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299
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
LNG LNG 'Delta-3isotetradecenoic acid ' non-polymer 41 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_LNG
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
LNG O1 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
LNG C1 C C 0.000 -0.815 0.889 -0.333
LNG O11 O OC -0.500 -0.477 2.093 -0.296
LNG C2 C CH2 0.000 -2.204 0.510 -0.778
LNG H2C1 H H 0.000 -2.367 0.863 -1.798
LNG H2C2 H H 0.000 -2.936 0.972 -0.112
LNG C3 C C1 0.000 -2.356 -0.988 -0.732
LNG H3C1 H H 0.000 -1.638 -1.618 -1.231
LNG C4 C C1 0.000 -3.361 -1.525 -0.086
LNG H4C1 H H 0.000 -3.404 -2.593 0.051
LNG C5 C CH2 0.000 -4.456 -0.651 0.465
LNG H5C1 H H 0.000 -4.300 0.378 0.135
LNG H5C2 H H 0.000 -4.436 -0.689 1.556
LNG C6 C CH2 0.000 -5.810 -1.150 -0.041
LNG H6C1 H H 0.000 -5.965 -2.179 0.290
LNG H6C2 H H 0.000 -5.827 -1.113 -1.132
LNG C7 C CH2 0.000 -6.923 -0.261 0.519
LNG H7C1 H H 0.000 -6.767 0.768 0.189
LNG H7C2 H H 0.000 -6.905 -0.299 1.611
LNG C8 C CH2 0.000 -8.278 -0.760 0.013
LNG H8C1 H H 0.000 -8.432 -1.790 0.342
LNG H8C2 H H 0.000 -8.295 -0.722 -1.078
LNG C9 C CH2 0.000 -9.391 0.128 0.573
LNG H9C1 H H 0.000 -9.235 1.157 0.243
LNG H9C2 H H 0.000 -9.372 0.090 1.664
LNG C10 C CH2 0.000 -10.746 -0.371 0.067
LNG H101 H H 0.000 -10.900 -1.401 0.397
LNG H102 H H 0.000 -10.763 -0.334 -1.024
LNG C11 C CH2 0.000 -11.858 0.517 0.627
LNG H111 H H 0.000 -11.702 1.546 0.297
LNG H112 H H 0.000 -11.839 0.479 1.718
LNG C12 C CH1 0.000 -13.213 0.018 0.122
LNG H12 H H 0.000 -13.330 -1.045 0.377
LNG C14 C CH3 0.000 -13.285 0.189 -1.398
LNG H143 H H 0.000 -12.510 -0.371 -1.855
LNG H142 H H 0.000 -14.223 -0.156 -1.749
LNG H141 H H 0.000 -13.171 1.213 -1.645
LNG C13 C CH3 0.000 -14.333 0.827 0.779
LNG H133 H H 0.000 -15.272 0.482 0.429
LNG H132 H H 0.000 -14.285 0.709 1.831
LNG H131 H H 0.000 -14.221 1.851 0.534
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
LNG O1 n/a C1 START
LNG C1 O1 C2 .
LNG O11 C1 . .
LNG C2 C1 C3 .
LNG H2C1 C2 . .
LNG H2C2 C2 . .
LNG C3 C2 C4 .
LNG H3C1 C3 . .
LNG C4 C3 C5 .
LNG H4C1 C4 . .
LNG C5 C4 C6 .
LNG H5C1 C5 . .
LNG H5C2 C5 . .
LNG C6 C5 C7 .
LNG H6C1 C6 . .
LNG H6C2 C6 . .
LNG C7 C6 C8 .
LNG H7C1 C7 . .
LNG H7C2 C7 . .
LNG C8 C7 C9 .
LNG H8C1 C8 . .
LNG H8C2 C8 . .
LNG C9 C8 C10 .
LNG H9C1 C9 . .
LNG H9C2 C9 . .
LNG C10 C9 C11 .
LNG H101 C10 . .
