1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MEI MEI '(2E,4E)-11-METHOXY-3,7,11-TRIMETHYLD' non-polymer 46 19 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MEI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MEI O3 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
MEI C16 C C 0.000 -0.239 -0.541 1.102
MEI O2 O OC -0.500 0.667 -0.641 1.959
MEI C15 C C1 0.000 -1.537 -1.040 1.379
MEI H15 H H 0.000 -1.773 -1.406 2.364
MEI C13 C C 0.000 -2.478 -1.057 0.407
MEI C14 C CH3 0.000 -2.075 -0.873 -1.034
MEI H143 H H 0.000 -2.447 -1.681 -1.611
MEI H142 H H 0.000 -2.477 0.036 -1.401
MEI H141 H H 0.000 -1.019 -0.846 -1.106
MEI C12 C C1 0.000 -3.886 -1.253 0.755
MEI H12 H H 0.000 -4.173 -1.384 1.784
MEI C11 C C1 0.000 -4.813 -1.271 -0.204
MEI H11 H H 0.000 -4.525 -1.140 -1.234
MEI C10 C CH2 0.000 -6.263 -1.472 0.153
MEI H101 H H 0.000 -6.369 -1.498 1.240
MEI H102 H H 0.000 -6.613 -2.417 -0.268
MEI C8 C CH1 0.000 -7.094 -0.320 -0.414
MEI H8 H H 0.000 -6.685 0.637 -0.060
MEI C9 C CH3 0.000 -7.045 -0.361 -1.943
MEI H93 H H 0.000 -7.440 -1.282 -2.285
MEI H92 H H 0.000 -7.620 0.437 -2.337
MEI H91 H H 0.000 -6.041 -0.266 -2.268
MEI C7 C CH2 0.000 -8.544 -0.459 0.054
MEI H71 H H 0.000 -8.570 -0.520 1.144
MEI H72 H H 0.000 -8.977 -1.367 -0.371
MEI C6 C CH2 0.000 -9.348 0.758 -0.410
MEI H61 H H 0.000 -9.320 0.818 -1.500
MEI H62 H H 0.000 -8.912 1.665 0.014
MEI C5 C CH2 0.000 -10.798 0.620 0.058
MEI H51 H H 0.000 -10.824 0.559 1.148
MEI H52 H H 0.000 -11.232 -0.288 -0.367
MEI C2 C CT 0.000 -11.601 1.836 -0.406
MEI C4 C CH3 0.000 -13.019 1.760 0.166
MEI H43 H H 0.000 -12.971 1.640 1.218
MEI H42 H H 0.000 -13.542 2.652 -0.063
MEI H41 H H 0.000 -13.528 0.934 -0.259
MEI C3 C CH3 0.000 -10.920 3.115 0.087
MEI H33 H H 0.000 -10.733 3.039 1.127
MEI H32 H H 0.000 -10.003 3.249 -0.426
MEI H31 H H 0.000 -11.551 3.946 -0.096
MEI O1 O O2 0.000 -11.664 1.850 -1.833
MEI C1 C CH3 0.000 -12.384 3.028 -2.204
MEI H13 H H 0.000 -12.430 3.098 -3.260
MEI H12A H H 0.000 -13.367 2.981 -1.811
MEI H11A H H 0.000 -11.890 3.881 -1.815
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MEI O3 n/a C16 START
MEI C16 O3 C15 .
MEI O2 C16 . .
MEI C15 C16 C13 .
MEI H15 C15 . .
MEI C13 C15 C12 .
MEI C14 C13 H141 .
MEI H143 C14 . .
MEI H142 C14 . .
MEI H141 C14 . .
MEI C12 C13 C11 .
MEI H12 C12 . .
MEI C11 C12 C10 .
MEI H11 C11 . .
MEI C10 C11 C8 .
MEI H101 C10 . .
MEI H102 C10 . .
MEI C8 C10 C7 .
MEI H8 C8 . .
MEI C9 C8 H91 .
MEI H93 C9 . .
MEI H92 C9 . .
MEI H91 C9 . .
MEI C7 C8 C6 .
MEI H71 C7 . .
MEI H72 C7 . .
MEI C6 C7 C5 .
MEI H61 C6 . .
MEI H62 C6 . .
MEI C5 C6 C2 .
MEI H51 C5 . .
MEI H52 C5 . .
MEI C2 C5 O1 .
