1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
IDE IDE '(5R,6R,7S,8S)-3-(ANILINOMETHYL)-5,6,' non-polymer 41 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_IDE
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
IDE O2B O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
IDE H1 H H 0.000 -0.342 -0.896 -0.123
IDE C2B C CH1 0.000 -0.827 0.926 -0.707
IDE H2B H H 0.000 -0.835 0.674 -1.777
IDE C3B C CH1 0.000 -0.289 2.350 -0.516
IDE H3B H H 0.000 -0.099 2.531 0.552
IDE O3B O OH1 0.000 0.928 2.504 -1.250
IDE H2 H H 0.000 1.582 1.870 -0.925
IDE C4B C CH1 0.000 -1.325 3.354 -1.028
IDE H4B H H 0.000 -1.642 3.069 -2.041
IDE O4B O OH1 0.000 -0.748 4.661 -1.059
IDE H3 H H 0.000 0.019 4.660 -1.648
IDE C1B C CR5 0.000 -2.234 0.876 -0.160
IDE N1B N NR5 0.000 -2.982 1.973 0.111
IDE C5B C CH1 0.000 -2.541 3.355 -0.094
IDE H5B H H 0.000 -2.264 3.801 0.871
IDE C6B C CH2 0.000 -3.673 4.166 -0.728
IDE H6B1 H H 0.000 -4.006 3.673 -1.644
IDE H6B2 H H 0.000 -3.313 5.169 -0.966
IDE O6B O OH1 0.000 -4.765 4.257 0.189
IDE H6B H H 0.000 -5.480 4.770 -0.212
IDE N2B N NRD5 0.000 -2.930 -0.183 0.133
IDE C7B C CR5 0.000 -4.133 0.193 0.595
IDE C8B C CR15 0.000 -4.182 1.540 0.586
IDE H8B H H 0.000 -5.015 2.159 0.897
IDE C7 C CH2 0.000 -5.237 -0.731 1.045
IDE H71 H H 0.000 -5.882 -0.208 1.754
IDE H72 H H 0.000 -4.802 -1.608 1.528
IDE N1 N NH1 0.000 -6.025 -1.151 -0.117
IDE HN1 H H 0.000 -5.783 -0.816 -1.039
IDE C1 C CR6 0.000 -7.110 -2.014 0.051
IDE C2 C CR16 0.000 -7.440 -2.479 1.318
IDE H4 H H 0.000 -6.854 -2.176 2.177
IDE C3 C CR16 0.000 -8.516 -3.330 1.482
IDE H5 H H 0.000 -8.778 -3.688 2.470
IDE C4 C CR16 0.000 -9.259 -3.725 0.384
IDE H6 H H 0.000 -10.100 -4.395 0.514
IDE C5 C CR16 0.000 -8.931 -3.268 -0.878
IDE H7 H H 0.000 -9.516 -3.579 -1.735
IDE C6 C CR16 0.000 -7.859 -2.414 -1.049
IDE H8 H H 0.000 -7.602 -2.056 -2.038
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
IDE O2B n/a C2B START
IDE H1 O2B . .
IDE C2B O2B C1B .
IDE H2B C2B . .
IDE C3B C2B C4B .
IDE H3B C3B . .
IDE O3B C3B H2 .
IDE H2 O3B . .
IDE C4B C3B O4B .
IDE H4B C4B . .
IDE O4B C4B H3 .
IDE H3 O4B . .
IDE C1B C2B N2B .
IDE N1B C1B C5B .
IDE C5B N1B C6B .
IDE H5B C5B . .
IDE C6B C5B O6B .
IDE H6B1 C6B . .
IDE H6B2 C6B . .
IDE O6B C6B H6B .
IDE H6B O6B . .
IDE N2B C1B C7B .
IDE C7B N2B C7 .
IDE C8B C7B H8B .
IDE H8B C8B . .
IDE C7 C7B N1 .
IDE H71 C7 . .
IDE H72 C7 . .
IDE N1 C7 C1 .
IDE HN1 N1 . .
IDE C1 N1 C2 .
IDE C2 C1 C3 .
IDE H4 C2 . .
IDE C3 C2 C4 .
IDE H5 C3 . .
IDE C4 C3 C5 .
IDE H6 C4 . .
IDE C5 C4 C6 .
IDE H7 C5 . .
IDE C6 C5 H8 .
