1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
INI INI '5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-P' non-polymer 35 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_INI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
INI O52 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
INI N5 N N 1.000 0.474 -0.020 1.122
INI O51 O O -1.000 1.873 -0.137 1.298
INI C5 C CR6 0.000 -0.323 0.069 2.179
INI C4 C CR6 0.000 0.230 0.173 3.543
INI O4 O O 0.000 1.431 0.181 3.731
INI N3 N NR16 0.000 -0.630 0.259 4.579
INI HN3 H H 0.000 -0.259 0.332 5.548
INI C2 C CR6 0.000 -1.957 0.251 4.378
INI O2 O O 0.000 -2.693 0.331 5.342
INI C6 C CR6 0.000 -1.733 0.064 2.038
INI N1 N NR16 0.000 -2.503 0.163 3.156
INI HN1 H H 0.000 -3.539 0.171 3.060
INI N7 N NH1 0.000 -2.302 -0.028 0.816
INI HN7 H H 0.000 -1.725 -0.013 -0.012
INI C8 C CH2 0.000 -3.755 -0.150 0.693
INI H81 H H 0.000 -4.232 0.724 1.142
INI H82 H H 0.000 -4.089 -1.052 1.211
INI C9 C CH1 0.000 -4.137 -0.238 -0.786
INI H9 H H 0.000 -3.657 -1.118 -1.236
INI O9 O OH1 0.000 -3.699 0.941 -1.462
INI HO9 H H 0.000 -4.122 1.715 -1.066
INI C10 C CH1 0.000 -5.655 -0.366 -0.915
INI H10 H H 0.000 -6.136 0.514 -0.465
INI O10 O OH1 0.000 -6.093 -1.546 -0.239
INI HO1 H H 0.000 -5.670 -2.320 -0.635
INI C11 C CH1 0.000 -6.037 -0.454 -2.394
INI H11 H H 0.000 -5.557 -1.334 -2.844
INI O11 O OH1 0.000 -5.599 0.725 -3.070
INI HO2 H H 0.000 -6.022 1.499 -2.674
INI C12 C CH2 0.000 -7.556 -0.581 -2.524
INI H121 H H 0.000 -8.032 0.293 -2.075
INI H122 H H 0.000 -7.890 -1.483 -2.006
INI O12 O OH1 0.000 -7.912 -0.664 -3.903
INI HO3 H H 0.000 -8.872 -0.744 -3.983
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
INI O52 n/a N5 START
INI N5 O52 C5 .
INI O51 N5 . .
INI C5 N5 C6 .
INI C4 C5 N3 .
INI O4 C4 . .
INI N3 C4 C2 .
INI HN3 N3 . .
INI C2 N3 O2 .
INI O2 C2 . .
INI C6 C5 N7 .
INI N1 C6 HN1 .
INI HN1 N1 . .
INI N7 C6 C8 .
INI HN7 N7 . .
INI C8 N7 C9 .
INI H81 C8 . .
INI H82 C8 . .
INI C9 C8 C10 .
INI H9 C9 . .
INI O9 C9 HO9 .
INI HO9 O9 . .
INI C10 C9 C11 .
INI H10 C10 . .
INI O10 C10 HO1 .
INI HO1 O10 . .
INI C11 C10 C12 .
INI H11 C11 . .
INI O11 C11 HO2 .
INI HO2 O11 . .
INI C12 C11 O12 .
INI H121 C12 . .
INI H122 C12 . .
INI O12 C12 HO3 .
INI HO3 O12 . END
INI N1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
INI N1 C2 single 1.337 0.020
INI N1 C6 single 1.337 0.020
INI HN1 N1 single 1.040 0.020
INI O2 C2 double 1.250 0.020
INI C2 N3 single 1.337 0.020
INI N3 C4 single 1.337 0.020
INI HN3 N3 single 1.040 0.020
INI O4 C4 double 1.250 0.020
INI C4 C5 single 1.487 0.020
INI C5 N5 single 1.400 0.020
INI C6 C5 double 1.487 0.020
INI O51 N5 single 1.400 0.020
INI N5 O52 double 1.220 0.020
INI N7 C6 single 1.350 0.020
INI C8 N7 single 1.450 0.020
INI HN7 N7 single 1.010 0.020
INI C9 C8 single 1.524 0.020
INI H81 C8 single 1.092 0.020
INI H82 C8 single 1.092 0.020
INI O9 C9 single 1.432 0.020
INI C10 C9 single 1.524 0.020
INI H9 C9 single 1.099 0.020
INI HO9 O9 single 0.967 0.020
INI O10 C10 single 1.432 0.020
INI C11 C10 single 1.524 0.020
INI H10 C10 single 1.099 0.020
INI HO1 O10 single 0.967 0.020
INI O11 C11 single 1.432 0.020
INI C12 C11 single 1.524 0.020
INI H11 C11 single 1.099 0.020
INI HO2 O11 single 0.967 0.020