MEI C4 C2 H41 .
MEI H43 C4 . .
MEI H42 C4 . .
MEI H41 C4 . .
MEI C3 C2 H31 .
MEI H33 C3 . .
MEI H32 C3 . .
MEI H31 C3 . .
MEI O1 C2 C1 .
MEI C1 O1 H11A .
MEI H13 C1 . .
MEI H12A C1 . .
MEI H11A C1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MEI C1 O1 single 1.426 0.020
MEI H11A C1 single 1.059 0.020
MEI H12A C1 single 1.059 0.020
MEI H13 C1 single 1.059 0.020
MEI O1 C2 single 1.426 0.020
MEI C3 C2 single 1.524 0.020
MEI C4 C2 single 1.524 0.020
MEI C2 C5 single 1.524 0.020
MEI H31 C3 single 1.059 0.020
MEI H32 C3 single 1.059 0.020
MEI H33 C3 single 1.059 0.020
MEI H41 C4 single 1.059 0.020
MEI H42 C4 single 1.059 0.020
MEI H43 C4 single 1.059 0.020
MEI C5 C6 single 1.524 0.020
MEI H51 C5 single 1.092 0.020
MEI H52 C5 single 1.092 0.020
MEI C6 C7 single 1.524 0.020
MEI H61 C6 single 1.092 0.020
MEI H62 C6 single 1.092 0.020
MEI C7 C8 single 1.524 0.020
MEI H71 C7 single 1.092 0.020
MEI H72 C7 single 1.092 0.020
MEI C9 C8 single 1.524 0.020
MEI C8 C10 single 1.524 0.020
MEI H8 C8 single 1.099 0.020
MEI H91 C9 single 1.059 0.020
MEI H92 C9 single 1.059 0.020
MEI H93 C9 single 1.059 0.020
MEI C10 C11 single 1.510 0.020
MEI H101 C10 single 1.092 0.020
MEI H102 C10 single 1.092 0.020
MEI C11 C12 double 1.330 0.020
MEI H11 C11 single 1.077 0.020
MEI C12 C13 single 1.475 0.020
MEI H12 C12 single 1.077 0.020
MEI C14 C13 single 1.500 0.020
MEI C13 C15 double 1.340 0.020
MEI H141 C14 single 1.059 0.020
MEI H142 C14 single 1.059 0.020
MEI H143 C14 single 1.059 0.020
MEI C15 C16 single 1.475 0.020
MEI H15 C15 single 1.077 0.020
MEI O2 C16 deloc 1.250 0.020
MEI C16 O3 deloc 1.250 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MEI O3 C16 O2 123.000 3.000
MEI O3 C16 C15 120.000 3.000
MEI O2 C16 C15 120.000 3.000
MEI C16 C15 H15 120.000 3.000
MEI C16 C15 C13 120.000 3.000
MEI H15 C15 C13 120.000 3.000
MEI C15 C13 C14 120.000 3.000
MEI C15 C13 C12 120.000 3.000
MEI C14 C13 C12 120.000 3.000
MEI C13 C14 H143 109.470 3.000
MEI C13 C14 H142 109.470 3.000
MEI C13 C14 H141 109.470 3.000
MEI H143 C14 H142 109.470 3.000
MEI H143 C14 H141 109.470 3.000
MEI H142 C14 H141 109.470 3.000
MEI C13 C12 H12 120.000 3.000
MEI C13 C12 C11 120.000 3.000
MEI H12 C12 C11 120.000 3.000
MEI C12 C11 H11 120.000 3.000
MEI C12 C11 C10 120.000 3.000
MEI H11 C11 C10 120.000 3.000
MEI C11 C10 H101 109.470 3.000
MEI C11 C10 H102 109.470 3.000
MEI C11 C10 C8 109.470 3.000
MEI H101 C10 H102 107.900 3.000
MEI H101 C10 C8 109.470 3.000
MEI H102 C10 C8 109.470 3.000
MEI C10 C8 H8 108.340 3.000
MEI C10 C8 C9 111.000 3.000
MEI C10 C8 C7 109.470 3.000
MEI H8 C8 C9 108.340 3.000
MEI H8 C8 C7 108.340 3.000
MEI C9 C8 C7 111.000 3.000
MEI C8 C9 H93 109.470 3.000
