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296
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
IGU IGU '2'-DEOXYISOGUANINE-5'-MONOPHOSPHATE ' DNA 35 23 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_IGU
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
IGU OP3 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
IGU P P P 0.000 -0.446 1.293 0.646
IGU OP1 O OP -0.666 0.674 2.162 1.177
IGU OP2 O OP -0.666 -1.312 1.933 -0.417
IGU "O5'" O O2 0.000 -1.511 0.795 1.759
IGU "C5'" C CH2 0.000 -2.590 -0.023 1.343
IGU "H5'" H H 0.000 -2.207 -0.945 0.900
IGU "H5''" H H 0.000 -3.196 0.509 0.607
IGU "C4'" C CH1 0.000 -3.444 -0.359 2.558
IGU "H4'" H H 0.000 -2.828 -0.861 3.318
IGU "C3'" C CH1 0.000 -4.645 -1.232 2.211
IGU "H3'" H H 0.000 -4.453 -1.854 1.325
IGU "C2'" C CH2 0.000 -5.743 -0.224 1.961
IGU "H2'" H H 0.000 -6.741 -0.615 2.169
IGU "H2''" H H 0.000 -5.721 0.196 0.953
IGU "C1'" C CH1 0.000 -5.400 0.861 2.971
IGU "H1'" H H 0.000 -5.830 0.582 3.944
IGU "O4'" O O2 0.000 -3.966 0.876 3.092
IGU N9 N NR5 0.000 -5.883 2.190 2.614
IGU C4 C CR56 0.000 -7.048 2.782 2.982
IGU C5 C CR56 0.000 -7.057 4.016 2.406
IGU N7 N NRD5 0.000 -5.922 4.228 1.677
IGU C8 C CR15 0.000 -5.234 3.110 1.822
IGU H8 H H 0.000 -4.266 2.936 1.368
IGU N3 N NR16 0.000 -8.049 2.298 3.764
IGU HN3 H H 0.000 -8.005 1.348 4.186
IGU C2 C CR6 0.000 -9.146 3.150 3.972
IGU N1 N NRD6 0.000 -9.166 4.423 3.384
IGU C6 C CR6 0.000 -8.192 4.862 2.637
IGU N6 N NH2 0.000 -8.105 6.076 2.019
IGU HN62 H H 0.000 -7.948 6.129 1.021
IGU HN61 H H 0.000 -8.198 6.928 2.557
IGU O2 O O 0.000 -10.083 2.762 4.675
IGU "O3'" O OH1 0.000 -5.006 -2.020 3.342
IGU "HO3'" H H 0.000 -5.016 -1.421 4.104
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
IGU OP3 n/a P START
IGU P OP3 "O5'" .
IGU OP1 P . .
IGU OP2 P . .
IGU "O5'" P "C5'" .
IGU "C5'" "O5'" "C4'" .
IGU "H5'" "C5'" . .
IGU "H5''" "C5'" . .
IGU "C4'" "C5'" "C3'" .
IGU "H4'" "C4'" . .
IGU "C3'" "C4'" "O3'" .
IGU "H3'" "C3'" . .
IGU "C2'" "C3'" "C1'" .
IGU "H2'" "C2'" . .
IGU "H2''" "C2'" . .
IGU "C1'" "C2'" N9 .
IGU "H1'" "C1'" . .
IGU "O4'" "C1'" . .
IGU N9 "C1'" C4 .
IGU C4 N9 N3 .
IGU C5 C4 N7 .
IGU N7 C5 C8 .
IGU C8 N7 H8 .
IGU H8 C8 . .
IGU N3 C4 C2 .
IGU HN3 N3 . .
IGU C2 N3 O2 .
IGU N1 C2 C6 .
IGU C6 N1 N6 .
IGU N6 C6 HN61 .
IGU HN62 N6 . .
IGU HN61 N6 . .
IGU O2 C2 . .
IGU "O3'" "C3'" . END
IGU "HO3'" "O3'" . .
