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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
KO1 KO1 'D-glycero-alpha-D-talo-oct-2-ulopyra' non-polymer 30 17 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_KO1
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
KO1 O1B O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
KO1 C1 C C 0.000 -1.003 -0.403 0.630
KO1 OA1 O OC -0.500 -0.969 -0.477 1.878
KO1 C2 C CT 0.000 -2.251 -0.802 -0.114
KO1 O2 O OH1 0.000 -2.006 -0.743 -1.522
KO1 HO2 H H 0.000 -1.757 0.159 -1.767
KO1 C3 C CH1 0.000 -2.645 -2.229 0.276
KO1 H3 H H 0.000 -1.848 -2.925 -0.022
KO1 O3 O OH1 0.000 -2.838 -2.301 1.690
KO1 HO3 H H 0.000 -2.018 -2.058 2.140
KO1 C4 C CH1 0.000 -3.947 -2.605 -0.439
KO1 H4 H H 0.000 -3.784 -2.598 -1.526
KO1 O4 O OH1 0.000 -4.362 -3.908 -0.026
KO1 HO4 H H 0.000 -3.678 -4.551 -0.256
KO1 C5 C CH1 0.000 -5.028 -1.582 -0.076
KO1 H5 H H 0.000 -5.950 -1.812 -0.628
KO1 O5 O OH1 0.000 -5.287 -1.637 1.328
KO1 HO5 H H 0.000 -5.594 -2.523 1.564
KO1 C6 C CH1 0.000 -4.542 -0.181 -0.454
KO1 H6 H H 0.000 -4.384 -0.128 -1.540
KO1 O6 O O2 0.000 -3.313 0.093 0.222
KO1 C7 C CH1 0.000 -5.593 0.852 -0.039
KO1 H7 H H 0.000 -5.751 0.798 1.047
KO1 O7 O OH1 0.000 -6.822 0.578 -0.714
KO1 HO7 H H 0.000 -6.682 0.626 -1.669
KO1 C8 C CH2 0.000 -5.106 2.253 -0.414
KO1 H8 H H 0.000 -5.033 2.333 -1.501
KO1 H8A H H 0.000 -4.124 2.427 0.029
KO1 O8 O OH1 0.000 -6.031 3.226 0.075
KO1 HO8 H H 0.000 -5.723 4.111 -0.163
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
KO1 O1B n/a C1 START
KO1 C1 O1B C2 .
KO1 OA1 C1 . .
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KO1 HO2 O2 . .
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KO1 O3 C3 HO3 .
KO1 HO3 O3 . .
KO1 C4 C3 C5 .
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KO1 O4 C4 HO4 .
KO1 HO4 O4 . .
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KO1 O5 C5 HO5 .
KO1 HO5 O5 . .
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KO1 HO7 O7 . .
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KO1 H8 C8 . .
KO1 H8A C8 . .
KO1 O8 C8 HO8 .
KO1 HO8 O8 . END
KO1 C2 O6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
KO1 OA1 C1 deloc 1.250 0.020
KO1 C1 O1B deloc 1.250 0.020
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KO1 C8 C7 single 1.524 0.020
KO1 H7 C7 single 1.099 0.020
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KO1 H8A C8 single 1.092 0.020
KO1 HO8 O8 single 0.967 0.020
KO1 HO7 O7 single 0.967 0.020
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KO1 H5 C5 single 1.099 0.020
KO1 HO5 O5 single 0.967 0.020
KO1 O4 C4 single 1.432 0.020
KO1 C4 C3 single 1.524 0.020
KO1 H4 C4 single 1.099 0.020
KO1 HO4 O4 single 0.967 0.020