LNG H102 C10 . .
LNG C11 C10 C12 .
LNG H111 C11 . .
LNG H112 C11 . .
LNG C12 C11 C13 .
LNG H12 C12 . .
LNG C14 C12 H141 .
LNG H143 C14 . .
LNG H142 C14 . .
LNG H141 C14 . .
LNG C13 C12 H131 .
LNG H133 C13 . .
LNG H132 C13 . .
LNG H131 C13 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
LNG O11 C1 deloc 1.250 0.020
LNG C1 O1 deloc 1.250 0.020
LNG C2 C1 single 1.510 0.020
LNG C3 C2 single 1.510 0.020
LNG H2C1 C2 single 1.092 0.020
LNG H2C2 C2 single 1.092 0.020
LNG C4 C3 double 1.330 0.020
LNG H3C1 C3 single 1.077 0.020
LNG C5 C4 single 1.510 0.020
LNG H4C1 C4 single 1.077 0.020
LNG C6 C5 single 1.524 0.020
LNG H5C1 C5 single 1.092 0.020
LNG H5C2 C5 single 1.092 0.020
LNG C7 C6 single 1.524 0.020
LNG H6C1 C6 single 1.092 0.020
LNG H6C2 C6 single 1.092 0.020
LNG C8 C7 single 1.524 0.020
LNG H7C1 C7 single 1.092 0.020
LNG H7C2 C7 single 1.092 0.020
LNG C9 C8 single 1.524 0.020
LNG H8C1 C8 single 1.092 0.020
LNG H8C2 C8 single 1.092 0.020
LNG C10 C9 single 1.524 0.020
LNG H9C1 C9 single 1.092 0.020
LNG H9C2 C9 single 1.092 0.020
LNG C11 C10 single 1.524 0.020
LNG H101 C10 single 1.092 0.020
LNG H102 C10 single 1.092 0.020
LNG C12 C11 single 1.524 0.020
LNG H111 C11 single 1.092 0.020
LNG H112 C11 single 1.092 0.020
LNG C13 C12 single 1.524 0.020
LNG C14 C12 single 1.524 0.020
LNG H12 C12 single 1.099 0.020
LNG H131 C13 single 1.059 0.020
LNG H132 C13 single 1.059 0.020
LNG H133 C13 single 1.059 0.020
LNG H141 C14 single 1.059 0.020
LNG H142 C14 single 1.059 0.020
LNG H143 C14 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
LNG O1 C1 O11 123.000 3.000
LNG O1 C1 C2 118.500 3.000
LNG O11 C1 C2 118.500 3.000
LNG C1 C2 H2C1 109.470 3.000
LNG C1 C2 H2C2 109.470 3.000
LNG C1 C2 C3 109.470 3.000
LNG H2C1 C2 H2C2 107.900 3.000
LNG H2C1 C2 C3 109.470 3.000
LNG H2C2 C2 C3 109.470 3.000
LNG C2 C3 H3C1 120.000 3.000
LNG C2 C3 C4 120.000 3.000
LNG H3C1 C3 C4 120.000 3.000
LNG C3 C4 H4C1 120.000 3.000
LNG C3 C4 C5 120.000 3.000
LNG H4C1 C4 C5 120.000 3.000
LNG C4 C5 H5C1 109.470 3.000
LNG C4 C5 H5C2 109.470 3.000
LNG C4 C5 C6 109.470 3.000
LNG H5C1 C5 H5C2 107.900 3.000
LNG H5C1 C5 C6 109.470 3.000
LNG H5C2 C5 C6 109.470 3.000
LNG C5 C6 H6C1 109.470 3.000
LNG C5 C6 H6C2 109.470 3.000
LNG C5 C6 C7 111.000 3.000
LNG H6C1 C6 H6C2 107.900 3.000
LNG H6C1 C6 C7 109.470 3.000
LNG H6C2 C6 C7 109.470 3.000
LNG C6 C7 H7C1 109.470 3.000
LNG C6 C7 H7C2 109.470 3.000
