1
2
3
4
5
6
7
8
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38
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40
41
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43
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46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
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66
67
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69
70
71
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73
74
75
76
77
78
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99
100
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250
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294
295
296
297
298
299
300
301
302
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
M2F M2F '2,4-DINITROPHENYL 2-DEOXY-2-FLUORO-B' non-polymer 37 24 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_M2F
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
M2F F2 F F 0.000 0.000 0.000 0.000
M2F C2 C CH1 0.000 -0.612 -0.382 -1.198
M2F H2 H H 0.000 -0.502 0.421 -1.940
M2F C3 C CH1 0.000 0.048 -1.661 -1.725
M2F H3 H H 0.000 -0.398 -1.933 -2.692
M2F O3 O OH1 0.000 1.450 -1.443 -1.889
M2F HA H H 0.000 1.592 -0.724 -2.520
M2F C4 C CH1 0.000 -0.181 -2.792 -0.717
M2F H4 H H 0.000 0.309 -2.542 0.234
M2F O4 O OH1 0.000 0.368 -4.008 -1.233
M2F HB H H 0.000 1.317 -3.895 -1.381
M2F C5 C CH1 0.000 -1.684 -2.966 -0.489
M2F H5 H H 0.000 -2.167 -3.257 -1.432
M2F C6 C CH2 0.000 -1.919 -4.054 0.561
M2F H61C H H 0.000 -1.514 -3.725 1.521
M2F H62C H H 0.000 -1.416 -4.972 0.251
M2F O6 O OH1 0.000 -3.320 -4.297 0.692
M2F H6 H H 0.000 -3.467 -4.984 1.355
M2F O5 O O2 0.000 -2.240 -1.733 -0.030
M2F C1 C CH1 0.000 -2.099 -0.650 -0.951
M2F H1 H H 0.000 -2.587 -0.910 -1.900
M2F O1 O O2 0.000 -2.709 0.522 -0.406
M2F C5B C CR6 0.000 -4.056 0.489 -0.224
M2F C6B C CR6 0.000 -4.714 1.592 0.301
M2F N1B N N 1.000 -3.950 2.807 0.662
M2F O2B O O 0.000 -2.741 2.835 0.509
M2F O1B O O -1.000 -4.529 3.777 1.118
M2F C4B C CR16 0.000 -4.774 -0.651 -0.556
M2F H4B H H 0.000 -4.261 -1.516 -0.958
M2F C3B C CR16 0.000 -6.143 -0.681 -0.376
M2F H3B H H 0.000 -6.704 -1.568 -0.640
M2F C2B C CR6 0.000 -6.797 0.422 0.143
M2F C1A C CR16 0.000 -6.083 1.557 0.481
M2F H1A H H 0.000 -6.597 2.419 0.886
M2F N1C N N 1.000 -8.264 0.388 0.336
M2F O3C O O -1.000 -8.841 1.359 0.792
M2F O2C O O 0.000 -8.894 -0.611 0.039
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
M2F F2 n/a C2 START
M2F C2 F2 C1 .
M2F H2 C2 . .
M2F C3 C2 C4 .
M2F H3 C3 . .
M2F O3 C3 HA .
M2F HA O3 . .
M2F C4 C3 C5 .
M2F H4 C4 . .
M2F O4 C4 HB .
M2F HB O4 . .
M2F C5 C4 O5 .
M2F H5 C5 . .
M2F C6 C5 O6 .
M2F H61C C6 . .
M2F H62C C6 . .
M2F O6 C6 H6 .
M2F H6 O6 . .
M2F O5 C5 . .
M2F C1 C2 O1 .
M2F H1 C1 . .
M2F O1 C1 C5B .
M2F C5B O1 C4B .
M2F C6B C5B N1B .
M2F N1B C6B O1B .
M2F O2B N1B . .
M2F O1B N1B . .
M2F C4B C5B C3B .
M2F H4B C4B . .
M2F C3B C4B C2B .
M2F H3B C3B . .
M2F C2B C3B N1C .
