1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MOJ MOJ '"(5E,7S)-2-amino-7-(4-fluoro-2-pyrid' non-polymer 45 27 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MOJ
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MOJ F23 F F 0.000 0.000 0.000 0.000
MOJ C14 C CR6 0.000 -1.339 -0.179 0.029
MOJ C15 C CR16 0.000 -1.864 -1.430 0.309
MOJ H15 H H 0.000 -1.200 -2.263 0.504
MOJ C16 C CR16 0.000 -3.233 -1.620 0.339
MOJ H16 H H 0.000 -3.638 -2.600 0.557
MOJ C11 C CR6 0.000 -4.085 -0.562 0.093
MOJ C12 C CR6 0.000 -3.564 0.698 -0.194
MOJ C17 C CR6 0.000 -4.475 1.837 -0.467
MOJ C18 C CR16 0.000 -4.313 3.053 0.203
MOJ H18 H H 0.000 -3.523 3.184 0.932
MOJ C19 C CR16 0.000 -5.186 4.085 -0.091
MOJ H19 H H 0.000 -5.086 5.044 0.403
MOJ C20 C CR16 0.000 -6.188 3.881 -1.021
MOJ H20 H H 0.000 -6.876 4.686 -1.250
MOJ N21 N NRD6 0.000 -6.321 2.720 -1.633
MOJ C22 C CR16 0.000 -5.511 1.710 -1.390
MOJ H22 H H 0.000 -5.651 0.772 -1.913
MOJ C13 C CR16 0.000 -2.184 0.885 -0.225
MOJ H13 H H 0.000 -1.774 1.862 -0.447
MOJ C9 C CH1 0.000 -5.577 -0.770 0.128
MOJ H9 H H 0.000 -6.085 0.178 -0.095
MOJ C10 C CH2 0.000 -5.969 -1.815 -0.912
MOJ H10 H H 0.000 -5.376 -2.716 -0.741
MOJ H10A H H 0.000 -5.747 -1.418 -1.905
MOJ C3 C CR6 0.000 -7.430 -2.152 -0.822
MOJ N4 N NRD6 0.000 -8.055 -2.669 -1.869
MOJ C5 C CR6 0.000 -9.343 -2.976 -1.808
MOJ N27 N NH2 0.000 -9.954 -3.513 -2.924
MOJ HN2A H H 0.000 -10.939 -3.757 -2.904
MOJ HN27 H H 0.000 -9.425 -3.670 -3.775
MOJ N6 N NRD6 0.000 -10.065 -2.784 -0.712
MOJ C1 C CR6 0.000 -9.516 -2.271 0.377
MOJ C26 C CH3 0.000 -10.337 -2.054 1.621
MOJ H26B H H 0.000 -11.108 -2.779 1.667
MOJ H26A H H 0.000 -9.716 -2.146 2.474
MOJ H26 H H 0.000 -10.764 -1.085 1.598
MOJ C2 C CR6 0.000 -8.161 -1.934 0.348
MOJ C7 C C 0.000 -7.505 -1.354 1.538
MOJ C8 C CH2 0.000 -5.992 -1.256 1.524
MOJ H8A H H 0.000 -5.544 -2.233 1.718
MOJ H8 H H 0.000 -5.649 -0.543 2.276
MOJ N24 N N 0.000 -8.195 -0.945 2.553
MOJ O25 O OH1 0.000 -7.539 -0.393 3.680
MOJ HO25 H H 0.000 -8.193 -0.138 4.348
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MOJ F23 n/a C14 START
MOJ C14 F23 C15 .
MOJ C15 C14 C16 .
MOJ H15 C15 . .
MOJ C16 C15 C11 .
MOJ H16 C16 . .
MOJ C11 C16 C9 .
MOJ C12 C11 C13 .
MOJ C17 C12 C18 .
MOJ C18 C17 C19 .
MOJ H18 C18 . .
MOJ C19 C18 C20 .
MOJ H19 C19 . .
MOJ C20 C19 N21 .
MOJ H20 C20 . .
