1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
LS1 LS1 'N-METHYL-4-{[(2-OXO-1,2-DIHYDRO-3H-I' non-polymer 38 23 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_LS1
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
LS1 O32 O OS 0.000 0.000 0.000 0.000
LS1 S30 S ST 0.000 -0.722 -0.555 1.091
LS1 O31 O OS 0.000 -0.597 -0.154 2.447
LS1 N33 N NH1 0.000 -0.393 -2.177 1.070
LS1 H33N H H 0.000 -0.057 -2.635 1.905
LS1 C35 C CH3 0.000 -0.590 -2.948 -0.160
LS1 H353 H H 0.000 -1.606 -2.890 -0.459
LS1 H352 H H 0.000 0.024 -2.555 -0.930
LS1 H351 H H 0.000 -0.332 -3.962 0.010
LS1 C23 C CR6 0.000 -2.425 -0.357 0.686
LS1 C22 C CR16 0.000 -3.376 -0.353 1.690
LS1 H221 H H 0.000 -3.073 -0.472 2.723
LS1 C21 C CR16 0.000 -4.712 -0.198 1.377
LS1 H211 H H 0.000 -5.456 -0.194 2.164
LS1 C24 C CR16 0.000 -2.808 -0.202 -0.633
LS1 H241 H H 0.000 -2.060 -0.199 -1.417
LS1 C25 C CR16 0.000 -4.143 -0.052 -0.953
LS1 H251 H H 0.000 -4.443 0.061 -1.988
LS1 C20 C CR6 0.000 -5.101 -0.047 0.052
LS1 N17 N NH1 0.000 -6.451 0.111 -0.268
LS1 H17N H H 0.000 -7.147 0.116 0.464
LS1 C12 C C1 0.000 -6.830 0.258 -1.568
LS1 H121 H H 0.000 -6.088 0.252 -2.349
LS1 C3 C CR5 0.000 -8.150 0.412 -1.881
LS1 C2 C CR5 0.000 -9.288 0.441 -0.956
LS1 O11 O O 0.000 -9.229 0.332 0.256
LS1 C9 C CR56 0.000 -8.743 0.590 -3.226
LS1 C4 C CR16 0.000 -8.202 0.642 -4.505
LS1 H41 H H 0.000 -7.133 0.547 -4.648
LS1 C8 C CR56 0.000 -10.126 0.701 -3.037
LS1 N1 N NR15 0.000 -10.408 0.611 -1.679
LS1 H1N H H 0.000 -11.364 0.668 -1.274
LS1 C7 C CR16 0.000 -10.948 0.876 -4.144
LS1 H71 H H 0.000 -12.019 0.969 -4.012
LS1 C6 C CR16 0.000 -10.402 0.931 -5.409
LS1 H61 H H 0.000 -11.049 1.066 -6.267
LS1 C5 C CR16 0.000 -9.034 0.816 -5.593
LS1 H51 H H 0.000 -8.617 0.862 -6.592
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
LS1 O32 n/a S30 START
LS1 S30 O32 C23 .
LS1 O31 S30 . .
LS1 N33 S30 C35 .
LS1 H33N N33 . .
LS1 C35 N33 H351 .
LS1 H353 C35 . .
LS1 H352 C35 . .
LS1 H351 C35 . .
LS1 C23 S30 C24 .
LS1 C22 C23 C21 .
LS1 H221 C22 . .
LS1 C21 C22 H211 .
LS1 H211 C21 . .
LS1 C24 C23 C25 .
LS1 H241 C24 . .
LS1 C25 C24 C20 .
LS1 H251 C25 . .
LS1 C20 C25 N17 .
LS1 N17 C20 C12 .
LS1 H17N N17 . .
LS1 C12 N17 C3 .
LS1 H121 C12 . .
LS1 C3 C12 C9 .
LS1 C2 C3 O11 .
LS1 O11 C2 . .
LS1 C9 C3 C8 .
LS1 C4 C9 H41 .
LS1 H41 C4 . .
LS1 C8 C9 C7 .
LS1 N1 C8 H1N .
LS1 H1N N1 . .
LS1 C7 C8 C6 .
LS1 H71 C7 . .
LS1 C6 C7 C5 .
LS1 H61 C6 . .
LS1 C5 C6 H51 .