IDE H8 C6 . END
IDE C5B C4B . ADD
IDE N1B C8B . ADD
IDE C1 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
IDE O6B C6B single 1.432 0.020
IDE H6B O6B single 0.967 0.020
IDE C6B C5B single 1.524 0.020
IDE H6B1 C6B single 1.092 0.020
IDE H6B2 C6B single 1.092 0.020
IDE C5B C4B single 1.524 0.020
IDE C5B N1B single 1.485 0.020
IDE H5B C5B single 1.099 0.020
IDE O4B C4B single 1.432 0.020
IDE C4B C3B single 1.524 0.020
IDE H4B C4B single 1.099 0.020
IDE H3 O4B single 0.967 0.020
IDE O3B C3B single 1.432 0.020
IDE C3B C2B single 1.524 0.020
IDE H3B C3B single 1.099 0.020
IDE H2 O3B single 0.967 0.020
IDE C2B O2B single 1.432 0.020
IDE C1B C2B single 1.480 0.020
IDE H2B C2B single 1.099 0.020
IDE H1 O2B single 0.967 0.020
IDE N1B C8B single 1.337 0.020
IDE N1B C1B single 1.337 0.020
IDE C8B C7B double 1.387 0.020
IDE H8B C8B single 1.083 0.020
IDE C7B N2B single 1.350 0.020
IDE C7 C7B single 1.510 0.020
IDE N2B C1B double 1.350 0.020
IDE N1 C7 single 1.450 0.020
IDE H71 C7 single 1.092 0.020
IDE H72 C7 single 1.092 0.020
IDE C1 N1 single 1.350 0.020
IDE HN1 N1 single 1.010 0.020
IDE C1 C6 double 1.390 0.020
IDE C2 C1 single 1.390 0.020
IDE C6 C5 single 1.390 0.020
IDE H8 C6 single 1.083 0.020
IDE C5 C4 double 1.390 0.020
IDE H7 C5 single 1.083 0.020
IDE C4 C3 single 1.390 0.020
IDE H6 C4 single 1.083 0.020
IDE C3 C2 double 1.390 0.020
IDE H5 C3 single 1.083 0.020
IDE H4 C2 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
IDE H1 O2B C2B 109.470 3.000
IDE O2B C2B H2B 109.470 3.000
IDE O2B C2B C3B 109.470 3.000
IDE O2B C2B C1B 109.500 3.000
IDE H2B C2B C3B 108.340 3.000
IDE H2B C2B C1B 109.470 3.000
IDE C3B C2B C1B 109.470 3.000
IDE C2B C3B H3B 108.340 3.000
IDE C2B C3B O3B 109.470 3.000
IDE C2B C3B C4B 111.000 3.000
IDE H3B C3B O3B 109.470 3.000
IDE H3B C3B C4B 108.340 3.000
IDE O3B C3B C4B 109.470 3.000
IDE C3B O3B H2 109.470 3.000
IDE C3B C4B H4B 108.340 3.000
IDE C3B C4B O4B 109.470 3.000
IDE C3B C4B C5B 111.000 3.000
IDE H4B C4B O4B 109.470 3.000
IDE H4B C4B C5B 108.340 3.000
IDE O4B C4B C5B 109.470 3.000
IDE C4B O4B H3 109.470 3.000
IDE C2B C1B N1B 126.000 3.000
IDE C2B C1B N2B 126.000 3.000
IDE N1B C1B N2B 108.000 3.000
IDE C1B N1B C5B 126.000 3.000
IDE C1B N1B C8B 108.000 3.000
IDE C5B N1B C8B 126.000 3.000
IDE N1B C5B H5B 109.470 3.000
IDE N1B C5B C6B 109.470 3.000
IDE N1B C5B C4B 109.470 3.000
IDE H5B C5B C6B 108.340 3.000
IDE H5B C5B C4B 108.340 3.000
IDE C6B C5B C4B 111.000 3.000
IDE C5B C6B H6B1 109.470 3.000
IDE C5B C6B H6B2 109.470 3.000
IDE C5B C6B O6B 109.470 3.000
IDE H6B1 C6B H6B2 107.900 3.000
IDE H6B1 C6B O6B 109.470 3.000
IDE H6B2 C6B O6B 109.470 3.000
IDE C6B O6B H6B 109.470 3.000
IDE C1B N2B C7B 108.000 3.000
IDE N2B C7B C8B 108.000 3.000
IDE N2B C7B C7 126.000 3.000