MOJ N21 C20 C22 .
MOJ C22 N21 H22 .
MOJ H22 C22 . .
MOJ C13 C12 H13 .
MOJ H13 C13 . .
MOJ C9 C11 C10 .
MOJ H9 C9 . .
MOJ C10 C9 C3 .
MOJ H10 C10 . .
MOJ H10A C10 . .
MOJ C3 C10 N4 .
MOJ N4 C3 C5 .
MOJ C5 N4 N6 .
MOJ N27 C5 HN27 .
MOJ HN2A N27 . .
MOJ HN27 N27 . .
MOJ N6 C5 C1 .
MOJ C1 N6 C2 .
MOJ C26 C1 H26 .
MOJ H26B C26 . .
MOJ H26A C26 . .
MOJ H26 C26 . .
MOJ C2 C1 C7 .
MOJ C7 C2 N24 .
MOJ C8 C7 H8 .
MOJ H8A C8 . .
MOJ H8 C8 . .
MOJ N24 C7 O25 .
MOJ O25 N24 HO25 .
MOJ HO25 O25 . END
MOJ C14 C13 . ADD
MOJ C17 C22 . ADD
MOJ C9 C8 . ADD
MOJ C2 C3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MOJ C14 F23 single 1.345 0.020
MOJ C15 C14 double 1.390 0.020
MOJ C14 C13 single 1.390 0.020
MOJ C13 C12 double 1.390 0.020
MOJ H13 C13 single 1.083 0.020
MOJ C12 C11 single 1.487 0.020
MOJ C17 C12 single 1.487 0.020
MOJ C18 C17 double 1.390 0.020
MOJ C17 C22 single 1.390 0.020
MOJ C22 N21 double 1.337 0.020
MOJ H22 C22 single 1.083 0.020
MOJ N21 C20 single 1.337 0.020
MOJ C20 C19 double 1.390 0.020
MOJ H20 C20 single 1.083 0.020
MOJ C19 C18 single 1.390 0.020
MOJ H19 C19 single 1.083 0.020
MOJ H18 C18 single 1.083 0.020
MOJ C16 C15 single 1.390 0.020
MOJ H15 C15 single 1.083 0.020
MOJ C11 C16 double 1.390 0.020
MOJ H16 C16 single 1.083 0.020
MOJ C9 C11 single 1.480 0.020
MOJ C10 C9 single 1.524 0.020
MOJ C9 C8 single 1.524 0.020
MOJ H9 C9 single 1.099 0.020
MOJ C8 C7 single 1.510 0.020
MOJ H8 C8 single 1.092 0.020
MOJ H8A C8 single 1.092 0.020
MOJ C7 C2 single 1.500 0.020
MOJ N24 C7 double 1.260 0.020
MOJ O25 N24 single 1.392 0.020
MOJ HO25 O25 single 0.967 0.020
MOJ C2 C3 double 1.487 0.020
MOJ C2 C1 single 1.487 0.020
MOJ C3 C10 single 1.511 0.020
MOJ H10 C10 single 1.092 0.020
MOJ H10A C10 single 1.092 0.020
MOJ N4 C3 single 1.350 0.020
MOJ C5 N4 double 1.350 0.020
MOJ N27 C5 single 1.355 0.020
MOJ N6 C5 single 1.350 0.020
MOJ HN27 N27 single 1.010 0.020
MOJ HN2A N27 single 1.010 0.020
MOJ C1 N6 double 1.350 0.020
MOJ C26 C1 single 1.506 0.020
MOJ H26 C26 single 1.059 0.020
MOJ H26A C26 single 1.059 0.020
MOJ H26B C26 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MOJ F23 C14 C15 120.000 3.000
MOJ F23 C14 C13 120.000 3.000
MOJ C15 C14 C13 120.000 3.000
MOJ C14 C15 H15 120.000 3.000
MOJ C14 C15 C16 120.000 3.000
