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204
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MAN MAN 'ALPHA-D-MANNOSE ' pyranose 24 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MAN
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MAN C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
MAN H1 H H 0.000 0.894 0.567 -0.296
MAN O1 O OH1 0.000 0.210 -1.388 -0.263
MAN HO1 H H 0.000 0.378 -1.514 -1.207
MAN O5 O O2 0.000 -1.123 0.460 -0.749
MAN C5 C CH1 0.000 -2.213 -0.414 -0.471
MAN H5 H H 0.000 -1.900 -1.454 -0.642
MAN C6 C CH2 0.000 -3.384 -0.077 -1.398
MAN H61 H H 0.000 -3.696 0.955 -1.228
MAN H62 H H 0.000 -4.219 -0.748 -1.186
MAN O6 O OH1 0.000 -2.976 -0.236 -2.757
MAN HO6 H H 0.000 -3.740 -0.014 -3.307
MAN C4 C CH1 0.000 -2.653 -0.248 0.984
MAN H4 H H 0.000 -2.942 0.797 1.164
MAN O4 O OH1 0.000 -3.764 -1.105 1.251
MAN HO4 H H 0.000 -4.035 -1.002 2.173
MAN C3 C CH1 0.000 -1.485 -0.622 1.903
MAN H3 H H 0.000 -1.262 -1.693 1.800
MAN O3 O OH1 0.000 -1.826 -0.331 3.260
MAN HO3 H H 0.000 -1.082 -0.556 3.835
MAN C2 C CH1 0.000 -0.257 0.199 1.495
MAN H2 H H 0.000 0.618 -0.138 2.068
MAN O2 O OH1 0.000 -0.497 1.582 1.758
MAN HO2 H H 0.000 0.276 2.099 1.493
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MAN C1 n/a O5 START
MAN H1 C1 . .
MAN O1 C1 HO1 .
MAN HO1 O1 . .
MAN O5 C1 . END
MAN C5 O5 C4 .
MAN H5 C5 . .
MAN C6 C5 O6 .
MAN H61 C6 . .
MAN H62 C6 . .
MAN O6 C6 . .
MAN HO6 O6 . .
MAN C4 C5 C3 .
MAN H4 C4 . .
MAN O4 C4 HO4 .
MAN HO4 O4 . .
MAN C3 C4 C2 .
MAN H3 C3 . .
MAN O3 C3 HO3 .
MAN HO3 O3 . .
MAN C2 C3 O2 .
MAN H2 C2 . .
MAN O2 C2 HO2 .
MAN HO2 O2 . .
MAN C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MAN C1 C2 single 1.524 0.020
MAN O1 C1 single 1.432 0.020
MAN O5 C1 single 1.426 0.020
MAN H1 C1 single 1.099 0.020
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MAN H2 C2 single 1.099 0.020
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MAN H3 C3 single 1.099 0.020
MAN C4 C5 single 1.524 0.020
MAN O4 C4 single 1.432 0.020
MAN H4 C4 single 1.099 0.020
MAN C6 C5 single 1.524 0.020
MAN C5 O5 single 1.426 0.020
MAN H5 C5 single 1.099 0.020
MAN O6 C6 single 1.432 0.020
MAN H61 C6 single 1.092 0.020
MAN H62 C6 single 1.092 0.020
MAN HO1 O1 single 0.967 0.020
MAN HO2 O2 single 0.967 0.020
MAN HO3 O3 single 0.967 0.020
MAN HO4 O4 single 0.967 0.020
MAN HO6 O6 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MAN H1 C1 O1 109.470 3.000
MAN H1 C1 O5 109.470 3.000
MAN O1 C1 O5 109.470 3.000
MAN H1 C1 C2 108.340 3.000
MAN O1 C1 C2 109.470 3.000
MAN O5 C1 C2 109.470 3.000
MAN C1 O1 HO1 109.470 3.000
MAN C1 O5 C5 111.800 3.000
MAN O5 C5 H5 109.470 3.000
MAN O5 C5 C6 109.470 3.000
MAN O5 C5 C4 109.470 3.000
MAN H5 C5 C6 108.340 3.000
MAN H5 C5 C4 108.340 3.000
MAN C6 C5 C4 111.000 3.000
MAN C5 C6 H61 109.470 3.000
MAN C5 C6 H62 109.470 3.000
MAN C5 C6 O6 109.470 3.000
MAN H61 C6 H62 107.900 3.000
MAN H61 C6 O6 109.470 3.000
MAN H62 C6 O6 109.470 3.000
MAN C6 O6 HO6 109.470 3.000
MAN C5 C4 H4 108.340 3.000
MAN C5 C4 O4 109.470 3.000
MAN C5 C4 C3 111.000 3.000
MAN H4 C4 O4 109.470 3.000
MAN H4 C4 C3 108.340 3.000
MAN O4 C4 C3 109.470 3.000
MAN C4 O4 HO4 109.470 3.000
MAN C4 C3 H3 108.340 3.000
MAN C4 C3 O3 109.470 3.000
MAN C4 C3 C2 111.000 3.000
MAN H3 C3 O3 109.470 3.000
MAN H3 C3 C2 108.340 3.000
MAN O3 C3 C2 109.470 3.000
MAN C3 O3 HO3 109.470 3.000
MAN C3 C2 H2 108.340 3.000
MAN C3 C2 O2 109.470 3.000
MAN C3 C2 C1 111.000 3.000
MAN H2 C2 O2 109.470 3.000
MAN H2 C2 C1 108.340 3.000
MAN O2 C2 C1 109.470 3.000
MAN C2 O2 HO2 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MAN var_1 O5 C1 O1 HO1 60.045 20.000 1
MAN var_2 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
MAN var_3 O5 C5 C6 O6 59.817 20.000 3
MAN var_4 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
MAN var_5 C5 C4 O4 HO4 179.577 20.000 1
MAN var_6 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
MAN var_7 C4 C3 O3 HO3 -179.209 20.000 1
MAN var_8 C4 C3 C2 O2 60.000 20.000 3
MAN var_9 C3 C2 C1 O5 60.000 20.000 3
MAN var_10 C3 C2 O2 HO2 -179.538 20.000 1
MAN var_1 C5 O5 C1 C2 -60.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MAN chir_01 C1 C2 O1 O5 negativ
MAN chir_02 C2 C1 C3 O2 positiv
MAN chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
MAN chir_04 C4 C3 C5 O4 negativ
MAN chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
# ------------------------------------------------------
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