1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
M13 M13 'METHYL 3-O-ALPHA-D-MANNOPYRANOSYL-BE' non-polymer 48 24 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_M13
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
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M13 C5 C CH1 0.000 -0.806 -2.131 0.717
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M13 O4 O OH1 0.000 -0.085 -3.225 2.737
M13 HO4 H H 0.000 0.876 -3.276 2.830
M13 C3 C CH1 0.000 -1.637 -4.421 1.325
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M13 HO3 H H 0.000 -0.302 -5.827 1.677
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M13 H2 H H 0.000 -3.104 -5.126 -0.093
M13 O2 O OH1 0.000 -1.212 -5.185 -0.934
M13 HO2 H H 0.000 -0.871 -5.969 -0.483
M13 C1 C CH1 0.000 -2.453 -3.160 -0.698
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M13 H9 H H 0.000 -3.590 -1.299 -1.671
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M13 H8 H H 0.000 -4.914 -3.434 -2.089
M13 O8 O OH1 0.000 -5.863 -1.724 -2.769
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M13 CM C CH3 0.000 -8.646 -3.913 -0.744
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M13 H122 H H 0.000 -6.181 0.682 1.990
M13 O10 O OH1 0.000 -7.955 -0.357 2.069
M13 HO10 H H 0.000 -8.239 -1.198 1.689
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
M13 O5 n/a C6 START
M13 HO5 O5 . .
M13 C6 O5 C5 .
M13 H61 C6 . .
M13 H62 C6 . .
M13 C5 C6 C4 .
M13 H5 C5 . .
M13 O6 C5 . .
M13 C4 C5 C3 .
M13 H4 C4 . .
M13 O4 C4 HO4 .
M13 HO4 O4 . .
M13 C3 C4 C2 .
M13 H3 C3 . .
M13 O3 C3 HO3 .
M13 HO3 O3 . .
M13 C2 C3 C1 .
M13 H2 C2 . .
M13 O2 C2 HO2 .
M13 HO2 O2 . .
M13 C1 C2 O1 .
M13 H1 C1 . .
M13 O1 C1 C9 .
M13 C9 O1 C10 .
M13 H9 C9 . .
M13 C8 C9 C7 .
M13 H8 C8 . .
M13 O8 C8 HO8 .
M13 HO8 O8 . .
M13 C7 C8 O11 .
M13 H7 C7 . .
M13 O7 C7 CM .
M13 CM O7 HM1 .
M13 HM3 CM . .
M13 HM2 CM . .
M13 HM1 CM . .
M13 O11 C7 . .
M13 C10 C9 C11 .
M13 H10 C10 . .
M13 O9 C10 HO9 .
M13 HO9 O9 . .
M13 C11 C10 C12 .
M13 H11 C11 . .
M13 C12 C11 O10 .
M13 H121 C12 . .
M13 H122 C12 . .
M13 O10 C12 HO10 .
M13 HO10 O10 . END
M13 C11 O11 . ADD
M13 C1 O6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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M13 HO4 O4 single 0.967 0.020
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M13 HO5 O5 single 0.967 0.020
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_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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M13 O5 C6 H61 109.470 3.000
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M13 O5 C6 C5 109.470 3.000
M13 H61 C6 H62 107.900 3.000
M13 H61 C6 C5 109.470 3.000
M13 H62 C6 C5 109.470 3.000
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M13 H5 C5 C4 108.340 3.000
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M13 H4 C4 C3 108.340 3.000
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M13 O1 C1 O6 109.470 3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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M13 var_18 C7 O7 CM HM1 -119.006 20.000 1
M13 var_19 C8 C7 O11 C11 -60.000 20.000 1
M13 var_20 O1 C9 C10 C11 -60.000 20.000 3
M13 var_21 C9 C10 O9 HO9 159.570 20.000 1
M13 var_22 C9 C10 C11 C12 180.000 20.000 3
M13 var_23 C10 C11 O11 C7 60.000 20.000 1
M13 var_24 C10 C11 C12 O10 179.537 20.000 3
M13 var_25 C11 C12 O10 HO10 -26.176 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
M13 chir_01 C11 C12 O11 C10 negativ
M13 chir_02 C7 O11 O7 C8 negativ
M13 chir_03 C10 C11 O9 C9 negativ
M13 chir_04 C9 C10 C8 O1 positiv
M13 chir_05 C8 C7 C9 O8 positiv
M13 chir_06 C1 O1 O6 C2 negativ
M13 chir_07 C2 C1 O2 C3 negativ
M13 chir_08 C3 C2 O3 C4 negativ
M13 chir_09 C4 C3 O4 C5 positiv
M13 chir_10 C5 O6 C4 C6 negativ
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