File: M3M.cif

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global_
_lib_name         ?
_lib_version      ?
_lib_update       ?
# ------------------------------------------------
#
# ---   LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
M3M      M3M '3-O-alpha-D-mannopyranosyl-alpha-D-m' saccharide         45  23 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_M3M
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 M3M           "O6'"  O    OH1       0.000      0.000    0.000    0.000
 M3M           "HO6'" H    H         0.000      0.799    0.360    0.409
 M3M           "C6'"  C    CH2       0.000     -1.140    0.723    0.467
 M3M           "H6'"  H    H         0.000     -1.036    1.777    0.199
 M3M           "H6'A" H    H         0.000     -1.210    0.629    1.553
 M3M           "C5'"  C    CH1       0.000     -2.405    0.153   -0.178
 M3M           "H5'"  H    H         0.000     -2.296    0.166   -1.272
 M3M           "O5'"  O    O2        0.000     -2.603   -1.190    0.266
 M3M           "C1'"  C    CH1       0.000     -3.749   -1.830   -0.300
 M3M           "H1'"  H    H         0.000     -3.817   -2.860    0.076
 M3M           "O1'"  O    OH1       0.000     -3.631   -1.848   -1.724
 M3M           "HO1'" H    H         0.000     -2.834   -2.335   -1.974
 M3M           "C4'"  C    CH1       0.000     -3.612    1.005    0.223
 M3M           "H4'"  H    H         0.000     -3.698    1.027    1.319
 M3M           "O4'"  O    OH1       0.000     -3.443    2.335   -0.270
 M3M           "HO4'" H    H         0.000     -2.641    2.719    0.110
 M3M           "C3'"  C    CH1       0.000     -4.881    0.394   -0.377
 M3M           "H3'"  H    H         0.000     -4.818    0.418   -1.474
 M3M           "C2'"  C    CH1       0.000     -5.010   -1.057    0.097
 M3M           "H2'"  H    H         0.000     -5.889   -1.520   -0.373
 M3M           "O2'"  O    OH1       0.000     -5.158   -1.083    1.518
 M3M           "HO2'" H    H         0.000     -5.234   -2.000    1.816
 M3M           "O3'"  O    O2        0.000     -6.022    1.140    0.053
 M3M           C1     C    CH1       0.000     -7.104    1.137   -0.879
 M3M           H1     H    H         0.000     -6.729    1.405   -1.877
 M3M           O5     O    O2        0.000     -7.690   -0.165   -0.925
 M3M           C5     C    CH1       0.000     -8.188   -0.625    0.334
 M3M           H5     H    H         0.000     -7.370   -0.645    1.067
 M3M           C6     C    CH2       0.000     -8.764   -2.033    0.172
 M3M           H6     H    H         0.000     -9.516   -2.029   -0.620
 M3M           H6A    H    H         0.000     -9.226   -2.347    1.110
 M3M           O6     O    OH1       0.000     -7.715   -2.940   -0.171
 M3M           HO6    H    H         0.000     -8.079   -3.829   -0.274
 M3M           C4     C    CH1       0.000     -9.288    0.323    0.822
 M3M           H4     H    H         0.000    -10.125    0.313    0.110
 M3M           O4     O    OH1       0.000     -9.748   -0.101    2.107
 M3M           HO4    H    H         0.000    -10.438    0.501    2.417
 M3M           C3     C    CH1       0.000     -8.719    1.741    0.925
 M3M           H3     H    H         0.000     -7.915    1.762    1.674
 M3M           O3     O    OH1       0.000     -9.756    2.646    1.311
 M3M           HO3    H    H         0.000     -9.396    3.542    1.368
 M3M           C2     C    CH1       0.000     -8.160    2.155   -0.440
 M3M           H2     H    H         0.000     -7.700    3.150   -0.362
 M3M           O2     O    OH1       0.000     -9.218    2.191   -1.401
 M3M           HO2    H    H         0.000     -8.861    2.448   -2.262
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
 M3M      "O6'"  n/a    "C6'"  START
 M3M      "HO6'" "O6'"  .      .
 M3M      "C6'"  "O6'"  "C5'"  .
 M3M      "H6'"  "C6'"  .      .
 M3M      "H6'A" "C6'"  .      .
 M3M      "C5'"  "C6'"  "C4'"  .
 M3M      "H5'"  "C5'"  .      .
 M3M      "O5'"  "C5'"  "C1'"  .
