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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MAG MAG 'BETA-METHYL-N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ' pyranose 33 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MAG
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MAG C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
MAG H1 H H 0.000 0.163 -1.078 -0.140
MAG O1 O O2 0.000 1.066 0.543 0.781
MAG CM C CH3 0.000 2.274 0.302 0.057
MAG HM3 H H 0.000 2.403 -0.740 -0.079
MAG HM2 H H 0.000 2.220 0.777 -0.889
MAG HM1 H H 0.000 3.096 0.691 0.600
MAG O5 O O2 0.000 -0.032 0.642 -1.271
MAG C5 C CH1 0.000 -0.983 -0.047 -2.080
MAG H5 H H 0.000 -0.752 -1.121 -2.079
MAG C6 C CH2 0.000 -0.915 0.486 -3.512
MAG H61 H H 0.000 -1.143 1.554 -3.514
MAG H62 H H 0.000 -1.644 -0.041 -4.131
MAG O6 O OH1 0.000 0.397 0.277 -4.036
MAG HO6 H H 0.000 0.438 0.613 -4.942
MAG C4 C CH1 0.000 -2.392 0.171 -1.523
MAG H4 H H 0.000 -2.615 1.247 -1.501
MAG O4 O OH1 0.000 -3.342 -0.497 -2.353
MAG HO4 H H 0.000 -3.291 -0.142 -3.251
MAG C3 C CH1 0.000 -2.460 -0.395 -0.100
MAG H3 H H 0.000 -2.340 -1.487 -0.132
MAG O3 O OH1 0.000 -3.721 -0.067 0.485
MAG HO3 H H 0.000 -4.431 -0.449 -0.048
MAG C2 C CH1 0.000 -1.327 0.223 0.727
MAG H2 H H 0.000 -1.505 1.301 0.845
MAG N2 N NH1 0.000 -1.279 -0.414 2.045
MAG HN2 H H 0.000 -1.571 -1.375 2.152
MAG C7 C C 0.000 -0.846 0.281 3.115
MAG C8 C CH3 0.000 -0.797 -0.374 4.470
MAG H83 H H 0.000 -1.770 -0.690 4.747
MAG H82 H H 0.000 -0.151 -1.214 4.434
MAG H81 H H 0.000 -0.435 0.318 5.186
MAG O7 O O 0.000 -0.498 1.436 2.986
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MAG C1 n/a O5 START
MAG H1 C1 . .
MAG O1 C1 CM .
MAG CM O1 HM1 .
MAG HM3 CM . .
MAG HM2 CM . .
MAG HM1 CM . .
MAG O5 C1 . END
MAG C5 O5 C4 .
MAG H5 C5 . .
MAG C6 C5 O6 .
MAG H61 C6 . .
MAG H62 C6 . .
MAG O6 C6 HO6 .
MAG HO6 O6 . .
MAG C4 C5 C3 .
MAG H4 C4 . .
MAG O4 C4 HO4 .
MAG HO4 O4 . .
MAG C3 C4 C2 .
MAG H3 C3 . .
MAG O3 C3 HO3 .
MAG HO3 O3 . .
MAG C2 C3 N2 .
MAG H2 C2 . .
MAG N2 C2 C7 .
MAG HN2 N2 . .
MAG C7 N2 O7 .
MAG C8 C7 H81 .
MAG H83 C8 . .
MAG H82 C8 . .
MAG H81 C8 . .
MAG O7 C7 . .
