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360
361
362
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
LAS LAS 'N-acetyl-S-({(2R,3S,4R)-3-hydroxy-2-' non-polymer 48 25 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_LAS
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
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LAS H25 H H 0.000 0.782 -0.612 -2.322
LAS H24 H H 0.000 -0.705 -1.378 -2.760
LAS H23 H H 0.000 -0.582 0.347 -2.781
LAS N2 N NH1 0.000 -1.928 -0.980 -0.497
LAS H22 H H 0.000 -2.530 -1.383 -1.200
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LAS H201 H H 0.000 -1.989 -0.012 1.371
LAS C13 C C 0.000 -1.820 -2.129 1.638
LAS O6 O OC -0.500 -2.074 -2.283 2.853
LAS O5 O OC -0.500 -1.115 -2.968 1.036
LAS C111 C CH2 0.000 -3.892 -0.948 0.959
LAS H181 H H 0.000 -4.217 -0.913 2.001
LAS H19 H H 0.000 -4.264 -1.863 0.494
LAS S1 S S2 0.000 -4.545 0.491 0.074
LAS C18 C C 0.000 -6.224 0.235 0.288
LAS O19 O O 0.000 -6.616 -0.732 0.909
LAS C9 C CT 0.000 -7.215 1.212 -0.290
LAS C10 C CH1 0.000 -8.503 0.488 -0.687
LAS H10 H H 0.000 -8.855 -0.122 0.157
LAS O17 O OH1 0.000 -9.504 1.448 -1.030
LAS HO17 H H 0.000 -9.193 1.984 -1.772
LAS C11 C CH1 0.000 -8.229 -0.418 -1.890
LAS H11 H H 0.000 -7.775 0.174 -2.698
LAS C12 C CH3 0.000 -9.544 -1.025 -2.380
LAS H12B H H 0.000 -10.175 -0.256 -2.746
LAS H12A H H 0.000 -9.347 -1.718 -3.157
LAS H12 H H 0.000 -10.025 -1.523 -1.578
LAS C16 C CH3 0.000 -7.272 -1.537 -1.479
LAS H16B H H 0.000 -7.229 -2.266 -2.247
LAS H16A H H 0.000 -6.304 -1.136 -1.321
LAS H16 H H 0.000 -7.617 -1.988 -0.585
LAS C3 C CH1 0.000 -7.522 2.328 0.733
LAS H3 H H 0.000 -8.451 2.115 1.281
LAS O2 O OH1 0.000 -6.429 2.512 1.634
LAS HO2 H H 0.000 -6.645 3.213 2.263
LAS C5 C CH1 0.000 -7.693 3.560 -0.188
LAS H5 H H 0.000 -8.752 3.706 -0.443
LAS C20 C CH3 0.000 -7.125 4.813 0.481
LAS H20B H H 0.000 -7.678 5.028 1.358
LAS H20A H H 0.000 -6.110 4.649 0.736
LAS H20 H H 0.000 -7.192 5.633 -0.188
LAS C6 C C 0.000 -6.894 3.213 -1.425
LAS O7 O O 0.000 -6.539 4.008 -2.269
LAS N8 N NH1 0.000 -6.636 1.893 -1.454
LAS HN8 H H 0.000 -6.111 1.431 -2.182
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
LAS O71 n/a C14 START
LAS C14 O71 N2 .
LAS C15 C14 H23 .
LAS H25 C15 . .
LAS H24 C15 . .
LAS H23 C15 . .
LAS N2 C14 C121 .
LAS H22 N2 . .
LAS C121 N2 C111 .
LAS H201 C121 . .
LAS C13 C121 O5 .
LAS O6 C13 . .
LAS O5 C13 . .
LAS C111 C121 S1 .
LAS H181 C111 . .
LAS H19 C111 . .
LAS S1 C111 C18 .
LAS C18 S1 C9 .
LAS O19 C18 . .
LAS C9 C18 C3 .
LAS C10 C9 C11 .
LAS H10 C10 . .
LAS O17 C10 HO17 .
LAS HO17 O17 . .
LAS C11 C10 C16 .
LAS H11 C11 . .
LAS C12 C11 H12 .
LAS H12B C12 . .
LAS H12A C12 . .
LAS H12 C12 . .
LAS C16 C11 H16 .
LAS H16B C16 . .
LAS H16A C16 . .
LAS H16 C16 . .
LAS C3 C9 C5 .
LAS H3 C3 . .
LAS O2 C3 HO2 .
LAS HO2 O2 . .
LAS C5 C3 C6 .
LAS H5 C5 . .
LAS C20 C5 H20 .
LAS H20B C20 . .
LAS H20A C20 . .
LAS H20 C20 . .
