1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
ME2 ME2 '1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE ' non-polymer 26 10 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_ME2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
ME2 C1 C CH3 0.000 0.000 0.000 0.000
ME2 H11 H H 0.000 0.380 0.894 -0.423
ME2 H12 H H 0.000 0.761 -0.474 0.565
ME2 H13 H H 0.000 -0.320 -0.648 -0.774
ME2 O1 O O2 0.000 -1.105 0.307 0.852
ME2 C2 C CH2 0.000 -1.570 -0.932 1.388
ME2 H21 H H 0.000 -0.765 -1.409 1.952
ME2 H22 H H 0.000 -1.879 -1.588 0.572
ME2 C3 C CH2 0.000 -2.759 -0.672 2.315
ME2 H31 H H 0.000 -2.448 -0.016 3.131
ME2 H32 H H 0.000 -3.113 -1.620 2.727
ME2 O2 O O2 0.000 -3.812 -0.049 1.575
ME2 C4 C CH2 0.000 -4.887 0.164 2.490
ME2 H41 H H 0.000 -4.549 0.809 3.304
ME2 H42 H H 0.000 -5.213 -0.795 2.898
ME2 C5 C CH2 0.000 -6.054 0.833 1.759
ME2 H51 H H 0.000 -5.726 1.791 1.351
ME2 H52 H H 0.000 -6.875 0.998 2.459
ME2 O3 O O2 0.000 -6.495 -0.012 0.695
ME2 C6 C CH2 0.000 -7.579 0.662 0.054
ME2 H61 H H 0.000 -7.231 1.623 -0.332
ME2 H62 H H 0.000 -8.380 0.830 0.776
ME2 C7 C CH3 0.000 -8.101 -0.193 -1.102
ME2 H73 H H 0.000 -7.324 -0.357 -1.804
ME2 H72 H H 0.000 -8.440 -1.126 -0.730
ME2 H71 H H 0.000 -8.905 0.306 -1.580
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
ME2 C1 n/a O1 START
ME2 H11 C1 . .
ME2 H12 C1 . .
ME2 H13 C1 . .
ME2 O1 C1 C2 .
ME2 C2 O1 C3 .
ME2 H21 C2 . .
ME2 H22 C2 . .
ME2 C3 C2 O2 .
ME2 H31 C3 . .
ME2 H32 C3 . .
ME2 O2 C3 C4 .
ME2 C4 O2 C5 .
ME2 H41 C4 . .
ME2 H42 C4 . .
ME2 C5 C4 O3 .
ME2 H51 C5 . .
ME2 H52 C5 . .
ME2 O3 C5 C6 .
ME2 C6 O3 C7 .
ME2 H61 C6 . .
ME2 H62 C6 . .
ME2 C7 C6 H71 .
ME2 H73 C7 . .
ME2 H72 C7 . .
ME2 H71 C7 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
ME2 C7 C6 single 1.513 0.020
ME2 H71 C7 single 1.059 0.020
ME2 H72 C7 single 1.059 0.020
ME2 H73 C7 single 1.059 0.020
ME2 C6 O3 single 1.426 0.020
ME2 H61 C6 single 1.092 0.020
ME2 H62 C6 single 1.092 0.020
ME2 O3 C5 single 1.426 0.020
ME2 C5 C4 single 1.524 0.020
ME2 H51 C5 single 1.092 0.020
ME2 H52 C5 single 1.092 0.020
ME2 C4 O2 single 1.426 0.020
ME2 H41 C4 single 1.092 0.020
ME2 H42 C4 single 1.092 0.020
ME2 O2 C3 single 1.426 0.020
ME2 C3 C2 single 1.524 0.020
ME2 H31 C3 single 1.092 0.020
ME2 H32 C3 single 1.092 0.020
ME2 C2 O1 single 1.426 0.020
ME2 H21 C2 single 1.092 0.020
ME2 H22 C2 single 1.092 0.020
ME2 O1 C1 single 1.426 0.020
ME2 H11 C1 single 1.059 0.020
ME2 H12 C1 single 1.059 0.020
ME2 H13 C1 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
ME2 H11 C1 H12 109.470 3.000
ME2 H11 C1 H13 109.470 3.000
ME2 H12 C1 H13 109.470 3.000
ME2 H11 C1 O1 109.470 3.000
ME2 H12 C1 O1 109.470 3.000
ME2 H13 C1 O1 109.470 3.000
ME2 C1 O1 C2 111.800 3.000
ME2 O1 C2 H21 109.470 3.000
ME2 O1 C2 H22 109.470 3.000
ME2 O1 C2 C3 109.470 3.000
ME2 H21 C2 H22 107.900 3.000
ME2 H21 C2 C3 109.470 3.000
ME2 H22 C2 C3 109.470 3.000
ME2 C2 C3 H31 109.470 3.000
ME2 C2 C3 H32 109.470 3.000
ME2 C2 C3 O2 109.470 3.000
ME2 H31 C3 H32 107.900 3.000
ME2 H31 C3 O2 109.470 3.000
ME2 H32 C3 O2 109.470 3.000
ME2 C3 O2 C4 111.800 3.000
ME2 O2 C4 H41 109.470 3.000
ME2 O2 C4 H42 109.470 3.000
ME2 O2 C4 C5 109.470 3.000
ME2 H41 C4 H42 107.900 3.000
ME2 H41 C4 C5 109.470 3.000
ME2 H42 C4 C5 109.470 3.000
ME2 C4 C5 H51 109.470 3.000
ME2 C4 C5 H52 109.470 3.000
ME2 C4 C5 O3 109.470 3.000
ME2 H51 C5 H52 107.900 3.000
ME2 H51 C5 O3 109.470 3.000
ME2 H52 C5 O3 109.470 3.000
ME2 C5 O3 C6 111.800 3.000
ME2 O3 C6 H61 109.470 3.000
ME2 O3 C6 H62 109.470 3.000
ME2 O3 C6 C7 109.470 3.000
ME2 H61 C6 H62 107.900 3.000
ME2 H61 C6 C7 109.470 3.000
ME2 H62 C6 C7 109.470 3.000
ME2 C6 C7 H73 109.470 3.000
ME2 C6 C7 H72 109.470 3.000
ME2 C6 C7 H71 109.470 3.000
ME2 H73 C7 H72 109.470 3.000
ME2 H73 C7 H71 109.470 3.000
ME2 H72 C7 H71 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
ME2 var_1 H13 C1 O1 C2 59.977 20.000 1
ME2 var_2 C1 O1 C2 C3 179.984 20.000 1
ME2 var_3 O1 C2 C3 O2 60.051 20.000 3
ME2 var_4 C2 C3 O2 C4 179.936 20.000 1
ME2 var_5 C3 O2 C4 C5 179.995 20.000 1
ME2 var_6 O2 C4 C5 O3 60.046 20.000 3
ME2 var_7 C4 C5 O3 C6 -179.979 20.000 1
ME2 var_8 C5 O3 C6 C7 -179.998 20.000 1
ME2 var_9 O3 C6 C7 H71 -179.982 20.000 3
# ------------------------------------------------------
|
