1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
IME IME 'TETRA(IMIDAZOLE)DIAQUACOPPER (II) ' non-polymer 37 23 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_IME
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
IME O2 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
IME HO2 H H 0.000 0.284 -0.836 -0.201
IME CU CU CU 2.000 -1.257 -0.007 0.819
IME O1 O OH1 0.000 -2.513 -0.015 1.638
IME HO1 H H 0.000 -2.805 -0.854 1.813
IME NE6 N NR5 0.000 -1.265 -1.597 0.793
IME CD6 C CR15 0.000 -2.341 -2.409 1.029
IME HD24 H H 0.000 -3.349 -2.091 1.269
IME CE5 C CR15 0.000 -0.210 -2.400 0.529
IME HE14 H H 0.000 0.793 -2.067 0.294
IME ND5 N NRD5 0.000 -0.602 -3.643 0.604
IME CG4 C CR15 0.000 -1.908 -3.677 0.906
IME HG4 H H 0.000 -2.509 -4.570 1.030
IME NEM N NR5 0.000 -2.125 0.018 -0.512
IME CDM C CR15 0.000 -3.400 -0.458 -0.660
IME HD22 H H 0.000 -4.008 -0.924 0.106
IME CEL C CR15 0.000 -1.745 0.519 -1.707
IME HE12 H H 0.000 -0.789 0.979 -1.923
IME NDL N NRD5 0.000 -2.721 0.358 -2.558
IME CG2 C CR15 0.000 -3.753 -0.237 -1.940
IME HG2 H H 0.000 -4.703 -0.494 -2.392
IME NEW N NR5 0.000 -1.249 1.582 0.845
IME CDW C CR15 0.000 -0.271 2.382 1.373
IME HD23 H H 0.000 0.643 2.053 1.851
IME CEV C CR15 0.000 -2.204 2.396 0.345
IME HE13 H H 0.000 -3.112 2.074 -0.149
IME NDV N NRD5 0.000 -1.850 3.634 0.556
IME CG3 C CR15 0.000 -0.663 3.656 1.183
IME HG3 H H 0.000 -0.117 4.542 1.482
IME NEC N NR5 0.000 -0.388 -0.033 2.151
IME CDC C CR15 0.000 -0.864 0.035 3.432
IME HD21 H H 0.000 -1.902 0.116 3.732
IME CEB C CR15 0.000 0.956 -0.133 2.229
IME HE11 H H 0.000 1.633 -0.212 1.388
IME NDB N NRD5 0.000 1.305 -0.118 3.486
IME CG1 C CR15 0.000 0.205 -0.019 4.249
IME HG1 H H 0.000 0.182 0.013 5.332
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
IME O2 n/a CU START
IME HO2 O2 . .
IME CU O2 NEC .
IME O1 CU HO1 .
IME HO1 O1 . .
IME NE6 CU CE5 .
IME CD6 NE6 HD24 .
IME HD24 CD6 . .
IME CE5 NE6 ND5 .
IME HE14 CE5 . .
IME ND5 CE5 CG4 .
IME CG4 ND5 HG4 .
IME HG4 CG4 . .
IME NEM CU CEL .
IME CDM NEM HD22 .
IME HD22 CDM . .
IME CEL NEM NDL .
IME HE12 CEL . .
IME NDL CEL CG2 .
IME CG2 NDL HG2 .
IME HG2 CG2 . .
IME NEW CU CEV .
IME CDW NEW HD23 .
IME HD23 CDW . .
IME CEV NEW NDV .
IME HE13 CEV . .
IME NDV CEV CG3 .
IME CG3 NDV HG3 .
IME HG3 CG3 . .
IME NEC CU CEB .
IME CDC NEC HD21 .
IME HD21 CDC . .
IME CEB NEC NDB .
IME HE11 CEB . .
IME NDB CEB CG1 .
IME CG1 NDB HG1 .
