1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
LLH LLH '(2R,3S,4R)-2,3,4-TRIHYDROXY-5-(HYDRO' non-polymer 21 13 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_LLH
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
LLH O1 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
LLH C1 C C 0.000 -0.993 -0.422 -0.554
LLH N N NH1 0.000 -1.010 -1.679 -1.041
LLH HN H H 0.000 -1.837 -2.031 -1.502
LLH ON O OH1 0.000 0.133 -2.506 -0.907
LLH HON H H 0.000 0.128 -3.412 -1.257
LLH C2 C CH1 0.000 -2.207 0.457 -0.697
LLH H2 H H 0.000 -2.494 0.516 -1.756
LLH O2 O OH1 0.000 -1.908 1.767 -0.210
LLH HO2 H H 0.000 -1.655 1.715 0.721
LLH C3 C CH1 0.000 -3.363 -0.135 0.113
LLH H3 H H 0.000 -3.076 -0.194 1.172
LLH O3 O OH1 0.000 -3.664 -1.445 -0.373
LLH HO3 H H 0.000 -3.916 -1.392 -1.305
LLH C4 C CH1 0.000 -4.598 0.758 -0.031
LLH H4 H H 0.000 -4.396 1.738 0.424
LLH O4 O OH1 0.000 -4.901 0.930 -1.417
LLH HO4 H H 0.000 -5.078 0.068 -1.817
LLH C5 C C 0.000 -5.769 0.114 0.663
LLH O5A O OC -0.500 -6.759 -0.265 -0.001
LLH O5B O OC -0.500 -5.748 -0.048 1.903
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
LLH O1 n/a C1 START
LLH C1 O1 C2 .
LLH N C1 ON .
LLH HN N . .
LLH ON N HON .
LLH HON ON . .
LLH C2 C1 C3 .
LLH H2 C2 . .
LLH O2 C2 HO2 .
LLH HO2 O2 . .
LLH C3 C2 C4 .
LLH H3 C3 . .
LLH O3 C3 HO3 .
LLH HO3 O3 . .
LLH C4 C3 C5 .
LLH H4 C4 . .
LLH O4 C4 HO4 .
LLH HO4 O4 . .
LLH C5 C4 O5B .
LLH O5A C5 . .
LLH O5B C5 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
LLH O5A C5 deloc 1.250 0.020
LLH O5B C5 deloc 1.250 0.020
LLH C5 C4 single 1.500 0.020
LLH O4 C4 single 1.432 0.020
LLH C4 C3 single 1.524 0.020
LLH H4 C4 single 1.099 0.020
LLH HO4 O4 single 0.967 0.020
LLH C3 C2 single 1.524 0.020
LLH O3 C3 single 1.432 0.020
LLH H3 C3 single 1.099 0.020
LLH HO3 O3 single 0.967 0.020
LLH O2 C2 single 1.432 0.020
LLH C2 C1 single 1.500 0.020
LLH H2 C2 single 1.099 0.020
LLH HO2 O2 single 0.967 0.020
LLH N C1 single 1.330 0.020
LLH C1 O1 double 1.220 0.020
LLH ON N single 1.392 0.020
LLH HN N single 1.010 0.020
LLH HON ON single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
LLH O1 C1 N 123.000 3.000
LLH O1 C1 C2 120.500 3.000
LLH N C1 C2 116.500 3.000
LLH C1 N HN 120.000 3.000
LLH C1 N ON 120.000 3.000
LLH HN N ON 120.200 3.000
LLH N ON HON 120.000 3.000
LLH C1 C2 H2 108.810 3.000
LLH C1 C2 O2 109.470 3.000
LLH C1 C2 C3 109.470 3.000
LLH H2 C2 O2 109.470 3.000
LLH H2 C2 C3 108.340 3.000
LLH O2 C2 C3 109.470 3.000
LLH C2 O2 HO2 109.470 3.000
LLH C2 C3 H3 108.340 3.000
LLH C2 C3 O3 109.470 3.000
LLH C2 C3 C4 111.000 3.000
LLH H3 C3 O3 109.470 3.000
LLH H3 C3 C4 108.340 3.000
LLH O3 C3 C4 109.470 3.000
LLH C3 O3 HO3 109.470 3.000
LLH C3 C4 H4 108.340 3.000
LLH C3 C4 O4 109.470 3.000
LLH C3 C4 C5 109.470 3.000
LLH H4 C4 O4 109.470 3.000
LLH H4 C4 C5 108.810 3.000
LLH O4 C4 C5 109.470 3.000
LLH C4 O4 HO4 109.470 3.000
LLH C4 C5 O5A 118.500 3.000
LLH C4 C5 O5B 118.500 3.000
LLH O5A C5 O5B 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
LLH CONST_1 O1 C1 N ON 0.000 0.000 0
LLH var_1 C1 N ON HON -179.975 20.000 1
LLH var_2 O1 C1 C2 C3 -114.975 20.000 3
LLH var_3 C1 C2 O2 HO2 -59.965 20.000 1
LLH var_4 C1 C2 C3 C4 179.991 20.000 3
LLH var_5 C2 C3 O3 HO3 -59.965 20.000 1
LLH var_6 C2 C3 C4 C5 174.964 20.000 3
LLH var_7 C3 C4 O4 HO4 60.018 20.000 1
LLH var_8 C3 C4 C5 O5B 64.698 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
LLH chir_01 C4 C5 O4 C3 positiv
LLH chir_02 C3 C4 O3 C2 negativ
LLH chir_03 C2 C3 O2 C1 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
LLH plan-1 C5 0.020
LLH plan-1 O5A 0.020
LLH plan-1 O5B 0.020
LLH plan-1 C4 0.020
LLH plan-2 C1 0.020
LLH plan-2 C2 0.020
LLH plan-2 O1 0.020
LLH plan-2 N 0.020
LLH plan-2 HN 0.020
LLH plan-3 N 0.020
LLH plan-3 C1 0.020
LLH plan-3 ON 0.020
LLH plan-3 HN 0.020
# ------------------------------------------------------
|