MAG C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MAG C1 C2 single 1.524 0.020
MAG O1 C1 single 1.426 0.020
MAG O5 C1 single 1.426 0.020
MAG H1 C1 single 1.099 0.020
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MAG N2 C2 single 1.450 0.020
MAG H2 C2 single 1.099 0.020
MAG C3 C4 single 1.524 0.020
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MAG H3 C3 single 1.099 0.020
MAG C4 C5 single 1.524 0.020
MAG O4 C4 single 1.432 0.020
MAG H4 C4 single 1.099 0.020
MAG C6 C5 single 1.524 0.020
MAG C5 O5 single 1.426 0.020
MAG H5 C5 single 1.099 0.020
MAG O6 C6 single 1.432 0.020
MAG H61 C6 single 1.092 0.020
MAG H62 C6 single 1.092 0.020
MAG C8 C7 single 1.500 0.020
MAG C7 N2 single 1.330 0.020
MAG O7 C7 double 1.220 0.020
MAG H81 C8 single 1.059 0.020
MAG H82 C8 single 1.059 0.020
MAG H83 C8 single 1.059 0.020
MAG HN2 N2 single 1.010 0.020
MAG CM O1 single 1.426 0.020
MAG HO3 O3 single 0.967 0.020
MAG HO4 O4 single 0.967 0.020
MAG HO6 O6 single 0.967 0.020
MAG HM1 CM single 1.059 0.020
MAG HM2 CM single 1.059 0.020
MAG HM3 CM single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MAG H1 C1 O1 109.470 3.000
MAG H1 C1 O5 109.470 3.000
MAG O1 C1 O5 109.470 3.000
MAG H1 C1 C2 108.340 3.000
MAG O1 C1 C2 109.470 3.000
MAG O5 C1 C2 109.470 3.000
MAG C1 O1 CM 111.800 3.000
MAG O1 CM HM3 109.470 3.000
MAG O1 CM HM2 109.470 3.000
MAG O1 CM HM1 109.470 3.000
MAG HM3 CM HM2 109.470 3.000
MAG HM3 CM HM1 109.470 3.000
MAG HM2 CM HM1 109.470 3.000
MAG C1 O5 C5 111.800 3.000
MAG O5 C5 H5 109.470 3.000
MAG O5 C5 C6 109.470 3.000
MAG O5 C5 C4 109.470 3.000
MAG H5 C5 C6 108.340 3.000
MAG H5 C5 C4 108.340 3.000
MAG C6 C5 C4 111.000 3.000
MAG C5 C6 H61 109.470 3.000
MAG C5 C6 H62 109.470 3.000
MAG C5 C6 O6 109.470 3.000
MAG H61 C6 H62 107.900 3.000
MAG H61 C6 O6 109.470 3.000
MAG H62 C6 O6 109.470 3.000
MAG C6 O6 HO6 109.470 3.000
MAG C5 C4 H4 108.340 3.000
MAG C5 C4 O4 109.470 3.000
MAG C5 C4 C3 111.000 3.000
MAG H4 C4 O4 109.470 3.000
MAG H4 C4 C3 108.340 3.000
MAG O4 C4 C3 109.470 3.000
MAG C4 O4 HO4 109.470 3.000
MAG C4 C3 H3 108.340 3.000
MAG C4 C3 O3 109.470 3.000
MAG C4 C3 C2 111.000 3.000
MAG H3 C3 O3 109.470 3.000
MAG H3 C3 C2 108.340 3.000
MAG O3 C3 C2 109.470 3.000
MAG C3 O3 HO3 109.470 3.000
MAG C3 C2 H2 108.340 3.000
MAG C3 C2 N2 110.000 3.000
MAG C3 C2 C1 111.000 3.000
MAG H2 C2 N2 108.550 3.000
MAG H2 C2 C1 108.340 3.000
MAG N2 C2 C1 110.000 3.000
MAG C2 N2 HN2 118.500 3.000
MAG C2 N2 C7 121.500 3.000
MAG HN2 N2 C7 120.000 3.000
MAG N2 C7 C8 116.500 3.000
MAG N2 C7 O7 123.000 3.000
MAG C8 C7 O7 123.000 3.000
MAG C7 C8 H83 109.470 3.000
MAG C7 C8 H82 109.470 3.000
MAG C7 C8 H81 109.470 3.000
MAG H83 C8 H82 109.470 3.000
MAG H83 C8 H81 109.470 3.000
MAG H82 C8 H81 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MAG var_1 O5 C1 O1 CM -59.824 20.000 1
MAG var_2 C1 O1 CM HM1 179.947 20.000 1
MAG var_3 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
MAG var_4 O5 C5 C6 O6 59.963 20.000 3
MAG var_5 C5 C6 O6 HO6 179.963 20.000 1
MAG var_6 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
MAG var_7 C5 C4 O4 HO4 -59.913 20.000 1
MAG var_8 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
MAG var_9 C4 C3 O3 HO3 60.017 20.000 1
MAG var_10 C4 C3 C2 N2 180.000 20.000 3
MAG var_11 C3 C2 C1 O5 60.000 20.000 3
MAG var_12 C3 C2 N2 C7 -150.013 20.000 3
MAG CONST_1 C2 N2 C7 O7 0.000 0.000 0
MAG var_13 N2 C7 C8 H81 -179.942 20.000 1
MAG var_1 C5 O5 C1 C2 0.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MAG chir_01 C1 C2 O1 O5 positiv
MAG chir_02 C2 C1 C3 N2 negativ
MAG chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
MAG chir_04 C4 C3 C5 O4 negativ
MAG chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
MAG plan-1 C7 0.020
MAG plan-1 C8 0.020
MAG plan-1 N2 0.020
MAG plan-1 O7 0.020
MAG plan-1 HN2 0.020
MAG plan-2 N2 0.020
MAG plan-2 C2 0.020
MAG plan-2 C7 0.020
MAG plan-2 HN2 0.020
# ------------------------------------------------------
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