1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MA8 MA8 '"(2S,3R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROX' non-polymer 57 29 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MA8
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MA8 O11 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
MA8 C13 C C 0.000 -0.293 1.193 -0.040
MA8 C14 C CH1 0.000 0.744 2.310 0.073
MA8 H14 H H 0.000 0.209 3.264 -0.028
MA8 C15 C CH2 0.000 1.805 2.264 -1.029
MA8 H151 H H 0.000 2.342 1.319 -0.923
MA8 H152 H H 0.000 2.493 3.094 -0.851
MA8 S1 S SH1 0.000 1.122 2.391 -2.714
MA8 HS1 H H 0.000 1.628 1.243 -3.157
MA8 N2 N NH2 0.000 1.322 2.279 1.392
MA8 H2N2 H H 0.000 0.767 1.970 2.176
MA8 H2N1 H H 0.000 2.279 2.566 1.527
MA8 N1 N NH1 0.000 -1.578 1.687 -0.213
MA8 HC H H 0.000 -1.715 2.688 -0.232
MA8 C5 C CH1 0.000 -2.729 0.828 -0.369
MA8 H5 H H 0.000 -2.390 -0.103 -0.845
MA8 C6 C CH1 0.000 -3.779 1.464 -1.285
MA8 H6 H H 0.000 -4.049 2.458 -0.903
MA8 O3 O OH1 0.000 -3.229 1.586 -2.598
MA8 HB H H 0.000 -3.073 0.705 -2.965
MA8 C2 C CH1 0.000 -5.030 0.583 -1.355
MA8 H2 H H 0.000 -4.795 -0.330 -1.921
MA8 O2 O OH1 0.000 -6.043 1.311 -2.047
MA8 HA H H 0.000 -5.655 1.751 -2.815
MA8 C3 C CH1 0.000 -5.517 0.193 0.045
MA8 H3 H H 0.000 -5.869 1.095 0.565
MA8 C4 C CH2 0.000 -6.655 -0.824 -0.007
MA8 H4C1 H H 0.000 -6.320 -1.731 -0.515
MA8 H4C2 H H 0.000 -7.507 -0.402 -0.543
MA8 O5 O OH1 0.000 -7.037 -1.139 1.319
MA8 HD H H 0.000 -6.870 -2.075 1.486
MA8 O1 O O2 0.000 -4.460 -0.401 0.805
MA8 C1 C CH1 0.000 -3.336 0.464 0.989
MA8 H1 H H 0.000 -2.577 -0.080 1.568
MA8 O4 O O2 0.000 -3.684 1.643 1.712
MA8 C9 C CH1 0.000 -3.580 1.439 3.121
MA8 H9 H H 0.000 -3.772 0.380 3.344
MA8 C10 C CH1 0.000 -2.159 1.794 3.574
MA8 H10 H H 0.000 -1.441 1.247 2.947
MA8 O8 O OH1 0.000 -1.997 1.378 4.927
MA8 HG H H 0.000 -2.703 0.761 5.159
MA8 C7 C CH1 0.000 -1.897 3.305 3.427
MA8 H7 H H 0.000 -1.928 3.555 2.357
MA8 O10 O OH1 0.000 -0.600 3.629 3.921
MA8 HE H H 0.000 -0.528 3.345 4.842
MA8 C12 C CH1 0.000 -4.638 2.301 3.833
MA8 H12 H H 0.000 -4.639 2.053 4.904
MA8 O6 O OH1 0.000 -5.917 1.984 3.283
MA8 HH H H 0.000 -6.550 1.847 4.001
MA8 C11 C CH1 0.000 -4.354 3.802 3.669
MA8 H11 H H 0.000 -4.448 4.069 2.607
MA8 O7 O OH1 0.000 -5.295 4.562 4.425
MA8 HI H H 0.000 -6.174 4.465 4.035
MA8 C8 C CH1 0.000 -2.943 4.161 4.149
MA8 H8 H H 0.000 -2.750 5.222 3.936
MA8 O9 O OH1 0.000 -2.864 3.945 5.561
MA8 HF H H 0.000 -3.233 4.709 6.025
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MA8 O11 n/a C13 START
MA8 C13 O11 N1 .
MA8 C14 C13 N2 .
MA8 H14 C14 . .
MA8 C15 C14 S1 .
MA8 H151 C15 . .
MA8 H152 C15 . .
MA8 S1 C15 HS1 .
MA8 HS1 S1 . .
MA8 N2 C14 H2N1 .
MA8 H2N2 N2 . .
