1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MIY MIY '(4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAM' non-polymer 60 33 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MIY
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MIY O5 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
MIY C15 C C 0.000 -1.225 0.013 0.143
MIY C16 C C 0.000 -2.161 -1.036 -0.340
MIY C17 C C 0.000 -1.709 -2.011 -1.179
MIY O6 O OH1 0.000 -0.403 -2.274 -1.296
MIY HO6 H H 0.000 -0.157 -2.285 -2.232
MIY C18 C CT 0.000 -2.569 -2.945 -2.017
MIY O7 O OH1 0.000 -1.734 -4.081 -2.336
MIY HO7 H H 0.000 -1.715 -4.211 -3.295
MIY C1 C C 0.000 -3.028 -2.435 -3.385
MIY O1 O O 0.000 -2.446 -1.497 -3.929
MIY C14 C CR6 0.000 -1.749 1.237 0.773
MIY C13 C CR6 0.000 -0.854 2.077 1.452
MIY O4 O OH1 0.000 0.491 1.744 1.570
MIY HO4 H H 0.000 0.876 1.615 0.690
MIY C12 C CR16 0.000 -1.322 3.253 2.043
MIY H12 H H 0.000 -0.657 3.920 2.578
MIY C11 C CR16 0.000 -2.664 3.531 1.917
MIY H11 H H 0.000 -3.064 4.433 2.364
MIY C10 C CR6 0.000 -3.525 2.670 1.220
MIY N7 N NT 0.000 -4.826 3.083 1.094
MIY C71 C CH3 0.000 -5.123 3.892 2.283
MIY H713 H H 0.000 -4.511 3.575 3.088
MIY H712 H H 0.000 -4.929 4.912 2.073
MIY H711 H H 0.000 -6.141 3.773 2.546
MIY CN7 C CH3 0.000 -4.752 3.941 -0.109
MIY HN73 H H 0.000 -4.145 4.786 0.094
MIY HN72 H H 0.000 -4.332 3.392 -0.912
MIY HN71 H H 0.000 -5.726 4.264 -0.375
MIY C9 C CR6 0.000 -3.092 1.499 0.625
MIY C8 C CH2 0.000 -4.006 0.517 -0.141
MIY H81 H H 0.000 -3.937 0.751 -1.206
MIY H82 H H 0.000 -5.032 0.674 0.199
MIY C7 C CH1 0.000 -3.603 -0.964 0.092
MIY H7 H H 0.000 -3.654 -1.173 1.170
MIY C6 C CH2 0.000 -4.485 -2.009 -0.657
MIY H61 H H 0.000 -4.899 -1.485 -1.521
MIY H62 H H 0.000 -5.291 -2.268 0.032
MIY C5 C CH1 0.000 -3.762 -3.318 -1.134
MIY H5 H H 0.000 -3.343 -3.785 -0.232
MIY C4 C CH1 0.000 -4.607 -4.432 -1.855
MIY H4 H H 0.000 -5.620 -4.206 -1.495
MIY N1 N NT 0.000 -4.436 -5.914 -1.392
MIY C19 C CH3 0.000 -3.998 -6.954 -2.380
MIY H193 H H 0.000 -4.462 -6.778 -3.318
MIY H192 H H 0.000 -2.944 -6.915 -2.501
MIY H191 H H 0.000 -4.272 -7.919 -2.033
MIY C20 C CH3 0.000 -3.710 -6.094 -0.108
MIY H203 H H 0.000 -2.832 -6.664 -0.271
MIY H202 H H 0.000 -3.445 -5.147 0.287
MIY H201 H H 0.000 -4.332 -6.600 0.586
MIY C3 C C 0.000 -4.759 -4.176 -3.401
MIY O2 O OH1 0.000 -5.579 -4.996 -4.090
MIY HO2 H H 0.000 -5.601 -4.729 -5.021
MIY C2 C C 0.000 -4.138 -3.131 -4.081
MIY C21 C C 0.000 -4.440 -2.630 -5.488
MIY O8 O O 0.000 -4.247 -3.374 -6.448
MIY N2 N NH2 0.000 -4.856 -1.343 -5.723
MIY HN22 H H 0.000 -5.053 -1.024 -6.669
MIY HN21 H H 0.000 -4.974 -0.685 -4.955
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MIY O5 n/a C15 START
MIY C15 O5 C14 .
