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global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
LDY LDY 'alpha-D-lyxopyranose ' pyranose 20 10 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_LDY
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
LDY C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
LDY H1 H H 0.000 0.178 1.084 -0.024
LDY C2 C CH1 0.000 -1.492 -0.277 -0.205
LDY H2 H H 0.000 -1.677 -1.359 -0.140
LDY O2 O OH1 0.000 -2.246 0.398 0.804
LDY HO2 H H 0.000 -1.975 0.079 1.676
LDY C3 C CH1 0.000 -1.914 0.232 -1.586
LDY H3 H H 0.000 -2.970 -0.013 -1.762
LDY O3 O OH1 0.000 -1.734 1.648 -1.650
LDY HO3 H H 0.000 -2.000 1.968 -2.522
LDY C4 C CH1 0.000 -1.046 -0.443 -2.653
LDY H4 H H 0.000 -1.303 -0.043 -3.644
LDY O4 O OH1 0.000 -1.275 -1.853 -2.633
LDY HO4 H H 0.000 -0.727 -2.277 -3.307
LDY C5 C CH2 0.000 0.429 -0.158 -2.354
LDY H5A H H 0.000 0.611 0.917 -2.410
LDY H5 H H 0.000 1.055 -0.671 -3.088
LDY O1 O OH1 0.000 0.413 -0.523 1.264
LDY HO1 H H 0.000 1.350 -0.384 1.460
LDY O5 O O2 0.000 0.747 -0.630 -1.043
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
LDY C1 n/a O5 START
LDY H1 C1 . .
LDY C2 C1 C3 .
LDY H2 C2 . .
LDY O2 C2 HO2 .
LDY HO2 O2 . .
LDY C3 C2 C4 .
LDY H3 C3 . .
LDY O3 C3 HO3 .
LDY HO3 O3 . .
LDY C4 C3 C5 .
LDY H4 C4 . .
LDY O4 C4 HO4 .
LDY HO4 O4 . .
LDY C5 C4 H5 .
LDY H5A C5 . .
LDY H5 C5 . .
LDY O1 C1 . .
LDY HO1 O1 . .
LDY O5 C1 . END
LDY C5 O5 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
LDY C5 C4 single 1.524 0.020
LDY C5 O5 single 1.426 0.020
LDY H5 C5 single 1.092 0.020
LDY H5A C5 single 1.092 0.020
LDY O5 C1 single 1.426 0.020
LDY C2 C1 single 1.524 0.020
LDY O1 C1 single 1.432 0.020
LDY H1 C1 single 1.099 0.020
LDY O2 C2 single 1.432 0.020
LDY C3 C2 single 1.524 0.020
LDY H2 C2 single 1.099 0.020
LDY HO2 O2 single 0.967 0.020
LDY O3 C3 single 1.432 0.020
LDY C4 C3 single 1.524 0.020
LDY H3 C3 single 1.099 0.020
LDY HO3 O3 single 0.967 0.020
LDY O4 C4 single 1.432 0.020
LDY H4 C4 single 1.099 0.020
LDY HO4 O4 single 0.967 0.020
LDY HO1 O1 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
LDY H1 C1 C2 108.340 3.000
LDY H1 C1 O1 109.470 3.000
LDY C2 C1 O1 109.470 3.000
LDY H1 C1 O5 109.470 3.000
LDY C2 C1 O5 109.470 3.000
LDY O1 C1 O5 109.470 3.000
LDY C1 C2 H2 108.340 3.000
LDY C1 C2 O2 109.470 3.000
LDY C1 C2 C3 111.000 3.000
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LDY H2 C2 C3 108.340 3.000
LDY O2 C2 C3 109.470 3.000
LDY C2 O2 HO2 109.470 3.000
LDY C2 C3 H3 108.340 3.000
LDY C2 C3 O3 109.470 3.000
LDY C2 C3 C4 111.000 3.000
LDY H3 C3 O3 109.470 3.000
LDY H3 C3 C4 108.340 3.000
LDY O3 C3 C4 109.470 3.000
LDY C3 O3 HO3 109.470 3.000
LDY C3 C4 H4 108.340 3.000
LDY C3 C4 O4 109.470 3.000
LDY C3 C4 C5 111.000 3.000
LDY H4 C4 O4 109.470 3.000
LDY H4 C4 C5 108.340 3.000
LDY O4 C4 C5 109.470 3.000
LDY C4 O4 HO4 109.470 3.000
LDY C4 C5 H5A 109.470 3.000
LDY C4 C5 H5 109.470 3.000
LDY C4 C5 O5 109.470 3.000
LDY H5A C5 H5 107.900 3.000
LDY H5A C5 O5 109.470 3.000
LDY H5 C5 O5 109.470 3.000
LDY C1 O1 HO1 109.470 3.000
LDY C1 O5 C5 111.800 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
LDY var_1 O5 C1 C2 C3 -60.000 20.000 3
LDY var_2 C1 C2 O2 HO2 -60.028 20.000 1
LDY var_3 C1 C2 C3 C4 60.000 20.000 3
LDY var_4 C2 C3 O3 HO3 179.937 20.000 1
LDY var_5 C2 C3 C4 C5 -60.000 20.000 3
LDY var_6 C3 C4 O4 HO4 179.962 20.000 1
LDY var_7 C3 C4 C5 O5 60.000 20.000 3
LDY var_8 C4 C5 O5 C1 -60.000 20.000 1
LDY var_9 O1 C1 O5 C5 180.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
LDY chir_01 C1 O5 C2 O1 negativ
LDY chir_02 C2 C1 O2 C3 negativ
LDY chir_03 C3 C2 O3 C4 negativ
LDY chir_04 C4 C5 C3 O4 positiv
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