LNG C6 C7 C8 111.000 3.000
LNG H7C1 C7 H7C2 107.900 3.000
LNG H7C1 C7 C8 109.470 3.000
LNG H7C2 C7 C8 109.470 3.000
LNG C7 C8 H8C1 109.470 3.000
LNG C7 C8 H8C2 109.470 3.000
LNG C7 C8 C9 111.000 3.000
LNG H8C1 C8 H8C2 107.900 3.000
LNG H8C1 C8 C9 109.470 3.000
LNG H8C2 C8 C9 109.470 3.000
LNG C8 C9 H9C1 109.470 3.000
LNG C8 C9 H9C2 109.470 3.000
LNG C8 C9 C10 111.000 3.000
LNG H9C1 C9 H9C2 107.900 3.000
LNG H9C1 C9 C10 109.470 3.000
LNG H9C2 C9 C10 109.470 3.000
LNG C9 C10 H101 109.470 3.000
LNG C9 C10 H102 109.470 3.000
LNG C9 C10 C11 111.000 3.000
LNG H101 C10 H102 107.900 3.000
LNG H101 C10 C11 109.470 3.000
LNG H102 C10 C11 109.470 3.000
LNG C10 C11 H111 109.470 3.000
LNG C10 C11 H112 109.470 3.000
LNG C10 C11 C12 111.000 3.000
LNG H111 C11 H112 107.900 3.000
LNG H111 C11 C12 109.470 3.000
LNG H112 C11 C12 109.470 3.000
LNG C11 C12 H12 108.340 3.000
LNG C11 C12 C14 111.000 3.000
LNG C11 C12 C13 111.000 3.000
LNG H12 C12 C14 108.340 3.000
LNG H12 C12 C13 108.340 3.000
LNG C14 C12 C13 111.000 3.000
LNG C12 C14 H143 109.470 3.000
LNG C12 C14 H142 109.470 3.000
LNG C12 C14 H141 109.470 3.000
LNG H143 C14 H142 109.470 3.000
LNG H143 C14 H141 109.470 3.000
LNG H142 C14 H141 109.470 3.000
LNG C12 C13 H133 109.470 3.000
LNG C12 C13 H132 109.470 3.000
LNG C12 C13 H131 109.470 3.000
LNG H133 C13 H132 109.470 3.000
LNG H133 C13 H131 109.470 3.000
LNG H132 C13 H131 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
LNG var_1 O1 C1 C2 C3 -0.061 20.000 3
LNG var_2 C1 C2 C3 C4 127.599 20.000 1
LNG CONST_1 C2 C3 C4 C5 7.571 0.000 0
LNG var_3 C3 C4 C5 C6 126.328 20.000 1
LNG var_4 C4 C5 C6 C7 -179.974 20.000 3
LNG var_5 C5 C6 C7 C8 179.968 20.000 3
LNG var_6 C6 C7 C8 C9 179.976 20.000 3
LNG var_7 C7 C8 C9 C10 -179.968 20.000 3
LNG var_8 C8 C9 C10 C11 -179.996 20.000 3
LNG var_9 C9 C10 C11 C12 180.000 20.000 3
LNG var_10 C10 C11 C12 C13 175.005 20.000 3
LNG var_11 C11 C12 C14 H141 -59.970 20.000 3
LNG var_12 C11 C12 C13 H131 59.967 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
LNG chir_01 C12 C11 C13 C14 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
LNG plan-1 C1 0.020
LNG plan-1 O11 0.020
LNG plan-1 O1 0.020
LNG plan-1 C2 0.020
LNG plan-2 C3 0.020
LNG plan-2 C2 0.020
LNG plan-2 C4 0.020
LNG plan-2 H3C1 0.020
LNG plan-2 C5 0.020
LNG plan-2 H4C1 0.020
# ------------------------------------------------------
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