1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
LE1 LE1 '3-sulfanyl-L-valine ' peptide 19 9 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_LE1
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
LE1 N N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
LE1 HN1 H H 0.000 0.818 0.201 0.564
LE1 HN2 H H 0.000 -0.066 -0.890 -0.480
LE1 CA C CH1 0.000 -1.079 0.990 -0.121
LE1 HA H H 0.000 -1.144 1.336 -1.162
LE1 CB C CT 0.000 -2.407 0.349 0.287
LE1 SG S SH1 0.000 -2.756 -1.063 -0.798
LE1 HSG H H 0.000 -3.912 -1.625 -0.448
LE1 C8 C CH3 0.000 -3.531 1.379 0.161
LE1 H8B H H 0.000 -4.451 0.936 0.443
LE1 H8A H H 0.000 -3.329 2.204 0.795
LE1 H8 H H 0.000 -3.594 1.714 -0.843
LE1 C9 C CH3 0.000 -2.317 -0.133 1.736
LE1 H9B H H 0.000 -3.236 -0.578 2.019
LE1 H9A H H 0.000 -1.539 -0.847 1.824
LE1 H9 H H 0.000 -2.113 0.690 2.371
LE1 C C C 0.000 -0.789 2.161 0.781
LE1 O O OC -0.500 0.010 2.034 1.735
LE1 OXT O OC -0.500 -1.351 3.260 0.578
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
LE1 N n/a CA START
LE1 HN1 N . .
LE1 HN2 N . .
LE1 CA N C .
LE1 HA CA . .
LE1 CB CA C9 .
LE1 SG CB HSG .
LE1 HSG SG . .
LE1 C8 CB H8 .
LE1 H8B C8 . .
LE1 H8A C8 . .
LE1 H8 C8 . .
LE1 C9 CB H9 .
LE1 H9B C9 . .
LE1 H9A C9 . .
LE1 H9 C9 . .
LE1 C CA . END
LE1 O C . .
LE1 OXT C . .
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
LE1 O C deloc 1.250 0.020
LE1 OXT C deloc 1.250 0.020
LE1 C CA single 1.500 0.020
LE1 CB CA single 1.524 0.020
LE1 HA CA single 1.099 0.020
LE1 CA N single 1.450 0.020
LE1 C9 CB single 1.524 0.020
LE1 C8 CB single 1.524 0.020
LE1 H9 C9 single 1.059 0.020
LE1 H9A C9 single 1.059 0.020
LE1 H9B C9 single 1.059 0.020
LE1 H8 C8 single 1.059 0.020
LE1 H8A C8 single 1.059 0.020
LE1 H8B C8 single 1.059 0.020
LE1 SG CB single 1.787 0.020
LE1 HSG SG single 1.330 0.020
LE1 HN1 N single 1.010 0.020
LE1 HN2 N single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
LE1 HN1 N HN2 120.000 3.000
LE1 HN1 N CA 120.000 3.000
LE1 HN2 N CA 120.000 3.000
LE1 N CA HA 109.470 3.000
LE1 N CA CB 109.500 3.000
LE1 N CA C 109.470 3.000
LE1 HA CA CB 108.340 3.000
LE1 HA CA C 108.810 3.000
LE1 CB CA C 109.470 3.000
LE1 CA CB SG 109.500 3.000
LE1 CA CB C8 111.000 3.000
LE1 CA CB C9 111.000 3.000
LE1 SG CB C8 109.500 3.000
LE1 SG CB C9 109.500 3.000
LE1 C8 CB C9 111.000 3.000
LE1 CB SG HSG 109.500 3.000
LE1 CB C8 H8B 109.470 3.000
LE1 CB C8 H8A 109.470 3.000
LE1 CB C8 H8 109.470 3.000
LE1 H8B C8 H8A 109.470 3.000
LE1 H8B C8 H8 109.470 3.000
LE1 H8A C8 H8 109.470 3.000
LE1 CB C9 H9B 109.470 3.000
LE1 CB C9 H9A 109.470 3.000
LE1 CB C9 H9 109.470 3.000
LE1 H9B C9 H9A 109.470 3.000
LE1 H9B C9 H9 109.470 3.000
LE1 H9A C9 H9 109.470 3.000
LE1 CA C O 118.500 3.000
LE1 CA C OXT 118.500 3.000
LE1 O C OXT 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
LE1 var_1 HN2 N CA C 175.000 20.000 1
LE1 var_2 N CA CB C9 59.998 20.000 1
LE1 var_3 CA CB SG HSG -179.973 20.000 1
LE1 var_4 CA CB C8 H8 59.981 20.000 1
LE1 var_5 CA CB C9 H9 60.009 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
LE1 chir_01 CA C N CB negativ
LE1 chir_02 CB CA C9 C8 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
LE1 plan-1 C 0.020
LE1 plan-1 O 0.020
LE1 plan-1 CA 0.020
LE1 plan-1 OXT 0.020
LE1 plan-2 N 0.020
LE1 plan-2 CA 0.020
LE1 plan-2 HN1 0.020
LE1 plan-2 HN2 0.020
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