1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
LO2 LO2 '2-{4-[butyl(3-chloro-4,5-dimethoxybe' non-polymer 57 33 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_LO2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
LO2 F33 F F 0.000 0.000 0.000 0.000
LO2 C30 C CT 0.000 0.159 0.886 -1.071
LO2 F31 F F 0.000 -0.492 0.377 -2.200
LO2 F32 F F 0.000 1.522 1.041 -1.349
LO2 C24 C CT 0.000 -0.444 2.243 -0.703
LO2 O25 O OH1 0.000 -0.280 3.149 -1.796
LO2 HO25 H H 0.000 -0.661 4.006 -1.563
LO2 C26 C CT 0.000 0.270 2.800 0.532
LO2 F29 F F 0.000 0.219 1.858 1.564
LO2 F28 F F 0.000 -0.363 3.978 0.944
LO2 F27 F F 0.000 1.605 3.074 0.215
LO2 C21 C CR6 0.000 -1.911 2.077 -0.402
LO2 C20 C CR16 0.000 -2.312 1.295 0.665
LO2 H20 H H 0.000 -1.572 0.803 1.284
LO2 C19 C CR16 0.000 -3.656 1.141 0.943
LO2 H19 H H 0.000 -3.970 0.530 1.780
LO2 C22 C CR16 0.000 -2.853 2.707 -1.195
LO2 H22 H H 0.000 -2.535 3.322 -2.028
LO2 C23 C CR16 0.000 -4.198 2.552 -0.927
LO2 H23 H H 0.000 -4.936 3.038 -1.554
LO2 C18 C CR6 0.000 -4.605 1.772 0.148
LO2 N5 N N 0.000 -5.965 1.617 0.426
LO2 C4 C CH2 0.000 -6.964 2.283 -0.413
LO2 H4 H H 0.000 -7.880 1.688 -0.430
LO2 H4A H H 0.000 -6.577 2.383 -1.429
LO2 C3 C CH2 0.000 -7.267 3.670 0.158
LO2 H3 H H 0.000 -6.351 4.264 0.176
LO2 H3A H H 0.000 -7.652 3.569 1.175
LO2 C2 C CH2 0.000 -8.311 4.366 -0.718
LO2 H2 H H 0.000 -9.226 3.770 -0.735
LO2 H2A H H 0.000 -7.924 4.466 -1.734
LO2 C1 C CH3 0.000 -8.613 5.753 -0.146
LO2 H1B H H 0.000 -8.989 5.658 0.841
LO2 H1A H H 0.000 -7.726 6.333 -0.129
LO2 H1 H H 0.000 -9.337 6.238 -0.751
LO2 C6 C CH2 0.000 -6.393 0.789 1.557
LO2 H6 H H 0.000 -7.335 1.174 1.953
LO2 H6A H H 0.000 -5.631 0.820 2.339
LO2 C7 C CR6 0.000 -6.584 -0.633 1.095
LO2 C17 C CR16 0.000 -5.525 -1.521 1.141
LO2 H17 H H 0.000 -4.560 -1.194 1.506
LO2 C14 C CR6 0.000 -5.700 -2.829 0.721
LO2 O15 O O2 0.000 -4.662 -3.706 0.772
LO2 C16 C CH3 0.000 -3.419 -3.211 1.275
LO2 H16B H H 0.000 -3.086 -2.410 0.667
LO2 H16A H H 0.000 -3.551 -2.869 2.268
LO2 H16 H H 0.000 -2.698 -3.987 1.262
LO2 C11 C CR6 0.000 -6.940 -3.244 0.242
LO2 O12 O O2 0.000 -7.114 -4.526 -0.176
LO2 C13 C CH3 0.000 -6.855 -4.800 -1.554
LO2 H13B H H 0.000 -7.498 -4.215 -2.158
LO2 H13A H H 0.000 -5.847 -4.563 -1.779
LO2 H13 H H 0.000 -7.027 -5.827 -1.749
LO2 C9 C CR6 0.000 -7.995 -2.347 0.193
LO2 CL10 CL CL 0.000 -9.543 -2.859 -0.404
LO2 C8 C CR16 0.000 -7.814 -1.043 0.619
LO2 H8 H H 0.000 -8.639 -0.342 0.580
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
LO2 F33 n/a C30 START
LO2 C30 F33 C24 .
LO2 F31 C30 . .
LO2 F32 C30 . .
LO2 C24 C30 C21 .
LO2 O25 C24 HO25 .
LO2 HO25 O25 . .
LO2 C26 C24 F27 .
