1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
ING ING 'D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE ' non-polymer 26 15 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_ING
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
ING O1 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
ING C1 C C 0.000 -0.542 1.023 0.374
ING N1 N NH2 0.000 0.167 1.954 1.042
ING HN12 H H 0.000 -0.278 2.807 1.356
ING HN11 H H 0.000 1.151 1.806 1.234
ING N N NH1 0.000 -1.850 1.221 0.124
ING H H H 0.000 -2.301 2.069 0.436
ING CA C CH1 0.000 -2.620 0.209 -0.601
ING HA H H 0.000 -2.200 -0.786 -0.397
ING C C C 0.000 -2.552 0.488 -2.080
ING OXT O OC -0.500 -2.429 1.664 -2.489
ING O O OC -0.500 -2.620 -0.455 -2.899
ING CB C CH2 0.000 -4.078 0.250 -0.142
ING HB1 H H 0.000 -4.651 -0.506 -0.683
ING HB2 H H 0.000 -4.496 1.238 -0.346
ING CG C CR6 0.000 -4.146 -0.030 1.338
ING CD2 C CR16 0.000 -4.288 -1.327 1.790
ING HD2 H H 0.000 -4.354 -2.143 1.080
ING CE2 C CR16 0.000 -4.346 -1.585 3.147
ING HE2 H H 0.000 -4.450 -2.603 3.502
ING CZ C CR16 0.000 -4.272 -0.543 4.051
ING HZ H H 0.000 -4.321 -0.744 5.114
ING CE1 C CR16 0.000 -4.135 0.756 3.600
ING HE1 H H 0.000 -4.076 1.572 4.309
ING CD1 C CR16 0.000 -4.073 1.013 2.243
ING HD1 H H 0.000 -3.966 2.031 1.889
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
ING O1 n/a C1 START
ING C1 O1 N .
ING N1 C1 HN11 .
ING HN12 N1 . .
ING HN11 N1 . .
ING N C1 CA .
ING H N . .
ING CA N CB .
ING HA CA . .
ING C CA O .
ING OXT C . .
ING O C . .
ING CB CA CG .
ING HB1 CB . .
ING HB2 CB . .
ING CG CB CD2 .
ING CD2 CG CE2 .
ING HD2 CD2 . .
ING CE2 CD2 CZ .
ING HE2 CE2 . .
ING CZ CE2 CE1 .
ING HZ CZ . .
ING CE1 CZ CD1 .
ING HE1 CE1 . .
ING CD1 CE1 HD1 .
ING HD1 CD1 . END
ING CG CD1 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
ING CA N single 1.450 0.020
ING N C1 single 1.330 0.020
ING H N single 1.010 0.020
ING C CA single 1.500 0.020
ING CB CA single 1.524 0.020
ING HA CA single 1.099 0.020
ING O C deloc 1.250 0.020
ING OXT C deloc 1.250 0.020
ING CG CB single 1.511 0.020
ING CG CD1 double 1.390 0.020
ING CD2 CG single 1.390 0.020
ING HB1 CB single 1.092 0.020
ING HB2 CB single 1.092 0.020
ING CD1 CE1 single 1.390 0.020
ING HD1 CD1 single 1.083 0.020
ING CE2 CD2 double 1.390 0.020
ING HD2 CD2 single 1.083 0.020
ING CE1 CZ double 1.390 0.020
ING HE1 CE1 single 1.083 0.020
ING CZ CE2 single 1.390 0.020
ING HE2 CE2 single 1.083 0.020
ING HZ CZ single 1.083 0.020
ING N1 C1 single 1.332 0.020
ING C1 O1 double 1.220 0.020
ING HN11 N1 single 1.010 0.020