MIY C16 C15 C17 .
MIY C17 C16 C18 .
MIY O6 C17 HO6 .
MIY HO6 O6 . .
MIY C18 C17 C1 .
MIY O7 C18 HO7 .
MIY HO7 O7 . .
MIY C1 C18 O1 .
MIY O1 C1 . .
MIY C14 C15 C13 .
MIY C13 C14 C12 .
MIY O4 C13 HO4 .
MIY HO4 O4 . .
MIY C12 C13 C11 .
MIY H12 C12 . .
MIY C11 C12 C10 .
MIY H11 C11 . .
MIY C10 C11 C9 .
MIY N7 C10 CN7 .
MIY C71 N7 H711 .
MIY H713 C71 . .
MIY H712 C71 . .
MIY H711 C71 . .
MIY CN7 N7 HN71 .
MIY HN73 CN7 . .
MIY HN72 CN7 . .
MIY HN71 CN7 . .
MIY C9 C10 C8 .
MIY C8 C9 C7 .
MIY H81 C8 . .
MIY H82 C8 . .
MIY C7 C8 C6 .
MIY H7 C7 . .
MIY C6 C7 C5 .
MIY H61 C6 . .
MIY H62 C6 . .
MIY C5 C6 C4 .
MIY H5 C5 . .
MIY C4 C5 C3 .
MIY H4 C4 . .
MIY N1 C4 C20 .
MIY C19 N1 H191 .
MIY H193 C19 . .
MIY H192 C19 . .
MIY H191 C19 . .
MIY C20 N1 H201 .
MIY H203 C20 . .
MIY H202 C20 . .
MIY H201 C20 . .
MIY C3 C4 C2 .
MIY O2 C3 HO2 .
MIY HO2 O2 . .
MIY C2 C3 C21 .
MIY C21 C2 N2 .
MIY O8 C21 . .
MIY N2 C21 HN21 .
MIY HN22 N2 . .
MIY HN21 N2 . END
MIY C2 C1 . ADD
MIY C5 C18 . ADD
MIY C16 C7 . ADD
MIY C14 C9 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MIY O8 C21 double 1.220 0.020
MIY N2 C21 single 1.332 0.020
MIY C21 C2 single 1.460 0.020
MIY HN21 N2 single 1.010 0.020
MIY HN22 N2 single 1.010 0.020
MIY C2 C1 single 1.460 0.020
MIY C2 C3 double 1.330 0.020
MIY O1 C1 double 1.220 0.020
MIY C1 C18 single 1.507 0.020
MIY O2 C3 single 1.330 0.020
MIY C3 C4 single 1.500 0.020
MIY HO2 O2 single 0.967 0.020
MIY N1 C4 single 1.469 0.020
MIY C4 C5 single 1.524 0.020
MIY H4 C4 single 1.099 0.020
MIY C20 N1 single 1.469 0.020
MIY C19 N1 single 1.469 0.020
MIY H201 C20 single 1.059 0.020
MIY H202 C20 single 1.059 0.020
MIY H203 C20 single 1.059 0.020
MIY H191 C19 single 1.059 0.020
MIY H192 C19 single 1.059 0.020
MIY H193 C19 single 1.059 0.020
MIY C5 C18 single 1.524 0.020
MIY C5 C6 single 1.524 0.020
MIY H5 C5 single 1.099 0.020
MIY O7 C18 single 1.432 0.020
MIY C18 C17 single 1.507 0.020
MIY HO7 O7 single 0.967 0.020
MIY O6 C17 single 1.330 0.020
MIY C17 C16 double 1.330 0.020
MIY HO6 O6 single 0.967 0.020
MIY C16 C7 single 1.500 0.020
MIY C16 C15 single 1.460 0.020
MIY C6 C7 single 1.524 0.020
MIY C7 C8 single 1.524 0.020
MIY H7 C7 single 1.099 0.020
MIY H61 C6 single 1.092 0.020
MIY H62 C6 single 1.092 0.020
