1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
LS2 LS2 'N-METHYL-{4-[2-(7-OXO-6,7-DIHYDRO-8H' non-polymer 42 27 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_LS2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
LS2 O36 O OS 0.000 0.000 0.000 0.000
LS2 S34 S ST 0.000 -0.705 -0.587 1.084
LS2 O35 O OS 0.000 -1.408 0.196 2.039
LS2 N37 N NH1 0.000 0.506 -1.266 1.987
LS2 H37N H H 0.000 0.611 -1.017 2.960
LS2 C39 C CH3 0.000 1.423 -2.228 1.374
LS2 H393 H H 0.000 0.876 -3.062 1.013
LS2 H392 H H 0.000 1.935 -1.769 0.567
LS2 H391 H H 0.000 2.128 -2.557 2.094
LS2 C29 C CH2 0.000 -1.678 -2.022 0.551
LS2 H291 H H 0.000 -2.055 -2.552 1.428
LS2 H292 H H 0.000 -1.045 -2.693 -0.034
LS2 C24 C CR6 0.000 -2.836 -1.557 -0.294
LS2 C23 C CR16 0.000 -2.688 -1.440 -1.664
LS2 H231 H H 0.000 -1.739 -1.680 -2.127
LS2 C22 C CR16 0.000 -3.747 -1.016 -2.441
LS2 H221 H H 0.000 -3.630 -0.924 -3.514
LS2 C25 C CR16 0.000 -4.047 -1.256 0.302
LS2 H251 H H 0.000 -4.163 -1.359 1.374
LS2 C26 C CR16 0.000 -5.110 -0.826 -0.469
LS2 H261 H H 0.000 -6.055 -0.581 0.000
LS2 C21 C CR6 0.000 -4.964 -0.706 -1.845
LS2 N19 N NH1 0.000 -6.035 -0.278 -2.627
LS2 H19N H H 0.000 -5.928 -0.191 -3.627
LS2 N12 N N 0.000 -7.164 0.009 -2.072
LS2 C3 C CR5 0.000 -8.176 0.411 -2.810
LS2 C2 C CR5 0.000 -8.201 0.594 -4.271
LS2 O11 O O 0.000 -7.274 0.394 -5.034
LS2 C9 C CR56 0.000 -9.536 0.775 -2.351
LS2 C8 C CR56 0.000 -10.251 1.142 -3.498
LS2 C7 C CR16 0.000 -11.581 1.541 -3.358
LS2 H71 H H 0.000 -12.142 1.822 -4.241
LS2 C6 C CR16 0.000 -12.191 1.586 -2.146
LS2 H61 H H 0.000 -13.225 1.900 -2.083
LS2 N1 N NR15 0.000 -9.430 1.018 -4.612
LS2 H1N H H 0.000 -9.728 1.227 -5.586
LS2 C4 C CR56 0.000 -10.156 0.828 -1.115
LS2 S13 S S2 0.000 -9.679 0.480 0.558
LS2 C14 C CR15 0.000 -11.195 0.864 1.313
LS2 H141 H H 0.000 -11.452 0.821 2.364
LS2 N15 N NRD5 0.000 -11.947 1.218 0.310
LS2 C5 C CR56 0.000 -11.501 1.230 -0.964
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
LS2 O36 n/a S34 START
LS2 S34 O36 C29 .
LS2 O35 S34 . .
LS2 N37 S34 C39 .
LS2 H37N N37 . .
LS2 C39 N37 H391 .
LS2 H393 C39 . .
LS2 H392 C39 . .
LS2 H391 C39 . .
LS2 C29 S34 C24 .
LS2 H291 C29 . .
LS2 H292 C29 . .
LS2 C24 C29 C25 .
LS2 C23 C24 C22 .
LS2 H231 C23 . .
LS2 C22 C23 H221 .
LS2 H221 C22 . .
LS2 C25 C24 C26 .
LS2 H251 C25 . .
LS2 C26 C25 C21 .
LS2 H261 C26 . .
LS2 C21 C26 N19 .
LS2 N19 C21 N12 .
LS2 H19N N19 . .
LS2 N12 N19 C3 .
LS2 C3 N12 C9 .
LS2 C2 C3 O11 .
LS2 O11 C2 . .
LS2 C9 C3 C4 .
LS2 C8 C9 N1 .
LS2 C7 C8 C6 .
LS2 H71 C7 . .
LS2 C6 C7 H61 .
LS2 H61 C6 . .
LS2 N1 C8 H1N .
LS2 H1N N1 . .
LS2 C4 C9 S13 .
LS2 S13 C4 C14 .
LS2 C14 S13 N15 .
LS2 H141 C14 . .
LS2 N15 C14 C5 .