IME HG1 CG1 . END
IME CG1 CDC . ADD
IME CG2 CDM . ADD
IME CG3 CDW . ADD
IME CG4 CD6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
IME O1 CU single 2.109 0.020
IME CU O2 single 2.109 0.020
IME NEC CU single 2.075 0.020
IME NEM CU single 2.075 0.020
IME NEW CU single 2.075 0.020
IME NE6 CU single 2.075 0.020
IME HO1 O1 single 0.967 0.020
IME HO2 O2 single 0.967 0.020
IME CG1 CDC double 1.380 0.020
IME CG1 NDB single 1.350 0.020
IME HG1 CG1 single 1.083 0.020
IME CDC NEC single 1.337 0.020
IME HD21 CDC single 1.083 0.020
IME NDB CEB double 1.350 0.020
IME CEB NEC single 1.337 0.020
IME HE11 CEB single 1.083 0.020
IME CG2 CDM double 1.380 0.020
IME CG2 NDL single 1.350 0.020
IME HG2 CG2 single 1.083 0.020
IME CDM NEM single 1.337 0.020
IME HD22 CDM single 1.083 0.020
IME NDL CEL double 1.350 0.020
IME CEL NEM single 1.337 0.020
IME HE12 CEL single 1.083 0.020
IME CG3 CDW double 1.380 0.020
IME CG3 NDV single 1.350 0.020
IME HG3 CG3 single 1.083 0.020
IME CDW NEW single 1.337 0.020
IME HD23 CDW single 1.083 0.020
IME NDV CEV double 1.350 0.020
IME CEV NEW single 1.337 0.020
IME HE13 CEV single 1.083 0.020
IME CG4 CD6 double 1.380 0.020
IME CG4 ND5 single 1.350 0.020
IME HG4 CG4 single 1.083 0.020
IME CD6 NE6 single 1.337 0.020
IME HD24 CD6 single 1.083 0.020
IME ND5 CE5 double 1.350 0.020
IME CE5 NE6 single 1.337 0.020
IME HE14 CE5 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
IME HO2 O2 CU 120.000 3.000
IME O2 CU O1 180.000 3.000
IME O2 CU NE6 90.000 3.000
IME O2 CU NEM 90.000 3.000
IME O2 CU NEW 90.000 3.000
IME O2 CU NEC 90.000 3.000
IME O1 CU NE6 90.000 3.000
IME O1 CU NEM 90.000 3.000
IME NE6 CU NEM 90.000 3.000
IME O1 CU NEW 90.000 3.000
IME NE6 CU NEW 180.000 3.000
IME NEM CU NEW 90.000 3.000
IME O1 CU NEC 90.000 3.000
IME NE6 CU NEC 90.000 3.000
IME NEM CU NEC 180.000 3.000
IME NEW CU NEC 90.000 3.000
IME CU O1 HO1 120.000 3.000
IME CU NE6 CD6 108.000 3.000
IME CU NE6 CE5 108.000 3.000
IME CD6 NE6 CE5 108.000 3.000
IME NE6 CD6 HD24 126.000 3.000
IME NE6 CD6 CG4 108.000 3.000
IME HD24 CD6 CG4 126.000 3.000
IME NE6 CE5 HE14 126.000 3.000
IME NE6 CE5 ND5 108.000 3.000
IME HE14 CE5 ND5 126.000 3.000
IME CE5 ND5 CG4 108.000 3.000
IME ND5 CG4 HG4 126.000 3.000
IME ND5 CG4 CD6 108.000 3.000
IME HG4 CG4 CD6 126.000 3.000
IME CU NEM CDM 108.000 3.000
IME CU NEM CEL 108.000 3.000
IME CDM NEM CEL 108.000 3.000
IME NEM CDM HD22 126.000 3.000
IME NEM CDM CG2 108.000 3.000
IME HD22 CDM CG2 126.000 3.000
IME NEM CEL HE12 126.000 3.000
IME NEM CEL NDL 108.000 3.000
IME HE12 CEL NDL 126.000 3.000
IME CEL NDL CG2 108.000 3.000
IME NDL CG2 HG2 126.000 3.000
IME NDL CG2 CDM 108.000 3.000
IME HG2 CG2 CDM 126.000 3.000
IME CU NEW CDW 108.000 3.000
IME CU NEW CEV 108.000 3.000
IME CDW NEW CEV 108.000 3.000
IME NEW CDW HD23 126.000 3.000
IME NEW CDW CG3 108.000 3.000
IME HD23 CDW CG3 126.000 3.000