MIY C15 O5 double 1.220 0.020
MIY C14 C15 single 1.500 0.020
MIY C14 C9 double 1.487 0.020
MIY C13 C14 single 1.487 0.020
MIY C8 C9 single 1.511 0.020
MIY C9 C10 single 1.487 0.020
MIY H81 C8 single 1.092 0.020
MIY H82 C8 single 1.092 0.020
MIY O4 C13 single 1.362 0.020
MIY C12 C13 double 1.390 0.020
MIY HO4 O4 single 0.967 0.020
MIY C11 C12 single 1.390 0.020
MIY H12 C12 single 1.083 0.020
MIY C10 C11 double 1.390 0.020
MIY H11 C11 single 1.083 0.020
MIY N7 C10 single 1.405 0.020
MIY CN7 N7 single 1.469 0.020
MIY C71 N7 single 1.469 0.020
MIY HN71 CN7 single 1.059 0.020
MIY HN72 CN7 single 1.059 0.020
MIY HN73 CN7 single 1.059 0.020
MIY H711 C71 single 1.059 0.020
MIY H712 C71 single 1.059 0.020
MIY H713 C71 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MIY O5 C15 C16 120.500 3.000
MIY O5 C15 C14 120.500 3.000
MIY C16 C15 C14 120.000 3.000
MIY C15 C16 C17 120.000 3.000
MIY C15 C16 C7 120.000 3.000
MIY C17 C16 C7 120.000 3.000
MIY C16 C17 O6 120.000 3.000
MIY C16 C17 C18 120.000 3.000
MIY O6 C17 C18 120.000 3.000
MIY C17 O6 HO6 109.470 3.000
MIY C17 C18 O7 109.470 3.000
MIY C17 C18 C1 109.500 3.000
MIY C17 C18 C5 109.470 3.000
MIY O7 C18 C1 109.470 3.000
MIY O7 C18 C5 109.470 3.000
MIY C1 C18 C5 109.470 3.000
MIY C18 O7 HO7 109.470 3.000
MIY C18 C1 O1 120.500 3.000
MIY C18 C1 C2 120.000 3.000
MIY O1 C1 C2 120.500 3.000
MIY C15 C14 C13 120.000 3.000
MIY C15 C14 C9 120.000 3.000
MIY C13 C14 C9 120.000 3.000
MIY C14 C13 O4 120.000 3.000
MIY C14 C13 C12 120.000 3.000
MIY O4 C13 C12 120.000 3.000
MIY C13 O4 HO4 109.470 3.000
MIY C13 C12 H12 120.000 3.000
MIY C13 C12 C11 120.000 3.000
MIY H12 C12 C11 120.000 3.000
MIY C12 C11 H11 120.000 3.000
MIY C12 C11 C10 120.000 3.000
MIY H11 C11 C10 120.000 3.000
MIY C11 C10 N7 120.000 3.000
MIY C11 C10 C9 120.000 3.000
MIY N7 C10 C9 120.000 3.000
MIY C10 N7 C71 109.500 3.000
MIY C10 N7 CN7 109.500 3.000
MIY C71 N7 CN7 109.470 3.000
MIY N7 C71 H713 109.470 3.000
MIY N7 C71 H712 109.470 3.000
MIY N7 C71 H711 109.470 3.000
MIY H713 C71 H712 109.470 3.000
MIY H713 C71 H711 109.470 3.000
MIY H712 C71 H711 109.470 3.000
MIY N7 CN7 HN73 109.470 3.000
MIY N7 CN7 HN72 109.470 3.000
MIY N7 CN7 HN71 109.470 3.000
MIY HN73 CN7 HN72 109.470 3.000
MIY HN73 CN7 HN71 109.470 3.000
