1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MA3 MA3 'O1-METHYL-4-DEOXY-4-THIO-ALPHA-D-GLU' pyranose 27 13 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MA3
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MA3 C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
MA3 H1 H H 0.000 1.037 0.352 0.093
MA3 O1 O O2 0.000 -0.006 -1.417 -0.178
MA3 C7 C CH3 0.000 0.731 -1.687 -1.371
MA3 H73 H H 0.000 0.265 -1.204 -2.191
MA3 H72 H H 0.000 1.721 -1.327 -1.265
MA3 H71 H H 0.000 0.753 -2.732 -1.544
MA3 O5 O O2 0.000 -0.612 0.622 -1.127
MA3 C5 C CH1 0.000 -1.885 0.011 -1.319
MA3 H5 H H 0.000 -1.764 -1.081 -1.367
MA3 C4 C CH1 0.000 -2.812 0.368 -0.155
MA3 H4 H H 0.000 -2.917 1.460 -0.091
MA3 S4 S SH1 0.000 -4.441 -0.383 -0.424
MA3 HS4 H H 0.000 -5.251 -0.074 0.587
MA3 C3 C CH1 0.000 -2.207 -0.166 1.147
MA3 H3 H H 0.000 -2.198 -1.265 1.126
MA3 O3 O OH1 0.000 -2.984 0.287 2.257
MA3 HO3 H H 0.000 -2.601 -0.052 3.078
MA3 C2 C CH1 0.000 -0.774 0.357 1.271
MA3 H2 H H 0.000 -0.791 1.449 1.398
MA3 O2 O OH1 0.000 -0.142 -0.246 2.402
MA3 HO2 H H 0.000 0.764 0.085 2.478
MA3 C6 C CH2 0.000 -2.497 0.512 -2.628
MA3 H61 H H 0.000 -2.616 1.597 -2.581
MA3 H62 H H 0.000 -3.474 0.046 -2.774
MA3 O6 O OH1 0.000 -1.638 0.173 -3.717
MA3 HO6 H H 0.000 -2.060 0.506 -4.521
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MA3 C1 n/a O5 START
MA3 H1 C1 . .
MA3 O1 C1 C7 .
MA3 C7 O1 H71 .
MA3 H73 C7 . .
MA3 H72 C7 . .
MA3 H71 C7 . .
MA3 O5 C1 . END
MA3 C5 O5 C6 .
MA3 H5 C5 . .
MA3 C4 C5 C3 .
MA3 H4 C4 . .
MA3 S4 C4 HS4 .
MA3 HS4 S4 . .
MA3 C3 C4 C2 .
MA3 H3 C3 . .
MA3 O3 C3 HO3 .
MA3 HO3 O3 . .
MA3 C2 C3 O2 .
MA3 H2 C2 . .
MA3 O2 C2 HO2 .
MA3 HO2 O2 . .
MA3 C6 C5 O6 .
MA3 H61 C6 . .
MA3 H62 C6 . .
MA3 O6 C6 . .
MA3 HO6 O6 . .