LO2 F29 C26 . .
LO2 F28 C26 . .
LO2 F27 C26 . .
LO2 C21 C24 C22 .
LO2 C20 C21 C19 .
LO2 H20 C20 . .
LO2 C19 C20 H19 .
LO2 H19 C19 . .
LO2 C22 C21 C23 .
LO2 H22 C22 . .
LO2 C23 C22 C18 .
LO2 H23 C23 . .
LO2 C18 C23 N5 .
LO2 N5 C18 C6 .
LO2 C4 N5 C3 .
LO2 H4 C4 . .
LO2 H4A C4 . .
LO2 C3 C4 C2 .
LO2 H3 C3 . .
LO2 H3A C3 . .
LO2 C2 C3 C1 .
LO2 H2 C2 . .
LO2 H2A C2 . .
LO2 C1 C2 H1 .
LO2 H1B C1 . .
LO2 H1A C1 . .
LO2 H1 C1 . .
LO2 C6 N5 C7 .
LO2 H6 C6 . .
LO2 H6A C6 . .
LO2 C7 C6 C17 .
LO2 C17 C7 C14 .
LO2 H17 C17 . .
LO2 C14 C17 C11 .
LO2 O15 C14 C16 .
LO2 C16 O15 H16 .
LO2 H16B C16 . .
LO2 H16A C16 . .
LO2 H16 C16 . .
LO2 C11 C14 C9 .
LO2 O12 C11 C13 .
LO2 C13 O12 H13 .
LO2 H13B C13 . .
LO2 H13A C13 . .
LO2 H13 C13 . .
LO2 C9 C11 C8 .
LO2 CL10 C9 . .
LO2 C8 C9 H8 .
LO2 H8 C8 . END
LO2 C7 C8 . ADD
LO2 C18 C19 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
LO2 C1 C2 single 1.513 0.020
LO2 H1 C1 single 1.059 0.020
LO2 H1A C1 single 1.059 0.020
LO2 H1B C1 single 1.059 0.020
LO2 C2 C3 single 1.524 0.020
LO2 H2 C2 single 1.092 0.020
LO2 H2A C2 single 1.092 0.020
LO2 C3 C4 single 1.524 0.020
LO2 H3 C3 single 1.092 0.020
LO2 H3A C3 single 1.092 0.020
LO2 C4 N5 single 1.455 0.020
LO2 H4 C4 single 1.092 0.020
LO2 H4A C4 single 1.092 0.020
LO2 N5 C18 single 1.400 0.020
LO2 C6 N5 single 1.455 0.020
LO2 C7 C6 single 1.511 0.020
LO2 H6 C6 single 1.092 0.020
LO2 H6A C6 single 1.092 0.020
LO2 C7 C8 double 1.390 0.020
LO2 C17 C7 single 1.390 0.020
LO2 C8 C9 single 1.390 0.020
LO2 H8 C8 single 1.083 0.020
LO2 CL10 C9 single 1.795 0.020
LO2 C9 C11 double 1.487 0.020
LO2 O12 C11 single 1.370 0.020
LO2 C11 C14 single 1.487 0.020
LO2 C13 O12 single 1.426 0.020
LO2 H13 C13 single 1.059 0.020
LO2 H13A C13 single 1.059 0.020
LO2 H13B C13 single 1.059 0.020
LO2 C14 C17 double 1.390 0.020
LO2 O15 C14 single 1.370 0.020
LO2 C16 O15 single 1.426 0.020
LO2 H16 C16 single 1.059 0.020
LO2 H16A C16 single 1.059 0.020
LO2 H16B C16 single 1.059 0.020
LO2 H17 C17 single 1.083 0.020
LO2 C18 C23 double 1.390 0.020
LO2 C18 C19 single 1.390 0.020
LO2 C19 C20 double 1.390 0.020
LO2 H19 C19 single 1.083 0.020
LO2 C20 C21 single 1.390 0.020
LO2 H20 C20 single 1.083 0.020
LO2 C21 C24 single 1.500 0.020
LO2 C22 C21 double 1.390 0.020
LO2 C23 C22 single 1.390 0.020
LO2 H22 C22 single 1.083 0.020
LO2 H23 C23 single 1.083 0.020
LO2 C24 C30 single 1.524 0.020
LO2 C26 C24 single 1.524 0.020
LO2 O25 C24 single 1.432 0.020
LO2 HO25 O25 single 0.967 0.020
LO2 F27 C26 single 1.320 0.020
LO2 F28 C26 single 1.320 0.020
LO2 F29 C26 single 1.320 0.020