INI O12 C12 single 1.432 0.020
INI H121 C12 single 1.092 0.020
INI H122 C12 single 1.092 0.020
INI HO3 O12 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
INI O52 N5 O51 120.000 3.000
INI O52 N5 C5 120.000 3.000
INI O51 N5 C5 120.000 3.000
INI N5 C5 C4 120.000 3.000
INI N5 C5 C6 120.000 3.000
INI C4 C5 C6 120.000 3.000
INI C5 C4 O4 120.000 3.000
INI C5 C4 N3 120.000 3.000
INI O4 C4 N3 120.000 3.000
INI C4 N3 HN3 120.000 3.000
INI C4 N3 C2 120.000 3.000
INI HN3 N3 C2 120.000 3.000
INI N3 C2 O2 120.000 3.000
INI N3 C2 N1 120.000 3.000
INI O2 C2 N1 120.000 3.000
INI C5 C6 N1 120.000 3.000
INI C5 C6 N7 120.000 3.000
INI N1 C6 N7 120.000 3.000
INI C6 N1 HN1 120.000 3.000
INI C6 N1 C2 120.000 3.000
INI HN1 N1 C2 120.000 3.000
INI C6 N7 HN7 120.000 3.000
INI C6 N7 C8 120.000 3.000
INI HN7 N7 C8 118.500 3.000
INI N7 C8 H81 109.470 3.000
INI N7 C8 H82 109.470 3.000
INI N7 C8 C9 110.000 3.000
INI H81 C8 H82 107.900 3.000
INI H81 C8 C9 109.470 3.000
INI H82 C8 C9 109.470 3.000
INI C8 C9 H9 108.340 3.000
INI C8 C9 O9 109.470 3.000
INI C8 C9 C10 111.000 3.000
INI H9 C9 O9 109.470 3.000
INI H9 C9 C10 108.340 3.000
INI O9 C9 C10 109.470 3.000
INI C9 O9 HO9 109.470 3.000
INI C9 C10 H10 108.340 3.000
INI C9 C10 O10 109.470 3.000
INI C9 C10 C11 111.000 3.000
INI H10 C10 O10 109.470 3.000
INI H10 C10 C11 108.340 3.000
INI O10 C10 C11 109.470 3.000
INI C10 O10 HO1 109.470 3.000
INI C10 C11 H11 108.340 3.000
INI C10 C11 O11 109.470 3.000
INI C10 C11 C12 111.000 3.000
INI H11 C11 O11 109.470 3.000
INI H11 C11 C12 108.340 3.000
INI O11 C11 C12 109.470 3.000
INI C11 O11 HO2 109.470 3.000
INI C11 C12 H121 109.470 3.000
INI C11 C12 H122 109.470 3.000
INI C11 C12 O12 109.470 3.000
INI H121 C12 H122 107.900 3.000
INI H121 C12 O12 109.470 3.000
INI H122 C12 O12 109.470 3.000
INI C12 O12 HO3 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
INI var_1 O52 N5 C5 C6 5.821 20.000 1
INI CONST_1 N5 C5 C4 N3 180.000 0.000 0
INI CONST_2 C5 C4 N3 C2 0.000 0.000 0
INI CONST_3 C4 N3 C2 O2 180.000 0.000 0
INI CONST_4 N5 C5 C6 N7 0.000 0.000 0
INI CONST_5 C5 C6 N1 C2 0.000 0.000 0
INI CONST_6 C6 N1 C2 N3 0.000 0.000 0
INI var_2 C5 C6 N7 C8 174.614 20.000 1
INI var_3 C6 N7 C8 C9 -179.960 20.000 3
INI var_4 N7 C8 C9 C10 179.981 20.000 3
INI var_5 C8 C9 O9 HO9 -60.063 20.000 1
INI var_6 C8 C9 C10 C11 180.000 20.000 3
INI var_7 C9 C10 O10 HO1 -60.044 20.000 1
INI var_8 C9 C10 C11 C12 -179.959 20.000 3
INI var_9 C10 C11 O11 HO2 -60.063 20.000 1
INI var_10 C10 C11 C12 O12 179.998 20.000 3
INI var_11 C11 C12 O12 HO3 179.953 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
INI chir_01 C9 C8 O9 C10 positiv
INI chir_02 C10 C9 O10 C11 positiv
INI chir_03 C11 C10 O11 C12 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
INI plan-1 N1 0.020
INI plan-1 C2 0.020
INI plan-1 C6 0.020
INI plan-1 HN1 0.020
INI plan-1 N3 0.020
INI plan-1 C4 0.020
INI plan-1 C5 0.020
INI plan-1 O2 0.020
INI plan-1 HN3 0.020
INI plan-1 O4 0.020
INI plan-1 N5 0.020
INI plan-1 N7 0.020
INI plan-1 HN7 0.020
INI plan-2 N5 0.020
INI plan-2 C5 0.020
INI plan-2 O51 0.020
INI plan-2 O52 0.020
INI plan-3 N7 0.020
INI plan-3 C6 0.020
INI plan-3 C8 0.020
INI plan-3 HN7 0.020
# ------------------------------------------------------
|