MA3 C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MA3 C1 C2 single 1.524 0.020
MA3 O1 C1 single 1.426 0.020
MA3 O5 C1 single 1.426 0.020
MA3 H1 C1 single 1.099 0.020
MA3 C2 C3 single 1.524 0.020
MA3 O2 C2 single 1.432 0.020
MA3 H2 C2 single 1.099 0.020
MA3 C3 C4 single 1.524 0.020
MA3 O3 C3 single 1.432 0.020
MA3 H3 C3 single 1.099 0.020
MA3 C4 C5 single 1.524 0.020
MA3 S4 C4 single 1.790 0.020
MA3 H4 C4 single 1.099 0.020
MA3 C6 C5 single 1.524 0.020
MA3 C5 O5 single 1.426 0.020
MA3 H5 C5 single 1.099 0.020
MA3 O6 C6 single 1.432 0.020
MA3 H61 C6 single 1.092 0.020
MA3 H62 C6 single 1.092 0.020
MA3 C7 O1 single 1.426 0.020
MA3 H71 C7 single 1.059 0.020
MA3 H72 C7 single 1.059 0.020
MA3 H73 C7 single 1.059 0.020
MA3 HO2 O2 single 0.967 0.020
MA3 HO3 O3 single 0.967 0.020
MA3 HS4 S4 single 1.330 0.020
MA3 HO6 O6 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MA3 H1 C1 O1 109.470 3.000
MA3 H1 C1 O5 109.470 3.000
MA3 O1 C1 O5 109.470 3.000
MA3 H1 C1 C2 108.340 3.000
MA3 O1 C1 C2 109.470 3.000
MA3 O5 C1 C2 109.470 3.000
MA3 C1 O1 C7 111.800 3.000
MA3 O1 C7 H73 109.470 3.000
MA3 O1 C7 H72 109.470 3.000
MA3 O1 C7 H71 109.470 3.000
MA3 H73 C7 H72 109.470 3.000
MA3 H73 C7 H71 109.470 3.000
MA3 H72 C7 H71 109.470 3.000
MA3 C1 O5 C5 111.800 3.000
MA3 O5 C5 H5 109.470 3.000
MA3 O5 C5 C4 109.470 3.000
MA3 O5 C5 C6 109.470 3.000
MA3 H5 C5 C4 108.340 3.000
MA3 H5 C5 C6 108.340 3.000
MA3 C4 C5 C6 111.000 3.000
MA3 C5 C4 H4 108.340 3.000
MA3 C5 C4 S4 109.500 3.000
MA3 C5 C4 C3 111.000 3.000
MA3 H4 C4 S4 109.500 3.000
MA3 H4 C4 C3 108.340 3.000
MA3 S4 C4 C3 109.500 3.000
MA3 C4 S4 HS4 109.500 3.000
MA3 C4 C3 H3 108.340 3.000
MA3 C4 C3 O3 109.470 3.000
MA3 C4 C3 C2 111.000 3.000
MA3 H3 C3 O3 109.470 3.000
MA3 H3 C3 C2 108.340 3.000
MA3 O3 C3 C2 109.470 3.000
MA3 C3 O3 HO3 109.470 3.000
MA3 C3 C2 H2 108.340 3.000
MA3 C3 C2 O2 109.470 3.000
MA3 C3 C2 C1 111.000 3.000
MA3 H2 C2 O2 109.470 3.000
MA3 H2 C2 C1 108.340 3.000
MA3 O2 C2 C1 109.470 3.000
MA3 C2 O2 HO2 109.470 3.000
MA3 C5 C6 H61 109.470 3.000
MA3 C5 C6 H62 109.470 3.000
MA3 C5 C6 O6 109.470 3.000
MA3 H61 C6 H62 107.900 3.000
MA3 H61 C6 O6 109.470 3.000
MA3 H62 C6 O6 109.470 3.000
MA3 C6 O6 HO6 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MA3 var_1 O5 C1 O1 C7 59.866 20.000 1
MA3 var_2 C1 O1 C7 H71 -179.990 20.000 1
MA3 var_3 C1 O5 C5 C6 180.000 20.000 1
MA3 var_4 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
MA3 var_5 C5 C4 S4 HS4 -179.983 20.000 1
MA3 var_6 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
MA3 var_7 C4 C3 O3 HO3 179.974 20.000 1
MA3 var_8 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
MA3 var_9 C3 C2 C1 O5 60.000 20.000 3
MA3 var_10 C3 C2 O2 HO2 179.935 20.000 1
MA3 var_11 O5 C5 C6 O6 60.048 20.000 3
MA3 var_1 C5 O5 C1 C2 -60.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MA3 chir_01 C1 C2 O1 O5 negativ
MA3 chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
MA3 chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
MA3 chir_04 C4 C3 C5 S4 negativ
MA3 chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
# ------------------------------------------------------
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