5 C4 O4 P4 120.041 20.000 1
I3P var_5 C4 O4 P4 O41 59.986 20.000 1
I3P var_6 C5 C4 C3 C2 -60.000 20.000 3
I3P var_7 C4 C3 O3 HO3 179.980 20.000 1
I3P var_8 C4 C3 C2 O2 -60.000 20.000 3
I3P var_9 C3 C2 O2 HO2 -60.034 20.000 1
I3P var_10 O5 C5 C6 C1 180.000 20.000 3
I3P var_11 C5 C6 O6 HO6 179.963 20.000 1
I3P var_12 C5 C6 C1 O1 180.000 20.000 3
I3P var_13 C6 C1 C2 C3 -60.000 20.000 3
I3P var_14 C6 C1 O1 P1 120.005 20.000 1
I3P var_15 C1 O1 P1 O13 -59.937 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
I3P chir_01 C1 C2 C6 O1 positiv
I3P chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
I3P chir_03 C3 C2 C4 O3 negativ
I3P chir_04 C4 C3 C5 O4 positiv
I3P chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
I3P chir_06 C6 C1 C5 O6 negativ
# ------------------------------------------------------
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