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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
M6R M6R '5-AMINO-5-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-D-MANN' non-polymer 30 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_M6R
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
M6R O63 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
M6R P6 P P 0.000 -0.626 0.972 -0.977
M6R O61 O OP -0.666 0.121 2.287 -0.928
M6R O62 O OP -0.666 -0.548 0.400 -2.375
M6R O6 O O2 0.000 -2.167 1.214 -0.580
M6R C6 C CH2 0.000 -3.155 0.184 -0.634
M6R H61 H H 0.000 -2.867 -0.632 0.032
M6R H62 H H 0.000 -3.233 -0.192 -1.656
M6R C5 C CH1 0.000 -4.506 0.751 -0.193
M6R H5 H H 0.000 -4.405 1.209 0.800
M6R O5 O OH1 0.000 -4.937 1.738 -1.132
M6R HO5 H H 0.000 -5.027 1.334 -2.006
M6R C4 C CH1 0.000 -5.538 -0.378 -0.131
M6R H4 H H 0.000 -5.639 -0.837 -1.125
M6R O4 O OH1 0.000 -5.107 -1.365 0.808
M6R HO4 H H 0.000 -5.017 -0.960 1.681
M6R C3 C CH1 0.000 -6.889 0.189 0.309
M6R H3 H H 0.000 -7.263 0.882 -0.458
M6R O3 O OH1 0.000 -6.732 0.887 1.546
M6R HO3 H H 0.000 -6.403 0.276 2.220
M6R C2 C CH1 0.000 -7.886 -0.956 0.492
M6R H2 H H 0.000 -7.512 -1.649 1.259
M6R N2 N NH2 0.000 -8.047 -1.674 -0.779
M6R HN22 H H 0.000 -7.821 -2.660 -0.842
M6R HN21 H H 0.000 -8.385 -1.188 -1.602
M6R C1 C CH2 0.000 -9.238 -0.390 0.932
M6R H11 H H 0.000 -9.650 0.230 0.133
M6R H12 H H 0.000 -9.103 0.218 1.829
M6R O1 O OH1 0.000 -10.136 -1.465 1.215
M6R HO1 H H 0.000 -10.989 -1.106 1.493
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
M6R O63 n/a P6 START
M6R P6 O63 O6 .
M6R O61 P6 . .
M6R O62 P6 . .
M6R O6 P6 C6 .
M6R C6 O6 C5 .
M6R H61 C6 . .
M6R H62 C6 . .
M6R C5 C6 C4 .
M6R H5 C5 . .
M6R O5 C5 HO5 .
M6R HO5 O5 . .
M6R C4 C5 C3 .
M6R H4 C4 . .
M6R O4 C4 HO4 .
M6R HO4 O4 . .
M6R C3 C4 C2 .
M6R H3 C3 . .
M6R O3 C3 HO3 .
M6R HO3 O3 . .
M6R C2 C3 C1 .
M6R H2 C2 . .
M6R N2 C2 HN21 .
M6R HN22 N2 . .
M6R HN21 N2 . .
M6R C1 C2 O1 .
M6R H11 C1 . .
M6R H12 C1 . .
M6R O1 C1 HO1 .