LS2 C5 N15 . END
LS2 N1 C2 . ADD
LS2 C4 C5 . ADD
LS2 C5 C6 . ADD
LS2 C21 C22 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
LS2 N1 C2 single 1.340 0.020
LS2 N1 C8 single 1.340 0.020
LS2 H1N N1 single 1.040 0.020
LS2 C2 C3 single 1.490 0.020
LS2 O11 C2 double 1.285 0.020
LS2 C9 C3 single 1.490 0.020
LS2 C3 N12 double 1.365 0.020
LS2 C4 C5 double 1.490 0.020
LS2 C4 C9 single 1.490 0.020
LS2 S13 C4 single 1.695 0.020
LS2 C5 C6 single 1.390 0.020
LS2 C5 N15 single 1.350 0.020
LS2 C6 C7 double 1.390 0.020
LS2 H61 C6 single 1.083 0.020
LS2 C7 C8 single 1.390 0.020
LS2 H71 C7 single 1.083 0.020
LS2 C8 C9 double 1.490 0.020
LS2 N12 N19 single 1.320 0.020
LS2 C14 S13 single 1.745 0.020
LS2 N15 C14 double 1.350 0.020
LS2 H141 C14 single 1.083 0.020
LS2 N19 C21 single 1.350 0.020
LS2 H19N N19 single 1.010 0.020
LS2 C21 C22 double 1.390 0.020
LS2 C21 C26 single 1.390 0.020
LS2 C22 C23 single 1.390 0.020
LS2 H221 C22 single 1.083 0.020
LS2 C23 C24 double 1.390 0.020
LS2 H231 C23 single 1.083 0.020
LS2 C25 C24 single 1.390 0.020
LS2 C24 C29 single 1.511 0.020
LS2 C26 C25 double 1.390 0.020
LS2 H251 C25 single 1.083 0.020
LS2 H261 C26 single 1.083 0.020
LS2 C29 S34 single 1.662 0.020
LS2 H291 C29 single 1.092 0.020
LS2 H292 C29 single 1.092 0.020
LS2 O35 S34 double 1.436 0.020
LS2 S34 O36 double 1.436 0.020
LS2 N37 S34 single 1.600 0.020
LS2 C39 N37 single 1.450 0.020
LS2 H37N N37 single 1.010 0.020
LS2 H391 C39 single 1.059 0.020
LS2 H392 C39 single 1.059 0.020
LS2 H393 C39 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
LS2 O36 S34 O35 109.500 3.000
LS2 O36 S34 N37 109.500 3.000
LS2 O36 S34 C29 109.500 3.000
LS2 O35 S34 N37 109.500 3.000
LS2 O35 S34 C29 109.500 3.000
LS2 N37 S34 C29 109.500 3.000
LS2 S34 N37 H37N 120.000 3.000
LS2 S34 N37 C39 120.000 3.000
LS2 H37N N37 C39 118.500 3.000
LS2 N37 C39 H393 109.470 3.000
LS2 N37 C39 H392 109.470 3.000
LS2 N37 C39 H391 109.470 3.000
LS2 H393 C39 H392 109.470 3.000
LS2 H393 C39 H391 109.470 3.000
LS2 H392 C39 H391 109.470 3.000
LS2 S34 C29 H291 109.500 3.000
LS2 S34 C29 H292 109.500 3.000
LS2 S34 C29 C24 109.500 3.000
LS2 H291 C29 H292 107.900 3.000
LS2 H291 C29 C24 109.470 3.000
LS2 H292 C29 C24 109.470 3.000
LS2 C29 C24 C23 120.000 3.000
LS2 C29 C24 C25 120.000 3.000
LS2 C23 C24 C25 120.000 3.000
LS2 C24 C23 H231 120.000 3.000
LS2 C24 C23 C22 120.000 3.000
LS2 H231 C23 C22 120.000 3.000
LS2 C23 C22 H221 120.000 3.000
LS2 C23 C22 C21 120.000 3.000
LS2 H221 C22 C21 120.000 3.000
LS2 C24 C25 H251 120.000 3.000
LS2 C24 C25 C26 120.000 3.000
LS2 H251 C25 C26 120.000 3.000
LS2 C25 C26 H261 120.000 3.000
LS2 C25 C26 C21 120.000 3.000
LS2 H261 C26 C21 120.000 3.000
LS2 C26 C21 N19 120.000 3.000
LS2 C26 C21 C22 120.000 3.000
LS2 N19 C21 C22 120.000 3.000
LS2 C21 N19 H19N 120.000 3.000
LS2 C21 N19 N12 120.000 3.000
LS2 H19N N19 N12 120.000 3.000
LS2 N19 N12 C3 120.000 3.000
LS2 N12 C3 C2 108.000 3.000
LS2 N12 C3 C9 108.000 3.000
LS2 C2 C3 C9 108.000 3.000
LS2 C3 C2 O11 108.000 3.000