MA8 H2N1 N2 . .
MA8 N1 C13 C5 .
MA8 HC N1 . .
MA8 C5 N1 C1 .
MA8 H5 C5 . .
MA8 C6 C5 C2 .
MA8 H6 C6 . .
MA8 O3 C6 HB .
MA8 HB O3 . .
MA8 C2 C6 C3 .
MA8 H2 C2 . .
MA8 O2 C2 HA .
MA8 HA O2 . .
MA8 C3 C2 O1 .
MA8 H3 C3 . .
MA8 C4 C3 O5 .
MA8 H4C1 C4 . .
MA8 H4C2 C4 . .
MA8 O5 C4 HD .
MA8 HD O5 . .
MA8 O1 C3 . .
MA8 C1 C5 O4 .
MA8 H1 C1 . .
MA8 O4 C1 C9 .
MA8 C9 O4 C12 .
MA8 H9 C9 . .
MA8 C10 C9 C7 .
MA8 H10 C10 . .
MA8 O8 C10 HG .
MA8 HG O8 . .
MA8 C7 C10 O10 .
MA8 H7 C7 . .
MA8 O10 C7 HE .
MA8 HE O10 . .
MA8 C12 C9 C11 .
MA8 H12 C12 . .
MA8 O6 C12 HH .
MA8 HH O6 . .
MA8 C11 C12 C8 .
MA8 H11 C11 . .
MA8 O7 C11 HI .
MA8 HI O7 . .
MA8 C8 C11 O9 .
MA8 H8 C8 . .
MA8 O9 C8 HF .
MA8 HF O9 . END
MA8 O1 C1 . ADD
MA8 C7 C8 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MA8 O1 C1 single 1.426 0.020
MA8 O1 C3 single 1.426 0.020
MA8 O4 C1 single 1.426 0.020
MA8 C1 C5 single 1.524 0.020
MA8 H1 C1 single 1.099 0.020
MA8 C3 C2 single 1.524 0.020
MA8 O2 C2 single 1.432 0.020
MA8 C2 C6 single 1.524 0.020
MA8 H2 C2 single 1.099 0.020
MA8 C4 C3 single 1.524 0.020
MA8 H3 C3 single 1.099 0.020
MA8 HA O2 single 0.967 0.020
MA8 O3 C6 single 1.432 0.020
MA8 HB O3 single 0.967 0.020
MA8 C9 O4 single 1.426 0.020
MA8 C5 N1 single 1.450 0.020
MA8 N1 C13 single 1.330 0.020
MA8 HC N1 single 1.010 0.020
MA8 O5 C4 single 1.432 0.020
MA8 H4C1 C4 single 1.092 0.020
MA8 H4C2 C4 single 1.092 0.020
MA8 C6 C5 single 1.524 0.020
MA8 H5 C5 single 1.099 0.020
MA8 H6 C6 single 1.099 0.020
MA8 HD O5 single 0.967 0.020
MA8 C7 C8 single 1.524 0.020
MA8 C7 C10 single 1.524 0.020
MA8 O10 C7 single 1.432 0.020
MA8 H7 C7 single 1.099 0.020
MA8 O9 C8 single 1.432 0.020
MA8 C8 C11 single 1.524 0.020
MA8 H8 C8 single 1.099 0.020
MA8 C10 C9 single 1.524 0.020
MA8 C12 C9 single 1.524 0.020
MA8 H9 C9 single 1.099 0.020
MA8 O8 C10 single 1.432 0.020
MA8 H10 C10 single 1.099 0.020
MA8 O6 C12 single 1.432 0.020
MA8 HH O6 single 0.967 0.020
MA8 O7 C11 single 1.432 0.020
MA8 HI O7 single 0.967 0.020
MA8 HG O8 single 0.967 0.020
MA8 HF O9 single 0.967 0.020
MA8 C11 C12 single 1.524 0.020
MA8 H11 C11 single 1.099 0.020
MA8 H12 C12 single 1.099 0.020
MA8 HE O10 single 0.967 0.020
MA8 C13 O11 double 1.220 0.020
MA8 C14 C13 single 1.500 0.020
MA8 N2 C14 single 1.450 0.020
MA8 C15 C14 single 1.524 0.020
MA8 H14 C14 single 1.099 0.020
MA8 H2N1 N2 single 1.010 0.020
MA8 H2N2 N2 single 1.010 0.020
MA8 S1 C15 single 1.810 0.020
MA8 H151 C15 single 1.092 0.020
MA8 H152 C15 single 1.092 0.020