IME NEW CEV HE13 126.000 3.000
IME NEW CEV NDV 108.000 3.000
IME HE13 CEV NDV 126.000 3.000
IME CEV NDV CG3 108.000 3.000
IME NDV CG3 HG3 126.000 3.000
IME NDV CG3 CDW 108.000 3.000
IME HG3 CG3 CDW 126.000 3.000
IME CU NEC CDC 108.000 3.000
IME CU NEC CEB 108.000 3.000
IME CDC NEC CEB 108.000 3.000
IME NEC CDC HD21 126.000 3.000
IME NEC CDC CG1 108.000 3.000
IME HD21 CDC CG1 126.000 3.000
IME NEC CEB HE11 126.000 3.000
IME NEC CEB NDB 108.000 3.000
IME HE11 CEB NDB 126.000 3.000
IME CEB NDB CG1 108.000 3.000
IME NDB CG1 HG1 126.000 3.000
IME NDB CG1 CDC 108.000 3.000
IME HG1 CG1 CDC 126.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
IME var_1 HO2 O2 CU NE6 0.000 20.000 1
IME var_2 HO1 O1 CU NE6 0.000 20.000 1
IME var_3 CD6 NE6 CU O2 0.000 20.000 1
IME CONST_1 CU NE6 CD6 CG4 180.000 0.000 0
IME CONST_2 CU NE6 CE5 ND5 180.000 0.000 0
IME CONST_3 NE6 CE5 ND5 CG4 0.000 0.000 0
IME CONST_4 CE5 ND5 CG4 CD6 0.000 0.000 0
IME CONST_5 ND5 CG4 CD6 NE6 0.000 0.000 0
IME var_4 CDM NEM CU O2 0.000 20.000 1
IME CONST_6 CU NEM CDM CG2 180.000 0.000 0
IME CONST_7 CU NEM CEL NDL 180.000 0.000 0
IME CONST_8 NEM CEL NDL CG2 0.000 0.000 0
IME CONST_9 CEL NDL CG2 CDM 0.000 0.000 0
IME CONST_10 NDL CG2 CDM NEM 0.000 0.000 0
IME var_5 CDW NEW CU O2 0.000 20.000 1
IME CONST_11 CU NEW CDW CG3 180.000 0.000 0
IME CONST_12 CU NEW CEV NDV 180.000 0.000 0
IME CONST_13 NEW CEV NDV CG3 0.000 0.000 0
IME CONST_14 CEV NDV CG3 CDW 0.000 0.000 0
IME CONST_15 NDV CG3 CDW NEW 0.000 0.000 0
IME var_6 CDC NEC CU O2 0.000 20.000 1
IME CONST_16 CU NEC CDC CG1 180.000 0.000 0
IME CONST_17 CU NEC CEB NDB 180.000 0.000 0
IME CONST_18 NEC CEB NDB CG1 0.000 0.000 0
IME CONST_19 CEB NDB CG1 CDC 0.000 0.000 0
IME CONST_20 NDB CG1 CDC NEC 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
_chem_comp_chir.atom_id_4
_chem_comp_chir.atom_id_5
_chem_comp_chir.atom_id_6
_chem_comp_chir.atom_id_7
_chem_comp_chir.atom_id_8
IME chir_01 CU O2 O1 NE6 cross4
NEM NEW NEC . .
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
IME plan-1 CG1 0.020
IME plan-1 CDC 0.020
IME plan-1 NDB 0.020
IME plan-1 HG1 0.020
IME plan-1 CEB 0.020
IME plan-1 NEC 0.020
IME plan-1 HD21 0.020
IME plan-1 HE11 0.020
IME plan-1 CU 0.020
IME plan-2 CG2 0.020
IME plan-2 CDM 0.020
IME plan-2 NDL 0.020
IME plan-2 HG2 0.020
IME plan-2 CEL 0.020
IME plan-2 NEM 0.020
IME plan-2 HD22 0.020
IME plan-2 HE12 0.020
IME plan-2 CU 0.020
IME plan-3 CG3 0.020
IME plan-3 CDW 0.020
IME plan-3 NDV 0.020
IME plan-3 HG3 0.020
IME plan-3 CEV 0.020
IME plan-3 NEW 0.020
IME plan-3 HD23 0.020
IME plan-3 HE13 0.020
IME plan-3 CU 0.020
IME plan-4 CG4 0.020
IME plan-4 CD6 0.020
IME plan-4 ND5 0.020
IME plan-4 HG4 0.020
IME plan-4 CE5 0.020
IME plan-4 NE6 0.020
IME plan-4 HD24 0.020
IME plan-4 HE14 0.020
IME plan-4 CU 0.020
# ------------------------------------------------------
|
