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200
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MIR MIR 'Monoethylphosphorylserine ' peptide 23 13 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MIR
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MIR N N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
MIR HN1 H H 0.000 0.807 -0.457 -0.409
MIR HN2 H H 0.000 -0.028 1.012 0.045
MIR CA C CH1 0.000 -1.119 -0.796 0.522
MIR HA H H 0.000 -1.195 -0.653 1.609
MIR CB C CH2 0.000 -2.420 -0.345 -0.145
MIR HB H H 0.000 -3.237 -0.996 0.174
MIR HBA H H 0.000 -2.313 -0.404 -1.230
MIR OG O O2 0.000 -2.707 1.002 0.235
MIR P P P 0.000 -4.006 1.802 -0.284
MIR O1P O OP -0.500 -5.229 1.152 0.247
MIR O2P O OP -0.500 -4.038 1.783 -1.766
MIR O3P O O2 0.000 -3.940 3.325 0.234
MIR C1 C CH2 0.000 -4.894 4.318 -0.146
MIR H1 H H 0.000 -5.891 4.005 0.173
MIR H1A H H 0.000 -4.882 4.438 -1.231
MIR C2 C CH3 0.000 -4.539 5.649 0.520
MIR H2B H H 0.000 -3.572 5.955 0.211
MIR H2A H H 0.000 -5.246 6.388 0.240
MIR H2 H H 0.000 -4.550 5.535 1.574
MIR C C C 0.000 -0.881 -2.254 0.222
MIR O O OC -0.500 -0.080 -2.584 -0.680
MIR OXT O OC -0.500 -1.484 -3.134 0.876
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MIR N n/a CA START
MIR HN1 N . .
MIR HN2 N . .
MIR CA N C .
MIR HA CA . .
MIR CB CA OG .
MIR HB CB . .
MIR HBA CB . .
MIR OG CB P .
MIR P OG O3P .
MIR O1P P . .
MIR O2P P . .
MIR O3P P C1 .
MIR C1 O3P C2 .
MIR H1 C1 . .
MIR H1A C1 . .
MIR C2 C1 H2 .
MIR H2B C2 . .
MIR H2A C2 . .
MIR H2 C2 . .
MIR C CA . END
MIR O C . .
MIR OXT C . .
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MIR CA N single 1.450 0.020
MIR C CA single 1.500 0.020
MIR CB CA single 1.524 0.020
MIR HA CA single 1.099 0.020
MIR OG CB single 1.426 0.020
MIR HB CB single 1.092 0.020
MIR HBA CB single 1.092 0.020
MIR P OG single 1.610 0.020
MIR O2P P deloc 1.510 0.020
MIR O1P P deloc 1.510 0.020
MIR O3P P single 1.610 0.020
MIR C1 O3P single 1.426 0.020
MIR C2 C1 single 1.513 0.020
MIR H1 C1 single 1.092 0.020
MIR H1A C1 single 1.092 0.020
MIR H2 C2 single 1.059 0.020
MIR H2A C2 single 1.059 0.020
MIR H2B C2 single 1.059 0.020
MIR O C deloc 1.250 0.020
MIR OXT C deloc 1.250 0.020
MIR HN1 N single 1.010 0.020
MIR HN2 N single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MIR HN1 N HN2 120.000 3.000
MIR HN1 N CA 120.000 3.000
MIR HN2 N CA 120.000 3.000
MIR N CA HA 109.470 3.000
MIR N CA CB 109.470 3.000
MIR N CA C 109.470 3.000
MIR HA CA CB 108.340 3.000
MIR HA CA C 108.810 3.000
MIR CB CA C 109.470 3.000
MIR CA CB HB 109.470 3.000
MIR CA CB HBA 109.470 3.000
MIR CA CB OG 109.470 3.000
MIR HB CB HBA 107.900 3.000
MIR HB CB OG 109.470 3.000
MIR HBA CB OG 109.470 3.000
MIR CB OG P 120.500 3.000
MIR OG P O1P 108.200 3.000
MIR OG P O2P 108.200 3.000
MIR OG P O3P 102.600 3.000
MIR O1P P O2P 119.900 3.000
MIR O1P P O3P 108.200 3.000
MIR O2P P O3P 108.200 3.000
MIR P O3P C1 120.500 3.000
MIR O3P C1 H1 109.470 3.000
MIR O3P C1 H1A 109.470 3.000
MIR O3P C1 C2 109.470 3.000
MIR H1 C1 H1A 107.900 3.000
MIR H1 C1 C2 109.470 3.000
MIR H1A C1 C2 109.470 3.000
MIR C1 C2 H2B 109.470 3.000
MIR C1 C2 H2A 109.470 3.000
MIR C1 C2 H2 109.470 3.000
MIR H2B C2 H2A 109.470 3.000
MIR H2B C2 H2 109.470 3.000
MIR H2A C2 H2 109.470 3.000
MIR CA C O 118.500 3.000
MIR CA C OXT 118.500 3.000
MIR O C OXT 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MIR var_1 HN2 N CA C 175.000 20.000 1
MIR var_2 N CA CB OG -65.053 20.000 3
MIR var_3 CA CB OG P 179.976 20.000 1
MIR var_4 CB OG P O3P -174.982 20.000 1
MIR var_5 OG P O3P C1 174.991 20.000 1
MIR var_6 P O3P C1 C2 -179.974 20.000 1
MIR var_7 O3P C1 C2 H2 -59.966 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MIR chir_01 CA N CB C negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
MIR plan-1 N 0.020
MIR plan-1 CA 0.020
MIR plan-1 HN1 0.020
MIR plan-1 HN2 0.020
MIR plan-2 C 0.020
MIR plan-2 CA 0.020
MIR plan-2 O 0.020
MIR plan-2 OXT 0.020
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