1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MAJ MAJ 'indane-5-sulfonamide ' non-polymer 24 13 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MAJ
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MAJ O2 O OS 0.000 0.000 0.000 0.000
MAJ S1 S ST 0.000 -0.710 -1.122 0.506
MAJ O1 O OS 0.000 -0.494 -2.450 0.047
MAJ N1 N NH2 0.000 -0.448 -1.144 2.141
MAJ HN12 H H 0.000 0.480 -1.325 2.519
MAJ HN11 H H 0.000 -1.212 -0.976 2.795
MAJ C2 C CR6 0.000 -2.421 -0.783 0.256
MAJ C3 C CR16 0.000 -3.329 -1.823 0.180
MAJ H3 H H 0.000 -2.990 -2.847 0.274
MAJ C4 C CR16 0.000 -4.670 -1.554 -0.016
MAJ H4 H H 0.000 -5.381 -2.369 -0.073
MAJ C6 C CR6 0.000 -5.108 -0.246 -0.138
MAJ C7 C CH2 0.000 -6.500 0.306 -0.356
MAJ H71 H H 0.000 -7.078 0.310 0.571
MAJ H72 H H 0.000 -7.040 -0.259 -1.118
MAJ C8 C CH2 0.000 -6.290 1.756 -0.839
MAJ H81 H H 0.000 -7.052 2.443 -0.468
MAJ H82 H H 0.000 -6.228 1.837 -1.927
MAJ C9 C CH2 0.000 -4.921 2.115 -0.216
MAJ H91 H H 0.000 -5.038 2.589 0.761
MAJ H92 H H 0.000 -4.342 2.771 -0.870
MAJ C5 C CR6 0.000 -4.201 0.795 -0.056
MAJ C1 C CR16 0.000 -2.857 0.523 0.135
MAJ H1 H H 0.000 -2.144 1.336 0.188
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MAJ O2 n/a S1 START
MAJ S1 O2 C2 .
MAJ O1 S1 . .
MAJ N1 S1 HN11 .
MAJ HN12 N1 . .
MAJ HN11 N1 . .
MAJ C2 S1 C3 .
MAJ C3 C2 C4 .
MAJ H3 C3 . .
MAJ C4 C3 C6 .
MAJ H4 C4 . .
MAJ C6 C4 C7 .
MAJ C7 C6 C8 .
MAJ H71 C7 . .
MAJ H72 C7 . .
MAJ C8 C7 C9 .
MAJ H81 C8 . .
MAJ H82 C8 . .
MAJ C9 C8 C5 .
MAJ H91 C9 . .
MAJ H92 C9 . .
MAJ C5 C9 C1 .
MAJ C1 C5 H1 .
MAJ H1 C1 . END
MAJ C1 C2 . ADD
MAJ C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MAJ C8 C7 single 1.524 0.020
MAJ C7 C6 single 1.511 0.020
MAJ C9 C8 single 1.524 0.020
MAJ C6 C4 double 1.390 0.020
MAJ C5 C6 single 1.487 0.020
MAJ C4 C3 single 1.390 0.020
MAJ C5 C9 single 1.511 0.020
MAJ C1 C5 double 1.390 0.020
MAJ C3 C2 double 1.390 0.020
MAJ C1 C2 single 1.390 0.020
MAJ C2 S1 single 1.595 0.020
MAJ S1 O2 double 1.436 0.020
MAJ O1 S1 double 1.436 0.020
MAJ N1 S1 single 1.600 0.020
MAJ H1 C1 single 1.083 0.020
MAJ H3 C3 single 1.083 0.020
MAJ H4 C4 single 1.083 0.020
MAJ H71 C7 single 1.092 0.020
MAJ H72 C7 single 1.092 0.020
MAJ H81 C8 single 1.092 0.020
MAJ H82 C8 single 1.092 0.020
MAJ H91 C9 single 1.092 0.020
MAJ H92 C9 single 1.092 0.020
MAJ HN11 N1 single 1.010 0.020