MIY HN72 CN7 HN71 109.470 3.000
MIY C10 C9 C8 120.000 3.000
MIY C10 C9 C14 120.000 3.000
MIY C8 C9 C14 120.000 3.000
MIY C9 C8 H81 109.470 3.000
MIY C9 C8 H82 109.470 3.000
MIY C9 C8 C7 109.470 3.000
MIY H81 C8 H82 107.900 3.000
MIY H81 C8 C7 109.470 3.000
MIY H82 C8 C7 109.470 3.000
MIY C8 C7 H7 108.340 3.000
MIY C8 C7 C6 109.470 3.000
MIY C8 C7 C16 109.470 3.000
MIY H7 C7 C6 108.340 3.000
MIY H7 C7 C16 108.810 3.000
MIY C6 C7 C16 109.470 3.000
MIY C7 C6 H61 109.470 3.000
MIY C7 C6 H62 109.470 3.000
MIY C7 C6 C5 111.000 3.000
MIY H61 C6 H62 107.900 3.000
MIY H61 C6 C5 109.470 3.000
MIY H62 C6 C5 109.470 3.000
MIY C6 C5 H5 108.340 3.000
MIY C6 C5 C4 111.000 3.000
MIY C6 C5 C18 111.000 3.000
MIY H5 C5 C4 108.340 3.000
MIY H5 C5 C18 108.340 3.000
MIY C4 C5 C18 111.000 3.000
MIY C5 C4 H4 108.340 3.000
MIY C5 C4 N1 109.500 3.000
MIY C5 C4 C3 109.470 3.000
MIY H4 C4 N1 109.500 3.000
MIY H4 C4 C3 108.810 3.000
MIY N1 C4 C3 109.500 3.000
MIY C4 N1 C19 109.470 3.000
MIY C4 N1 C20 109.470 3.000
MIY C19 N1 C20 109.470 3.000
MIY N1 C19 H193 109.470 3.000
MIY N1 C19 H192 109.470 3.000
MIY N1 C19 H191 109.470 3.000
MIY H193 C19 H192 109.470 3.000
MIY H193 C19 H191 109.470 3.000
MIY H192 C19 H191 109.470 3.000
MIY N1 C20 H203 109.470 3.000
MIY N1 C20 H202 109.470 3.000
MIY N1 C20 H201 109.470 3.000
MIY H203 C20 H202 109.470 3.000
MIY H203 C20 H201 109.470 3.000
MIY H202 C20 H201 109.470 3.000
MIY C4 C3 O2 120.000 3.000
MIY C4 C3 C2 120.000 3.000
MIY O2 C3 C2 120.000 3.000
MIY C3 O2 HO2 109.470 3.000
MIY C3 C2 C21 120.000 3.000
MIY C3 C2 C1 120.000 3.000
MIY C21 C2 C1 120.000 3.000
MIY C2 C21 O8 120.500 3.000
MIY C2 C21 N2 120.000 3.000
MIY O8 C21 N2 123.000 3.000
MIY C21 N2 HN22 120.000 3.000
MIY C21 N2 HN21 120.000 3.000
MIY HN22 N2 HN21 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MIY var_1 O5 C15 C16 C17 0.000 20.000 1
MIY var_2 C15 C16 C7 C8 60.000 20.000 3
MIY var_3 C15 C16 C17 C18 -150.000 20.000 1
MIY var_4 C16 C17 O6 HO6 -129.609 20.000 1
MIY var_5 C16 C17 C18 C1 90.000 20.000 1
MIY var_6 C17 C18 O7 HO7 -125.364 20.000 1
MIY var_7 C17 C18 C1 O1 30.000 20.000 1
MIY var_8 O5 C15 C14 C13 -30.000 20.000 1
MIY CONST_1 C15 C14 C9 C10 180.000 0.000 0
MIY CONST_2 C15 C14 C13 C12 180.000 0.000 0