MOJ H15 C15 C16 120.000 3.000
MOJ C15 C16 H16 120.000 3.000
MOJ C15 C16 C11 120.000 3.000
MOJ H16 C16 C11 120.000 3.000
MOJ C16 C11 C12 120.000 3.000
MOJ C16 C11 C9 120.000 3.000
MOJ C12 C11 C9 120.000 3.000
MOJ C11 C12 C17 120.000 3.000
MOJ C11 C12 C13 120.000 3.000
MOJ C17 C12 C13 120.000 3.000
MOJ C12 C17 C18 120.000 3.000
MOJ C12 C17 C22 120.000 3.000
MOJ C18 C17 C22 120.000 3.000
MOJ C17 C18 H18 120.000 3.000
MOJ C17 C18 C19 120.000 3.000
MOJ H18 C18 C19 120.000 3.000
MOJ C18 C19 H19 120.000 3.000
MOJ C18 C19 C20 120.000 3.000
MOJ H19 C19 C20 120.000 3.000
MOJ C19 C20 H20 120.000 3.000
MOJ C19 C20 N21 120.000 3.000
MOJ H20 C20 N21 120.000 3.000
MOJ C20 N21 C22 120.000 3.000
MOJ N21 C22 H22 120.000 3.000
MOJ N21 C22 C17 120.000 3.000
MOJ H22 C22 C17 120.000 3.000
MOJ C12 C13 H13 120.000 3.000
MOJ C12 C13 C14 120.000 3.000
MOJ H13 C13 C14 120.000 3.000
MOJ C11 C9 H9 109.470 3.000
MOJ C11 C9 C10 109.470 3.000
MOJ C11 C9 C8 109.470 3.000
MOJ H9 C9 C10 108.340 3.000
MOJ H9 C9 C8 108.340 3.000
MOJ C10 C9 C8 109.470 3.000
MOJ C9 C10 H10 109.470 3.000
MOJ C9 C10 H10A 109.470 3.000
MOJ C9 C10 C3 109.470 3.000
MOJ H10 C10 H10A 107.900 3.000
MOJ H10 C10 C3 109.470 3.000
MOJ H10A C10 C3 109.470 3.000
MOJ C10 C3 N4 120.000 3.000
MOJ C10 C3 C2 120.000 3.000
MOJ N4 C3 C2 120.000 3.000
MOJ C3 N4 C5 120.000 3.000
MOJ N4 C5 N27 120.000 3.000
MOJ N4 C5 N6 120.000 3.000
MOJ N27 C5 N6 120.000 3.000
MOJ C5 N27 HN2A 120.000 3.000
MOJ C5 N27 HN27 120.000 3.000
MOJ HN2A N27 HN27 120.000 3.000
MOJ C5 N6 C1 120.000 3.000
MOJ N6 C1 C26 120.000 3.000
MOJ N6 C1 C2 120.000 3.000
MOJ C26 C1 C2 120.000 3.000
MOJ C1 C26 H26B 109.470 3.000
MOJ C1 C26 H26A 109.470 3.000
MOJ C1 C26 H26 109.470 3.000
MOJ H26B C26 H26A 109.470 3.000
MOJ H26B C26 H26 109.470 3.000
MOJ H26A C26 H26 109.470 3.000
MOJ C1 C2 C7 120.000 3.000
MOJ C1 C2 C3 120.000 3.000
MOJ C7 C2 C3 120.000 3.000
MOJ C2 C7 C8 120.000 3.000
MOJ C2 C7 N24 120.000 3.000
MOJ C8 C7 N24 116.500 3.000
MOJ C7 C8 H8A 109.470 3.000
MOJ C7 C8 H8 109.470 3.000
MOJ C7 C8 C9 109.470 3.000
MOJ H8A C8 H8 107.900 3.000
MOJ H8A C8 C9 109.470 3.000
MOJ H8 C8 C9 109.470 3.000
MOJ C7 N24 O25 120.000 3.000
MOJ N24 O25 HO25 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MOJ CONST_1 F23 C14 C13 C12 180.000 0.000 0