IGU "C4'" "O4'" . ADD
IGU N9 C8 . ADD
IGU C6 C5 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
IGU OP1 P deloc 1.510 0.020
IGU OP2 P deloc 1.510 0.020
IGU P OP3 deloc 1.510 0.020
IGU "O5'" P single 1.610 0.020
IGU "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
IGU "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
IGU "H5'" "C5'" single 1.092 0.020
IGU "H5''" "C5'" single 1.092 0.020
IGU "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
IGU "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
IGU "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
IGU "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
IGU "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
IGU "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
IGU "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
IGU "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
IGU "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
IGU "H2'" "C2'" single 1.092 0.020
IGU "H2''" "C2'" single 1.092 0.020
IGU N9 "C1'" single 1.485 0.020
IGU "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
IGU N9 C8 single 1.337 0.020
IGU C4 N9 single 1.337 0.020
IGU C8 N7 double 1.350 0.020
IGU H8 C8 single 1.083 0.020
IGU N7 C5 single 1.350 0.020
IGU N6 C6 single 1.355 0.020
IGU C6 C5 single 1.490 0.020
IGU C6 N1 double 1.350 0.020
IGU HN61 N6 single 1.010 0.020
IGU HN62 N6 single 1.010 0.020
IGU C5 C4 double 1.490 0.020
IGU N1 C2 single 1.350 0.020
IGU O2 C2 double 1.250 0.020
IGU C2 N3 single 1.337 0.020
IGU N3 C4 single 1.337 0.020
IGU HN3 N3 single 1.040 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
IGU OP3 P OP1 119.900 3.000
IGU OP3 P OP2 119.900 3.000
IGU OP3 P "O5'" 108.200 3.000
IGU OP1 P OP2 119.900 3.000
IGU OP1 P "O5'" 108.200 3.000
IGU OP2 P "O5'" 108.200 3.000
IGU P "O5'" "C5'" 120.500 3.000
IGU "O5'" "C5'" "H5'" 109.470 3.000
IGU "O5'" "C5'" "H5''" 109.470 3.000
IGU "O5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
IGU "H5'" "C5'" "H5''" 107.900 3.000
IGU "H5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
IGU "H5''" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
IGU "C5'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
IGU "C5'" "C4'" "C3'" 111.000 3.000
IGU "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
IGU "H4'" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
IGU "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
IGU "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
IGU "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
IGU "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
IGU "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
IGU "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
IGU "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
IGU "C2'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
IGU "C3'" "C2'" "H2'" 109.470 3.000
IGU "C3'" "C2'" "H2''" 109.470 3.000
IGU "C3'" "C2'" "C1'" 111.000 3.000
IGU "H2'" "C2'" "H2''" 107.900 3.000
IGU "H2'" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
IGU "H2''" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
IGU "C2'" "C1'" "H1'" 108.340 3.000
IGU "C2'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
IGU "C2'" "C1'" N9 109.470 3.000
IGU "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
IGU "H1'" "C1'" N9 109.470 3.000
IGU "O4'" "C1'" N9 109.470 3.000
IGU "C1'" "O4'" "C4'" 111.800 3.000
IGU "C1'" N9 C4 126.000 3.000
IGU "C1'" N9 C8 126.000 3.000
IGU C4 N9 C8 108.000 3.000
IGU N9 C4 C5 108.000 3.000
IGU N9 C4 N3 132.000 3.000
IGU C5 C4 N3 120.000 3.000
IGU C4 C5 N7 108.000 3.000
IGU C4 C5 C6 120.000 3.000
IGU N7 C5 C6 132.000 3.000
IGU C5 N7 C8 108.000 3.000
IGU N7 C8 H8 126.000 3.000
IGU N7 C8 N9 108.000 3.000
IGU H8 C8 N9 126.000 3.000
IGU C4 N3 HN3 120.000 3.000
IGU C4 N3 C2 120.000 3.000
IGU HN3 N3 C2 120.000 3.000
IGU N3 C2 N1 120.000 3.000
IGU N3 C2 O2 120.000 3.000
IGU N1 C2 O2 120.000 3.000
IGU C2 N1 C6 120.000 3.000
IGU N1 C6 N6 120.000 3.000
IGU N1 C6 C5 120.000 3.000
IGU N6 C6 C5 120.000 3.000
IGU C6 N6 HN62 120.000 3.000
IGU C6 N6 HN61 120.000 3.000
IGU HN62 N6 HN61 120.000 3.000
IGU "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
IGU var_1 OP3 P "O5'" "C5'" -54.180 20.000 1
IGU var_2 P "O5'" "C5'" "C4'" 179.954 20.000 1
IGU var_3 "O5'" "C5'" "C4'" "C3'" 179.546 20.000 3
IGU var_4 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 120.000 20.000 1
IGU var_5 "C5'" "C4'" "C3'" "O3'" 150.000 20.000 3
IGU var_6 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" -30.000 20.000 3
IGU var_7 "C3'" "C2'" "C1'" N9 150.000 20.000 3
IGU var_8 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
IGU var_9 "C2'" "C1'" N9 C4 93.492 20.000 1
IGU CONST_1 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
IGU CONST_2 "C1'" N9 C4 N3 0.000 0.000 0
IGU CONST_3 N9 C4 C5 N7 0.000 0.000 0
IGU CONST_4 C4 C5 N7 C8 0.000 0.000 0
IGU CONST_5 C5 N7 C8 N9 0.000 0.000 0
IGU CONST_6 N9 C4 N3 C2 180.000 0.000 0
IGU CONST_7 C4 N3 C2 O2 180.000 0.000 0
IGU CONST_8 N3 C2 N1 C6 0.000 0.000 0
IGU CONST_9 C2 N1 C6 N6 180.000 0.000 0
IGU CONST_10 N1 C6 C5 C4 0.000 0.000 0
IGU CONST_11 N1 C6 N6 HN61 55.059 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
IGU chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
IGU chir_02 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
IGU chir_03 "C1'" "O4'" "C2'" N9 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
IGU plan-1 N9 0.020
IGU plan-1 "C1'" 0.020
IGU plan-1 C8 0.020
IGU plan-1 C4 0.020
IGU plan-1 N7 0.020
IGU plan-1 H8 0.020
IGU plan-1 C5 0.020
IGU plan-1 C6 0.020
IGU plan-1 N6 0.020
IGU plan-1 N1 0.020
IGU plan-1 C2 0.020
IGU plan-1 N3 0.020
IGU plan-1 O2 0.020
IGU plan-1 HN3 0.020
IGU plan-1 HN62 0.020
IGU plan-1 HN61 0.020
IGU plan-2 N6 0.020
IGU plan-2 C6 0.020
IGU plan-2 HN61 0.020
IGU plan-2 HN62 0.020
# ------------------------------------------------------
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