1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
LIH LIH '6-([5-QUINOLYLAMINO]METHYL)-2,4-DIAM' non-polymer 42 25 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_LIH
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
LIH N2 N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
LIH H21 H H 0.000 0.466 -0.594 -0.679
LIH H22 H H 0.000 0.520 0.759 0.429
LIH C2 C CR6 0.000 -1.322 -0.222 0.335
LIH N3 N NRD6 0.000 -1.966 -1.227 -0.250
LIH C4 C CR6 0.000 -3.235 -1.487 0.031
LIH N4 N NH2 0.000 -3.894 -2.531 -0.580
LIH H42 H H 0.000 -4.860 -2.429 -0.873
LIH H41 H H 0.000 -3.420 -3.413 -0.743
LIH N1 N NRD6 0.000 -1.890 0.575 1.220
LIH C8A C CR66 0.000 -3.171 0.396 1.573
LIH N8 N NRD6 0.000 -3.769 1.186 2.465
LIH C7 C CR16 0.000 -5.026 1.003 2.804
LIH H71 H H 0.000 -5.478 1.665 3.532
LIH C6 C CR6 0.000 -5.791 -0.019 2.253
LIH C5 C CR6 0.000 -5.235 -0.865 1.330
LIH C5A C CH3 0.000 -6.041 -1.981 0.718
LIH H5A3 H H 0.000 -5.425 -2.834 0.594
LIH H5A2 H H 0.000 -6.852 -2.221 1.354
LIH H5A1 H H 0.000 -6.411 -1.673 -0.225
LIH C4A C CR66 0.000 -3.895 -0.667 0.978
LIH C9 C CH2 0.000 -7.226 -0.194 2.669
LIH H91 H H 0.000 -7.415 0.386 3.575
LIH H92 H H 0.000 -7.420 -1.250 2.868
LIH N10 N NH1 0.000 -8.108 0.273 1.596
LIH H101 H H 0.000 -7.712 0.628 0.738
LIH "C5'" C CR6 0.000 -9.488 0.227 1.759
LIH C4X C CR66 0.000 -10.343 0.680 0.733
LIH C8X C CR66 0.000 -11.748 0.620 0.914
LIH "C8'" C CR16 0.000 -12.262 0.120 2.120
LIH "H8'1" H H 0.000 -13.333 0.072 2.273
LIH "C7'" C CR16 0.000 -11.416 -0.307 3.099
LIH "H7'1" H H 0.000 -11.825 -0.691 4.025
LIH "C6'" C CR16 0.000 -10.036 -0.257 2.929
LIH "H6'1" H H 0.000 -9.386 -0.603 3.723
LIH "N1'" N NRD6 0.000 -12.562 1.042 -0.059
LIH "C2'" C CR16 0.000 -12.087 1.511 -1.189
LIH "H2'1" H H 0.000 -12.778 1.844 -1.953
LIH "C3'" C CR16 0.000 -10.718 1.590 -1.431
LIH "H3'1" H H 0.000 -10.357 1.981 -2.374
LIH "C4'" C CR16 0.000 -9.831 1.175 -0.478
LIH "H4'1" H H 0.000 -8.763 1.226 -0.652
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
LIH N2 n/a C2 START
LIH H21 N2 . .
LIH H22 N2 . .
LIH C2 N2 N1 .
LIH N3 C2 C4 .
LIH C4 N3 N4 .
LIH N4 C4 H41 .
LIH H42 N4 . .
LIH H41 N4 . .
LIH N1 C2 C8A .
LIH C8A N1 N8 .
LIH N8 C8A C7 .
LIH C7 N8 C6 .
LIH H71 C7 . .
LIH C6 C7 C9 .
LIH C5 C6 C4A .
LIH C5A C5 H5A1 .
LIH H5A3 C5A . .
LIH H5A2 C5A . .
LIH H5A1 C5A . .
LIH C4A C5 . .
LIH C9 C6 N10 .
LIH H91 C9 . .