IDE C8B C7B C7 126.000 3.000
IDE C7B C8B H8B 126.000 3.000
IDE C7B C8B N1B 108.000 3.000
IDE H8B C8B N1B 126.000 3.000
IDE C7B C7 H71 109.470 3.000
IDE C7B C7 H72 109.470 3.000
IDE C7B C7 N1 109.500 3.000
IDE H71 C7 H72 107.900 3.000
IDE H71 C7 N1 109.470 3.000
IDE H72 C7 N1 109.470 3.000
IDE C7 N1 HN1 118.500 3.000
IDE C7 N1 C1 120.000 3.000
IDE HN1 N1 C1 120.000 3.000
IDE N1 C1 C2 120.000 3.000
IDE N1 C1 C6 120.000 3.000
IDE C2 C1 C6 120.000 3.000
IDE C1 C2 H4 120.000 3.000
IDE C1 C2 C3 120.000 3.000
IDE H4 C2 C3 120.000 3.000
IDE C2 C3 H5 120.000 3.000
IDE C2 C3 C4 120.000 3.000
IDE H5 C3 C4 120.000 3.000
IDE C3 C4 H6 120.000 3.000
IDE C3 C4 C5 120.000 3.000
IDE H6 C4 C5 120.000 3.000
IDE C4 C5 H7 120.000 3.000
IDE C4 C5 C6 120.000 3.000
IDE H7 C5 C6 120.000 3.000
IDE C5 C6 H8 120.000 3.000
IDE C5 C6 C1 120.000 3.000
IDE H8 C6 C1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
IDE var_1 H1 O2B C2B C1B 61.247 20.000 1
IDE var_2 O2B C2B C3B C4B 180.000 20.000 3
IDE var_3 C2B C3B O3B H2 -60.304 20.000 1
IDE var_4 C2B C3B C4B O4B 180.000 20.000 3
IDE var_5 C3B C4B O4B H3 60.027 20.000 1
IDE var_6 O2B C2B C1B N2B -30.000 20.000 1
IDE CONST_1 C2B C1B N1B C5B 0.000 0.000 0
IDE CONST_2 C1B N1B C8B C7B 0.000 0.000 0
IDE var_7 C1B N1B C5B C6B 150.000 20.000 1
IDE var_8 N1B C5B C4B C3B -60.000 20.000 3
IDE var_9 N1B C5B C6B O6B 65.231 20.000 3
IDE var_10 C5B C6B O6B H6B 179.991 20.000 1
IDE CONST_3 C2B C1B N2B C7B 180.000 0.000 0
IDE CONST_4 C1B N2B C7B C7 180.000 0.000 0
IDE CONST_5 N2B C7B C8B N1B 0.000 0.000 0
IDE var_11 N2B C7B C7 N1 -85.035 20.000 2
IDE var_12 C7B C7 N1 C1 -179.957 20.000 3
IDE var_13 C7 N1 C1 C2 -0.273 20.000 1
IDE CONST_6 N1 C1 C6 C5 180.000 0.000 0
IDE CONST_7 N1 C1 C2 C3 180.000 0.000 0
IDE CONST_8 C1 C2 C3 C4 0.000 0.000 0
IDE CONST_9 C2 C3 C4 C5 0.000 0.000 0
IDE CONST_10 C3 C4 C5 C6 0.000 0.000 0
IDE CONST_11 C4 C5 C6 C1 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
IDE chir_01 C5B C6B C4B N1B positiv
IDE chir_02 C4B C5B O4B C3B negativ
IDE chir_03 C3B C4B O3B C2B positiv
IDE chir_04 C2B C3B O2B C1B negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
IDE plan-1 N1B 0.020
IDE plan-1 C5B 0.020
IDE plan-1 C8B 0.020
IDE plan-1 C1B 0.020
IDE plan-1 C7B 0.020
IDE plan-1 N2B 0.020
IDE plan-1 H8B 0.020
IDE plan-1 C7 0.020
IDE plan-1 C2B 0.020
IDE plan-2 N1 0.020
IDE plan-2 C7 0.020
IDE plan-2 C1 0.020
IDE plan-2 HN1 0.020
IDE plan-3 C1 0.020
IDE plan-3 N1 0.020
IDE plan-3 C6 0.020
IDE plan-3 C2 0.020
IDE plan-3 C5 0.020
IDE plan-3 C4 0.020
IDE plan-3 C3 0.020
IDE plan-3 H8 0.020
IDE plan-3 H7 0.020
IDE plan-3 H6 0.020
IDE plan-3 H5 0.020
IDE plan-3 H4 0.020
IDE plan-3 HN1 0.020
# ------------------------------------------------------
|