LO2 F32 C30 single 1.320 0.020
LO2 C30 F33 single 1.320 0.020
LO2 F31 C30 single 1.320 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
LO2 F33 C30 F31 109.470 3.000
LO2 F33 C30 F32 109.470 3.000
LO2 F33 C30 C24 109.470 3.000
LO2 F31 C30 F32 109.470 3.000
LO2 F31 C30 C24 109.470 3.000
LO2 F32 C30 C24 109.470 3.000
LO2 C30 C24 O25 109.470 3.000
LO2 C30 C24 C26 111.000 3.000
LO2 C30 C24 C21 109.500 3.000
LO2 O25 C24 C26 109.470 3.000
LO2 O25 C24 C21 109.500 3.000
LO2 C26 C24 C21 109.500 3.000
LO2 C24 O25 HO25 109.470 3.000
LO2 C24 C26 F29 109.470 3.000
LO2 C24 C26 F28 109.470 3.000
LO2 C24 C26 F27 109.470 3.000
LO2 F29 C26 F28 109.470 3.000
LO2 F29 C26 F27 109.470 3.000
LO2 F28 C26 F27 109.470 3.000
LO2 C24 C21 C20 120.000 3.000
LO2 C24 C21 C22 120.000 3.000
LO2 C20 C21 C22 120.000 3.000
LO2 C21 C20 H20 120.000 3.000
LO2 C21 C20 C19 120.000 3.000
LO2 H20 C20 C19 120.000 3.000
LO2 C20 C19 H19 120.000 3.000
LO2 C20 C19 C18 120.000 3.000
LO2 H19 C19 C18 120.000 3.000
LO2 C21 C22 H22 120.000 3.000
LO2 C21 C22 C23 120.000 3.000
LO2 H22 C22 C23 120.000 3.000
LO2 C22 C23 H23 120.000 3.000
LO2 C22 C23 C18 120.000 3.000
LO2 H23 C23 C18 120.000 3.000
LO2 C23 C18 N5 120.000 3.000
LO2 C23 C18 C19 120.000 3.000
LO2 N5 C18 C19 120.000 3.000
LO2 C18 N5 C4 120.000 3.000
LO2 C18 N5 C6 120.000 3.000
LO2 C4 N5 C6 120.000 3.000
LO2 N5 C4 H4 109.470 3.000
LO2 N5 C4 H4A 109.470 3.000
LO2 N5 C4 C3 105.000 3.000
LO2 H4 C4 H4A 107.900 3.000
LO2 H4 C4 C3 109.470 3.000
LO2 H4A C4 C3 109.470 3.000
LO2 C4 C3 H3 109.470 3.000
LO2 C4 C3 H3A 109.470 3.000
LO2 C4 C3 C2 111.000 3.000
LO2 H3 C3 H3A 107.900 3.000
LO2 H3 C3 C2 109.470 3.000
LO2 H3A C3 C2 109.470 3.000
LO2 C3 C2 H2 109.470 3.000
LO2 C3 C2 H2A 109.470 3.000
LO2 C3 C2 C1 111.000 3.000
LO2 H2 C2 H2A 107.900 3.000
LO2 H2 C2 C1 109.470 3.000
LO2 H2A C2 C1 109.470 3.000
LO2 C2 C1 H1B 109.470 3.000
LO2 C2 C1 H1A 109.470 3.000
LO2 C2 C1 H1 109.470 3.000
LO2 H1B C1 H1A 109.470 3.000
LO2 H1B C1 H1 109.470 3.000
LO2 H1A C1 H1 109.470 3.000
LO2 N5 C6 H6 109.470 3.000
LO2 N5 C6 H6A 109.470 3.000
LO2 N5 C6 C7 109.470 3.000
LO2 H6 C6 H6A 107.900 3.000
LO2 H6 C6 C7 109.470 3.000
LO2 H6A C6 C7 109.470 3.000
LO2 C6 C7 C17 120.000 3.000
LO2 C6 C7 C8 120.000 3.000
LO2 C17 C7 C8 120.000 3.000
LO2 C7 C17 H17 120.000 3.000
LO2 C7 C17 C14 120.000 3.000
LO2 H17 C17 C14 120.000 3.000
LO2 C17 C14 O15 120.000 3.000
LO2 C17 C14 C11 120.000 3.000
LO2 O15 C14 C11 120.000 3.000
LO2 C14 O15 C16 120.000 3.000
LO2 O15 C16 H16B 109.470 3.000
LO2 O15 C16 H16A 109.470 3.000
LO2 O15 C16 H16 109.470 3.000
LO2 H16B C16 H16A 109.470 3.000