M6R HO1 O1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
M6R O61 P6 deloc 1.510 0.020
M6R O62 P6 deloc 1.510 0.020
M6R O6 P6 single 1.610 0.020
M6R P6 O63 deloc 1.510 0.020
M6R C6 O6 single 1.426 0.020
M6R C5 C6 single 1.524 0.020
M6R H61 C6 single 1.092 0.020
M6R H62 C6 single 1.092 0.020
M6R O5 C5 single 1.432 0.020
M6R C4 C5 single 1.524 0.020
M6R H5 C5 single 1.099 0.020
M6R HO5 O5 single 0.967 0.020
M6R C3 C4 single 1.524 0.020
M6R O4 C4 single 1.432 0.020
M6R H4 C4 single 1.099 0.020
M6R HO4 O4 single 0.967 0.020
M6R C2 C3 single 1.524 0.020
M6R O3 C3 single 1.432 0.020
M6R H3 C3 single 1.099 0.020
M6R HO3 O3 single 0.967 0.020
M6R N2 C2 single 1.450 0.020
M6R C1 C2 single 1.524 0.020
M6R H2 C2 single 1.099 0.020
M6R HN21 N2 single 1.010 0.020
M6R HN22 N2 single 1.010 0.020
M6R O1 C1 single 1.432 0.020
M6R H11 C1 single 1.092 0.020
M6R H12 C1 single 1.092 0.020
M6R HO1 O1 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
M6R O63 P6 O61 119.900 3.000
M6R O63 P6 O62 119.900 3.000
M6R O63 P6 O6 108.200 3.000
M6R O61 P6 O62 119.900 3.000
M6R O61 P6 O6 108.200 3.000
M6R O62 P6 O6 108.200 3.000
M6R P6 O6 C6 120.500 3.000
M6R O6 C6 H61 109.470 3.000
M6R O6 C6 H62 109.470 3.000
M6R O6 C6 C5 109.470 3.000
M6R H61 C6 H62 107.900 3.000
M6R H61 C6 C5 109.470 3.000
M6R H62 C6 C5 109.470 3.000
M6R C6 C5 H5 108.340 3.000
M6R C6 C5 O5 109.470 3.000
M6R C6 C5 C4 111.000 3.000
M6R H5 C5 O5 109.470 3.000
M6R H5 C5 C4 108.340 3.000
M6R O5 C5 C4 109.470 3.000
M6R C5 O5 HO5 109.470 3.000
M6R C5 C4 H4 108.340 3.000
M6R C5 C4 O4 109.470 3.000
M6R C5 C4 C3 111.000 3.000
M6R H4 C4 O4 109.470 3.000
M6R H4 C4 C3 108.340 3.000
M6R O4 C4 C3 109.470 3.000
M6R C4 O4 HO4 109.470 3.000
M6R C4 C3 H3 108.340 3.000
M6R C4 C3 O3 109.470 3.000
M6R C4 C3 C2 111.000 3.000
M6R H3 C3 O3 109.470 3.000
M6R H3 C3 C2 108.340 3.000
M6R O3 C3 C2 109.470 3.000
M6R C3 O3 HO3 109.470 3.000
M6R C3 C2 H2 108.340 3.000
M6R C3 C2 N2 109.470 3.000
M6R C3 C2 C1 111.000 3.000
M6R H2 C2 N2 109.470 3.000
M6R H2 C2 C1 108.340 3.000
M6R N2 C2 C1 109.470 3.000
M6R C2 N2 HN22 120.000 3.000
M6R C2 N2 HN21 120.000 3.000
M6R HN22 N2 HN21 120.000 3.000
M6R C2 C1 H11 109.470 3.000
M6R C2 C1 H12 109.470 3.000
M6R C2 C1 O1 109.470 3.000
M6R H11 C1 H12 107.900 3.000
M6R H11 C1 O1 109.470 3.000
M6R H12 C1 O1 109.470 3.000
M6R C1 O1 HO1 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
M6R var_1 O63 P6 O6 C6 -65.001 20.000 1
M6R var_2 P6 O6 C6 C5 179.976 20.000 1
M6R var_3 O6 C6 C5 C4 -175.009 20.000 3
M6R var_4 C6 C5 O5 HO5 60.046 20.000 1
M6R var_5 C6 C5 C4 C3 -179.991 20.000 3
M6R var_6 C5 C4 O4 HO4 59.961 20.000 1
M6R var_7 C5 C4 C3 C2 -174.986 20.000 3
M6R var_8 C4 C3 O3 HO3 -60.019 20.000 1
M6R var_9 C4 C3 C2 C1 179.996 20.000 3
M6R var_10 C3 C2 N2 HN21 -60.034 20.000 1
M6R var_11 C3 C2 C1 O1 -175.029 20.000 3
M6R var_12 C2 C1 O1 HO1 179.971 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
M6R chir_01 C5 C6 O5 C4 negativ
M6R chir_02 C4 C5 O4 C3 negativ
M6R chir_03 C3 C4 O3 C2 positiv
M6R chir_04 C2 C3 N2 C1 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
M6R plan-1 N2 0.020
M6R plan-1 C2 0.000
M6R plan-1 HN21 0.000
M6R plan-1 HN22 0.000
# ------------------------------------------------------
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