LIH H92 C9 . .
LIH N10 C9 "C5'" .
LIH H101 N10 . .
LIH "C5'" N10 C4X .
LIH C4X "C5'" C8X .
LIH C8X C4X "N1'" .
LIH "C8'" C8X "C7'" .
LIH "H8'1" "C8'" . .
LIH "C7'" "C8'" "C6'" .
LIH "H7'1" "C7'" . .
LIH "C6'" "C7'" "H6'1" .
LIH "H6'1" "C6'" . .
LIH "N1'" C8X "C2'" .
LIH "C2'" "N1'" "C3'" .
LIH "H2'1" "C2'" . .
LIH "C3'" "C2'" "C4'" .
LIH "H3'1" "C3'" . .
LIH "C4'" "C3'" "H4'1" .
LIH "H4'1" "C4'" . END
LIH C4A C4 . ADD
LIH C4A C8A . ADD
LIH "C5'" "C6'" . ADD
LIH "C4'" C4X . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
LIH C4A C4 double 1.490 0.020
LIH C4A C8A single 1.490 0.020
LIH C4A C5 single 1.490 0.020
LIH C4 N3 single 1.350 0.020
LIH N4 C4 single 1.355 0.020
LIH N3 C2 double 1.350 0.020
LIH N1 C2 single 1.350 0.020
LIH C2 N2 single 1.355 0.020
LIH C8A N1 double 1.350 0.020
LIH N8 C8A single 1.350 0.020
LIH C5 C6 double 1.487 0.020
LIH C5A C5 single 1.506 0.020
LIH C6 C7 single 1.390 0.020
LIH C9 C6 single 1.511 0.020
LIH C7 N8 double 1.337 0.020
LIH H71 C7 single 1.083 0.020
LIH H5A1 C5A single 1.059 0.020
LIH H5A2 C5A single 1.059 0.020
LIH H5A3 C5A single 1.059 0.020
LIH "C5'" "C6'" double 1.390 0.020
LIH C4X "C5'" single 1.490 0.020
LIH "C5'" N10 single 1.350 0.020
LIH "C6'" "C7'" single 1.390 0.020
LIH "H6'1" "C6'" single 1.083 0.020
LIH "C7'" "C8'" double 1.390 0.020
LIH "H7'1" "C7'" single 1.083 0.020
LIH "C8'" C8X single 1.390 0.020
LIH "H8'1" "C8'" single 1.083 0.020
LIH N10 C9 single 1.450 0.020
LIH H91 C9 single 1.092 0.020
LIH H92 C9 single 1.092 0.020
LIH "C4'" C4X double 1.390 0.020
LIH "C4'" "C3'" single 1.390 0.020
LIH "H4'1" "C4'" single 1.083 0.020
LIH C8X C4X single 1.490 0.020
LIH "N1'" C8X double 1.350 0.020
LIH "C3'" "C2'" double 1.390 0.020
LIH "C2'" "N1'" single 1.337 0.020
LIH "H2'1" "C2'" single 1.083 0.020
LIH "H3'1" "C3'" single 1.083 0.020
LIH H101 N10 single 1.010 0.020
LIH H41 N4 single 1.010 0.020
LIH H42 N4 single 1.010 0.020
LIH H21 N2 single 1.010 0.020
LIH H22 N2 single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
LIH H21 N2 H22 120.000 3.000
LIH H21 N2 C2 120.000 3.000
LIH H22 N2 C2 120.000 3.000
LIH N2 C2 N3 120.000 3.000
LIH N2 C2 N1 120.000 3.000
LIH N3 C2 N1 120.000 3.000
LIH C2 N3 C4 120.000 3.000
LIH N3 C4 N4 120.000 3.000