LO2 H16B C16 H16 109.470 3.000
LO2 H16A C16 H16 109.470 3.000
LO2 C14 C11 O12 120.000 3.000
LO2 C14 C11 C9 120.000 3.000
LO2 O12 C11 C9 120.000 3.000
LO2 C11 O12 C13 120.000 3.000
LO2 O12 C13 H13B 109.470 3.000
LO2 O12 C13 H13A 109.470 3.000
LO2 O12 C13 H13 109.470 3.000
LO2 H13B C13 H13A 109.470 3.000
LO2 H13B C13 H13 109.470 3.000
LO2 H13A C13 H13 109.470 3.000
LO2 C11 C9 CL10 120.000 3.000
LO2 C11 C9 C8 120.000 3.000
LO2 CL10 C9 C8 120.000 3.000
LO2 C9 C8 H8 120.000 3.000
LO2 C9 C8 C7 120.000 3.000
LO2 H8 C8 C7 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
LO2 var_1 F33 C30 C24 C21 -60.018 20.000 1
LO2 var_2 C30 C24 O25 HO25 179.982 20.000 1
LO2 var_3 C30 C24 C26 F27 65.604 20.000 1
LO2 var_4 C30 C24 C21 C22 -116.785 20.000 1
LO2 CONST_1 C24 C21 C20 C19 180.000 0.000 0
LO2 CONST_2 C21 C20 C19 C18 0.000 0.000 0
LO2 CONST_3 C24 C21 C22 C23 180.000 0.000 0
LO2 CONST_4 C21 C22 C23 C18 0.000 0.000 0
LO2 CONST_5 C22 C23 C18 N5 180.000 0.000 0
LO2 CONST_6 C23 C18 C19 C20 0.000 0.000 0
LO2 var_5 C23 C18 N5 C6 179.727 20.000 1
LO2 var_6 C18 N5 C4 C3 -89.988 20.000 1
LO2 var_7 N5 C4 C3 C2 -179.978 20.000 3
LO2 var_8 C4 C3 C2 C1 180.000 20.000 3
LO2 var_9 C3 C2 C1 H1 179.984 20.000 3
LO2 var_10 C18 N5 C6 C7 -89.991 20.000 1
LO2 var_11 N5 C6 C7 C17 89.942 20.000 2
LO2 CONST_7 C6 C7 C8 C9 180.000 0.000 0
LO2 CONST_8 C6 C7 C17 C14 180.000 0.000 0
LO2 CONST_9 C7 C17 C14 C11 0.000 0.000 0
LO2 var_12 C17 C14 O15 C16 0.236 20.000 1
LO2 var_13 C14 O15 C16 H16 -179.973 20.000 1
LO2 CONST_10 C17 C14 C11 C9 0.000 0.000 0
LO2 var_14 C14 C11 O12 C13 -90.001 20.000 1
LO2 var_15 C11 O12 C13 H13 -179.997 20.000 1
LO2 CONST_11 C14 C11 C9 C8 0.000 0.000 0
LO2 CONST_12 C11 C9 C8 C7 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
LO2 chir_01 C24 C21 O25 C26 negativ
LO2 chir_02 C26 C24 F27 F28 negativ
LO2 chir_03 C30 C24 F31 F32 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
LO2 plan-1 N5 0.020
LO2 plan-1 C4 0.020
LO2 plan-1 C6 0.020
LO2 plan-1 C18 0.020
LO2 plan-2 C7 0.020
LO2 plan-2 C6 0.020
LO2 plan-2 C8 0.020
LO2 plan-2 C17 0.020
LO2 plan-2 C9 0.020
LO2 plan-2 C11 0.020
LO2 plan-2 C14 0.020
LO2 plan-2 H8 0.020
LO2 plan-2 CL10 0.020
LO2 plan-2 O12 0.020
LO2 plan-2 O15 0.020
LO2 plan-2 H17 0.020
LO2 plan-3 C18 0.020
LO2 plan-3 N5 0.020
LO2 plan-3 C19 0.020
LO2 plan-3 C23 0.020
LO2 plan-3 C20 0.020
LO2 plan-3 C21 0.020
LO2 plan-3 C22 0.020
LO2 plan-3 H19 0.020
LO2 plan-3 H20 0.020
LO2 plan-3 C24 0.020
LO2 plan-3 H22 0.020
LO2 plan-3 H23 0.020
# ------------------------------------------------------
|