LS1 H51 C5 . END
LS1 N1 C2 . ADD
LS1 C4 C5 . ADD
LS1 C20 C21 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
LS1 N1 C2 single 1.340 0.020
LS1 N1 C8 single 1.340 0.020
LS1 H1N N1 single 1.040 0.020
LS1 C2 C3 single 1.490 0.020
LS1 O11 C2 double 1.285 0.020
LS1 C9 C3 single 1.490 0.020
LS1 C3 C12 double 1.483 0.020
LS1 C4 C5 double 1.390 0.020
LS1 C4 C9 single 1.390 0.020
LS1 H41 C4 single 1.083 0.020
LS1 C5 C6 single 1.390 0.020
LS1 H51 C5 single 1.083 0.020
LS1 C6 C7 double 1.390 0.020
LS1 H61 C6 single 1.083 0.020
LS1 C7 C8 single 1.390 0.020
LS1 H71 C7 single 1.083 0.020
LS1 C8 C9 double 1.490 0.020
LS1 C12 N17 single 1.330 0.020
LS1 H121 C12 single 1.077 0.020
LS1 N17 C20 single 1.350 0.020
LS1 H17N N17 single 1.010 0.020
LS1 C20 C21 double 1.390 0.020
LS1 C20 C25 single 1.390 0.020
LS1 C21 C22 single 1.390 0.020
LS1 H211 C21 single 1.083 0.020
LS1 C22 C23 double 1.390 0.020
LS1 H221 C22 single 1.083 0.020
LS1 C24 C23 single 1.390 0.020
LS1 C23 S30 single 1.595 0.020
LS1 C25 C24 double 1.390 0.020
LS1 H241 C24 single 1.083 0.020
LS1 H251 C25 single 1.083 0.020
LS1 O31 S30 double 1.436 0.020
LS1 S30 O32 double 1.436 0.020
LS1 N33 S30 single 1.600 0.020
LS1 C35 N33 single 1.450 0.020
LS1 H33N N33 single 1.010 0.020
LS1 H351 C35 single 1.059 0.020
LS1 H352 C35 single 1.059 0.020
LS1 H353 C35 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
LS1 O32 S30 O31 109.500 3.000
LS1 O32 S30 N33 109.500 3.000
LS1 O32 S30 C23 109.500 3.000
LS1 O31 S30 N33 109.500 3.000
LS1 O31 S30 C23 109.500 3.000
LS1 N33 S30 C23 109.500 3.000
LS1 S30 N33 H33N 120.000 3.000
LS1 S30 N33 C35 120.000 3.000
LS1 H33N N33 C35 118.500 3.000
LS1 N33 C35 H353 109.470 3.000
LS1 N33 C35 H352 109.470 3.000
LS1 N33 C35 H351 109.470 3.000
LS1 H353 C35 H352 109.470 3.000
LS1 H353 C35 H351 109.470 3.000
LS1 H352 C35 H351 109.470 3.000
LS1 S30 C23 C22 120.000 3.000
LS1 S30 C23 C24 120.000 3.000
LS1 C22 C23 C24 120.000 3.000
LS1 C23 C22 H221 120.000 3.000
LS1 C23 C22 C21 120.000 3.000
LS1 H221 C22 C21 120.000 3.000
LS1 C22 C21 H211 120.000 3.000
LS1 C22 C21 C20 120.000 3.000
LS1 H211 C21 C20 120.000 3.000
LS1 C23 C24 H241 120.000 3.000
LS1 C23 C24 C25 120.000 3.000
LS1 H241 C24 C25 120.000 3.000
LS1 C24 C25 H251 120.000 3.000
LS1 C24 C25 C20 120.000 3.000
LS1 H251 C25 C20 120.000 3.000
LS1 C25 C20 N17 120.000 3.000
LS1 C25 C20 C21 120.000 3.000
LS1 N17 C20 C21 120.000 3.000
LS1 C20 N17 H17N 120.000 3.000
LS1 C20 N17 C12 120.000 3.000
LS1 H17N N17 C12 120.000 3.000
LS1 N17 C12 H121 120.000 3.000
LS1 N17 C12 C3 120.000 3.000
LS1 H121 C12 C3 120.000 3.000
LS1 C12 C3 C2 117.000 3.000
LS1 C12 C3 C9 108.000 3.000
LS1 C2 C3 C9 108.000 3.000
