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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
IXD IXD '4-deoxy-2-O-sulfo-beta-D-erythro-hex' non-polymer 23 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_IXD
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
IXD O62 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
IXD C6 C C 0.000 -0.906 -0.824 -0.254
IXD O61 O OC -0.500 -0.619 -2.023 -0.466
IXD C5 C C 0.000 -2.310 -0.383 -0.303
IXD O5 O O2 0.000 -3.267 -1.302 -0.581
IXD C1 C CH1 0.000 -4.552 -0.819 -0.982
IXD H1 H H 0.000 -4.491 -0.406 -1.999
IXD O1 O OH1 0.000 -5.499 -1.889 -0.953
IXD HO1 H H 0.000 -5.215 -2.587 -1.558
IXD C4 C C1 0.000 -2.581 0.893 -0.073
IXD H4 H H 0.000 -1.768 1.564 0.148
IXD C3 C CH1 0.000 -3.984 1.437 -0.111
IXD H3 H H 0.000 -4.131 2.129 0.731
IXD O3 O OH1 0.000 -4.192 2.133 -1.341
IXD HO3 H H 0.000 -3.561 2.862 -1.409
IXD C2 C CH1 0.000 -4.982 0.281 -0.003
IXD H2 H H 0.000 -4.981 -0.115 1.022
IXD O2 O O2 0.000 -6.292 0.742 -0.340
IXD S S ST 0.000 -7.408 0.061 0.439
IXD O2S O OS 0.000 -8.628 0.484 -0.154
IXD O3S O OS 0.000 -7.037 -1.305 0.563
IXD O1S O OH1 0.000 -7.392 0.639 1.846
IXD HO1S H H 0.000 -8.033 0.320 2.472
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
IXD O62 n/a C6 START
IXD C6 O62 C5 .
IXD O61 C6 . .
IXD C5 C6 C4 .
IXD O5 C5 C1 .
IXD C1 O5 O1 .
IXD H1 C1 . .
IXD O1 C1 HO1 .
IXD HO1 O1 . .
IXD C4 C5 C3 .
IXD H4 C4 . .
IXD C3 C4 C2 .
IXD H3 C3 . .
IXD O3 C3 HO3 .
IXD HO3 O3 . .
IXD C2 C3 O2 .
IXD H2 C2 . .
IXD O2 C2 S .
IXD S O2 O1S .
IXD O2S S . .
IXD O3S S . .
IXD O1S S HO1S .
IXD HO1S O1S . END
IXD C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
IXD O2S S double 1.436 0.020
IXD O3S S double 1.436 0.020
IXD O1S S single 1.635 0.020
IXD S O2 single 1.535 0.020
IXD C1 O5 single 1.426 0.020
IXD C1 C2 single 1.524 0.020
IXD O1 C1 single 1.432 0.020
IXD H1 C1 single 1.099 0.020
IXD O2 C2 single 1.426 0.020
IXD HO1 O1 single 0.967 0.020
IXD C2 C3 single 1.524 0.020
IXD C3 C4 single 1.510 0.020
IXD O3 C3 single 1.432 0.020
IXD H3 C3 single 1.099 0.020
IXD HO3 O3 single 0.967 0.020
IXD C4 C5 double 1.340 0.020
IXD H4 C4 single 1.077 0.020
IXD H2 C2 single 1.099 0.020
IXD O5 C5 single 1.454 0.020
IXD C5 C6 single 1.460 0.020
IXD C6 O62 deloc 1.250 0.020
IXD O61 C6 deloc 1.250 0.020
IXD HO1S O1S single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
IXD O62 C6 O61 123.000 3.000
IXD O62 C6 C5 120.000 3.000
IXD O61 C6 C5 120.000 3.000
IXD C6 C5 O5 120.000 3.000
IXD C6 C5 C4 120.000 3.000
IXD O5 C5 C4 120.000 3.000
IXD C5 O5 C1 111.800 3.000
IXD O5 C1 H1 109.470 3.000
IXD O5 C1 O1 109.470 3.000
IXD O5 C1 C2 109.470 3.000
IXD H1 C1 O1 109.470 3.000
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IXD O1 C1 C2 109.470 3.000
IXD C1 O1 HO1 109.470 3.000
IXD C5 C4 H4 120.000 3.000
IXD C5 C4 C3 120.500 3.000
IXD H4 C4 C3 120.000 3.000
IXD C4 C3 H3 108.810 3.000
IXD C4 C3 O3 109.470 3.000
IXD C4 C3 C2 109.470 3.000
IXD H3 C3 O3 109.470 3.000
IXD H3 C3 C2 108.340 3.000
IXD O3 C3 C2 109.470 3.000
IXD C3 O3 HO3 109.470 3.000
IXD C3 C2 H2 108.340 3.000
IXD C3 C2 O2 109.470 3.000
IXD C3 C2 C1 111.000 3.000
IXD H2 C2 O2 109.470 3.000
IXD H2 C2 C1 108.340 3.000
IXD O2 C2 C1 109.470 3.000
IXD C2 O2 S 120.000 3.000
IXD O2 S O2S 109.500 3.000
IXD O2 S O3S 109.500 3.000
IXD O2 S O1S 109.500 3.000
IXD O2S S O3S 109.500 3.000
IXD O2S S O1S 109.500 3.000
IXD O3S S O1S 109.500 3.000
IXD S O1S HO1S 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
IXD var_1 O62 C6 C5 C4 -0.025 20.000 1
IXD var_2 C6 C5 O5 C1 -150.000 20.000 1
IXD var_3 C5 O5 C1 O1 180.000 20.000 1
IXD var_4 O5 C1 C2 C3 60.000 20.000 3
IXD var_5 O5 C1 O1 HO1 -59.974 20.000 1
IXD var_6 C6 C5 C4 C3 180.000 20.000 1
IXD var_7 C5 C4 C3 C2 30.000 20.000 1
IXD var_8 C4 C3 O3 HO3 -60.004 20.000 1
IXD var_9 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
IXD var_10 C3 C2 O2 S -146.215 20.000 1
IXD var_11 C2 O2 S O1S 75.045 20.000 1
IXD var_12 O2 S O1S HO1S 179.956 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
IXD chir_01 S O2 O1S O2S negativ
IXD chir_02 C1 C2 O1 O5 positiv
IXD chir_03 C2 C1 O2 C3 positiv
IXD chir_04 C3 C2 O3 C4 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
IXD plan-1 C4 0.020
IXD plan-1 C3 0.020
IXD plan-1 C5 0.020
IXD plan-1 H4 0.020
IXD plan-2 C5 0.020
IXD plan-2 C4 0.020
IXD plan-2 O5 0.020
IXD plan-2 C6 0.020
IXD plan-2 H4 0.020
IXD plan-3 C6 0.020
IXD plan-3 C5 0.020
IXD plan-3 O61 0.020
IXD plan-3 O62 0.020
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