MOJ CONST_2 F23 C14 C15 C16 180.000 0.000 0
MOJ CONST_3 C14 C15 C16 C11 0.000 0.000 0
MOJ CONST_4 C15 C16 C11 C9 180.000 0.000 0
MOJ CONST_5 C16 C11 C12 C13 0.000 0.000 0
MOJ CONST_6 C11 C12 C17 C18 180.000 0.000 0
MOJ CONST_7 C12 C17 C22 N21 180.000 0.000 0
MOJ CONST_8 C12 C17 C18 C19 180.000 0.000 0
MOJ CONST_9 C17 C18 C19 C20 0.000 0.000 0
MOJ CONST_10 C18 C19 C20 N21 0.000 0.000 0
MOJ CONST_11 C19 C20 N21 C22 0.000 0.000 0
MOJ CONST_12 C20 N21 C22 C17 0.000 0.000 0
MOJ CONST_13 C11 C12 C13 C14 0.000 0.000 0
MOJ var_1 C16 C11 C9 C10 -59.715 20.000 1
MOJ var_2 C11 C9 C8 C7 180.000 20.000 3
MOJ var_3 C11 C9 C10 C3 180.000 20.000 3
MOJ var_4 C9 C10 C3 N4 150.000 20.000 2
MOJ CONST_14 C10 C3 N4 C5 180.000 0.000 0
MOJ CONST_15 C3 N4 C5 N6 0.000 0.000 0
MOJ CONST_16 N4 C5 N27 HN27 0.034 0.000 0
MOJ CONST_17 N4 C5 N6 C1 0.000 0.000 0
MOJ CONST_18 C5 N6 C1 C2 0.000 0.000 0
MOJ var_5 N6 C1 C26 H26 -89.954 20.000 1
MOJ CONST_19 N6 C1 C2 C7 180.000 0.000 0
MOJ CONST_20 C1 C2 C3 C10 180.000 0.000 0
MOJ var_6 C1 C2 C7 N24 0.000 20.000 1
MOJ var_7 C2 C7 C8 C9 30.000 20.000 3
MOJ CONST_21 C2 C7 N24 O25 180.000 0.000 0
MOJ var_8 C7 N24 O25 HO25 -179.977 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MOJ chir_01 C9 C11 C8 C10 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
MOJ plan-1 C14 0.020
MOJ plan-1 F23 0.020
MOJ plan-1 C13 0.020
MOJ plan-1 C15 0.020
MOJ plan-1 C12 0.020
MOJ plan-1 C16 0.020
MOJ plan-1 C11 0.020
MOJ plan-1 H13 0.020
MOJ plan-1 C17 0.020
MOJ plan-1 H15 0.020
MOJ plan-1 H16 0.020
MOJ plan-1 C9 0.020
MOJ plan-2 C17 0.020
MOJ plan-2 C12 0.020
MOJ plan-2 C22 0.020
MOJ plan-2 C18 0.020
MOJ plan-2 N21 0.020
MOJ plan-2 C20 0.020
MOJ plan-2 C19 0.020
MOJ plan-2 H22 0.020
MOJ plan-2 H20 0.020
MOJ plan-2 H19 0.020
MOJ plan-2 H18 0.020
MOJ plan-3 C7 0.020
MOJ plan-3 C8 0.020
MOJ plan-3 N24 0.020
MOJ plan-3 C2 0.020
MOJ plan-3 O25 0.020
MOJ plan-4 C2 0.020
MOJ plan-4 C7 0.020
MOJ plan-4 C3 0.020
MOJ plan-4 C1 0.020
MOJ plan-4 N4 0.020
MOJ plan-4 C5 0.020
MOJ plan-4 N6 0.020
MOJ plan-4 C10 0.020
MOJ plan-4 N27 0.020
MOJ plan-4 C26 0.020
MOJ plan-4 HN2A 0.020
MOJ plan-4 HN27 0.020
MOJ plan-5 N27 0.020
MOJ plan-5 C5 0.020
MOJ plan-5 HN27 0.020
MOJ plan-5 HN2A 0.020
# ------------------------------------------------------
|