LS1 C3 C2 O11 108.000 3.000
LS1 C3 C2 N1 108.000 3.000
LS1 O11 C2 N1 108.000 3.000
LS1 C3 C9 C4 126.000 3.000
LS1 C3 C9 C8 108.000 3.000
LS1 C4 C9 C8 120.000 3.000
LS1 C9 C4 H41 120.000 3.000
LS1 C9 C4 C5 120.000 3.000
LS1 H41 C4 C5 120.000 3.000
LS1 C9 C8 N1 108.000 3.000
LS1 C9 C8 C7 120.000 3.000
LS1 N1 C8 C7 132.000 3.000
LS1 C8 N1 H1N 126.000 3.000
LS1 C8 N1 C2 108.000 3.000
LS1 H1N N1 C2 126.000 3.000
LS1 C8 C7 H71 120.000 3.000
LS1 C8 C7 C6 120.000 3.000
LS1 H71 C7 C6 120.000 3.000
LS1 C7 C6 H61 120.000 3.000
LS1 C7 C6 C5 120.000 3.000
LS1 H61 C6 C5 120.000 3.000
LS1 C6 C5 H51 120.000 3.000
LS1 C6 C5 C4 120.000 3.000
LS1 H51 C5 C4 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
LS1 var_1 O32 S30 N33 C35 -52.561 20.000 1
LS1 var_2 S30 N33 C35 H351 -179.974 20.000 1
LS1 var_3 O32 S30 C23 C24 22.375 20.000 1
LS1 CONST_1 S30 C23 C22 C21 180.000 0.000 0
LS1 CONST_2 C23 C22 C21 C20 0.000 0.000 0
LS1 CONST_3 S30 C23 C24 C25 180.000 0.000 0
LS1 CONST_4 C23 C24 C25 C20 0.000 0.000 0
LS1 CONST_5 C24 C25 C20 N17 180.000 0.000 0
LS1 CONST_6 C25 C20 C21 C22 0.000 0.000 0
LS1 var_4 C25 C20 N17 C12 0.096 20.000 1
LS1 var_5 C20 N17 C12 C3 -179.999 20.000 1
LS1 CONST_7 N17 C12 C3 C9 179.702 0.000 0
LS1 CONST_8 C12 C3 C2 O11 0.000 0.000 0
LS1 CONST_9 C12 C3 C9 C8 180.000 0.000 0
LS1 CONST_10 C3 C9 C4 C5 180.000 0.000 0
LS1 CONST_11 C9 C4 C5 C6 0.000 0.000 0
LS1 CONST_12 C3 C9 C8 C7 180.000 0.000 0
LS1 CONST_13 C9 C8 N1 C2 0.000 0.000 0
LS1 CONST_14 C8 N1 C2 C3 0.000 0.000 0
LS1 CONST_15 C9 C8 C7 C6 0.000 0.000 0
LS1 CONST_16 C8 C7 C6 C5 0.000 0.000 0
LS1 CONST_17 C7 C6 C5 C4 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
LS1 chir_01 S30 C23 O31 O32 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
LS1 plan-1 N1 0.020
LS1 plan-1 C2 0.020
LS1 plan-1 C8 0.020
LS1 plan-1 H1N 0.020
LS1 plan-1 C3 0.020
LS1 plan-1 O11 0.020
LS1 plan-1 C9 0.020
LS1 plan-1 C12 0.020
LS1 plan-1 C4 0.020
LS1 plan-1 C5 0.020
LS1 plan-1 H41 0.020
LS1 plan-1 C6 0.020
LS1 plan-1 C7 0.020
LS1 plan-1 H51 0.020
LS1 plan-1 H61 0.020
LS1 plan-1 H71 0.020
LS1 plan-1 N17 0.020
LS1 plan-1 H121 0.020
LS1 plan-1 H17N 0.020
LS1 plan-2 N17 0.020
LS1 plan-2 C12 0.020
LS1 plan-2 C20 0.020
LS1 plan-2 H17N 0.020
LS1 plan-2 H121 0.020
LS1 plan-3 C20 0.020
LS1 plan-3 N17 0.020
LS1 plan-3 C21 0.020
LS1 plan-3 C25 0.020
LS1 plan-3 C22 0.020
LS1 plan-3 C23 0.020
LS1 plan-3 C24 0.020
LS1 plan-3 H211 0.020
LS1 plan-3 H221 0.020
LS1 plan-3 S30 0.020
LS1 plan-3 H241 0.020
LS1 plan-3 H251 0.020
LS1 plan-3 H17N 0.020
LS1 plan-4 N33 0.020
LS1 plan-4 S30 0.020
LS1 plan-4 C35 0.020
LS1 plan-4 H33N 0.020
# ------------------------------------------------------
|