LIH N3 C4 C4A 120.000 3.000
LIH N4 C4 C4A 120.000 3.000
LIH C4 N4 H42 120.000 3.000
LIH C4 N4 H41 120.000 3.000
LIH H42 N4 H41 120.000 3.000
LIH C2 N1 C8A 120.000 3.000
LIH N1 C8A N8 120.000 3.000
LIH N1 C8A C4A 120.000 3.000
LIH N8 C8A C4A 120.000 3.000
LIH C8A N8 C7 120.000 3.000
LIH N8 C7 H71 120.000 3.000
LIH N8 C7 C6 120.000 3.000
LIH H71 C7 C6 120.000 3.000
LIH C7 C6 C5 120.000 3.000
LIH C7 C6 C9 120.000 3.000
LIH C5 C6 C9 120.000 3.000
LIH C6 C5 C5A 120.000 3.000
LIH C6 C5 C4A 120.000 3.000
LIH C5A C5 C4A 120.000 3.000
LIH C5 C5A H5A3 109.470 3.000
LIH C5 C5A H5A2 109.470 3.000
LIH C5 C5A H5A1 109.470 3.000
LIH H5A3 C5A H5A2 109.470 3.000
LIH H5A3 C5A H5A1 109.470 3.000
LIH H5A2 C5A H5A1 109.470 3.000
LIH C5 C4A C4 120.000 3.000
LIH C5 C4A C8A 120.000 3.000
LIH C4 C4A C8A 120.000 3.000
LIH C6 C9 H91 109.470 3.000
LIH C6 C9 H92 109.470 3.000
LIH C6 C9 N10 109.500 3.000
LIH H91 C9 H92 107.900 3.000
LIH H91 C9 N10 109.470 3.000
LIH H92 C9 N10 109.470 3.000
LIH C9 N10 H101 118.500 3.000
LIH C9 N10 "C5'" 120.000 3.000
LIH H101 N10 "C5'" 120.000 3.000
LIH N10 "C5'" C4X 120.000 3.000
LIH N10 "C5'" "C6'" 120.000 3.000
LIH C4X "C5'" "C6'" 120.000 3.000
LIH "C5'" C4X C8X 120.000 3.000
LIH "C5'" C4X "C4'" 120.000 3.000
LIH C8X C4X "C4'" 120.000 3.000
LIH C4X C8X "C8'" 120.000 3.000
LIH C4X C8X "N1'" 120.000 3.000
LIH "C8'" C8X "N1'" 120.000 3.000
LIH C8X "C8'" "H8'1" 120.000 3.000
LIH C8X "C8'" "C7'" 120.000 3.000
LIH "H8'1" "C8'" "C7'" 120.000 3.000
LIH "C8'" "C7'" "H7'1" 120.000 3.000
LIH "C8'" "C7'" "C6'" 120.000 3.000
LIH "H7'1" "C7'" "C6'" 120.000 3.000
LIH "C7'" "C6'" "H6'1" 120.000 3.000
LIH "C7'" "C6'" "C5'" 120.000 3.000
LIH "H6'1" "C6'" "C5'" 120.000 3.000
LIH C8X "N1'" "C2'" 120.000 3.000
LIH "N1'" "C2'" "H2'1" 120.000 3.000
LIH "N1'" "C2'" "C3'" 120.000 3.000
LIH "H2'1" "C2'" "C3'" 120.000 3.000
LIH "C2'" "C3'" "H3'1" 120.000 3.000
LIH "C2'" "C3'" "C4'" 120.000 3.000
LIH "H3'1" "C3'" "C4'" 120.000 3.000
LIH "C3'" "C4'" "H4'1" 120.000 3.000
LIH "C3'" "C4'" C4X 120.000 3.000
LIH "H4'1" "C4'" C4X 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
LIH CONST_1 H22 N2 C2 N1 0.105 0.000 0
LIH CONST_2 N2 C2 N3 C4 180.000 0.000 0
LIH CONST_3 C2 N3 C4 N4 180.000 0.000 0
LIH CONST_4 N3 C4 N4 H41 39.539 0.000 0