 M3M      "C1'"  "O5'"  "O1'"  .
 M3M      "H1'"  "C1'"  .      .
 M3M      "O1'"  "C1'"  "HO1'" .
 M3M      "HO1'" "O1'"  .      .
 M3M      "C4'"  "C5'"  "C3'"  .
 M3M      "H4'"  "C4'"  .      .
 M3M      "O4'"  "C4'"  "HO4'" .
 M3M      "HO4'" "O4'"  .      .
 M3M      "C3'"  "C4'"  "O3'"  .
 M3M      "H3'"  "C3'"  .      .
 M3M      "C2'"  "C3'"  "O2'"  .
 M3M      "H2'"  "C2'"  .      .
 M3M      "O2'"  "C2'"  "HO2'" .
 M3M      "HO2'" "O2'"  .      .
 M3M      "O3'"  "C3'"  C1     .
 M3M      C1     "O3'"  O5     .
 M3M      H1     C1     .      .
 M3M      O5     C1     C5     .
 M3M      C5     O5     C4     .
 M3M      H5     C5     .      .
 M3M      C6     C5     O6     .
 M3M      H6     C6     .      .
 M3M      H6A    C6     .      .
 M3M      O6     C6     HO6    .
 M3M      HO6    O6     .      .
 M3M      C4     C5     C3     .
 M3M      H4     C4     .      .
 M3M      O4     C4     HO4    .
 M3M      HO4    O4     .      .
 M3M      C3     C4     C2     .
 M3M      H3     C3     .      .
 M3M      O3     C3     HO3    .
 M3M      HO3    O3     .      .
 M3M      C2     C3     O2     .
 M3M      H2     C2     .      .
 M3M      O2     C2     HO2    .
 M3M      HO2    O2     .      END
 M3M      C1     C2     .    ADD
 M3M      "C1'"  "C2'"  .    ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
 M3M      C1     C2        single      1.524    0.020
 M3M      O5     C1        single      1.426    0.020
 M3M      C1     "O3'"     single      1.426    0.020
 M3M      H1     C1        single      1.099    0.020
 M3M      C2     C3        single      1.524    0.020
 M3M      O2     C2        single      1.432    0.020
 M3M      H2     C2        single      1.099    0.020
 M3M      O3     C3        single      1.432    0.020
 M3M      C3     C4        single      1.524    0.020
 M3M      H3     C3        single      1.099    0.020
 M3M      O4     C4        single      1.432    0.020
 M3M      C4     C5        single      1.524    0.020
 M3M      H4     C4        single      1.099    0.020
 M3M      C6     C5        single      1.524    0.020
 M3M      C5     O5        single      1.426    0.020
 M3M      H5     C5        single      1.099    0.020
 M3M      O6     C6        single      1.432    0.020
 M3M      H6     C6        single      1.092    0.020
 M3M      H6A    C6        single      1.092    0.020
 M3M      HO2    O2        single      0.967    0.020
 M3M      HO3    O3        single      0.967    0.020
 M3M      HO4    O4        single      0.967    0.020
 M3M      HO6    O6        single      0.967    0.020
 M3M      "C1'"  "C2'"     single      1.524    0.020
 M3M      "C1'"  "O5'"     single      1.426    0.020
 M3M      "O1'"  "C1'"     single      1.432    0.020
 M3M      "H1'"  "C1'"     single      1.099    0.020
 M3M      "O2'"  "C2'"     single      1.432    0.020
 M3M      "C2'"  "C3'"     single      1.524    0.020
 M3M      "H2'"  "C2'"     single      1.099    0.020
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 M3M      chir_01  C1     C2     O5     "O3'"     positiv
 M3M      chir_02  C2     C1     C3     O2        positiv
 M3M      chir_03  C3     C2     C4     O3        positiv
 M3M      chir_04  C4     C3     C5     O4        negativ
 M3M      chir_05  C5     C4     C6     O5        negativ
 M3M      chir_06  "C1'"  "C2'"  "O1'"  "O5'"     negativ
 M3M      chir_07  "C2'"  "C1'"  "C3'"  "O2'"     positiv
 M3M      chir_08  "C3'"  "C2'"  "C4'"  "O3'"     positiv
 M3M      chir_09  "C4'"  "C3'"  "C5'"  "O4'"     negativ
 M3M      chir_10  "C5'"  "C4'"  "C6'"  "O5'"     negativ
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