M2F C1A C2B H1A .
M2F H1A C1A . .
M2F N1C C2B O2C .
M2F O3C N1C . .
M2F O2C N1C . END
M2F C6B C1A . ADD
M2F C1 O5 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
M2F O1B N1B single 1.400 0.020
M2F O2B N1B double 1.220 0.020
M2F N1B C6B single 1.400 0.020
M2F C6B C1A single 1.390 0.020
M2F C6B C5B double 1.487 0.020
M2F C1A C2B double 1.390 0.020
M2F N1C C2B single 1.400 0.020
M2F C2B C3B single 1.390 0.020
M2F O3C N1C single 1.400 0.020
M2F O2C N1C double 1.220 0.020
M2F C3B C4B double 1.390 0.020
M2F C4B C5B single 1.390 0.020
M2F C5B O1 single 1.370 0.020
M2F O1 C1 single 1.426 0.020
M2F C1 O5 single 1.426 0.020
M2F C1 C2 single 1.524 0.020
M2F O5 C5 single 1.426 0.020
M2F C2 F2 single 1.370 0.020
M2F C3 C2 single 1.524 0.020
M2F O3 C3 single 1.432 0.020
M2F C4 C3 single 1.524 0.020
M2F O4 C4 single 1.432 0.020
M2F C5 C4 single 1.524 0.020
M2F C6 C5 single 1.524 0.020
M2F O6 C6 single 1.432 0.020
M2F H1A C1A single 1.083 0.020
M2F H3B C3B single 1.083 0.020
M2F H4B C4B single 1.083 0.020
M2F H1 C1 single 1.099 0.020
M2F H2 C2 single 1.099 0.020
M2F H5 C5 single 1.099 0.020
M2F H3 C3 single 1.099 0.020
M2F HA O3 single 0.967 0.020
M2F H4 C4 single 1.099 0.020
M2F HB O4 single 0.967 0.020
M2F H61C C6 single 1.092 0.020
M2F H62C C6 single 1.092 0.020
M2F H6 O6 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
M2F F2 C2 H2 109.500 3.000
M2F F2 C2 C3 109.500 3.000
M2F F2 C2 C1 109.500 3.000
M2F H2 C2 C3 108.340 3.000
M2F H2 C2 C1 108.340 3.000
M2F C3 C2 C1 111.000 3.000
M2F C2 C3 H3 108.340 3.000
M2F C2 C3 O3 109.470 3.000
M2F C2 C3 C4 111.000 3.000
M2F H3 C3 O3 109.470 3.000
M2F H3 C3 C4 108.340 3.000
M2F O3 C3 C4 109.470 3.000
M2F C3 O3 HA 109.470 3.000
M2F C3 C4 H4 108.340 3.000
M2F C3 C4 O4 109.470 3.000
M2F C3 C4 C5 111.000 3.000
M2F H4 C4 O4 109.470 3.000
M2F H4 C4 C5 108.340 3.000
M2F O4 C4 C5 109.470 3.000
M2F C4 O4 HB 109.470 3.000
M2F C4 C5 H5 108.340 3.000
M2F C4 C5 C6 111.000 3.000
M2F C4 C5 O5 109.470 3.000
M2F H5 C5 C6 108.340 3.000
M2F H5 C5 O5 109.470 3.000
M2F C6 C5 O5 109.470 3.000
M2F C5 C6 H61C 109.470 3.000
M2F C5 C6 H62C 109.470 3.000
M2F C5 C6 O6 109.470 3.000
M2F H61C C6 H62C 107.900 3.000
M2F H61C C6 O6 109.470 3.000
M2F H62C C6 O6 109.470 3.000
M2F C6 O6 H6 109.470 3.000
M2F C5 O5 C1 111.800 3.000
M2F C2 C1 H1 108.340 3.000
M2F C2 C1 O1 109.470 3.000
M2F C2 C1 O5 109.470 3.000
M2F H1 C1 O1 109.470 3.000
M2F H1 C1 O5 109.470 3.000