LAS C6 C5 N8 .
LAS O7 C6 . .
LAS N8 C6 HN8 .
LAS HN8 N8 . END
LAS C9 N8 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
LAS O19 C18 double 1.220 0.020
LAS C9 C18 single 1.507 0.020
LAS C10 C9 single 1.524 0.020
LAS C9 N8 single 1.450 0.020
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LAS H11 C11 single 1.099 0.020
LAS H16 C16 single 1.059 0.020
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LAS H16B C16 single 1.059 0.020
LAS H12 C12 single 1.059 0.020
LAS H12A C12 single 1.059 0.020
LAS H12B C12 single 1.059 0.020
LAS HO17 O17 single 0.967 0.020
LAS N8 C6 single 1.330 0.020
LAS HN8 N8 single 1.010 0.020
LAS O7 C6 double 1.220 0.020
LAS C6 C5 single 1.500 0.020
LAS C20 C5 single 1.524 0.020
LAS C5 C3 single 1.524 0.020
LAS H5 C5 single 1.099 0.020
LAS H20 C20 single 1.059 0.020
LAS H20A C20 single 1.059 0.020
LAS H20B C20 single 1.059 0.020
LAS O2 C3 single 1.432 0.020
LAS H3 C3 single 1.099 0.020
LAS HO2 O2 single 0.967 0.020
LAS C18 S1 single 1.665 0.020
LAS S1 C111 single 1.762 0.020
LAS C111 C121 single 1.524 0.020
LAS C13 C121 single 1.500 0.020
LAS O5 C13 deloc 1.250 0.020
LAS O6 C13 deloc 1.250 0.020
LAS C121 N2 single 1.450 0.020
LAS N2 C14 single 1.330 0.020
LAS C15 C14 single 1.500 0.020
LAS C14 O71 double 1.220 0.020
LAS H181 C111 single 1.092 0.020
LAS H19 C111 single 1.092 0.020
LAS H201 C121 single 1.099 0.020
LAS H22 N2 single 1.010 0.020
LAS H23 C15 single 1.059 0.020
LAS H24 C15 single 1.059 0.020
LAS H25 C15 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
LAS O71 C14 C15 123.000 3.000
LAS O71 C14 N2 123.000 3.000
LAS C15 C14 N2 116.500 3.000
LAS C14 C15 H25 109.470 3.000
LAS C14 C15 H24 109.470 3.000
LAS C14 C15 H23 109.470 3.000
LAS H25 C15 H24 109.470 3.000
LAS H25 C15 H23 109.470 3.000
LAS H24 C15 H23 109.470 3.000
LAS C14 N2 H22 120.000 3.000
LAS C14 N2 C121 121.500 3.000
LAS H22 N2 C121 118.500 3.000
LAS N2 C121 H201 108.550 3.000
LAS N2 C121 C13 111.600 3.000
LAS N2 C121 C111 110.000 3.000
LAS H201 C121 C13 108.810 3.000
LAS H201 C121 C111 108.340 3.000
LAS C13 C121 C111 109.470 3.000
LAS C121 C13 O6 118.500 3.000
LAS C121 C13 O5 118.500 3.000
LAS O6 C13 O5 123.000 3.000
LAS C121 C111 H181 109.470 3.000
LAS C121 C111 H19 109.470 3.000
LAS C121 C111 S1 109.500 3.000
LAS H181 C111 H19 107.900 3.000
LAS H181 C111 S1 109.500 3.000
LAS H19 C111 S1 109.500 3.000
LAS C111 S1 C18 99.984 3.000
LAS S1 C18 O19 120.000 3.000
LAS S1 C18 C9 120.000 3.000
LAS O19 C18 C9 120.500 3.000
LAS C18 C9 C10 109.470 3.000
LAS C18 C9 C3 109.470 3.000
LAS C18 C9 N8 111.600 3.000
LAS C10 C9 C3 111.000 3.000
LAS C10 C9 N8 110.000 3.000
LAS C3 C9 N8 110.000 3.000
LAS C9 C10 H10 108.340 3.000
LAS C9 C10 O17 109.470 3.000
LAS C9 C10 C11 111.000 3.000
LAS H10 C10 O17 109.470 3.000
LAS H10 C10 C11 108.340 3.000
LAS O17 C10 C11 109.470 3.000
LAS C10 O17 HO17 109.470 3.000
LAS C10 C11 H11 108.340 3.000
LAS C10 C11 C12 111.000 3.000
LAS C10 C11 C16 111.000 3.000