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KO1 H3 C3 single 1.099 0.020
KO1 HO3 O3 single 0.967 0.020
KO1 HO2 O2 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.value_angle_esd
KO1 O1B C1 OA1 123.000 3.000
KO1 O1B C1 C2 118.500 3.000
KO1 OA1 C1 C2 118.500 3.000
KO1 C1 C2 O2 109.470 3.000
KO1 C1 C2 C3 109.470 3.000
KO1 C1 C2 O6 109.470 3.000
KO1 O2 C2 C3 109.470 3.000
KO1 O2 C2 O6 109.470 3.000
KO1 C3 C2 O6 109.470 3.000
KO1 C2 O2 HO2 109.470 3.000
KO1 C2 C3 H3 108.340 3.000
KO1 C2 C3 O3 109.470 3.000
KO1 C2 C3 C4 111.000 3.000
KO1 H3 C3 O3 109.470 3.000
KO1 H3 C3 C4 108.340 3.000
KO1 O3 C3 C4 109.470 3.000
KO1 C3 O3 HO3 109.470 3.000
KO1 C3 C4 H4 108.340 3.000
KO1 C3 C4 O4 109.470 3.000
KO1 C3 C4 C5 111.000 3.000
KO1 H4 C4 O4 109.470 3.000
KO1 H4 C4 C5 108.340 3.000
KO1 O4 C4 C5 109.470 3.000
KO1 C4 O4 HO4 109.470 3.000
KO1 C4 C5 H5 108.340 3.000
KO1 C4 C5 O5 109.470 3.000
KO1 C4 C5 C6 111.000 3.000
KO1 H5 C5 O5 109.470 3.000
KO1 H5 C5 C6 108.340 3.000
KO1 O5 C5 C6 109.470 3.000
KO1 C5 O5 HO5 109.470 3.000
KO1 C5 C6 H6 108.340 3.000
KO1 C5 C6 O6 109.470 3.000
KO1 C5 C6 C7 111.000 3.000
KO1 H6 C6 O6 109.470 3.000
KO1 H6 C6 C7 108.340 3.000
KO1 O6 C6 C7 109.470 3.000
KO1 C6 O6 C2 111.800 3.000
KO1 C6 C7 H7 108.340 3.000
KO1 C6 C7 O7 109.470 3.000
KO1 C6 C7 C8 111.000 3.000
KO1 H7 C7 O7 109.470 3.000
KO1 H7 C7 C8 108.340 3.000
KO1 O7 C7 C8 109.470 3.000
KO1 C7 O7 HO7 109.470 3.000
KO1 C7 C8 H8 109.470 3.000
KO1 C7 C8 H8A 109.470 3.000
KO1 C7 C8 O8 109.470 3.000
KO1 H8 C8 H8A 107.900 3.000
KO1 H8 C8 O8 109.470 3.000
KO1 H8A C8 O8 109.470 3.000
KO1 C8 O8 HO8 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
KO1 var_1 O1B C1 C2 C3 124.991 20.000 1
KO1 var_2 C1 C2 O6 C6 180.000 20.000 1
KO1 var_3 C1 C2 O2 HO2 -59.926 20.000 1
KO1 var_4 C1 C2 C3 C4 180.000 20.000 1
KO1 var_5 C2 C3 O3 HO3 -59.962 20.000 1
KO1 var_6 C2 C3 C4 C5 -60.000 20.000 3
KO1 var_7 C3 C4 O4 HO4 -60.413 20.000 1
KO1 var_8 C3 C4 C5 C6 60.000 20.000 3
KO1 var_9 C4 C5 O5 HO5 -60.242 20.000 1
KO1 var_10 C4 C5 C6 C7 180.000 20.000 3
KO1 var_11 C5 C6 O6 C2 60.000 20.000 1
KO1 var_12 C5 C6 C7 C8 179.916 20.000 3
KO1 var_13 C6 C7 O7 HO7 -59.985 20.000 1
KO1 var_14 C6 C7 C8 O8 -175.015 20.000 3
KO1 var_15 C7 C8 O8 HO8 -179.969 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
KO1 chir_01 C2 C1 O6 C3 positiv
KO1 chir_02 C6 O6 C7 C5 positiv
KO1 chir_03 C7 C6 C8 O7 negativ
KO1 chir_04 C5 C6 O5 C4 positiv
KO1 chir_05 C4 C5 O4 C3 positiv
KO1 chir_06 C3 C2 C4 O3 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
KO1 plan-1 C1 0.020
KO1 plan-1 OA1 0.000
KO1 plan-1 O1B 0.000
KO1 plan-1 C2 0.000
# ------------------------------------------------------
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