MAJ HN12 N1 single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MAJ O2 S1 O1 109.500 3.000
MAJ O2 S1 N1 109.500 3.000
MAJ O2 S1 C2 109.500 3.000
MAJ O1 S1 N1 109.500 3.000
MAJ O1 S1 C2 109.500 3.000
MAJ N1 S1 C2 109.500 3.000
MAJ S1 N1 HN12 120.000 3.000
MAJ S1 N1 HN11 120.000 3.000
MAJ HN12 N1 HN11 120.000 3.000
MAJ S1 C2 C3 120.000 3.000
MAJ S1 C2 C1 120.000 3.000
MAJ C3 C2 C1 120.000 3.000
MAJ C2 C3 H3 120.000 3.000
MAJ C2 C3 C4 120.000 3.000
MAJ H3 C3 C4 120.000 3.000
MAJ C3 C4 H4 120.000 3.000
MAJ C3 C4 C6 120.000 3.000
MAJ H4 C4 C6 120.000 3.000
MAJ C4 C6 C7 120.000 3.000
MAJ C4 C6 C5 120.000 3.000
MAJ C7 C6 C5 120.000 3.000
MAJ C6 C7 H71 109.470 3.000
MAJ C6 C7 H72 109.470 3.000
MAJ C6 C7 C8 109.470 3.000
MAJ H71 C7 H72 107.900 3.000
MAJ H71 C7 C8 109.470 3.000
MAJ H72 C7 C8 109.470 3.000
MAJ C7 C8 H81 109.470 3.000
MAJ C7 C8 H82 109.470 3.000
MAJ C7 C8 C9 111.000 3.000
MAJ H81 C8 H82 107.900 3.000
MAJ H81 C8 C9 109.470 3.000
MAJ H82 C8 C9 109.470 3.000
MAJ C8 C9 H91 109.470 3.000
MAJ C8 C9 H92 109.470 3.000
MAJ C8 C9 C5 109.470 3.000
MAJ H91 C9 H92 107.900 3.000
MAJ H91 C9 C5 109.470 3.000
MAJ H92 C9 C5 109.470 3.000
MAJ C9 C5 C1 120.000 3.000
MAJ C9 C5 C6 120.000 3.000
MAJ C1 C5 C6 120.000 3.000
MAJ C5 C1 H1 120.000 3.000
MAJ C5 C1 C2 120.000 3.000
MAJ H1 C1 C2 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MAJ var_1 O2 S1 N1 HN11 113.473 20.000 1
MAJ var_2 O2 S1 C2 C3 156.386 20.000 1
MAJ CONST_1 S1 C2 C3 C4 180.000 0.000 0
MAJ CONST_2 C2 C3 C4 C6 0.000 0.000 0
MAJ CONST_3 C3 C4 C6 C7 180.000 0.000 0
MAJ var_3 C4 C6 C7 C8 -150.000 20.000 2
MAJ var_4 C6 C7 C8 C9 -30.000 20.000 3
MAJ var_5 C7 C8 C9 C5 30.000 20.000 3
MAJ var_6 C8 C9 C5 C1 150.000 20.000 2
MAJ CONST_4 C9 C5 C6 C4 180.000 0.000 0
MAJ CONST_5 C9 C5 C1 C2 180.000 0.000 0
MAJ CONST_6 C5 C1 C2 S1 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MAJ chir_01 S1 C2 O1 O2 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
MAJ plan-1 C1 0.020
MAJ plan-1 C2 0.020
MAJ plan-1 C5 0.020
MAJ plan-1 H1 0.020
MAJ plan-1 C3 0.020
MAJ plan-1 C4 0.020
MAJ plan-1 C6 0.020
MAJ plan-1 S1 0.020
MAJ plan-1 H3 0.020
MAJ plan-1 H4 0.020
MAJ plan-1 C9 0.020
MAJ plan-1 C7 0.020
MAJ plan-2 N1 0.020
MAJ plan-2 S1 0.020
MAJ plan-2 HN11 0.020
MAJ plan-2 HN12 0.020
# ------------------------------------------------------
|
