1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MAI MAI 'DEOXO-METHYLARGININE ' non-polymer 30 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MAI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MAI OH O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
MAI HO H H 0.000 0.025 -0.960 0.110
MAI CF C CH1 0.000 -0.827 0.573 1.014
MAI HF H H 0.000 -0.856 1.665 0.890
MAI CJ C CH3 0.000 -0.254 0.233 2.391
MAI HJ3 H H 0.000 -0.866 0.658 3.144
MAI HJ2 H H 0.000 -0.225 -0.819 2.513
MAI HJ1 H H 0.000 0.728 0.623 2.473
MAI CA C CH1 0.000 -2.244 0.009 0.896
MAI HA H H 0.000 -2.214 -1.082 1.021
MAI N N NH2 0.000 -3.094 0.598 1.939
MAI HN2 H H 0.000 -2.690 1.197 2.651
MAI HN1A H H 0.000 -4.089 0.410 1.955
MAI CB C CH2 0.000 -2.817 0.348 -0.480
MAI HB1 H H 0.000 -2.184 -0.090 -1.255
MAI HB2 H H 0.000 -2.843 1.433 -0.605
MAI CG C CH2 0.000 -4.232 -0.215 -0.598
MAI HG1 H H 0.000 -4.863 0.224 0.178
MAI HG2 H H 0.000 -4.203 -1.299 -0.472
MAI CD C CH2 0.000 -4.805 0.125 -1.974
MAI HD1 H H 0.000 -4.172 -0.314 -2.749
MAI HD2 H H 0.000 -4.832 1.209 -2.099
MAI NE N NH1 0.000 -6.162 -0.414 -2.087
MAI HNE H H 0.000 -6.570 -0.920 -1.314
MAI CZ C C 0.000 -6.881 -0.232 -3.244
MAI NH2 N NH2 0.000 -8.154 -0.739 -3.351
MAI HN22 H H 0.000 -8.577 -1.251 -2.579
MAI HN21 H H 0.000 -8.697 -0.610 -4.203
MAI NH1 N N 0.000 -6.356 0.421 -4.241
MAI HN1 H H 0.000 -6.848 0.555 -5.057
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MAI OH n/a CF START
MAI HO OH . .
MAI CF OH CA .
MAI HF CF . .
MAI CJ CF HJ1 .
MAI HJ3 CJ . .
MAI HJ2 CJ . .
MAI HJ1 CJ . .
MAI CA CF CB .
MAI HA CA . .
MAI N CA HN1A .
MAI HN2 N . .
MAI HN1A N . .
MAI CB CA CG .
MAI HB1 CB . .
MAI HB2 CB . .
MAI CG CB CD .
MAI HG1 CG . .
MAI HG2 CG . .
MAI CD CG NE .
MAI HD1 CD . .
MAI HD2 CD . .
MAI NE CD CZ .
MAI HNE NE . .
MAI CZ NE NH1 .
MAI NH2 CZ HN21 .
MAI HN22 NH2 . .
MAI HN21 NH2 . .
MAI NH1 CZ HN1 .
