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|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
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loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MAL MAL 'MALTOSE ' saccharide 45 23 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MAL
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MAL "O6'" O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
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MAL "H6'2" H H 0.000 -1.360 1.463 -0.532
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MAL "C1'" C CH1 0.000 -2.322 0.712 3.278
MAL "H1'" H H 0.000 -1.844 1.232 4.120
MAL "O1'" O OH1 0.000 -2.248 -0.700 3.488
MAL "HO1'" H H 0.000 -1.321 -0.968 3.546
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MAL "C3'" C CH1 0.000 -4.455 0.380 2.029
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MAL "O2'" O OH1 0.000 -4.456 0.824 4.408
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MAL H1 H H 0.000 -5.849 0.947 -0.069
MAL O5 O O2 0.000 -4.740 1.541 -1.714
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MAL H5 H H 0.000 -3.072 0.367 -2.064
MAL C6 C CH2 0.000 -3.112 2.048 -3.421
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MAL C4 C CH1 0.000 -4.565 0.023 -3.587
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MAL O4 O OH1 0.000 -3.640 -0.547 -4.516
MAL HO4 H H 0.000 -4.112 -1.138 -5.119
MAL C3 C CH1 0.000 -5.238 -1.095 -2.783
MAL H3 H H 0.000 -4.470 -1.732 -2.322
MAL O3 O OH1 0.000 -6.060 -1.883 -3.647
MAL HO3 H H 0.000 -6.492 -2.578 -3.134
MAL C2 C CH1 0.000 -6.102 -0.458 -1.690
MAL H2 H H 0.000 -6.932 0.094 -2.153
MAL O2 O OH1 0.000 -6.624 -1.478 -0.836
MAL HO2 H H 0.000 -7.164 -1.072 -0.144
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MAL "O6'" n/a "C6'" START
MAL "HO6'" "O6'" . .
MAL "C6'" "O6'" "C5'" .
MAL "H6'1" "C6'" . .
MAL "H6'2" "C6'" . .
MAL "C5'" "C6'" "C4'" .
MAL "H5'" "C5'" . .
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MAL "C1'" "O5'" "O1'" .
MAL "H1'" "C1'" . .
MAL "O1'" "C1'" "HO1'" .
MAL "HO1'" "O1'" . .
MAL "C4'" "C5'" O1 .
MAL "H4'" "C4'" . .
MAL "C3'" "C4'" "C2'" .
MAL "H3'" "C3'" . .
MAL "O3'" "C3'" "HO3'" .
MAL "HO3'" "O3'" . .
MAL "C2'" "C3'" "O2'" .
MAL "H2'" "C2'" . .
MAL "O2'" "C2'" "HO2'" .
MAL "HO2'" "O2'" . .
MAL O1 "C4'" C1 .
MAL C1 O1 O5 .
MAL H1 C1 . .
MAL O5 C1 C5 .
MAL C5 O5 C4 .
MAL H5 C5 . .
MAL C6 C5 O6 .
MAL H61 C6 . .
MAL H62 C6 . .
MAL O6 C6 HO6 .
MAL HO6 O6 . .
MAL C4 C5 C3 .
MAL H4 C4 . .
MAL O4 C4 HO4 .
MAL HO4 O4 . .
MAL C3 C4 C2 .
MAL H3 C3 . .
MAL O3 C3 HO3 .
MAL HO3 O3 . .
MAL C2 C3 O2 .
MAL H2 C2 . .
MAL O2 C2 HO2 .
MAL HO2 O2 . END
MAL C1 C2 . ADD
MAL "C1'" "C2'" . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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MAL "H2'" "C2'" single 1.099 0.020
MAL "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
MAL "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
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MAL "O5'" "C5'" single 1.426 0.020
MAL "H5'" "C5'" single 1.099 0.020
MAL "C6'" "O6'" single 1.432 0.020
MAL "H6'1" "C6'" single 1.092 0.020
MAL "H6'2" "C6'" single 1.092 0.020
MAL "HO1'" "O1'" single 0.967 0.020
MAL "HO2'" "O2'" single 0.967 0.020
MAL "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
MAL "HO6'" "O6'" single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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MAL "O6'" "C6'" "H6'1" 109.470 3.000
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MAL C1 O5 C5 111.800 3.000
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MAL C2 O2 HO2 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MAL var_1 "HO6'" "O6'" "C6'" "C5'" -179.987 20.000 1
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MAL var_11 "C3'" "C2'" "O2'" "HO2'" 179.968 20.000 1
MAL var_12 "C5'" "C4'" O1 C1 -156.977 20.000 1
MAL var_13 "C4'" O1 C1 O5 77.149 20.000 1
MAL var_14 O1 C1 C2 C3 -60.000 20.000 3
MAL var_15 O1 C1 O5 C5 60.000 20.000 1
MAL var_16 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
MAL var_17 O5 C5 C6 O6 59.831 20.000 3
MAL var_18 C5 C6 O6 HO6 179.986 20.000 1
MAL var_19 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
MAL var_20 C5 C4 O4 HO4 179.496 20.000 1
MAL var_21 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
MAL var_22 C4 C3 O3 HO3 -179.195 20.000 1
MAL var_23 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
MAL var_24 C3 C2 O2 HO2 179.581 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MAL chir_01 C1 C2 O1 O5 negativ
MAL chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
MAL chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
MAL chir_04 C4 C3 C5 O4 negativ
MAL chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
MAL chir_06 "C1'" "C2'" "O1'" "O5'" negativ
MAL chir_07 "C2'" "C1'" "C3'" "O2'" negativ
MAL chir_08 "C3'" "C2'" "C4'" "O3'" positiv
MAL chir_09 "C4'" O1 "C3'" "C5'" negativ
MAL chir_10 "C5'" "C4'" "C6'" "O5'" negativ
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