File: M13.cif

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global_
_lib_name         ?
_lib_version      ?
_lib_update       ?
# ------------------------------------------------
#
# ---   LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
M13      M13 'METHYL 3-O-ALPHA-D-MANNOPYRANOSYL-BE' non-polymer        48  24 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_M13
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 M13           O5     O    OH1       0.000      0.000    0.000    0.000
 M13           HO5    H    H         0.000      0.779    0.455   -0.344
 M13           C6     C    CH2       0.000      0.402   -1.203    0.629
 M13           H61    H    H         0.000      0.774   -0.992    1.633
 M13           H62    H    H         0.000      1.189   -1.683    0.044
 M13           C5     C    CH1       0.000     -0.806   -2.131    0.717
 M13           H5     H    H         0.000     -1.590   -1.641    1.311
 M13           O6     O    O2        0.000     -1.289   -2.329   -0.615
 M13           C4     C    CH1       0.000     -0.443   -3.466    1.379
 M13           H4     H    H         0.000      0.410   -3.916    0.850
 M13           O4     O    OH1       0.000     -0.085   -3.225    2.737
 M13           HO4    H    H         0.000      0.876   -3.276    2.830
 M13           C3     C    CH1       0.000     -1.637   -4.421    1.325
 M13           H3     H    H         0.000     -2.433   -4.034    1.976
 M13           O3     O    OH1       0.000     -1.256   -5.717    1.781
 M13           HO3    H    H         0.000     -0.302   -5.827    1.677
 M13           C2     C    CH1       0.000     -2.175   -4.538   -0.101
 M13           H2     H    H         0.000     -3.104   -5.126   -0.093
 M13           O2     O    OH1       0.000     -1.212   -5.185   -0.934
 M13           HO2    H    H         0.000     -0.871   -5.969   -0.483
 M13           C1     C    CH1       0.000     -2.453   -3.160   -0.698
 M13           H1     H    H         0.000     -2.699   -3.294   -1.760
 M13           O1     O    O2        0.000     -3.582   -2.576   -0.055
 M13           C9     C    CH1       0.000     -4.297   -1.714   -0.939
 M13           H9     H    H         0.000     -3.590   -1.299   -1.671
 M13           C8     C    CH1       0.000     -5.363   -2.514   -1.690
 M13           H8     H    H         0.000     -4.914   -3.434   -2.089
 M13           O8     O    OH1       0.000     -5.863   -1.724   -2.769
 M13           HO8    H    H         0.000     -6.676   -2.122   -3.109
 M13           C7     C    CH1       0.000     -6.535   -2.877   -0.770
 M13           H7     H    H         0.000     -6.175   -3.553    0.018
 M13           O7     O    O2        0.000     -7.528   -3.549   -1.541
 M13           CM     C    CH3       0.000     -8.646   -3.913   -0.744
 M13           HM3    H    H         0.000     -8.492   -3.583    0.249
 M13           HM2    H    H         0.000     -9.519   -3.461   -1.136
 M13           HM1    H    H         0.000     -8.757   -4.965   -0.755
 M13           O11    O    O2        0.000     -7.079   -1.704   -0.162
 M13           C10    C    CH1       0.000     -4.939   -0.552   -0.165
 M13           H10    H    H         0.000     -5.298    0.189   -0.893
 M13           O9     O    OH1       0.000     -3.973    0.075    0.670
 M13           HO9    H    H         0.000     -4.274    0.965    0.895
 M13           C11    C    CH1       0.000     -6.135   -1.024    0.672
 M13           H11    H    H         0.000     -5.782   -1.711    1.454
 M13           C12    C    CH2       0.000     -6.861    0.148    1.323
 M13           H121   H    H         0.000     -7.228    0.831    0.554
 M13           H122   H    H         0.000     -6.181    0.682    1.990
 M13           O10    O    OH1       0.000     -7.955   -0.357    2.069
 M13           HO10   H    H         0.000     -8.239   -1.198    1.689
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
 M13      O5     n/a    C6     START
 M13      HO5    O5     .      .
 M13      C6     O5     C5     .
 M13      H61    C6     .      .
 M13      H62    C6     .      .
 M13      C5     C6     C4     .
 M13      H5     C5     .      .
 M13      O6     C5     .      .
 M13      C4     C5     C3     .
 M13      H4     C4     .      .
 M13      O4     C4     HO4    .
 M13      HO4    O4     .      .
 M13      C3     C4     C2     .
 M13      H3     C3     .      .
 M13      O3     C3     HO3    .