MEI C8 C9 H92 109.470 3.000
MEI C8 C9 H91 109.470 3.000
MEI H93 C9 H92 109.470 3.000
MEI H93 C9 H91 109.470 3.000
MEI H92 C9 H91 109.470 3.000
MEI C8 C7 H71 109.470 3.000
MEI C8 C7 H72 109.470 3.000
MEI C8 C7 C6 111.000 3.000
MEI H71 C7 H72 107.900 3.000
MEI H71 C7 C6 109.470 3.000
MEI H72 C7 C6 109.470 3.000
MEI C7 C6 H61 109.470 3.000
MEI C7 C6 H62 109.470 3.000
MEI C7 C6 C5 111.000 3.000
MEI H61 C6 H62 107.900 3.000
MEI H61 C6 C5 109.470 3.000
MEI H62 C6 C5 109.470 3.000
MEI C6 C5 H51 109.470 3.000
MEI C6 C5 H52 109.470 3.000
MEI C6 C5 C2 111.000 3.000
MEI H51 C5 H52 107.900 3.000
MEI H51 C5 C2 109.470 3.000
MEI H52 C5 C2 109.470 3.000
MEI C5 C2 C4 111.000 3.000
MEI C5 C2 C3 111.000 3.000
MEI C5 C2 O1 109.470 3.000
MEI C4 C2 C3 111.000 3.000
MEI C4 C2 O1 109.470 3.000
MEI C3 C2 O1 109.470 3.000
MEI C2 C4 H43 109.470 3.000
MEI C2 C4 H42 109.470 3.000
MEI C2 C4 H41 109.470 3.000
MEI H43 C4 H42 109.470 3.000
MEI H43 C4 H41 109.470 3.000
MEI H42 C4 H41 109.470 3.000
MEI C2 C3 H33 109.470 3.000
MEI C2 C3 H32 109.470 3.000
MEI C2 C3 H31 109.470 3.000
MEI H33 C3 H32 109.470 3.000
MEI H33 C3 H31 109.470 3.000
MEI H32 C3 H31 109.470 3.000
MEI C2 O1 C1 120.000 3.000
MEI O1 C1 H13 109.470 3.000
MEI O1 C1 H12A 109.470 3.000
MEI O1 C1 H11A 109.470 3.000
MEI H13 C1 H12A 109.470 3.000
MEI H13 C1 H11A 109.470 3.000
MEI H12A C1 H11A 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MEI var_1 O3 C16 C15 C13 6.783 20.000 1
MEI CONST_1 C16 C15 C13 C12 -164.957 0.000 0
MEI var_2 C15 C13 C14 H141 5.797 20.000 1
MEI var_3 C15 C13 C12 C11 -179.968 20.000 1
MEI CONST_2 C13 C12 C11 C10 -179.958 0.000 0
MEI var_4 C12 C11 C10 C8 124.942 20.000 1
MEI var_5 C11 C10 C8 C7 -175.006 20.000 3
MEI var_6 C10 C8 C9 H91 -59.967 20.000 3
MEI var_7 C10 C8 C7 C6 175.040 20.000 3
MEI var_8 C8 C7 C6 C5 -179.988 20.000 3
MEI var_9 C7 C6 C5 C2 179.991 20.000 3
MEI var_10 C6 C5 C2 O1 65.000 20.000 1
MEI var_11 C5 C2 C4 H41 -66.275 20.000 1
MEI var_12 C5 C2 C3 H31 -170.992 20.000 1
MEI var_13 C5 C2 O1 C1 -178.063 20.000 1
MEI var_14 C2 O1 C1 H11A 58.197 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MEI chir_01 C2 O1 C3 C4 negativ
MEI chir_02 C8 C7 C9 C10 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
MEI plan-1 C11 0.020
MEI plan-1 C10 0.020
MEI plan-1 C12 0.020
MEI plan-1 H11 0.020
MEI plan-1 C13 0.020
MEI plan-1 H12 0.020
MEI plan-2 C13 0.020
MEI plan-2 C12 0.020
MEI plan-2 C14 0.020
MEI plan-2 C15 0.020
MEI plan-2 C16 0.020
MEI plan-2 H15 0.020
MEI plan-2 H12 0.020
MEI plan-3 C16 0.020
MEI plan-3 C15 0.020
MEI plan-3 O2 0.020
MEI plan-3 O3 0.020
MEI plan-3 H15 0.020
# ------------------------------------------------------
|