MA8 HS1 S1 single 1.330 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MA8 O11 C13 C14 120.500 3.000
MA8 O11 C13 N1 123.000 3.000
MA8 C14 C13 N1 116.500 3.000
MA8 C13 C14 H14 108.810 3.000
MA8 C13 C14 C15 109.470 3.000
MA8 C13 C14 N2 109.470 3.000
MA8 H14 C14 C15 108.340 3.000
MA8 H14 C14 N2 109.470 3.000
MA8 C15 C14 N2 109.470 3.000
MA8 C14 C15 H151 109.470 3.000
MA8 C14 C15 H152 109.470 3.000
MA8 C14 C15 S1 112.500 3.000
MA8 H151 C15 H152 107.900 3.000
MA8 H151 C15 S1 109.470 3.000
MA8 H152 C15 S1 109.470 3.000
MA8 C15 S1 HS1 96.000 3.000
MA8 C14 N2 H2N2 120.000 3.000
MA8 C14 N2 H2N1 120.000 3.000
MA8 H2N2 N2 H2N1 120.000 3.000
MA8 C13 N1 HC 120.000 3.000
MA8 C13 N1 C5 121.500 3.000
MA8 HC N1 C5 118.500 3.000
MA8 N1 C5 H5 108.550 3.000
MA8 N1 C5 C6 110.000 3.000
MA8 N1 C5 C1 110.000 3.000
MA8 H5 C5 C6 108.340 3.000
MA8 H5 C5 C1 108.340 3.000
MA8 C6 C5 C1 111.000 3.000
MA8 C5 C6 H6 108.340 3.000
MA8 C5 C6 O3 109.470 3.000
MA8 C5 C6 C2 111.000 3.000
MA8 H6 C6 O3 109.470 3.000
MA8 H6 C6 C2 108.340 3.000
MA8 O3 C6 C2 109.470 3.000
MA8 C6 O3 HB 109.470 3.000
MA8 C6 C2 H2 108.340 3.000
MA8 C6 C2 O2 109.470 3.000
MA8 C6 C2 C3 111.000 3.000
MA8 H2 C2 O2 109.470 3.000
MA8 H2 C2 C3 108.340 3.000
MA8 O2 C2 C3 109.470 3.000
MA8 C2 O2 HA 109.470 3.000
MA8 C2 C3 H3 108.340 3.000
MA8 C2 C3 C4 111.000 3.000
MA8 C2 C3 O1 109.470 3.000
MA8 H3 C3 C4 108.340 3.000
MA8 H3 C3 O1 109.470 3.000
MA8 C4 C3 O1 109.470 3.000
MA8 C3 C4 H4C1 109.470 3.000
MA8 C3 C4 H4C2 109.470 3.000
MA8 C3 C4 O5 109.470 3.000
MA8 H4C1 C4 H4C2 107.900 3.000
MA8 H4C1 C4 O5 109.470 3.000
MA8 H4C2 C4 O5 109.470 3.000
MA8 C4 O5 HD 109.470 3.000
MA8 C3 O1 C1 111.800 3.000
MA8 C5 C1 H1 108.340 3.000
MA8 C5 C1 O4 109.470 3.000
MA8 C5 C1 O1 109.470 3.000
MA8 H1 C1 O4 109.470 3.000
MA8 H1 C1 O1 109.470 3.000
MA8 O4 C1 O1 109.470 3.000
MA8 C1 O4 C9 111.800 3.000
MA8 O4 C9 H9 109.470 3.000
MA8 O4 C9 C10 109.470 3.000
MA8 O4 C9 C12 109.470 3.000
MA8 H9 C9 C10 108.340 3.000
MA8 H9 C9 C12 108.340 3.000
MA8 C10 C9 C12 111.000 3.000
MA8 C9 C10 H10 108.340 3.000
MA8 C9 C10 O8 109.470 3.000
MA8 C9 C10 C7 111.000 3.000
MA8 H10 C10 O8 109.470 3.000
MA8 H10 C10 C7 108.340 3.000
MA8 O8 C10 C7 109.470 3.000
MA8 C10 O8 HG 109.470 3.000
MA8 C10 C7 H7 108.340 3.000
MA8 C10 C7 O10 109.470 3.000
MA8 C10 C7 C8 111.000 3.000
MA8 H7 C7 O10 109.470 3.000
MA8 H7 C7 C8 108.340 3.000
MA8 O10 C7 C8 109.470 3.000
MA8 C7 O10 HE 109.470 3.000
MA8 C9 C12 H12 108.340 3.000
MA8 C9 C12 O6 109.470 3.000
MA8 C9 C12 C11 111.000 3.000
MA8 H12 C12 O6 109.470 3.000