MAI HN1 NH1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MAI N CA single 1.450 0.020
MAI HN1A N single 1.010 0.020
MAI HN2 N single 1.010 0.020
MAI CA CF single 1.524 0.020
MAI CB CA single 1.524 0.020
MAI HA CA single 1.099 0.020
MAI CJ CF single 1.524 0.020
MAI CF OH single 1.432 0.020
MAI HF CF single 1.099 0.020
MAI HJ1 CJ single 1.059 0.020
MAI HJ2 CJ single 1.059 0.020
MAI HJ3 CJ single 1.059 0.020
MAI CG CB single 1.524 0.020
MAI HB1 CB single 1.092 0.020
MAI HB2 CB single 1.092 0.020
MAI CD CG single 1.524 0.020
MAI HG1 CG single 1.092 0.020
MAI HG2 CG single 1.092 0.020
MAI NE CD single 1.450 0.020
MAI HD1 CD single 1.092 0.020
MAI HD2 CD single 1.092 0.020
MAI CZ NE single 1.330 0.020
MAI HNE NE single 1.010 0.020
MAI NH1 CZ double 1.260 0.020
MAI NH2 CZ single 1.332 0.020
MAI HN1 NH1 single 0.954 0.020
MAI HN21 NH2 single 1.010 0.020
MAI HN22 NH2 single 1.010 0.020
MAI HO OH single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MAI HO OH CF 109.470 3.000
MAI OH CF HF 109.470 3.000
MAI OH CF CJ 109.470 3.000
MAI OH CF CA 109.470 3.000
MAI HF CF CJ 108.340 3.000
MAI HF CF CA 108.340 3.000
MAI CJ CF CA 111.000 3.000
MAI CF CJ HJ3 109.470 3.000
MAI CF CJ HJ2 109.470 3.000
MAI CF CJ HJ1 109.470 3.000
MAI HJ3 CJ HJ2 109.470 3.000
MAI HJ3 CJ HJ1 109.470 3.000
MAI HJ2 CJ HJ1 109.470 3.000
MAI CF CA HA 108.340 3.000
MAI CF CA N 109.470 3.000
MAI CF CA CB 111.000 3.000
MAI HA CA N 109.470 3.000
MAI HA CA CB 108.340 3.000
MAI N CA CB 109.470 3.000
MAI CA N HN2 120.000 3.000
MAI CA N HN1A 120.000 3.000
MAI HN2 N HN1A 120.000 3.000
MAI CA CB HB1 109.470 3.000
MAI CA CB HB2 109.470 3.000
MAI CA CB CG 111.000 3.000
MAI HB1 CB HB2 107.900 3.000
MAI HB1 CB CG 109.470 3.000
MAI HB2 CB CG 109.470 3.000
MAI CB CG HG1 109.470 3.000
MAI CB CG HG2 109.470 3.000
MAI CB CG CD 111.000 3.000
MAI HG1 CG HG2 107.900 3.000
MAI HG1 CG CD 109.470 3.000
MAI HG2 CG CD 109.470 3.000
MAI CG CD HD1 109.470 3.000
MAI CG CD HD2 109.470 3.000
MAI CG CD NE 112.000 3.000
MAI HD1 CD HD2 107.900 3.000
MAI HD1 CD NE 109.470 3.000
MAI HD2 CD NE 109.470 3.000
MAI CD NE HNE 118.500 3.000
MAI CD NE CZ 121.500 3.000
MAI HNE NE CZ 120.000 3.000
MAI NE CZ NH2 120.000 3.000
MAI NE CZ NH1 120.000 3.000
MAI NH2 CZ NH1 120.000 3.000
MAI CZ NH2 HN22 120.000 3.000
MAI CZ NH2 HN21 120.000 3.000
MAI HN22 NH2 HN21 120.000 3.000
MAI CZ NH1 HN1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MAI var_1 HO OH CF CA -60.004 20.000 1
MAI var_2 OH CF CJ HJ1 59.960 20.000 3
MAI var_3 OH CF CA CB -59.967 20.000 3
MAI var_4 CF CA N HN1A 173.801 20.000 1
MAI var_5 CF CA CB CG -179.965 20.000 3
MAI var_6 CA CB CG CD 180.000 20.000 3
MAI var_7 CB CG CD NE -179.975 20.000 3
MAI var_8 CG CD NE CZ -179.980 20.000 3
MAI CONST_1 CD NE CZ NH1 0.000 0.000 0
MAI CONST_2 NE CZ NH2 HN21 180.000 0.000 0
MAI CONST_3 NE CZ NH1 HN1 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MAI chir_01 CA N CF CB positiv
MAI chir_02 CF CA CJ OH negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
MAI plan-1 N 0.020
MAI plan-1 CA 0.020
MAI plan-1 HN1A 0.020
MAI plan-1 HN2 0.020
MAI plan-2 NE 0.020
MAI plan-2 CD 0.020
MAI plan-2 CZ 0.020
MAI plan-2 HNE 0.020
MAI plan-3 CZ 0.020
MAI plan-3 NE 0.020
MAI plan-3 NH1 0.020
MAI plan-3 NH2 0.020
MAI plan-3 HN1 0.020
MAI plan-3 HNE 0.020
MAI plan-3 HN22 0.020
MAI plan-3 HN21 0.020
MAI plan-4 NH2 0.020
MAI plan-4 CZ 0.020
MAI plan-4 HN21 0.020
MAI plan-4 HN22 0.020
# ------------------------------------------------------
|