LS2 C3 C2 N1 108.000 3.000
LS2 O11 C2 N1 108.000 3.000
LS2 C3 C9 C8 108.000 3.000
LS2 C3 C9 C4 108.000 3.000
LS2 C8 C9 C4 120.000 3.000
LS2 C9 C8 C7 120.000 3.000
LS2 C9 C8 N1 108.000 3.000
LS2 C7 C8 N1 132.000 3.000
LS2 C8 C7 H71 120.000 3.000
LS2 C8 C7 C6 120.000 3.000
LS2 H71 C7 C6 120.000 3.000
LS2 C7 C6 H61 120.000 3.000
LS2 C7 C6 C5 120.000 3.000
LS2 H61 C6 C5 120.000 3.000
LS2 C8 N1 H1N 126.000 3.000
LS2 C8 N1 C2 108.000 3.000
LS2 H1N N1 C2 126.000 3.000
LS2 C9 C4 S13 120.000 3.000
LS2 C9 C4 C5 120.000 3.000
LS2 S13 C4 C5 120.000 3.000
LS2 C4 S13 C14 97.609 3.000
LS2 S13 C14 H141 108.000 3.000
LS2 S13 C14 N15 108.000 3.000
LS2 H141 C14 N15 126.000 3.000
LS2 C14 N15 C5 108.000 3.000
LS2 N15 C5 C4 108.000 3.000
LS2 N15 C5 C6 132.000 3.000
LS2 C4 C5 C6 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
LS2 var_1 O36 S34 N37 C39 -56.162 20.000 1
LS2 var_2 S34 N37 C39 H391 -179.981 20.000 1
LS2 var_3 O36 S34 C29 C24 -70.252 20.000 1
LS2 var_4 S34 C29 C24 C25 -90.322 20.000 2
LS2 CONST_1 C29 C24 C23 C22 180.000 0.000 0
LS2 CONST_2 C24 C23 C22 C21 0.000 0.000 0
LS2 CONST_3 C29 C24 C25 C26 180.000 0.000 0
LS2 CONST_4 C24 C25 C26 C21 0.000 0.000 0
LS2 CONST_5 C25 C26 C21 N19 180.000 0.000 0
LS2 CONST_6 C26 C21 C22 C23 0.000 0.000 0
LS2 var_5 C26 C21 N19 N12 -0.005 20.000 1
LS2 var_6 C21 N19 N12 C3 -179.902 20.000 1
LS2 CONST_7 N19 N12 C3 C9 179.696 0.000 0
LS2 CONST_8 N12 C3 C2 O11 0.000 0.000 0
LS2 CONST_9 N12 C3 C9 C4 0.000 0.000 0
LS2 CONST_10 C3 C9 C8 N1 0.000 0.000 0
LS2 CONST_11 C9 C8 C7 C6 0.000 0.000 0
LS2 CONST_12 C8 C7 C6 C5 0.000 0.000 0
LS2 CONST_13 C9 C8 N1 C2 0.000 0.000 0
LS2 CONST_14 C8 N1 C2 C3 0.000 0.000 0
LS2 CONST_15 C3 C9 C4 S13 0.000 0.000 0
LS2 CONST_16 C9 C4 C5 N15 180.000 0.000 0
LS2 CONST_17 C9 C4 S13 C14 180.000 0.000 0
LS2 CONST_18 C4 S13 C14 N15 0.000 0.000 0
LS2 CONST_19 S13 C14 N15 C5 0.000 0.000 0
LS2 CONST_20 C14 N15 C5 C4 0.000 0.000 0
LS2 CONST_21 N15 C5 C6 C7 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
LS2 chir_01 S34 C29 O35 O36 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
LS2 plan-1 N1 0.020
LS2 plan-1 C2 0.020
LS2 plan-1 C8 0.020
LS2 plan-1 H1N 0.020
LS2 plan-1 C3 0.020
LS2 plan-1 O11 0.020
LS2 plan-1 C9 0.020
LS2 plan-1 N12 0.020
LS2 plan-1 C6 0.020
LS2 plan-1 C5 0.020
LS2 plan-1 C7 0.020
LS2 plan-1 H61 0.020
LS2 plan-1 H71 0.020
LS2 plan-1 C4 0.020
LS2 plan-1 N19 0.020
LS2 plan-1 S13 0.020
LS2 plan-1 C14 0.020
LS2 plan-1 N15 0.020
LS2 plan-1 H141 0.020
LS2 plan-1 H19N 0.020
LS2 plan-2 N19 0.020
LS2 plan-2 N12 0.020
LS2 plan-2 C21 0.020
LS2 plan-2 H19N 0.020
LS2 plan-3 C21 0.020
LS2 plan-3 N19 0.020
LS2 plan-3 C22 0.020
LS2 plan-3 C26 0.020
LS2 plan-3 C23 0.020
LS2 plan-3 C24 0.020
LS2 plan-3 C25 0.020
LS2 plan-3 H221 0.020
LS2 plan-3 H231 0.020
LS2 plan-3 C29 0.020
LS2 plan-3 H251 0.020
LS2 plan-3 H261 0.020
LS2 plan-3 H19N 0.020
LS2 plan-4 N37 0.020
LS2 plan-4 S34 0.020
LS2 plan-4 C39 0.020
LS2 plan-4 H37N 0.020
# ------------------------------------------------------
|