MA8 H12 C12 C11 108.340 3.000
MA8 O6 C12 C11 109.470 3.000
MA8 C12 O6 HH 109.470 3.000
MA8 C12 C11 H11 108.340 3.000
MA8 C12 C11 O7 109.470 3.000
MA8 C12 C11 C8 111.000 3.000
MA8 H11 C11 O7 109.470 3.000
MA8 H11 C11 C8 108.340 3.000
MA8 O7 C11 C8 109.470 3.000
MA8 C11 O7 HI 109.470 3.000
MA8 C11 C8 H8 108.340 3.000
MA8 C11 C8 O9 109.470 3.000
MA8 C11 C8 C7 111.000 3.000
MA8 H8 C8 O9 109.470 3.000
MA8 H8 C8 C7 108.340 3.000
MA8 O9 C8 C7 109.470 3.000
MA8 C8 O9 HF 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MA8 var_1 O11 C13 C14 N2 -65.998 20.000 3
MA8 var_2 C13 C14 C15 S1 59.120 20.000 3
MA8 var_3 C14 C15 S1 HS1 -122.338 20.000 1
MA8 var_4 C13 C14 N2 H2N1 148.634 20.000 1
MA8 CONST_1 O11 C13 N1 C5 0.000 0.000 0
MA8 var_5 C13 N1 C5 C1 88.294 20.000 3
MA8 var_6 N1 C5 C6 C2 180.000 20.000 3
MA8 var_7 C5 C6 O3 HB 65.643 20.000 1
MA8 var_8 C5 C6 C2 C3 60.000 20.000 3
MA8 var_9 C6 C2 O2 HA 43.015 20.000 1
MA8 var_10 C6 C2 C3 O1 -60.000 20.000 3
MA8 var_11 C2 C3 C4 O5 179.517 20.000 3
MA8 var_12 C3 C4 O5 HD -116.984 20.000 1
MA8 var_13 C2 C3 O1 C1 60.000 20.000 1
MA8 var_14 C3 O1 C1 C5 -60.000 20.000 1
MA8 var_15 N1 C5 C1 O4 60.000 20.000 3
MA8 var_16 C5 C1 O4 C9 -149.639 20.000 1
MA8 var_17 C1 O4 C9 C12 -147.941 20.000 1
MA8 var_18 O4 C9 C10 C7 60.000 20.000 3
MA8 var_19 C9 C10 O8 HG 15.947 20.000 1
MA8 var_20 C9 C10 C7 O10 180.000 20.000 3
MA8 var_21 C10 C7 C8 C11 -60.000 20.000 3
MA8 var_22 C10 C7 O10 HE -57.106 20.000 1
MA8 var_23 O4 C9 C12 C11 -60.000 20.000 3
MA8 var_24 C9 C12 O6 HH 132.889 20.000 1
MA8 var_25 C9 C12 C11 C8 -60.000 20.000 3
MA8 var_26 C12 C11 O7 HI -67.651 20.000 1
MA8 var_27 C12 C11 C8 O9 -60.000 20.000 3
MA8 var_28 C11 C8 O9 HF -81.991 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MA8 chir_01 C1 O1 O4 C5 positiv
MA8 chir_02 C2 C3 O2 C6 negativ
MA8 chir_03 C3 O1 C2 C4 negativ
MA8 chir_04 C5 C1 N1 C6 positiv
MA8 chir_05 C6 C2 O3 C5 positiv
MA8 chir_06 C7 C8 C10 O10 positiv
MA8 chir_07 C8 C7 O9 C11 positiv
MA8 chir_08 C9 O4 C10 C12 negativ
MA8 chir_09 C10 C7 C9 O8 positiv
MA8 chir_10 C11 C8 O7 C12 positiv
MA8 chir_11 C12 C9 O6 C11 positiv
MA8 chir_12 C14 C13 N2 C15 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
MA8 plan-1 N1 0.020
MA8 plan-1 C5 0.020
MA8 plan-1 C13 0.020
MA8 plan-1 HC 0.020
MA8 plan-2 C13 0.020
MA8 plan-2 N1 0.020
MA8 plan-2 O11 0.020
MA8 plan-2 C14 0.020
MA8 plan-2 HC 0.020
MA8 plan-3 N2 0.020
MA8 plan-3 C14 0.020
MA8 plan-3 H2N1 0.020
MA8 plan-3 H2N2 0.020
# ------------------------------------------------------
|