LIH CONST_5 N2 C2 N1 C8A 180.000 0.000 0
LIH CONST_6 C2 N1 C8A N8 180.000 0.000 0
LIH CONST_7 N1 C8A N8 C7 180.000 0.000 0
LIH CONST_8 C8A N8 C7 C6 0.000 0.000 0
LIH CONST_9 N8 C7 C6 C9 180.000 0.000 0
LIH CONST_10 C7 C6 C5 C4A 0.000 0.000 0
LIH var_1 C6 C5 C5A H5A1 97.613 20.000 1
LIH CONST_11 C6 C5 C4A C4 180.000 0.000 0
LIH CONST_12 C5 C4A C4 N3 180.000 0.000 0
LIH CONST_13 C5 C4A C8A N1 180.000 0.000 0
LIH var_2 C7 C6 C9 N10 105.628 20.000 2
LIH var_3 C6 C9 N10 "C5'" -179.097 20.000 3
LIH var_4 C9 N10 "C5'" C4X 179.735 20.000 1
LIH CONST_14 N10 "C5'" "C6'" "C7'" 180.000 0.000 0
LIH CONST_15 N10 "C5'" C4X C8X 180.000 0.000 0
LIH CONST_16 "C5'" C4X C8X "N1'" 180.000 0.000 0
LIH CONST_17 C4X C8X "C8'" "C7'" 0.000 0.000 0
LIH CONST_18 C8X "C8'" "C7'" "C6'" 0.000 0.000 0
LIH CONST_19 "C8'" "C7'" "C6'" "C5'" 0.000 0.000 0
LIH CONST_20 C4X C8X "N1'" "C2'" 0.000 0.000 0
LIH CONST_21 C8X "N1'" "C2'" "C3'" 0.000 0.000 0
LIH CONST_22 "N1'" "C2'" "C3'" "C4'" 0.000 0.000 0
LIH CONST_23 "C2'" "C3'" "C4'" C4X 0.000 0.000 0
LIH CONST_24 "C3'" "C4'" C4X "C5'" 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
LIH plan-1 C4A 0.020
LIH plan-1 C4 0.020
LIH plan-1 C8A 0.020
LIH plan-1 C5 0.020
LIH plan-1 C6 0.020
LIH plan-1 C7 0.020
LIH plan-1 N8 0.020
LIH plan-1 N3 0.020
LIH plan-1 N4 0.020
LIH plan-1 C2 0.020
LIH plan-1 N1 0.020
LIH plan-1 N2 0.020
LIH plan-1 C5A 0.020
LIH plan-1 C9 0.020
LIH plan-1 H71 0.020
LIH plan-1 H42 0.020
LIH plan-1 H41 0.020
LIH plan-1 H21 0.020
LIH plan-1 H22 0.020
LIH plan-2 "C5'" 0.020
LIH plan-2 "C6'" 0.020
LIH plan-2 C4X 0.020
LIH plan-2 N10 0.020
LIH plan-2 "C7'" 0.020
LIH plan-2 "C8'" 0.020
LIH plan-2 "H6'1" 0.020
LIH plan-2 "H7'1" 0.020
LIH plan-2 C8X 0.020
LIH plan-2 "H8'1" 0.020
LIH plan-2 "C4'" 0.020
LIH plan-2 "C3'" 0.020
LIH plan-2 "H4'1" 0.020
LIH plan-2 "C2'" 0.020
LIH plan-2 "N1'" 0.020
LIH plan-2 "H2'1" 0.020
LIH plan-2 "H3'1" 0.020
LIH plan-2 H101 0.020
LIH plan-3 N10 0.020
LIH plan-3 "C5'" 0.020
LIH plan-3 C9 0.020
LIH plan-3 H101 0.020
LIH plan-4 N4 0.020
LIH plan-4 C4 0.020
LIH plan-4 H41 0.020
LIH plan-4 H42 0.020
LIH plan-5 N2 0.020
LIH plan-5 C2 0.020
LIH plan-5 H21 0.020
LIH plan-5 H22 0.020
# ------------------------------------------------------
|