ING HN12 N1 single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
ING O1 C1 N1 123.000 3.000
ING O1 C1 N 123.000 3.000
ING N1 C1 N 120.000 3.000
ING C1 N1 HN12 120.000 3.000
ING C1 N1 HN11 120.000 3.000
ING HN12 N1 HN11 120.000 3.000
ING C1 N H 120.000 3.000
ING C1 N CA 121.500 3.000
ING H N CA 118.500 3.000
ING N CA HA 108.550 3.000
ING N CA C 111.600 3.000
ING N CA CB 110.000 3.000
ING HA CA C 108.810 3.000
ING HA CA CB 108.340 3.000
ING C CA CB 109.470 3.000
ING CA C OXT 118.500 3.000
ING CA C O 118.500 3.000
ING OXT C O 123.000 3.000
ING CA CB HB1 109.470 3.000
ING CA CB HB2 109.470 3.000
ING CA CB CG 109.470 3.000
ING HB1 CB HB2 107.900 3.000
ING HB1 CB CG 109.470 3.000
ING HB2 CB CG 109.470 3.000
ING CB CG CD2 120.000 3.000
ING CB CG CD1 120.000 3.000
ING CD2 CG CD1 120.000 3.000
ING CG CD2 HD2 120.000 3.000
ING CG CD2 CE2 120.000 3.000
ING HD2 CD2 CE2 120.000 3.000
ING CD2 CE2 HE2 120.000 3.000
ING CD2 CE2 CZ 120.000 3.000
ING HE2 CE2 CZ 120.000 3.000
ING CE2 CZ HZ 120.000 3.000
ING CE2 CZ CE1 120.000 3.000
ING HZ CZ CE1 120.000 3.000
ING CZ CE1 HE1 120.000 3.000
ING CZ CE1 CD1 120.000 3.000
ING HE1 CE1 CD1 120.000 3.000
ING CE1 CD1 HD1 120.000 3.000
ING CE1 CD1 CG 120.000 3.000
ING HD1 CD1 CG 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
ING CONST_1 O1 C1 N1 HN11 0.000 0.000 0
ING CONST_2 O1 C1 N CA 0.000 0.000 0
ING var_1 C1 N CA CB 150.059 20.000 3
ING var_2 N CA C O 150.039 20.000 3
ING var_3 N CA CB CG -59.931 20.000 3
ING var_4 CA CB CG CD2 -90.306 20.000 2
ING CONST_3 CB CG CD1 CE1 180.000 0.000 0
ING CONST_4 CB CG CD2 CE2 180.000 0.000 0
ING CONST_5 CG CD2 CE2 CZ 0.000 0.000 0
ING CONST_6 CD2 CE2 CZ CE1 0.000 0.000 0
ING CONST_7 CE2 CZ CE1 CD1 0.000 0.000 0
ING CONST_8 CZ CE1 CD1 CG 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
ING chir_01 CA N C CB positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
ING plan-1 N 0.020
ING plan-1 CA 0.020
ING plan-1 C1 0.020
ING plan-1 H 0.020
ING plan-2 C 0.020
ING plan-2 CA 0.020
ING plan-2 O 0.020
ING plan-2 OXT 0.020
ING plan-3 CG 0.020
ING plan-3 CB 0.020
ING plan-3 CD1 0.020
ING plan-3 CD2 0.020
ING plan-3 CE1 0.020
ING plan-3 CE2 0.020
ING plan-3 CZ 0.020
ING plan-3 HD1 0.020
ING plan-3 HD2 0.020
ING plan-3 HE1 0.020
ING plan-3 HE2 0.020
ING plan-3 HZ 0.020
ING plan-4 C1 0.020
ING plan-4 N 0.020
ING plan-4 N1 0.020
ING plan-4 O1 0.020
ING plan-4 H 0.020
ING plan-4 HN12 0.020
ING plan-4 HN11 0.020
ING plan-5 N1 0.020
ING plan-5 C1 0.020
ING plan-5 HN11 0.020
ING plan-5 HN12 0.020
# ------------------------------------------------------
|