 M13      HO3    O3     .      .
 M13      C2     C3     C1     .
 M13      H2     C2     .      .
 M13      O2     C2     HO2    .
 M13      HO2    O2     .      .
 M13      C1     C2     O1     .
 M13      H1     C1     .      .
 M13      O1     C1     C9     .
 M13      C9     O1     C10    .
 M13      H9     C9     .      .
 M13      C8     C9     C7     .
 M13      H8     C8     .      .
 M13      O8     C8     HO8    .
 M13      HO8    O8     .      .
 M13      C7     C8     O11    .
 M13      H7     C7     .      .
 M13      O7     C7     CM     .
 M13      CM     O7     HM1    .
 M13      HM3    CM     .      .
 M13      HM2    CM     .      .
 M13      HM1    CM     .      .
 M13      O11    C7     .      .
 M13      C10    C9     C11    .
 M13      H10    C10    .      .
 M13      O9     C10    HO9    .
 M13      HO9    O9     .      .
 M13      C11    C10    C12    .
 M13      H11    C11    .      .
 M13      C12    C11    O10    .
 M13      H121   C12    .      .
 M13      H122   C12    .      .
 M13      O10    C12    HO10   .
 M13      HO10   O10    .      END
 M13      C11    O11    .    ADD
 M13      C1     O6     .    ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
 M13      O10    C12       single      1.432    0.020
 M13      HO10   O10       single      0.967    0.020
 M13      C12    C11       single      1.524    0.020
 M13      H121   C12       single      1.092    0.020
 M13      H122   C12       single      1.092    0.020
 M13      C11    C10       single      1.524    0.020
 M13      C11    O11       single      1.426    0.020
 M13      H11    C11       single      1.099    0.020
 M13      O11    C7        single      1.426    0.020
 M13      O7     C7        single      1.426    0.020
 M13      C7     C8        single      1.524    0.020
 M13      H7     C7        single      1.099    0.020
 M13      CM     O7        single      1.426    0.020
 M13      HM1    CM        single      1.059    0.020
 M13      HM2    CM        single      1.059    0.020
 M13      HM3    CM        single      1.059    0.020
 M13      O9     C10       single      1.432    0.020
 M13      C10    C9        single      1.524    0.020
 M13      H10    C10       single      1.099    0.020
 M13      HO9    O9        single      0.967    0.020
 M13      C8     C9        single      1.524    0.020
 M13      C9     O1        single      1.426    0.020
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_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.value_angle_esd
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 M13      C2     C1     O1      109.470    3.000
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 M13      H1     C1     O1      109.470    3.000
 M13      H1     C1     O6      109.470    3.000
 M13      O1     C1     O6      109.470    3.000
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 M13      H121   C12    H122    107.900    3.000
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 M13      H122   C12    O10     109.470    3.000
 M13      C12    O10    HO10    109.470    3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 M13      var_5    C5     C4     O4     HO4     -104.010   20.000   1
 M13      var_6    C5     C4     C3     C2        60.000   20.000   3
 M13      var_7    C4     C3     O3     HO3      -23.325   20.000   1
 M13      var_8    C4     C3     C2     C1       -60.000   20.000   3
 M13      var_9    C3     C2     O2     HO2       46.367   20.000   1
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 M13      var_15   C9     C8     O8     HO8     -166.064   20.000   1
 M13      var_16   C9     C8     C7     O11       60.000   20.000   3
 M13      var_17   C8     C7     O7     CM      -179.964   20.000   1
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 M13      var_21   C9     C10    O9     HO9      159.570   20.000   1
 M13      var_22   C9     C10    C11    C12      180.000   20.000   3
 M13      var_23   C10    C11    O11    C7        60.000   20.000   1
 M13      var_24   C10    C11    C12    O10      179.537   20.000   3
 M13      var_25   C11    C12    O10    HO10     -26.176   20.000   1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 M13      chir_01  C11    C12    O11    C10       negativ
 M13      chir_02  C7     O11    O7     C8        negativ
 M13      chir_03  C10    C11    O9     C9        negativ
 M13      chir_04  C9     C10    C8     O1        positiv
 M13      chir_05  C8     C7     C9     O8        positiv
 M13      chir_06  C1     O1     O6     C2        negativ
 M13      chir_07  C2     C1     O2     C3        negativ
 M13      chir_08  C3     C2     O3     C4        negativ
 M13      chir_09  C4     C3     O4     C5        positiv
 M13      chir_10  C5     O6     C4     C6        negativ
# ------------------------------------------------------