LAS H11 C11 C12 108.340 3.000
LAS H11 C11 C16 108.340 3.000
LAS C12 C11 C16 111.000 3.000
LAS C11 C12 H12B 109.470 3.000
LAS C11 C12 H12A 109.470 3.000
LAS C11 C12 H12 109.470 3.000
LAS H12B C12 H12A 109.470 3.000
LAS H12B C12 H12 109.470 3.000
LAS H12A C12 H12 109.470 3.000
LAS C11 C16 H16B 109.470 3.000
LAS C11 C16 H16A 109.470 3.000
LAS C11 C16 H16 109.470 3.000
LAS H16B C16 H16A 109.470 3.000
LAS H16B C16 H16 109.470 3.000
LAS H16A C16 H16 109.470 3.000
LAS C9 C3 H3 108.340 3.000
LAS C9 C3 O2 109.470 3.000
LAS C9 C3 C5 111.000 3.000
LAS H3 C3 O2 109.470 3.000
LAS H3 C3 C5 108.340 3.000
LAS O2 C3 C5 109.470 3.000
LAS C3 O2 HO2 109.470 3.000
LAS C3 C5 H5 108.340 3.000
LAS C3 C5 C20 111.000 3.000
LAS C3 C5 C6 109.470 3.000
LAS H5 C5 C20 108.340 3.000
LAS H5 C5 C6 108.810 3.000
LAS C20 C5 C6 109.470 3.000
LAS C5 C20 H20B 109.470 3.000
LAS C5 C20 H20A 109.470 3.000
LAS C5 C20 H20 109.470 3.000
LAS H20B C20 H20A 109.470 3.000
LAS H20B C20 H20 109.470 3.000
LAS H20A C20 H20 109.470 3.000
LAS C5 C6 O7 120.500 3.000
LAS C5 C6 N8 116.500 3.000
LAS O7 C6 N8 123.000 3.000
LAS C6 N8 HN8 120.000 3.000
LAS C6 N8 C9 121.500 3.000
LAS HN8 N8 C9 118.500 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
LAS var_1 O71 C14 C15 H23 -90.019 20.000 1
LAS CONST_1 O71 C14 N2 C121 0.000 0.000 0
LAS var_2 C14 N2 C121 C111 155.030 20.000 3
LAS var_3 N2 C121 C13 O5 -0.014 20.000 3
LAS var_4 N2 C121 C111 S1 -59.998 20.000 3
LAS var_5 C121 C111 S1 C18 -179.985 20.000 1
LAS var_6 C111 S1 C18 C9 179.773 20.000 1
LAS var_7 S1 C18 C9 C3 -89.809 20.000 1
LAS var_8 C18 C9 N8 C6 -150.000 20.000 1
LAS var_9 C18 C9 C10 C11 -69.110 20.000 1
LAS var_10 C9 C10 O17 HO17 59.998 20.000 1
LAS var_11 C9 C10 C11 C16 65.995 20.000 3
LAS var_12 C10 C11 C12 H12 -54.998 20.000 3
LAS var_13 C10 C11 C16 H16 49.047 20.000 3
LAS var_14 C18 C9 C3 C5 150.000 20.000 1
LAS var_15 C9 C3 O2 HO2 -179.951 20.000 1
LAS var_16 C9 C3 C5 C6 -30.000 20.000 3
LAS var_17 C3 C5 C20 H20 176.305 20.000 3
LAS var_18 C3 C5 C6 N8 30.000 20.000 3
LAS CONST_2 C5 C6 N8 C9 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
LAS chir_01 C9 C18 C10 N8 positiv
LAS chir_02 C10 C9 C11 O17 positiv
LAS chir_03 C11 C10 C16 C12 negativ
LAS chir_04 C5 C6 C20 C3 positiv
LAS chir_05 C3 C9 C5 O2 positiv
LAS chir_06 C121 C111 C13 N2 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
LAS plan-1 C18 0.020
LAS plan-1 O19 0.020
LAS plan-1 C9 0.020
LAS plan-1 S1 0.020
LAS plan-2 N8 0.020
LAS plan-2 C9 0.020
LAS plan-2 C6 0.020
LAS plan-2 HN8 0.020
LAS plan-3 C6 0.020
LAS plan-3 N8 0.020
LAS plan-3 O7 0.020
LAS plan-3 C5 0.020
LAS plan-3 HN8 0.020
LAS plan-4 C13 0.020
LAS plan-4 C121 0.020
LAS plan-4 O5 0.020
LAS plan-4 O6 0.020
LAS plan-5 N2 0.020
LAS plan-5 C121 0.020
LAS plan-5 C14 0.020
LAS plan-5 H22 0.020
LAS plan-6 C14 0.020
LAS plan-6 N2 0.020
LAS plan-6 C15 0.020
LAS plan-6 O71 0.020
LAS plan-6 H22 0.020
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