M2F O1 C1 O5 109.470 3.000
M2F C1 O1 C5B 120.000 3.000
M2F O1 C5B C6B 120.000 3.000
M2F O1 C5B C4B 120.000 3.000
M2F C6B C5B C4B 120.000 3.000
M2F C5B C6B N1B 120.000 3.000
M2F C5B C6B C1A 120.000 3.000
M2F N1B C6B C1A 120.000 3.000
M2F C6B N1B O2B 120.000 3.000
M2F C6B N1B O1B 120.000 3.000
M2F O2B N1B O1B 120.000 3.000
M2F C5B C4B H4B 120.000 3.000
M2F C5B C4B C3B 120.000 3.000
M2F H4B C4B C3B 120.000 3.000
M2F C4B C3B H3B 120.000 3.000
M2F C4B C3B C2B 120.000 3.000
M2F H3B C3B C2B 120.000 3.000
M2F C3B C2B C1A 120.000 3.000
M2F C3B C2B N1C 120.000 3.000
M2F C1A C2B N1C 120.000 3.000
M2F C2B C1A H1A 120.000 3.000
M2F C2B C1A C6B 120.000 3.000
M2F H1A C1A C6B 120.000 3.000
M2F C2B N1C O3C 120.000 3.000
M2F C2B N1C O2C 120.000 3.000
M2F O3C N1C O2C 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
M2F var_1 F2 C2 C3 C4 60.000 20.000 3
M2F var_2 C2 C3 O3 HA -59.999 20.000 1
M2F var_3 C2 C3 C4 C5 60.000 20.000 3
M2F var_4 C3 C4 O4 HB 60.012 20.000 1
M2F var_5 C3 C4 C5 O5 -60.000 20.000 3
M2F var_6 C4 C5 C6 O6 -175.067 20.000 3
M2F var_7 C5 C6 O6 H6 -179.999 20.000 1
M2F var_8 C4 C5 O5 C1 60.000 20.000 1
M2F var_9 F2 C2 C1 O1 60.000 20.000 3
M2F var_10 C2 C1 O5 C5 -60.000 20.000 1
M2F var_11 C2 C1 O1 C5B 175.012 20.000 1
M2F var_12 C1 O1 C5B C4B 0.316 20.000 1
M2F CONST_1 O1 C5B C6B N1B 0.000 0.000 0
M2F CONST_2 C5B C6B C1A C2B 0.000 0.000 0
M2F var_13 C5B C6B N1B O1B 179.691 20.000 1
M2F CONST_3 O1 C5B C4B C3B 180.000 0.000 0
M2F CONST_4 C5B C4B C3B C2B 0.000 0.000 0
M2F CONST_5 C4B C3B C2B N1C 180.000 0.000 0
M2F CONST_6 C3B C2B C1A C6B 0.000 0.000 0
M2F var_14 C3B C2B N1C O2C -0.005 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
M2F chir_01 C1 O1 O5 C2 positiv
M2F chir_02 C2 C1 F2 C3 negativ
M2F chir_03 C3 C2 O3 C4 negativ
M2F chir_04 C4 C3 O4 C5 positiv
M2F chir_05 C5 O5 C4 C6 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
M2F plan-1 N1B 0.020
M2F plan-1 O1B 0.020
M2F plan-1 O2B 0.020
M2F plan-1 C6B 0.020
M2F plan-2 C6B 0.020
M2F plan-2 N1B 0.020
M2F plan-2 C1A 0.020
M2F plan-2 C5B 0.020
M2F plan-2 C2B 0.020
M2F plan-2 C3B 0.020
M2F plan-2 C4B 0.020
M2F plan-2 H1A 0.020
M2F plan-2 N1C 0.020
M2F plan-2 H3B 0.020
M2F plan-2 H4B 0.020
M2F plan-2 O1 0.020
M2F plan-3 N1C 0.020
M2F plan-3 C2B 0.020
M2F plan-3 O3C 0.020
M2F plan-3 O2C 0.020
# ------------------------------------------------------
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