MIY var_9 C14 C13 O4 HO4 56.941 20.000 1
MIY CONST_3 C14 C13 C12 C11 0.000 0.000 0
MIY CONST_4 C13 C12 C11 C10 0.000 0.000 0
MIY CONST_5 C12 C11 C10 C9 0.000 0.000 0
MIY var_10 C11 C10 N7 CN7 85.227 20.000 1
MIY var_11 C10 N7 C71 H711 -147.400 20.000 1
MIY var_12 C10 N7 CN7 HN71 174.945 20.000 1
MIY CONST_6 C11 C10 C9 C8 180.000 0.000 0
MIY var_13 C10 C9 C8 C7 -150.000 20.000 2
MIY var_14 C9 C8 C7 C6 180.000 20.000 3
MIY var_15 C8 C7 C6 C5 150.000 20.000 3
MIY var_16 C7 C6 C5 C4 180.000 20.000 3
MIY var_17 C6 C5 C18 C17 60.000 20.000 1
MIY var_18 C6 C5 C4 C3 90.000 20.000 3
MIY var_19 C5 C4 N1 C20 13.005 20.000 1
MIY var_20 C4 N1 C19 H191 -159.015 20.000 1
MIY var_21 C4 N1 C20 H201 121.081 20.000 1
MIY var_22 C5 C4 C3 C2 0.000 20.000 3
MIY var_23 C4 C3 O2 HO2 178.978 20.000 1
MIY var_24 C4 C3 C2 C21 180.000 20.000 1
MIY var_25 C3 C2 C1 C18 0.000 20.000 1
MIY var_26 C3 C2 C21 N2 119.416 20.000 1
MIY CONST_7 C2 C21 N2 HN21 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MIY chir_01 C4 C3 N1 C5 negativ
MIY chir_02 N1 C4 C20 C19 positiv
MIY chir_03 C5 C4 C18 C6 negativ
MIY chir_04 C18 C1 C5 O7 negativ
MIY chir_05 C7 C16 C6 C8 positiv
MIY chir_06 N7 C10 CN7 C71 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
MIY plan-1 C21 0.020
MIY plan-1 O8 0.020
MIY plan-1 N2 0.020
MIY plan-1 C2 0.020
MIY plan-1 HN22 0.020
MIY plan-1 HN21 0.020
MIY plan-2 N2 0.020
MIY plan-2 C21 0.020
MIY plan-2 HN21 0.020
MIY plan-2 HN22 0.020
MIY plan-3 C2 0.020
MIY plan-3 C21 0.020
MIY plan-3 C1 0.020
MIY plan-3 C3 0.020
MIY plan-4 C1 0.020
MIY plan-4 C2 0.020
MIY plan-4 O1 0.020
MIY plan-4 C18 0.020
MIY plan-5 C3 0.020
MIY plan-5 C2 0.020
MIY plan-5 O2 0.020
MIY plan-5 C4 0.020
MIY plan-6 C17 0.020
MIY plan-6 C18 0.020
MIY plan-6 O6 0.020
MIY plan-6 C16 0.020
MIY plan-7 C16 0.020
MIY plan-7 C17 0.020
MIY plan-7 C7 0.020
MIY plan-7 C15 0.020
MIY plan-8 C15 0.020
MIY plan-8 C16 0.020
MIY plan-8 O5 0.020
MIY plan-8 C14 0.020
MIY plan-9 C14 0.020
MIY plan-9 C15 0.020
MIY plan-9 C9 0.020
MIY plan-9 C13 0.020
MIY plan-9 C12 0.020
MIY plan-9 C11 0.020
MIY plan-9 C10 0.020
MIY plan-9 C8 0.020
MIY plan-9 O4 0.020
MIY plan-9 H12 0.020
MIY plan-9 H11 0.020
MIY plan-9 N7 0.020
# ------------------------------------------------------
|
